Vastus

Lugupeetud Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu, Täname Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu käimasoleva uuringu „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu kohordis“ jätkutaotluse läbivaatamise eest . K äesolevaga esitame vastused Nõukogu poolt esitatud küsimustele. Seoses vaimse tervise osa lisandumisega uuringusse kerkis küsimus, kas on tegemist päris uue teadustööga. Nõukogu soovitab kaaluda selle kohta uue taotluse esitamist. Tegemist ei ole uue uuringuga, vaid lisa me juurde küsimus te p lok i , mis võimalda b analüüsides paremini arvesse võtta vaimse tervise probleeme. Oma varasemas uuringus näitasime, et soole mikrobioomi mõjutavad nii erinevaid haigused kui ka ravimid (kaasa arvaatud vaimse tervise häired ning antidepressandid). Selleks, et saaksime välja selgitada , kas muutused mikrobioomis on seotud depressiooniga või leitud seosed on tingitud depressiooni ravi mitest , o n vaja saada tä iendavaid andmeid , mis võimaldaks meil teha täpsemaid analüüse. Oleme oma uuringus varasemalt küsinud luba kasutada geenidoonorite poolt vastatud küsimustike andmeid (küsimustik täidetud geenidoonoriks saamisel), kuid Geenivaramus viidi läbi 2021 . aastal „ Vaimse tervise ja heaolu “ uuring, mille raames koguti andmeid geenidoonorite vaimse tervise kohta . Käesolevas jätkutaotluses soovime küsida luba kasutada „Vaimse tervise ja heaolu“ uuringu käigus kogutud ja G eenivaramu andmebaasi lisatud andmeid ning lisaks küsime luba lisada oma varasemale küsimustikule juurde täpsustavad küsimused, mis võimaldaksid hinnata ka teises ajapunktis vaimset tervist. Vaimse tervise küsimuste lisamine varasemale uuringu küsimustikule on põhjendatud, kuna nägime oma analüüsides , et vaimse tervise seisund mõju tab soolestiku mikrobioomi . Geenidoonorid, kes annavad nõusoleku koguda mikrobioomi proove ka teises ajapunktis, palutakse täita uuesti uuringu küsimustik ning vaimset tervist hindavad küsimused võimaldaks meil hinnata geenidoonorite elustiili, elukeskkonda ning tervist (sh vaimset tervist) kahest erinevast ajapunktist. Oleme seda nüüd paremini oma taotluses põhjendanud . Uurimisprojekti põhitaotluses on saadud luba koguda kuni 4000 geenidoonori mikrobioomi proovid . S eni oleme kogunud selle uuringu raames 2510 inimese proovid. Antud jätkutaotluses me ei suurenda valmit, vaid kogume teis e ajapunkti proovid ainult nendelt inimestelt, kes on andnud mikrobioomi proovid varasemalt sama uuringu raames . Kuna meie põhiuuring kestab 2023 . aastani (luba koguda kuni 4000 geenidoonorit) , siis ei oska me hetkel öelda, kui palju lõpuks geenidoonoreid uuringuga liitub ning kui paljud nõustuvad osalema uuringus ka teises ajapunktis, kuid algset uuringuvalimit (N=4000) ei ole plaanis suurendada. 2. Kui tegemist on olemasoleva uuringu jätkutaotlusega, siis palun täiendage uuringu metoodika alusel ka taotluse P5, kus peavad olema kajastatud uuringu eesmärk ja hüpoteesid või uuringu küsimused. Praegu metoodika muutus ei kajastu uuringu eesmärkides ja pole juurde tulnud ka uuringu küsimusi. Täiendasime taotluses P5, kuhu lisasime teise ajapunkti kogumise põhjenduse (välja toodud põhitaotluses eristuva värviga). 3. Planeerite suurendada valimi mahtu, aga Te pole esitanud taotlust lisavalimi jaoks geenidoonorite tagasikodeerimiseks. Palun täiendage taotlust tagasikodeerimise infoga . Valmi maht ei suurene. Põhitaotluses on küsitud luba kaasata uuringusse 4000 geenidoonorit ning jätkutaotluses palutakse luba koguda samasuguseid andmeid uuest ajapunktist mis on ca 4-5 aastat peale esimeste proovide kogumist (küsimustikule on lisatud juurde mõned uued vaimse t tervis t puudutavad küsimused) . Seega jääb valimi suurus samaks kui on põhitaotluses ning teise ajapunkti proove küsi takse ainult nendelt inimestelt, kes on andnud proovid esimeses ajapunktis ( hetkel 2510 geenidoonorit) . Teise ajapunkti andmete kogumiseks viiakse uuesti läbi geenidoonorite tagasikodee ri mine, mis on lisatud nüüd ka põhitaotlusele. 4. Palun selgitage, millel põhinevad vaimse tervise ploki küsimused? Kas need on pandud kokku mitmest küsimustikust? Kas selline küsimustike kasutamisel tulemused on interpreteeritavad? Kas küsimustiku aluseks olevad küsimustikud on autorite poolt lubatud kasutada või vabavaralised? Vaimse tervise ploki küsimustike eesmärgiks on mõõta nii käesolevat kui ka elu jooksul esinenud vaimse tervise probleemide sümptomaatikat . Selleks kasutame kaht eri sõelküsimustikku, mis mõlemad on vabavaralised ning olnud eelnevalt juba ka kasutusel EGV vaimse tervise uuringus “Heaolu ja vaimne tervis“ ( EBINi luba 9.02.2021 nr 1.1-12/2860) ning kombineeritult võimaldavad interpreteerida vaimse tervise seoseid mikrobioomiga kahes erinevas ajaaknas (lähiminevikus/läbi elu). Esimene neist - Emotsionaalse enesetunde küsimustik (EEK-2) - mõõdab käesolevat (viimase 4 nädala) sümptomaatikat ADDIN CSL_CITATION {"citationItems":[{"id":"ITEM-1","itemData":{"DOI":"10.1080/080394899427692","ISSN":"08039488","abstract":"Anxiety and depression are dimensions of emotional state that can be validly assessed with self-report measures. This article introduces a new self-report questionnaire for depression and anxiety (Emotional State Questionnaire (EST-Q)) and presents data on its reliability and validity. The items of the EST-Q were derived from diagnostic criteria of DSM-IV and ICD-10. Thirty-three items were rated on a five-point frequency scale. The questionnaire was administered to 194 inpatients with depressive and anxiety disorders and to a population sample of 479 subjects. According to the results of factor analysis, five subscales were formed: Depression, Anxiety, Agoraphobia-Panic, Fatigue, and Insomnia. EST-Q and subscales showed acceptable internal consistency (α = 0.69-0.88). Significant differences in subscales between patients and population and across diagnostic groups confirmed the discriminant validity of the instrument. Depression, Anxiety, and Agoraphobia-Panic subscales distinguished corresponding diagnostic groups. Fatigue and Insomnia appeared to assess nonspecific psychopathology dimensions characteristic of several psychiatric disorders.","author":[{"dropping-particle":"","family":"Aluoja","given":"Anu","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Shlik","given":"Jakov","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Vasar","given":"Veiko","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Luuk","given":"Kersti","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Leinsalu","given":"Mall","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""}],"container-title":"Nordic Journal of Psychiatry","id":"ITEM-1","issue":"6","issued":{"date-parts":[["1999"]]},"page":"443-449","publisher":"Taylor &amp; Francis","title":"Development and psychometric properties of the Emotional State Questionnaire, a self-report questionnaire for depression and anxiety","type":"article-journal","volume":"53"},"uris":["http://www.mendeley.com/documents/?uuid=b6148142-38f7-3dcf-ab5a-4a4670429f2f"]}],"mendeley":{"formattedCitation":"(Aluoja et al., 1999)","plainTextFormattedCitation":"(Aluoja et al., 1999)","previouslyFormattedCitation":"(Aluoja et al., 1999)"},"properties":{"noteIndex":0},"schema":"https://github.com/citation-style-language/schema/raw/master/csl-citation.json"} (Aluoja et al., 1999) . EEK-2 on Eestis laialt kasutusel olev 28-väiteline subjektiivse enesehinnangu skaala meeleolu- ja ärevushäirete sümptomite hindamiseks. Väidete koostamisel olid lähtepunktiks vastavate häirete diagnostilised kriteeriumid (RHK-10 ja DSM-IV). Teine küsimustik, CIDI-SF baseerub CIDI kliinilise intervjuu ( The World Health Organization composite international diagnostic interview short‐form ) sõelküsimustel ning selle lühiversiooni kirjalikuks vastamiseks adapteeritud versiooni kasutatakse depressiooni, maania ja ärevushäirete elu jooksul esinemise hindamiseks ADDIN CSL_CITATION {"citationItems":[{"id":"ITEM-1","itemData":{"DOI":"10.1002/MPR.47","ISSN":"1557-0657","abstract":"Data are reported on a series of short-form (SF) screening scales of DSM-III-R psychiatric disorders developed from the World Health Organization's Composite International Diagnostic Interview (CIDI). A multi-step procedure was used to generate CIDI-SF screening scales for each of eight DSM disorders from the US National Comorbidity Survey (NCS). This procedure began with the subsample of respondents who endorsed the CIDI diagnostic stem question for a given disorder and then used a series of stepwise regression analyses to select a subset of screening questions to maximize reproduction of the full CIDI diagnosis. A small number of screening questions, between three and eight for each disorder, was found to account for the significant associations between symptom ratings and CIDI diagnoses. Summary scales made up of these symptom questions correctly classify between 77% and 100% of CIDI cases and between 94% and 99% of CIDI non-cases in the NCS depending on the diagnosis. Overall classification accuracy ranged from a low of 93% for major depressive episode to a high of over 99% for generalized anxiety disorder. Pilot testing in a nationally representative telephone survey found that the full set of CIDI-SF scales can be administered in an average of seven minutes compared to over an hour for the full CIDI. The results are quite encouraging in suggesting that diagnostic classifications made in the full CIDI can be reproduced with excellent accuracy with the CIDI-SF scales. Independent verification of this reproduction accuracy, however, is needed in a data set other than the one in which the CIDI-SF was developed. Copyright © 1998 Whurr Publishers Ltd.","author":[{"dropping-particle":"","family":"Kessler","given":"Ronald C.","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Andrews","given":"Gavin","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Mroczek","given":"Daniel","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Ustun","given":"Bedirhan","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Wittchen","given":"Hans-Ulrich","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""}],"container-title":"International Journal of Methods in Psychiatric Research","id":"ITEM-1","issue":"4","issued":{"date-parts":[["1998","11","1"]]},"page":"171-185","publisher":"John Wiley &amp; Sons, Ltd","title":"The World Health Organization Composite International Diagnostic Interview short-form (CIDI-SF)","type":"article-journal","volume":"7"},"uris":["http://www.mendeley.com/documents/?uuid=176359e0-5081-3772-8dd5-6f19bb6e3cef"]},{"id":"ITEM-2","itemData":{"DOI":"10.1186/1745-0179-4-8","ISSN":"17450179","PMID":"18402667","abstract":"Background: The Composite International Diagnostic Interview - Short Form consists of short form scales for evaluating psychiatric disorders. Also for this version training of the interviewer is required. Moreover, the confidentiality could be not adequately protected. This study focuses on the preliminary validation of a brief self-completed questionnaire which originates from the CIDI-SF. Sampling and Methods: A preliminary version was assessed for content and face validity. An intermediate version was evaluated for test-retest reliability. The final version of the questionnaire was evaluated for factor exploratory analysis, and internal consistency. Results: After the modifications by the focus groups, the questionnaire included 29 initial probe questions and 56 secondary questions. The test retest reliability weighted Kappas were acceptable to excellent for the vast majority of questions. Factor analysis revealed six factors explaining 53.6% of total variance. Cronbach's alpha was 0.89 for the questionnaire and 0.89, 0.67, 0.71, 0.71, 0.49, and 0.67, for the six factors respectively. Conclusion: The questionnaire has satisfactory reliability, and internal consistency, and might be efficient for using in community research and clinical practice. In the future, the questionnaire could be further validated (i.e., concurrent validity, discriminant validity). © 2008 Gigantesco and Morosini; licensee BioMed Central Ltd.","author":[{"dropping-particle":"","family":"Gigantesco","given":"Antonella","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Morosini","given":"Pierluigi","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""}],"container-title":"Clinical Practice and Epidemiology in Mental Health : CP &amp; EMH","id":"ITEM-2","issued":{"date-parts":[["2008","4","10"]]},"page":"8","publisher":"Bentham Science Publishers","title":"Development, reliability and factor analysis of a self-administered questionnaire which originates from the World Health Organization's Composite International Diagnostic Interview – Short Form (CIDI-SF) for assessing mental disorders","type":"article-journal","volume":"4"},"uris":["http://www.mendeley.com/documents/?uuid=a5997fb5-decb-3df3-825e-79abfb062aaf"]}],"mendeley":{"formattedCitation":"(Gigantesco &amp; Morosini, 2008; Kessler et al., 1998)","plainTextFormattedCitation":"(Gigantesco &amp; Morosini, 2008; Kessler et al., 1998)","previouslyFormattedCitation":"(Gigantesco &amp; Morosini, 2008; Kessler et al., 1998)"},"properties":{"noteIndex":0},"schema":"https://github.com/citation-style-language/schema/raw/master/csl-citation.json"} (Gigantesco &amp; Morosini, 2008; Kessler et al., 1998) . Maania episoodi elupuhust esinemist kasutame võimaliku bipolaarse häire depressioonist eristamiseks. See meetod on varem kasutusel olnud ka UK Biopanga vaimse tervise küsimustikus ADDIN CSL_CITATION {"citationItems":[{"id":"ITEM-1","itemData":{"DOI":"10.1192/BJO.2019.100","PMID":"32026800","abstract":"BACKGROUND UK Biobank is a well-characterised cohort of over 500 000 participants including genetics, environmental data and imaging. An online mental health questionnaire was designed for UK Biobank participants to expand its potential. AIMS Describe the development, implementation and results of this questionnaire. METHOD An expert working group designed the questionnaire, using established measures where possible, and consulting a patient group. Operational criteria were agreed for defining likely disorder and risk states, including lifetime depression, mania/hypomania, generalised anxiety disorder, unusual experiences and self-harm, and current post-traumatic stress and hazardous/harmful alcohol use. RESULTS A total of 157 366 completed online questionnaires were available by August 2017. Participants were aged 45-82 (53% were ≥65 years) and 57% women. Comparison of self-reported diagnosed mental disorder with a contemporary study shows a similar prevalence, despite respondents being of higher average socioeconomic status. Lifetime depression was a common finding, with 24% (37 434) of participants meeting criteria and current hazardous/harmful alcohol use criteria were met by 21% (32 602), whereas other criteria were met by less than 8% of the participants. There was extensive comorbidity among the syndromes. Mental disorders were associated with a high neuroticism score, adverse life events and long-term illness; addiction and bipolar affective disorder in particular were associated with measures of deprivation. CONCLUSIONS The UK Biobank questionnaire represents a very large mental health survey in itself, and the results presented here show high face validity, although caution is needed because of selection bias. Built into UK Biobank, these data intersect with other health data to offer unparalleled potential for crosscutting biomedical research involving mental health.","author":[{"dropping-particle":"","family":"Davis","given":"Katrina A. S.","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Coleman","given":"Jonathan R. I.","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Adams","given":"Mark","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Allen","given":"Naomi","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Breen","given":"Gerome","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Cullen","given":"Breda","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Dickens","given":"Chris","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Fox","given":"Elaine","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Graham","given":"Nick","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Holliday","given":"Jo","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Howard","given":"Louise M.","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"John","given":"Ann","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Lee","given":"William","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"McCabe","given":"Rose","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"McIntosh","given":"Andrew","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Pearsall","given":"Robert","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Smith","given":"Daniel J.","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Sudlow","given":"Cathie","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Ward","given":"Joey","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Zammit","given":"Stan","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""},{"dropping-particle":"","family":"Hotopf","given":"Matthew","non-dropping-particle":"","parse-names":false,"suffix":""}],"container-title":"BJPsych Open","id":"ITEM-1","issue":"2","issued":{"date-parts":[["2020","3"]]},"publisher":"Royal College of Psychiatrists","title":"Mental health in UK Biobank – development, implementation and results from an online questionnaire completed by 157 366 participants: a reanalysis","type":"article-journal","volume":"6"},"uris":["http://www.mendeley.com/documents/?uuid=f80feace-feee-368d-a3b2-cee8903d4dc1"]}],"mendeley":{"formattedCitation":"(Davis et al., 2020)","plainTextFormattedCitation":"(Davis et al., 2020)","previouslyFormattedCitation":"(Davis et al., 2020)"},"properties":{"noteIndex":0},"schema":"https://github.com/citation-style-language/schema/raw/master/csl-citation.json"} (Davis et al., 2020) . ADDIN Mendeley Bibliography CSL_BIBLIOGRAPHY Aluoja, A., Shlik, J., Vasar, V., Luuk, K., &amp; Leinsalu, M. (1999). Development and psychometric properties of the Emotional State Questionnaire, a self-report questionnaire for depression and anxiety. Nordic Journal of Psychiatry , 53 (6), 443–449. https://doi.org/10.1080/080394899427692 Davis, K. A. S., Coleman, J. R. I., Adams, M., Allen, N., Breen, G., Cullen, B., Dickens, C., Fox, E., Graham, N., Holliday, J., Howard, L. M., John, A., Lee, W., McCabe, R., McIntosh, A., Pearsall, R., Smith, D. J., Sudlow, C., Ward, J., … Hotopf, M. (2020). Mental health in UK Biobank – development, implementation and results from an online questionnaire completed by 157 366 participants: a reanalysis. BJPsych Open , 6 (2). https://doi.org/10.1192/BJO.2019.100 Gigantesco, A., &amp; Morosini, P. (2008). Development, reliability and factor analysis of a self-administered questionnaire which originates from the World Health Organization’s Composite International Diagnostic Interview – Short Form (CIDI-SF) for assessing mental disorders. Clinical Practice and Epidemiology in Mental Health : CP &amp; EMH , 4 , 8. https://doi.org/10.1186/1745-0179-4-8 Kessler, R. C., Andrews, G., Mroczek, D., Ustun, B., &amp; Wittchen, H.-U. (1998). The World Health Organization Composite International Diagnostic Interview short-form (CIDI-SF). International Journal of Methods in Psychiatric Research , 7 (4), 171–185. https://doi.org/10.1002/MPR.47 5. Uuringu meeskonnas ei ole vaimse tervise eksperte. Kuidas on maandatud vaimse tervise küsimuste lisandumisega seotud eetilised ja vaimse tervisega seotud riskid? Esitatud küsimuste abil on suur tõenäosus, et mõni vastanutest vajab tõsiselt eriala spetsialist abi. Sellise vajaduse eiramine uuringu meeskonna poolt ei ole kooskõlas inimuuringute eetiliste põhimõtetega. Uuringu meeskonda on lisaks kaasatud kaks vaimse tervise eksperti: psühholoogiadoktor, TÜ psühhiaatrilise genoomika kaasprofessor Kelli Lehto ( https://www.etis.ee/CV/Kelli_Lehto/eng?tabId=CV_EST ) ning psühholoogiadoktor, TÜ psühhiaatrilise g e noomika teadur Kadri Kõiv ( https://www.etis.ee/CV/Kadri_K%C3%B5iv/est ). Dr. Lehto juhib EGV psühhiaatrilise genoomika uurimisrühma ( https://genomics.ut.ee/en/research-group-neuropsychiatric-genomics ), mille liikmetel on ka kompetents kliinilises psühh o loogias (kliiniline psühholoog dr. Elis Haan, psühholoog Triinu Ojalo ) ja psühhiaatrias (dr. Med . PhD,Tuuli Sedaman ). Dr. Lehto on juhti nud EGV vaimse tervise uuringut “Heaolu ja vaimne tervis“ ( EBINi luba 9.02.2021 nr 1.1-12/2860) ja omanud kandvat rolli mitmetes laiapõhjalistes vaimse tervise uuringutes (nt. „Eesti rahvastiku vaimse tervise uuring“, 2020-2022). Kuidas on maandatud vaimse tervise küsimuste lisandumisega seotud eetilised ja vaimse tervisega seotud riskid? Käesoleva hetke vaimse tervise probleemide sümptomaatikat hindav instrument EEK-2 on oma olemuselt sõelinstrument kõrge riskiga indiviidide eristamiseks, kuid see ei ole sobilik psüühikahäirete diagnoosimiseks. CIDI küsimustik puudutab elu jooksul kogetud sümptomaatikat , mistõttu ei võimalda see instrument teha järeldusi käesoleva abivajaduse kohta. Psüühikahäire diagnoosimiseks ning abivajajale adekvaatse abi pakkumiseks on Eestis vajalik perearsti või psühhiaatri poole pöördumine. Lisaks vaimsele tervisele sisaldab uuringu küsimustik küsimusi ka mitmete somaatiliste haiguste oluliste riskifaktorite kohta (nt. pikkus ja kaal, suitsetamise staatus, alkoholi liigtarvitamine), mis võivad viidata tõsisele terviseprobleemile või olla mõne terviseprobleemi oluliseks riskiteguriks. Kuna esineb võimalus, et küsimustikku täites tekib vastajal soov oma elustiili või tervise osas mõne spetsialistiga nõu pidada, siis täiendame küsimustiku lõpposa alljärgneva soovitusega: Täname vastamast! Teie panus on teadusele oluline . Kui pärast küsimustiku täitmist soovite arutada oma elustiili, füüsilise või vaimse tervisega seotud küsimusi või soovite otsida abi mõnele oma terviseprobleemile, soovitame Teil pöörduda oma perearsti poole. Kui küsimustiku täitmise järel tunnete, et tahaksite vaimse tervise teemadel rohkem informatsiooni, külastage järgnevaid usaldusväärseid veebilehekülgi: https://peaasi.ee https://www.terviseinfo.ee/et/valdkonnad/vaimne-tervis https://lahendus.net/database 6. Soovite küsida andmeid lisaks TEHIKust – selleks on vajalik esitada EBINile ka seaduslik alus, mille abil on võimalik andmeid TEHIKust saada. Käesolevas uuringus plaanitakse analüüsida mikrobioomi mõju inimese tervisele, mida on võimalik usaldusväärselt hinnata kasutades võimalikult täpset fenotüübiandmestikku. Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti geenivaramu (EGV) on taotlenud EBIN-lt luba andmebaasi täiendamiseks tervise infosüsteemist (TIS) (EBIN otsus 14. detsember 2021 nr 1.1-12/3785). An tud teadusuuringu an dmete analüüsimis e ks soovime küsida luba kasutada geenidoonorite pse u donümiseeritud andmeid kaasuvate haiguste meditsiiniliste uuringute ja protseduuride (riiklikud sõeluuuringud) ja retseptiravimite andmebaasi alusel väljaostetud ravimite kohta. Põhitaotlusele on lisatud selgitus, milliseid andmeid soovitakse uuringus kasutada koos põhjendusega andmete kasutamise vajalikkusest. Geenidoonorite andmete saamine TEHIKust toimub Inimgeeniuuringute seaduse, geenidoonori nõusoleku ja Isikuandmete kaitse seaduse alusel. Isikuandmete kaitse seaduse § 6 lg (4) sätestab: Kui teadus- või ajaloouuring põhineb eriliiki isikuandmetel, siis kontrollib asjaomase valdkonna eetikakomitee enne käesolevas paragrahvis sätestatud tingimuste täitmist. Kui teadusvaldkonnas puudub eetikakomitee, siis kontrollib nõuete täitmist Andmekaitse Inspektsioon. Rahvusarhiivis säilitatavate isikuandmete suhtes on eetikakomitee õigused Rahvusarhiivil. Geenivaramu eesmärgid on toodud Inimgeeniuuringute seaduse (IGUS) § 3 lõikes 1: EGV eesmärk koguda teavet Eesti rahvastiku tervise ja pärilikkuse informatsiooni kohta, edendada geeniuuringute arengut ning rakendada geeniuuringute tulemused rahva tervise parandamiseks. Nende eesmärkide täitmiseks viivad geeniuurijad läbi teadusuuringuid, milleks nad vajavad võimalikult suures mahus täpseid ja ajakohaseid andmeid. TEHIKu st andmete saamiseks toimub geenidoonorite andmete depseudonüümimine IGUS § 24 lg 2 punkt 3 alusel, mille kohaselt depseudonüümimine on vastutaval töötlejal lubatud terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks ilma geenidoonoriga ühendust võtmata, kui geenidoonor ei ole keelanud tema terviseseisundi kirjelduse täiendamist, uuendamist või kontrollimist. Geenidoonorid on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, mille punkt 11 kohaselt on teda informeeritud, et ta võib anda nõusoleku geenivaramu vastutavale töötlejale saada isikuandmeid ja andmeid tema terviseseisundi kohta teistest andmekogudest ning et ta võib keelata geenivaramu vastutaval töötlejal tema kohta geenivaramus hoitavat terviseseisundi kirjeldust täiendada, uuendada ja kontrollida. Samuti on geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi punktis 12 selgitatud, et geenidoonor võib oma geenidoonoriks saamise nõusoleku igal ajal tagasi võtta. 7. Infolehte ei ole täiendatud vastavalt metoodika muudatustele ja muutuvale isikuandmete töötlemisele . Palun täiendage infolehte vastavalt, sh TEHIKust andmete küsimise osas. Täiendasime infolehte , et soovime saada andmeid TEHIKus t . Lugupidamisega Elin Org Vastutav uurija /allkirjastatud digitaalselt/ UURIMISTÖÖ AVALDUS KOOSKÕLASTUSE SAAMISEKS TARTU ÜLIKOOLI INIMUURINGUTE EETIKA KOMITEELT 1. UURI MISTÖÖ ANDMED Uuri mistöö täielik nimetus: „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ Uur i mistöö toimumiskoht : Tartu, Eesti Vabariik 2. UURIMISTÖÖ TEOSTAJAD JA UURINGUKESKUSED 2.1. Vastutav uurija ees- ja perekonnanimi: Elin Org Ph.D amet: genoomika-mikrobioomika kaasprofessor töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadres s: Riia 23b , Tartu 51010 telefon inumber : 7 374039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / 2.2. Kaastöötajad ees- ja perekonnanimi: Prof . Andres Metspalu , M.D, Ph.D amet: Direktor töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b , Tartu 5 1010 telefoninumber: 7 375066 e-post: Andres.Metspalu @ut.ee /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Lili Milani, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Helene Alavere MD, MScHS amet: Andmekogumise osakonna juhataja töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4038 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Tõnu Esko , Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Krista Fischer, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Mari-Liis Tammesoo, MScHS M.Sc amet: Bioinformaatik töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374029 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Triinu Temberg, MSc amet: Andmekoguja töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4031 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Esta Pintsaar amet: Andmekoguja töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4030 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Kreete Lüll, Ph.D amet: TÜ MRI doktorant töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4035 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Kristi Krebs, Ph.D amet: TÜ MRI doktorant töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Toomas Haller, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Maris Teder-Laving, M.Sc amet: teadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374076 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Reedik Mägi, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Jaanika Kronberg-Guzman, Ph.D amet: teadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374037 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Kertu Liis Krigul, MSc amet: doktorant töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374035 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Oliver Aasmets, MSc amet: doktorant töökoht: TÜ Genoomika Instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374042 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Tõnis Org, PhD amet: dotsent, vanemteadur töökoht: TÜMRI, TÜ Genoomika Instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 e-post: tonis [email protected] ees- ja perekonnanimi: Kaia Palm, PhD amet /töökoht 1 : juhtivteadur, OÜ Protobios amet/töökoht 2 : vanemteadur, TÜ Genoomika Instituut töökoha 1 aadress: Mäealuse 4, Tallinn töökoha 2 aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 55535773 e-post: [email protected]; [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Helena Andreson Teaduslik kraad: PhD Amet/töökoht 1: toidu mikrobioloogia dotsent Amet/töökoht 2: magistrant Töökoha1aadress: Eesti Maaülikool Töökoht 2 aadress: TÜ Arvutiteaduste Instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kristiina Muhu Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (matemaatiline statistika) Töökoht: TÜ Matemaatika ja Statistika Instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Triin Bulõgina Teaduslik kraad: - Amet: bakalaureuse tudeng (matemaatiline statistika) Töökoht: TÜ Matemaatika ja Statistika Instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kristin Liias Teaduslik kraad: - Amet: gümnaasiumi õpilane Töökoht: Kadrioru Saksa Gümnaasium e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Annabel Raudsepp Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (geenitehnoloogia) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Jennifer Neumaier Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (geenitehnoloogia) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Cheung Wai Chan Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (Science technology) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Linda Sootak Teaduslik kraad: - Amet: magistrant (geenitehnoloogia) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Valida Kazimova Teaduslik kraad:- Amet: magistrant (Science technology) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Reidar Andreson Teaduslik kraad: Ph D Amet: bioinformaatika teadur Töökoht: TÜ m olekulaar-ja rakubioloogia instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Nele Taba Teaduslik kraad: MSc Amet: spetsialist Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Madis Jaagura Teaduslik kraad: PhD Amet: järeldoktor Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Signe Altmäe Teaduslik kraad: PhD Amet: teadur Töökoht: Tervisetehnoloogiate arenduskekus AS e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kateryna Pantiukh Teaduslik kraad: MSc Amet: spetsialist Töökoht: TÜ Genoomika instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kelli Lehto Teaduslik kraad: Ph D Amet: kaasprofessor Töökoht: TÜ Genoomika Instituut e-post: [email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kadri Kõiv Teaduslik kraad: Ph D Amet: teadur Töökoht: TÜ Genoomika Instituut e-post: [email protected] 2.3. Vastutava uurija asutuse juhataja või tema kohusetäitja on uurimistöö korraldamisega nõus: Nimi Prof. Mait Metspalu , M.D, Ph.D amet: Direktor töökoht: TÜ Genoomika Insituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 375066 e-post: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Kaia Palm amet: tegevjuht töökoht: OÜ Protobios töökoha aadress : Mäealuse 4, Tallinn Phone : 55535773 Email: [email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Huijuan Guo amet: töökoht: NOVOGENE (UK) COMPANY LIMITED töökoha aadress : Cambridge Science Park, 25 Milton Road Cambridge, CB4 0FW, United Kingdom CB4 0FW tel: +44 7518548302 Tel: +440 1223628750 Email: [email protected] allkiri………………………… ees- ja perekonnanimi: Michelle Mao amet: BGI Business Development Manager töökoht: BGI TECH SOLUTIONS (HONGKONG) CO., LIMITED, töökoha aadress : 12 New Fetter Lane, London EC4A1JP, United Kingdome tel: +44 7518548302 Email: [email protected] allkiri………………………… ees- ja perekonnanimi: Yicheng Liu amet: Research PrrojectDevelopment Manager töökoht: LATVIA MGI TECH, SIA (MGI) , (Reg.no 50203081351) töökoha aadress : Lidostas Parks, Mārupe, Mārupes Novads, LV-2167, Latvia Email: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Andres Salumets amet: juhatuse liige töökoht: Tervisetehnoloogiate arenduskekus A töökoha aadress: Teaduspargi tänav 13, 50411 Tartu, Estonia Tel: +372 733 040 Email: [email protected] 3. UURIMISTÖÖ FINANTSEERIMINE Uuringut rahastatake Euroopa Regionaalarengu Fond i vahenditest ( Vabariigi Valitsuse korraldusega 347 27.10.2016 kinnitatud investeeringute kava ) (2017-2022) Personaalne uurimistoetus PUT 1371, PI Elin Org (2016-2020) Personaalne uurimistoetus EMBO3573, PI Elin Org (2018-2022) OÜ Protobios omafinantseering ja olemasolevad grantid (PRG573, Panbiora #760921) ja taotletavad uurimisgrantid (ETAG ja H2020 programmid) . Kaia Palm, UT, H2020 projekt no 810645 ja EU Regionaalarengu projekt MOBEC008. Personaalne uurimistoetus PRG1414, PI Elin Org (2022-2026) Uurimistöö üldmaksumuseks on 697 573 € , millest töötasude osakaal on 50%. Grantide vahendeid kasutakse uuringutäitjate palkade maksmiseks vastavalt asutu se kehtivatele palgaeeskirjadele ja projektiga seotud uuringute finantseerimiseks. Uuritavatele uuringus osalemis e eest kompensatsiooni ei maksta . Uuritavatele tasutakse uuringukeskusesse sõiduga seotud transpordikulud esitatud dokumentide alusel kuni 5 0 € ulatuses . 4. LÜHIÜLEVAADE SIIANI SAMAL TEEMAL LÄBIVIIDUD UURIMISTÖÖD EST Teise põlvkonna sekveneerimistehnoloogiate kasutuselevõtt on võimaldanud tuvastada miljoneid mikroo rganismie (bakterid, seened, viirused jne. ) , kes elavad meie organismis ning kelle elutegevus mängib väga olulist rolli meie tervise kujunemisel . Enamik mikroobidest elab inimese seedetraktis, kus nad täidavad mitmeid olulisi funktsioone, nagu näiteks energia omastamine toidust, sapphapete metabolism, limaskesta immuunsüsteemi regulatsioon ja soolestiku barjääri funktsiooni ja metabolismi regulatsioon 1-3 . Arvukad uuringud nii inimeste kui loommudelitega on näidanud, et meie organismis elutsevad mikroobid mõjutavad väga mitmete haiguste kulgu nagu seede elundkonna haigused 4 , metaboolsed haigused (nt. rasvumine ja diabeet ) 5 -8 , südamehaigused 9 -1 0 , neuroloogilised haigused 11-12 , autoimmuunhaigused 13 ja kasvajad 14 . Toitumine on peamiseks inimese soolestiku mikrobiootat mõjutavaks faktoriks 15 -1 7 . Näiteks arvatakse, et järsud muutused Lääne ühiskonna toitumisharjumustes on põhilised metaboolsete haiguste (rasvumine ja diabeet) kui ka erinevate toiduallergiate kiire kasvu mõjutegurid 18 . Samuti on viimastel aastakümnetel sagedane antibiootikumide kasutamine mõjutanud meie mikrobioomi liigilist koosseisu ning seeläbi ka metabolismi 19 . Antud projekti üheks eesmärgiks on uurida soolestiku mikrobioomi ja erinevate haiguste vahelisi seoseid, keskendudes mitmetele faktoritele, mis mõjutavad mikrobioomi kooslust nagu keskkond, elustiil (toit), vanus, sugu, pärilikkus ja tervislik seisund. Mikrobioomi andmete lisamine kombineeritud analüüsidesse, kus võetakse arvesse indiviidi elustiili ja keskkonnafaktoreid ning erinevaid genoomika (DNA, transkritoom, proteoom, metaboloom) andmeid, võimaldab leida paremaid viise haiguste ennetamiseks ja raviks. Lisaks mõjutavad suu ja soolestiku mikroobid ka ravimite metabolismi, mängides rolli nii ravimite efektiivsuse kui ka toksilisuse juures 20 -2 2 . Farmakogenoomilistes teadusuuringutes on viimastel aastatel toimunud suur läbimurre, kus ravimi toimemehhanismide uurimisel võetakse aluseks indivi idide geneetiline varieeruvus. Hoolimata selle st on indiviididevaheline varieeruvus ravimite metaboliseerimisel ja nende toksilisus endiselt suureks probleemiks. Soolestiku mikroobidel võib olla märkimisväärne roll ravimite talumises ja toimemehhanismis, kuid selliseid uurimistöid on tehtud hetkel väga väheste ravimitega. Näiteks on teise tüübi diabeedi ravimi metformiini kasutamisel näidatud muutusi soolestiku mikro biaalses koosseisus, kuid teadmata on veel täpsed toimemehhanismid 2 3 Eesti Geenivaramu andmestik võimaldab uurida mikrobioomi osalust erinevate ravimite metabolismis. Kasutades Eesti Haigekassa ja e-Tervise andmeid ravimi te kasutamise ja kõrvaltoimete kohta võimaldab Eesti Geenivaramu andmestik leida ravimitest tingitud kõrvaltoimete ja mikrobioomi vahelisi seo seid. Olemasolev geneetiline and mestik võimadab leida ka teadaolevate ravimite metabolismis osalevate geenide farmakogeneetiliste markerite ja mikrobioomi vahelisi seoseid. K ombineerides mikrobioomi analüüsi inimese geneetilise varieeruvusega on võimalik leida uusi haiguste tekkemehhanisme ning saada ulatuslikumat ülevaadet ravimite metabolismi ja taluvuse kohta . 5. KAVANDATAVA UURIMISTÖÖ EESMÄRK, KOKKUVÕTE JA PÕHJENDUS Antud projekti eesmärk on välja selgitada geenidoonorite suu ja soolestiku mikroobikoosluse seose i d nende tervisenäitajatega, mikrobioota rolli erinevate haiguste kujune misel ja ravimite metabolismis ja taluvuses. Käesoleva projekti raames plaanitakse tagasi kutsuda kuni 4 000 geenidoonorit, kellelt kogutakse teise ajapunkti terviseandmed, määratakse verest metaboliitide kontsentratsioon id ning võetakse lisaks proovid suu ja soolestiku mikroobide määramiseks. Uurimistöö käigus määratakse geenidoonorite suus ja soolestikus olevate mikroobide liigi line ja funktsionaalne profiil. Mikrobioomi andmed kombineeritakse mitmetasandilise geneetilise informatsiooniga, kuhu kuuluvad andmed geno omi varieeruvuse, transkriptoomi ja proteoomi taseme te ning metaboloomi kohta nii erinevate komplekshaigustega ( haigus ed, mida põhjustab kombinatsioon geneetilistest, keskkonna- ja elustiiliteguritest) patsientide kui ka tervete uuritavate korral. Samuti vaadatakse mikrobioomi seoseid ra vimite manustamise varieeruvuse ja taluvusega , kus kombineeritakse uuritava genoomis teadaolevad ravimite toimet põhjustavad geneetilised varie eruvused mikrobioomi andmete ga. Viimaste aastate uurimistööd on näidanud selgelt suu ja soolestiku mikroobide olulist rolli nii erinevate haiguste kujunemisel kui ka ravimite metabolismis. Andmete analüüsimiseks küsitakse luba kasutada geenidoonorite tervise hindamiseks andmeid Geenivaramu andmekogust, kus asuvad Tervise infosüsteemiga lingitud andmed. Iga uuringus osalenund geenidoonori kohta soovi takse infot kaasuvate haiguste (RHK-10 koodid) ja retseptiravimite andmebaasi alusel väljaostetud ravimite (ATC koodide alusel) kohta. Antud uurimistöö käigus laiendatakse Eesti Geenivaramu valmit mikrobioomi andmetega, mi s võimaldab lisaks inimese genoomi uurimisele võtta arvesse tervise hindamiseks ka meie organismis elutsevate mikroobide elutegevuse. Selline mitmetahuline analüüs annab võimaluse leida uus haiguste tekkemehhanisme, avastada uusi markereid, mis aitaksid diagnoosida haigusi juba nende varajases staadiumis ning samuti uurida mikrobioomi olulisust ravimite toimele. Sellisel tasemel kompleksseid uuringuid populatsioonipõhises kohordis pole varem läbi viidud. Uuringus kogutud mikrobioomi andmete analüüsid näitasid, et erinevad elustiili ja keskkonna faktorid ning inimese tervislik seisund (haigused, ravimite tarbimine) omavad väga olulist mõju geenidoonorite soolestiku mikrobioomi varieeruvusele. Kuna mikrobioomi kooslus muutub kogu eluea vältel ning nagu meie analüüs näitasa, mõjutavad seda väga paljud erinevad faktorid, siis on väga oluline jälgida mikrobioomi muutusi ajas pikemalt ning koguda andmed erinevatest ajapunktidest. Erinevatest ajapunktidest kogutud andmed annavad võimaluse hinnata geenidoonorite mikrobioomi muutusi koos tervise muutustega ning hinnata mikrobioomi mõju haiguste kujunemisele ja/või ravimite toimele. Meie käimasoleva uurimistöö üheks oluliseks uurimisküsimuseks edaspidi on välja selgitada, milline on soolestiku ja suu mikrobioomi mõju haigusriskide hindamisel. Riskimudelite välja töötamiseks on meil vaja jälgida mikrobioomi muutusi ajas ning neid analüüsida koos inimese elustiili ja terviseparameetritega. Selleks soovime oma käimasolevat uuringut täiendada teisest ajapunktist kogutud proovidega. Erinevatest ajapunktidest kogutud andmed võimaldavad hinnata, mis mõjutab mikrobioomi muutust ajas ning kuidas neid muutusi on võimalik rakendada haigusriskide või ravimite toime hindamisel. 6. UURIMISTÖÖ T EOSTAMISE AEG Algus: Veebruar 2017 , lõpp: 31. d etsember 202 6 . 7. UURITAVATE JA NENDE VÄRBAMISVIISI TÄPNE KIRJELDUS Valimi koostamine Valimi aluseks on Eesti Geenivaramu (edaspidi EGV) andmebaasis olevad geenidoonorid (edaspidi GD ) , kes on EGV-ga liitunud ajavahemikul 2007-2010. Nende hulgast koostatakse juhuvalim 4 000 GD-st , kellega rekontakteerutakse kirja teel ning pakutakse võimalust osaleda uuringus. Uuringus osalemise kutse saadetakse 4000 GD-le arvestusega, et eeldatav vastamismäär on vähemalt 50%. Valimi koostamisel toimub k ohandamine vanusele, soole, sünnikohale (maakonna tasandil) . Väljalü litamise kriteeriumiks on muu rahvus kui eestlane, kuna selles populatsioonipõhises teadustöös uuritakse eestlasi. Kirju ei saadeta GD-le , kes on keelanud oma andmete täiendamise . Nimetatud GD-te valimist eemaldamiseks kontrollitakse valimi nimekirja andmete täiendamist keelanute andmebaasiga. Surnud geenidoonoritele kutsete saatmise vältimiseks kasutatakse Rahvastikuregistri linkimise andmeid. Rahvastikuregistriga linkimised toimuvad igal aastal märtsis ning uus linkimine on plaanis enne kirjade saatmist geenidoonoritele. Geenidoonorite andmete tagasikodeerimise taotlus Antud uurimustöö raames toimub GD-te andmete tagasikodeerimine, m illeks palume TÜ Inimuuringute e etika k omitee kooskõlastust. Tagasikodeerimine toimub GD-te kontaktandmete saamiseks. Uuritavad isikud on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, millega GD-d on andnud nõusoleku oma andmete täiendamiseks. GD-ks saamise nõusoleku vorm ning selle täitmise ja säilitamise kord on sätestatud Sotsiaalministri 2001. a. 17. detsembri määrusega nr. 125. GD-te kontaktandmed on saadud tagasikodeerimise käigus. Inimgeeniuuringute seaduse (I GUS) §24 lõige (2) punkt 4 kohaselt on tagasikodeerimine lubatud vastutava töötleja ettepanekul ja eetikakomitee nõusolekul geenidoonori tuvastamiseks, temaga ühenduse võtmiseks ning tema kirjalikul nõusolekul terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks. Uuringusse ei kaasata geenidoonoreid, kes on keelanud oma andmete täiendamise, uuendamise ja kontrollimise. Teise ajapunkti andmete kogumiseks viiakse uuesti läbi geenidoonorite tagasikodeerimine, mis toimub samasuguse protokolli alusel nagu toimus esimese ajapunkti proovide kogumine ning milleks palutakse nõusolekut Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogult. Kutse saadetakse GD-le kas nimelise kirjaga posti teel või e-posti teel, kui on olemas emaili aadress . Kiri märgistatakse tähisega „Isiklik“. Postiseaduse § 33 lõige (1) kohaselt on postisaladus postisaadetise sisu ja konkreetse isiku postikäivet puudutav informatsioon ning sama seaduse lõige (2) sätestab, et postiteenuse osutaja, tema töötaja ja postiteenuse osutajat juhtima õigustatud isik peavad hoidma postisaladust nii teenuse osutamise ajal kui ka pärast seda. GD-le saadetav kiri sisaldab infokirja GD-le (lisa 1) , väljaheite kogumise katsuti koos juhendiga ja küsimustik kodus täitmiseks (lisa 3 ). Mittevastanutele on kavas saata meeldetuletavad kirjad, mille sisu on analoogne esimese kirja omaga. Kutseid saadab ning vastuseid ja vastuvõtuaegu registreerib selleks volitatud isik. Isikustatud andmeid hoitakse kodeerimiskeskuses. P ärast kirja saamist võ tavad GD-d ühendust EGV-ga kas telefoni , SMS -i või e lektronkirja teel , seejärel lepitakse kokku vastuvõtuaeg andmekoguja juurde. Andmekogumise protseduur viiakse läbi EGV andmekogumiskabinettides ning on analoogne EGV põhiandmekogumise käigus teostatavate toimingutega, mida reguleerivad EGV andmekogumise protseduurijuhendid. Uuringu käigus võetakse geenidoonorilt 5 0 ml veeniverd, milleks kasutatakse ühekordse id vahendeid. Korduv vereproovi võtmine toimub biokeemiliste markerite (metaboliitide) määramiseks vereplasmast . Lisaks võetakse GD suu mikrobioomi proov ja väljaheite proov (roojaproov) , et hinnata suu ja soolestiku mikroobiline koostis ja funktsionaalne roll. Korduva v ereproovi , suu limaskesta kaape ja väljaheiteproovi võtmiseks annab geenidoonor kirjaliku nõusoleku allkirjastades nõusolekuvormi ( l isa 2 ). 8. UURIMISMETOODIKA TÄPNE KIRJELDUS Uuring toimub EGV - s ning selle käigus kogutakse andmed kuni 4 000 eestlase suu ja soolestiku mikrobioomi profiili ja funktsio oni kohta ning seostatakse kogutud andmeid inimese genoomi ja metaboloomika andmetega. EGV andmekabinettides vii akse lä bi geenidoonorite taasküsitlemin e ja koe ning suu mikrobioomi proovide kogum in e ja esma ne töötlemin e. Soolestiku mikrobioomiproov (väljaheite proov) saadetakse EGVsse spetsiaalses katsutis postiga, kasutades makstud vastusega ümbrikut. Antud uuringu andmekogumis e protseduur on analoog ne esmakordselt geenidoonoriks saamise ga . Uuringus osalemiseks allkirjastavad GD -d Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku lehe ( l isa 2 ). Suu ja väljaheite proovidest eraldatakse bakteriaalne DNA, mis sekveneeritakse kasutades kas 16S rRNA varieeruvaid piirkondi või kogu genoomi sekveneerimist (metagenoomika). Sekveneerimisel kasutatakse Illumina tehnoloogiaid (MiSeq või HiSeq 2500 sekvenaatoreid) . Bakterigenoomide sekveneerimisanalüüs planeeritakse läbi viia firma des BGI TECH SOLUTIONS harufirmas LATVIA MGI TECH, SIA (MGI) ( Dr. Yicheng Liu ) ja Novogene ( Dr. Ruiqiang Li ), mõlemas uurimisasutuses on olemas selliste analüüside tegemise võimekus. Proovide väljasaatmiseks väljaspool Eesti Vabariigi territooriumi taotletakse eraldi luba Tartu Ülikooli senatist. Väljastatakse uuringu raames kogutud iga geenidoonori (N=4000) k ohta süljeproov (à 500µl), väljaheite proov (à 500mg) , bakterite DNA proov (à 2 µg). Sülje ja väljaheiteproovist eraldatakse bakteriaalne DNA, millega tehakse sekveneerimisanalüüs. Saadud tulemuste edasine analüüsimine toimub Eestis. Seetõttu uurijaid välismaalt ei kaasata. Fenotüübi andmeid ei väljastata, kõik analüüside tulemused säilitatakse üksnes TÜ EGV andmebaasides ning kogu protsessist ülejääv bioloogilise materjali ülejääk kas saadetakse TÜ EGVsse tagasi, või hävitatakse. Analüüsiks kasutakse vabalt kättesaadavaid tarkvaraprogramme nagu QIIME ja MOTHUR. Lisaks mikroobide liigilise koosseisu määramisele, hinnatakse mikroobide funktsionaalne profiil, kasutades kas 16S rRNA-l põhinevat PICRUST algoritmi või kogu genoomi sekveneerimist. Igale GD-le koostatakse kataloog suus ja soolestikus esinevate mikroobidest ning esinevate mikroorganismide funktsioonidest. Mikrobioomi ja tervisenäitajate hindamisel kasutatakse erinevaid vabavarana saadaolevaid tarkvara pakette nagu Vegan , MaAsLin , Stamp, LefSe, Plink . Lisaks määratakse uuritavate vereproovist metaboliitide koosseis. Mikroobide ja metaboliitide vaheliste seoste hindamiseks kasutame ka võrgustiku ( network ) analüüsi (WGCNA mudel). Selline mitmetahuline analüüs annab võimaluse leida nii üksikuid mikroob-metaboliit vahelisi seoseid kui ka kompleksseid võrgustikke ja radasid. Antud projekti raames on EGV-s plaanis analüüsida lisaks uurimistöö käigus saadud mikrobioomi andmetele ka varasemates uuringutes teostatud DNA sekveneerimise ja genotüpiseerimise, transkriptoomi, proteoomika, epigeneetika andmeid ning teostataks bioinformaatilisi analüüse kasutades süsteemibioloogia meetodeid. Selliste analüüside käigus proovitakse leida uusi biomarkereid erinevate haiguste tuvastamiseks ja ravi edukuse jälgimiseks. Uuringu käigus kogutud plasmaproovides t (seisuga september 2020 on kogutud proovid 2500 geenidoonorilt) on plaanis määrata antikeha epitoopide profiil kasutades mimotoop-variatsiooni analüüsi (MVA, immunoprofileerimine) meetodit. Lühidalt, ühes MVA analüüsis kasutatakse 2.5ul plasmat, mis inkubeeritakse juhuvalikuga peptiidi M13 faagidisplei raamatukoguga. Seejärel faag-antikeha kompleksid püütakse proteiin G-kattelistele magnetkerakestele. Mitteseondunud faagid eemaldatakse korduvpesudega, seondunud fraktsioon lüüsitakse, DNA amplifitseeritakse ning peptiidsed järjestused tuvastatakse kasutades faagi DNA sekveneerimiseks Illumina HiSeq meetodit. Saadud peptiidide andmestikust valitakse statistilisi meetodeid kasutades välja parimad kontroll- ja katserühma eristavad epitoobid spetsiifilisuse ja sensitiivsuse väärtuste kriteeriumi alusel ning neid analüüsitakse edasiselt järgnevas valideerimise protsessis erinevate immuunanalüüsi meetoditega, sh peptiidikiip (vajadusel ELISA või Western blot analüüs 24 . Seerumis leiduvate antikehade valideerimiseks peptiidikiibi meetodil peptiidid või faagid prinditakse, lisatakse peptiidikiibile lahjendatud plasma ning inkubeeritakse üleöö. Tris- puhverdatud soolalahuse (TBS) pesude järgselt lisatakse märgisega konjugeeritud inimese Ig vastased sekundaarsed antikehad. Inkubatsiooni järel pestakse kiipi TBS-i ja veega, lastakse kuivada, skaneeritakse ning tulemused analüüsitakse vastavate pildi töötlusprogrammidega. Valideerimiseks kasutatavad peptiidsed või valgulised antigeenid kas sünteesitakse või saadakse a) rekombinantseid meetodeid kasutades; b) kommertsiaalsetest allikatest. Kõik laboris teostatavad katsed toimuvad vastavalt laboris eelnevalt välja töötatud protokollidele ehk SOP-dele ( standard operating procedur es). Immunoprofileerimisega seotud töödeks plaanitakse kasutada kuni 200ul plasmat. Töö eksperimentaalne teostamine ja saadud tulemuste analüüsimine toimub Eestis. Fenotüübi andmeid ei väljastata, kõik analüüside tulemused säilitatakse üksnes TÜ EGV andmebaasides ning kogu protsessist ülejääv bioloogilise materjali ülejääk kas saadetakse TÜ EGVsse tagasi, või hävitatakse. Kuna mikrobioomi kooslus muutub kogu eluea vältel ning seda mõjutavad väga paljud erinevad faktorid, siis on väga oluline jälgida mikrobioomi muutusi ajas pikemalt ning koguda andmed erinevatest ajapunktidest. See annaks võimaluse hinnata geenidoonorite mikrobioomi muutusi koos tervise muutustega ning hinnata mikrobioomi mõju näiteks haiguste kujunemisel ja/või ravimite tarbimisel. Üheks oluliseks uurimisküsimuseks oleks välja selgitada, milline on soolestiku ja suu mikrobioomi mõju haigusriskide hindamisel. Riskimudelite välja töötamiseks oleks vajalik meil jälgida mikrobioomi muutusi ajas ning neid analüüsida koos inimese elustiili ja terviseparameetritega. Seetõttu soovime koguda uuringus juba osalenud geenidoonoritelt lisaks proovid veel ühest andmepunktist. Kogutakse täpselt samad proovid, mis esialgu: suu limaskesta kaape proov, väljaheite proovi soolestiku mikroobide määramiseks ning 1 vereproov (50 mL) vereplasmast metaboliitide määramiseks . Uuringut plaanitakse läbi viia arvestusega, et teise ajapunkti proovid oleksid kogutud vähemalt 4 aastat peale esimese ajapunkti kogmist (esimeste proovide kogumisega alustati 2017 aasta sügisel). Uuringus osalenud geenidoonorile saadetakse elektronkirjaga Uuringu infokiri ( l isa 4), milles kutsutakse geenidoonorit osalema uuesti „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ teadusuuringus, mille raames soovitakse koguda proovid teisest ajapunktis. Kutses selgitatakse vajadust teise andmepunkti proovide kogumiseks. Uuringus osalemiseks palutakse geenidoonoril ( GD ) minna https://geenidoonor.ee lehele ning sisse logida „ Mikrobioomi uuringute“ keskkonda, kus on võimalik allkirjastada uuringus osalemiseks nõusoleku vorm (lisa 5). Nõusoleku vormis palume geenidoonorite täpsustada oma kontaktandmeid (e-posti ja postiaadress), et saaksime neile saata proovi kogumise katsuti ning vajadusel ühendust võtta. Peale nõusoleku andmist saadetakse GD-tele koju väljaheite proovi võtmise juhend ja kogumise katsuti ning registreeritakse veebis vastuvõtu aeg Geenivaramu andmekogumise kabinetti. Lisaks proovide kogumisele palutakse uuringus osalejatel täita uuesti uuringus varem kasutatud veebipõhine uuringuküsimustik, mis võimaldab hinnata GD-te elustiili ja tervist teises ajapunktis (lisa 3 ) . Meie esimese ajapunkti andmete analüüs näitas, et nii vaimse tervisega seotud haigused kui ka antidepressantide kasutamine mõjutavad oluliselt soolestiku mikrobioomi. Kuna viimased 4 aastat on olnud inimestele väga keeruline aeg (koroona epideemia jt. tegurid), mis võivad avaldada olulist mõju vaimsele tervisele, siis sooviksime teises ajapunktis lisada oma uuringu küsimustikule juurde ka küsimused (lisa 3; küsimustiku blokid nr 31-33 ) , mis võimal daks täpsemini hinn ata geenidoonorite heaolu ja vaimset tervist samas ajapunktis kogutud mikrobioomi proovidega. Vaime tervise ja heaolu hindamiseks kasutatakse EEK2 instrumenti ning CIDI intervjuul baseeruvaid skriiningküsimusi elu jooksul esinenud vaimse tervise probleemide hindamiseks . K üsimustik u täitmine võtab aega umbes 30 minutit. Uues ajapunktis kogutud proovide kogumine, t öötlemine ning analüüs toimub nagu on kirjedatud põhitaotluses. Lisas soovime kasutada ka TÜ Eesti Geenivaramus läbi viidud vaimse tervise uuringu “Heaolu ja vaimne tervis“ ( EBINi luba 9.02.2021 nr 1.1-12/2860) andmeid, mis kombineeritult võimaldavad interpreteerida vaimse tervise seoseid mikrobioomiga kahes erinevas ajaaknas (lähiminevikus/läbi elu). Käesolevas uuringus plaanitakse analüüsida mikrobioomi mõju inimese tervisele, mida on võimalik usaldusväärselt hinnata kasutades võimalikult täpset fenotüübiandmestikku. Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti geenivaramu (EGV) on taotlenud EBIN-lt luba andmebaasi täiendamiseks tervise infosüsteemist (TIS) (EBIN otsus 14. detsember 2021 nr 1.1-12/3785). Antud teadusuuringu andmete analüüsimiseks soovime küsida luba kasutada geenidoonorite pseudonümiseeritud andmeid kaasuvate haiguste meditsiiniliste uuringute ja protseduuride (riiklikud sõeluuuringud) ja retseptiravimite andmebaasi alusel väljaostetud ravimite kohta. Geenidoonorite andmete saamine TEHIKust toimub Inimgeeniuuringute seaduse, geenidoonori nõusoleku ja Isikuandmete kaitse seaduse alusel. Isikuandmete kaitse seaduse § 6 lg (4) sätestab: Kui teadus- või ajaloouuring põhineb eriliiki isikuandmetel, siis kontrollib asjaomase valdkonna eetikakomitee enne käesolevas paragrahvis sätestatud tingimuste täitmist. Kui teadusvaldkonnas puudub eetikakomitee, siis kontrollib nõuete täitmist Andmekaitse Inspektsioon. Rahvusarhiivis säilitatavate isikuandmete suhtes on eetikakomitee õigused Rahvusarhiivil. Geenivaramu eesmärgid on toodud Inimgeeniuuringute seaduse (IGUS) § 3 lõikes 1: EGV eesmärk koguda teavet Eesti rahvastiku tervise ja pärilikkuse informatsiooni kohta, edendada geeniuuringute arengut ning rakendada geeniuuringute tulemused rahva tervise parandamiseks. Nende eesmärkide täitmiseks viivad geeniuurijad läbi teadusuuringuid, milleks nad vajavad võimalikult suures mahus täpseid ja ajakohaseid andmeid. TEHIKust andmete saamiseks toimub geenidoonorite andmete depseudonüümimine IGUS § 24 lg 2 punkt 3 alusel, mille kohaselt depseudonüümimine on vastutaval töötlejal lubatud terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks ilma geenidoonoriga ühendust võtmata, kui geenidoonor ei ole keelanud tema terviseseisundi kirjelduse täiendamist, uuendamist või kontrollimist. Geenidoonorid on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, mille punkt 11 kohaselt on teda informeeritud, et ta võib anda nõusoleku geenivaramu vastutavale töötlejale saada isikuandmeid ja andmeid tema terviseseisundi kohta teistest andmekogudest ning et ta võib keelata geenivaramu vastutaval töötlejal tema kohta geenivaramus hoitavat terviseseisundi kirjeldust täiendada, uuendada ja kontrollida. Samuti on geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi punktis 12 selgitatud, et geenidoonor võib oma geenidoonoriks saamise nõusoleku igal ajal tagasi võtta. 9. UURIMISTÖÖ EETILISTE ASPEKTIDE KIRJELDUS A nalüüsitavad koeproovid on loovutanud isikud, kes on vabatahtlikkuse alusel hakanud TÜ EGV geenidoonoriks. Uuringus osalemine on vabatahtlik. Osaleda soovijatele on antud võimalus saada eelnevalt lisainformatsiooni uuringu tingimuste ja eesmärkide kohta. Uuringu kasud: Uurimistöö tulemusena loodame tuvastada mikrobioomi seoseid tervisenäitajate ja pärilikkusega, mis võiks aidata avastada uusi haiguste tekkemehhanisme. Samuti uurime mikrobioobi seost ravimite metabolismiga, mis võimaldab saada ulatuslikumalt ülevaadet ravimite metabolismist ja taluvusest. Selliste mehhanismide täpsem tundmine võimaldab anda soovitusi elustiili muutmiseks vastavalt inimese mikrobioomi ja geneetilisele omapärale. Kuna mikrobioomi mõjutavad väga paljude erinevad faktorid (k.a. inimese elustiil, tervislik seisund, ravimid jne), siis on oluline koguda mikrobioomi andmeid ajas, erinevatest ajapunktidest. Käesolevas uuringus soovime koguda mikrobioomi proove ka teises ajapunktis, mis on võetud umbes 4-5 aastat peale esimeste proovide kogumist. Mitmest ajapunktist kogutavad mikrobioomi ja elustiili ning tervist hindavad andmed võimaldavad hinnata mikrobioomi mõju tervise kujunemisel pikemalt ajas ning välja töötada haigusriski hindavaid mudeleid. Käeoleva uuringu tulemuste kohta GD-le personaalset tagasisidet ei anta, kuna kogutavad andmed on aluseks edasistele uuringutele ning seoste leidmine geeniandmete, tervise ja mikrobioomi vahel ongi käesoleva uuringu eesmärk. Kaudset kasu saavad aga kõik GD-d, sest uurimistöö tulemusena saadakse uut teavet ning tagasiside andmis e l GD-le on see väärtuslikuks lisainformatsiooniks. Uuringu riskid: Isikuandmete turvaline käitlemine antud uuringu käigus on tagatud EGV-s kasutusel olevate isikuandmete kaitse meetmetega ja infotehnoloogiliste lahendustega. Need on kasutusel olnud alates EGV andmekogumise algusest ning pidevalt täienenud. EGV-s on kõik andmekogumise protseduurid kirjeldatud ning neid järgitakse rangelt. Biomaterjali kogumisega seotud riskide vähendamiseks on kasutusel ainult ühekordsed materjalid ning vereproovide kogumist viivad läbi kogenud andmekogujad. 9.1 Uurimistöö andmekaitse aspektid Uurimistöös kasutatakse varem TÜ EGVga liitunud geenidoonorite andmeid, mis on pseudonüümitud. Tagasikodeerimist võimaldavad koodid ning isikuandmed paiknevad kodeerimiskeskuses, mis on kõrgeima turvalisusastmega ala EGVs. Tagasikodeerimist teostab EGV töötaja, kellele on EGV direktori käskkirja alusel antud õigus isikustatud andmete töötlemiseks. Andmekogumise protseduur viiakse läbi EGV andmekogumiskabinetis juhindudes EGV andmekogumise protseduurijuhenditest. Kutseid ei saadeta geenidoonoritele, kes on keelanud oma andmete täiendamise. Uurijad töötavad eranditult vaid anonüümsete andmetega 10. TEAVE SAMA PROJEKTI VARASEMAST VÕI SAMAAEGSETEST HINDAMISTEST VÕI HEAKSKIITMISTEST MUJAL Ei ole. 11 . LISAD: Infokiri geenidoonorile Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku leht Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku leht_teine ajapunkt Küsimustik Uuringu läbiviijate CV-d KASUTATUD KIRJANDUS Tremaroli, V. &amp; Bäckhed, F. Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism. Nature 489, 242–9 (2012). Round, J. L. &amp; Mazmanian, S. K. The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nat. Rev. Immunol. 9, 313–23 (2009). Ridlon, J. M., Kang, D. J., Hylemon, P. B. &amp; Bajaj, J. S. Bile acids and the gut microbiome. Curr. Opin. Gastroenterol. 30, 332–8 (2014). Palm, N.W. et al. Immunoglobulin A coating identifies colitogenic bacteria in inflammatory bowel disease. Cell 158 , 1000–1010,(2014) Karlsson, F., Tremaroli, V., Nielsen, J. &amp; Bäckhed, F. Assessing the human gut microbiota in metabolic diseases. Diabetes 62, 3341–9 (2013). Qin, J. mfl. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature 490, 55–60 (2012). Karlsson, F. H. mfl. Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control. Nature 498, 99–103 (2013). Org, E. mfl. Genetic and environmental control of host-gut microbiota interactions. Genome Res. 25, 1558–69 (2015). Wang, Z. mfl. Gut flora metabolism of phosphatidylcholine promotes cardiovascular disease. Nature 472, 57–63 (2011). Tang, W. H. W. mfl. Intestinal microbiota-dependent phosphatidylcholine metabolites, diastolic dysfunction, and adverse clinical outcomes in chronic systolic heart failure. J. Card. Fail. 21, 91–6 (2015). Mayer, E.A., Knight, R., Mazmanian, S.K., Cryan, J.F., Tillisch, K.. Gut microbes and the brain: paradigm shift in neuroscience. J. Neurosci. Off. J. Soc. Neurosci. 34 , 15490–15496. (2014) Sampson, T.R., Mazmanian, S.K. Control of brain development, function, and behavior by the microbiome. Cell Host Microbe 17 , 565–576 (2015). Vaahtovuo J, Munukka E, Korkeamaki M, Luukkainen R, Toivanen P. Fecal microbiota in early rheumatoid arthritis. J Rheumatol 35 :1500–1505 (2008). Wroblewski LE, Peek RM, Coburn LA. The Role of the Microbiome in Gastrointestinal Cancer. Gastroenterol Clin North Am.(2016) Parks, B. W. mfl. Genetic control of obesity and gut microbiota composition in response to high-fat, high-sucrose diet in mice. Cell Metab. 17, 141–152 (2013). David, L. A. mfl. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature 505, 559–63 (2014). Wu, G. D. mfl. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes. Science 334, 105–8. (2011) Tan J, McKenzie C, Vuillermin PJ, Goverse G, Vinuesa CG, Mebius RE, Macia L, Mackay CR. Dietary Fiber and Bacterial SCFA Enhance Oral Tolerance and Protect against Food Allergy through Diverse Cellular Pathways. Cell Rep . Jun 21 ;15(12):2809-24.(2016) Simone Becattini, Ying Taur, Eric G. Pamer. Antibiotic-Induced Changes in the Intestinal Microbiota and Disease. Trends Mol Med. Jun; 22 (6): 458–478. (2016) Spanogiannopoulos, P., Bess, E. N., Carmody, R. N. &amp; Turnbaugh, P. J. The microbial pharmacists within us: a metagenomic view of xenobiotic metabolism. Nat. Rev. Microbiol. Apr;14(5):273-87 , (2016). Haiser, H. J., Seim, K. L., Balskus, E. P. &amp; Turnbaugh, P. J. Mechanistic insight into digoxin inactivation by Eggerthella lenta augments our understanding of its pharmacokinetics. Gut Microbes 5, 233–238 (2014). Haiser, H. J. &amp; Turnbaugh, P. J. Is it time for a metagenomic basis of therapeutics? Science 336, 1253–5 (2012) McCreight, L. J., Bailey, C. J. &amp; Pearson, E. R. Metformin and the gastrointestinal tract. Diabetologia 59, 426–35 (2016) Lisa 3 UURINGU NIMETUS: „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ T äiendav küsimustik tervise ja mikroobikoosluse vaheliste seoste uurimiseks Uuritava kood: Täitmise kuupäev: Sugu: Palun tehke oma valik pakutud vastusevariantide hulgast ja tõmmake sobivate vastuste tähistele ring ümber Kas Te tarvitate multivitamiine? Jah Ei Kui tihti Te tarvitate kompleks B vitamiine, folaati, foolhapet? Mitte kunagi Harva (vahel harva/mõned korrad kuus) Aeg-ajalt (1-2 korda nädalas) Regulaarselt (3-5 korda nädalas) Igapäevaselt Kui tihti Te tarvitate D vitamiini? Mitte kunagi Harva (vahel harva/mõned korrad kuus) Aeg-ajalt (1-2 korda nädalas) Regulaarselt (3-5 korda nädalas) Igapäevaselt Kas Te tarvitate probiootikume ? Mitte kunagi Harva (mõned korrad kuus) Vahel (1-2 x nädalas) Tihti (3-4 x nädalas) Igapäevaselt Kui tihti Te sõite viimasel nädalal järgmisi toite ? Kui viimane nädal erineb toitumise osas oluliselt tavalisest , siis palun valige nädal , mis vastab Teie tavapärasele elustiilile . Mitte kordagi 1 päeval 2 päeval 3 päeval 4 päeval 5 päeval 6 päeval 7 päeval Kartul Riis, makaronid Pudrud Müslid , helbed Leib Sai ja saiatooted Piim Keefir , pett , hapupiim , hapukoor , kodujuust Jogurt Kohupiim , kohukesed Kala Punane liha ( nt veise , sea, lamba ) Valge liha ( linnu nt kana, küüliku ) Lihaproduktid ( vorstid,viinerid ) Värske juurvili Keedetud juurvili Värsked puuviljad , marjad Kompotid , keedised Maiustused Karastusjoogid Munad Eeltöödeldud toit ( nt praetud , küpsetatud , ahjus valmistatud ) Kas toidu valimisel eelistate teadlikult mahetooteid tavatoodetele ( mahetoit on kas ökomärgisega toode või toode , mis on pärit mahetootmise printsiipe järgivalt tootjalt või teie enda kasvatud )? Jah Ei Ei tea Kas Teil on diagnoositud laktoositalumatus ? Jah Ei Kas T e ole te tundlik teraviljavalgu ( gluteeni ) suhtes ? Mul on diagnoositud tsöliaakia Mul on diagnoositud gluteeni vastu allerg i a ( ve rest määratud IgG tüüpi antikeha d ), kuid pole diagnoositud tsöliaakiat Ma ei tarvita toidu aineid, milles on gluteen, kuna ma ei tunne ennast hästi neid toidu aineid tarbides Ei Mul esineb allergi at: Pähkli te vastu Koorikloomad e vastu Mõn e muu toiduaine vastu* Kui jah, palun täpsutage mille vastu olete veel allergiline Mu l ei ole ühtegi allergiat, millest ise teadlik oleksin * Palun täpsustage , milliste toi du a i nete vastu olete allergiline ........................................................................................................................................................................... ........................................................................................................................................................................... ........................................................................................................................................................................... ........................................................................................................................................................................... Kas Te jälgite erilist toitumist? Jah** Palun täpsustage millist dieeti T e järgite Ei * * Palun täpsustage , millist dieeti Te järgite ........................................................................................................................................................................... ........................................................................................................................................................................... Millist joogivett Te kodus tarvitate? Linna joogivett kraanist Filtreeritud joogivett Pudelivett Kaevuvett Pole kindel, mis tüüpi veega on tegemist Kas Te olete oma elus suitsetanud enamaks kui proovimiseks Jah Ei Ei tea Kas Te hetkel suitsetate Jah Ei Kui sageli Te keskmiselt lahjasid alkohoolseid jooke ( nt vein, siider , õlu ) tarvitate 4 või enamal korral nädalas 2-3 korda nädalas 2-4 korda kuus korra kuus mõned korrad aastas vähem kui kord aastas Kui sageli Te keskmiselt kangeid alkohoolseid jooke ( nt viin , viski , rumm ) tarvitate 4 või enamal korral nädalas 2-3 korda nädalas 2-4 korda kuus korra kuus mõned korrad aastas vähem kui kord aastas Kus on Teie elukoht ? a. Elan linnas b. Elan asulas c. Elan maal Millal Te asusite elam a oma praegusesse elukohta (linna, asula sse , maale jne) a. Eelmisel kuul b. Viimase 3 kuu jooksul c. Viimase 6 kuu jooksul d. Viimase aasta jooksul c. Olen elanud oma pra eguses elukohas rohkem kui aastt 12 ) Kas Teil on koduloomi? a. Jah *** Palun täpsustage küsimustiku lõpus , milline (sed) koduloom ( a d) b. Ei ** * Palun täpsustage milline (sed) koduloom( a d) Teiega koos elavad ........................................................................................................................................................................... ........................................................................................................................................................................... ........................................................................................................................................................................... 13) Olen kasutanud antibiootikumide ravi viimase a. N ädala jooksul b. K uu jooksul c. 6 kuu jooksul d. A asta jooksul e. Pole tarvitanud viimase aasta jooksul antibiootikume 14 ) Olen ennast lasknud vaktsineerida gripi vastu a. V iimasel nädalal b. V iimasel kuul c. V iimase 6 kuu jooksul d. A asta jooksul e. Pole lasknud ennast vaktsineerida viimase aasta jooksul 1 5 ) Kas Teil on eemaldatud kurgumandlid? a. Jah b. Ei c. Ei tea 1 6 ) Kas Teil on eemaldatud pimesool? a. Jah b. Ei c. Ei tea 17) Kas Teil on esinenud tuulerõugeid? a. Jah b. Ei c. Ei tea 18 ) Kas Teil on diagnoositud igemehaigusi (parodontiit i ) ? a. Jah b. Ei c. Ei tea 19 ) Kas Teil on tehtud hammastele igemeravi ? a. Jah b. Ei c. Ei tea 2 0 ) Kas Te tarvitate hambapesul suulopustus vahendeid ? a. Jah b. Ei c. Ei tea 2 1 ) Kas Te olete sündinud keisrilõike teel? a. Jah b. Ei c. Ei tea 2 2 ) Millega Teid imikuna esimesed elukuud toideti? a. Peamiselt rinnapiimaga b. Peamiselt rinnapiima asendajatega c. Nii rinnapiima kui rinnapiima asendajatega d. Pole kindel 2 3 ) Kas Teil on diagnoositud kunagi seenhaigusi ( Candida ) soolestikus ? Ei, m ul pole seenhaigusi esinenud Jah, diagnoosi on kinnitanud arst (perearst, eri arst) Jah, diagnoosi on kinnitanud alternatiivmeditsiini viljeleja Jah, olen ise diagnoosinud 2 4 ) Kas Teil on diagnoositud ärritatud soole sündroom ? a. Ei, mul pole seda haigust esinenud b. Jah, diagnoosi on kinnitanud arst (perearst, eri arst) c. Jah, diagnoosi on kinnitanud alternatiivmeditsiini viljeleja d. Jah, olen ise diagnoosinud 2 5 ) Kas Teil on diagnoositud kunagi põletikuline soolehaigus ( Crohni tõbi , haavandiline koliit ) ? a. Ei, mul pole seda haigust esinenud b. Jah, diagnoosi on kinnitanud arst (perearst, eri arst) b1. C rohni tõbi , b2. haavandiline koliit c. Jah, diagnoosi on kinnitanud alternatiivmeditsiini viljeleja b1. C rohni tõbi b2. haavandiline koliit d. Jah, olen ise diagnoosinud b1. C rohni tõbi b2. haavandiline koliit 2 6 ) Kas Teil on esinenud hooajalisi allergiaid? Jah Ei Ei tea 2 7 ) Kas Tei l esineb mõni järgmistest allergi a test? a. Ravimite suhtes (näiteks antibiootikumid jne). b. Koduloomadest tingitud c. Mesilaste suhtes d. Päikese suhtes e. Taimede (k.a. õietolmu) suhtes f. mõne muu asja vastu ..... 28 ) Kui mitu korda Te keskmiselt päevas soolt tühjendate? a Vähem kui üks kord b. Üks kord c. Kaks korda d. Kolm korda e. Neli korda f. Viis või rohkem korda 29 ) Kirjeldage oma soole tühjendamise seisundit a. Mul esineb tihti kõhukinnisust b. Mul esineb tihti kõhulahtisust (diarröa) c. Mul on normaalne s o ole tühjenemine d. Ei oska hinnata 3 0 ) Palun kirjutage oma tavalist väljaheite tüüpi kasutades Bristoli skaala numbereid (1- kõht kinni kuni 7- kõht lahti). Tüüp 1 Eraldi seisvad kõvad tükid , nagu pähklid ( raske väljutada ) Tüüp 2 Vorsti kujuline aga mügarik Tüüp 3 Nagu vorst aga pinnal asetsevate pragudega Tüüp 4 Nagu vorst või madu , sile ja pehme Tüüp 5 Pehmed tükid selgete piirjoontega ( kerge väljutada ) Tüüp 6 Kohevad tükid säbruliste äärtega , kohev tekstuur Tüüp 7 Täiesti vedel , ilma kõvade tükkideta . 31) Järgnevate küsimuste blokiga soovime hinnata Teie heaolu ja vaimset tervist Palun lugege tähelepanelikult läbi alltoodud loetelu probleemidest ja vaevustest , mis võivad inimestel mõnikord esineda . Valige vastus, mis kõige paremini kirjeldab seda , kuivõrd see probleem on T eid VIIMASE KUU jooksul häirinud C1.1 Kurvameelsus C1.2 Huvi kadumine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.3 Alaväärsustunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.4 Enesesüüdistused 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.5 Korduvad surma - või enesetapumõtted 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.6 Üksildustunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.7 Lootusetus tuleviku suhtes 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.8 Võimetus rõõmu tunda 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.9 Kiire ärritumine või vihastamine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.10 Ärevuse - või hirmutunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.11 Pingetunne või võimetus lõdvestuda 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.12 Liigne muretsemine paljude asjade pärast 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.13 Rahutus või kärsitus , nii et ei suuda paigal püsida 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.14 Kergesti ehmumine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.15 Äkilised paanikahood , mille ajal esinevad südamekloppimine , õhupuudus , minestamistunne või muud hirmutavad kehalised nähud 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.16 Kartus viibida üksi kodust eemal 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.17 Hirmutunne avalikes kohtades või tänavatel 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.18 Kartus minestada rahva hulgas 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.19 Kartus sõita bussi , trammi , rongi või autoga 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.20 Hirm olla tähelepanu keskpunktis 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.21 Hirm suhtlemisel võõraste inimestega 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.22 Loidus - või väsimustunne 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.23 Vähenenud tähelepanu - või keskendumisvõime 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.24 Puhkamine ei taasta jõudu 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.25 Kiire väsimine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.26 Uinumisraskused 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.27 Rahutu või katkendlik uni 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata C1.28 Liigvarajane ärkamine 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata 01 Üldse mitte 02 Harva 03 Mõnikord 04 Sageli 05 Pidevalt DA Ei soovi vastata 32) Nüüd soovime rohkem teada saada T eie ELU JOOKSUL kogetud masenduse ja huvipuuduse sümptomite kohta : C2.1 Kas teie elus on olnud perioode , mil olete kaks või enam nädalat järjest tundnud püsivalt masendust või kurvameelsust ? 01 Jah 02 Ei DA Ei soovi vastata C2.2 Kas teie elus on olnud kaks või enam nädalat kestnud perioodi , kus olete kaotanud huvi enamike asjade vastu nagu näiteks hobid , töö või tegevused , mis teile varem naudingut pakkusid ? 01 Jah 02 Ei DA Ei soovi vastata Järgnevalt mõelge palun ühele kahenädalasele perioodile oma elus , kui teie masendus või huvikaotus olid kõige tugevamad : C3.1 Kas tundsite sel perioodil väsimust või energiapuudust rohkem kui tavaliselt ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.2 Kas sel perioodil oli teie söögiisus olulisi muutusi või võtsite sel perioodil tahtmatult kaalust alla või juurde ( vähemalt 5% endisest kehakaalust )? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.2a Milliseid muutusi söögiisus või kaalus ( vähemalt 5% endisest kehakaalust ) teil masenduse ja huvipuuduse perioodil esines ? 01 Võtsin kaalus alla 02 Võtsin kaalus juurde UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.3 Kas sel perioodil esines teil unehäireid või liigset magamist ? 01 Jah → C3.3a 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.3a Milliseid uneprobleeme teil masenduse ja huvipuuduse perioodil esines ( märkige kõik sobivad )? 01 Probleemid uinumisega 02 Liigvarajane ärkamine 03 Liigne magamine UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.4 Kas sel perioodil oli teil raskusi tähelepanu ja keskendumisega ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.5 Kas tundsite sel perioodil väärtusetuse ja süütunnet ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.6 Kas kaotasite sel perioodil enesekindluse ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.7 Kas tundsite sel perioodil lootusetust tuleviku suhtes ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C3.8 Kas sel perioodil mõtlesite palju surmast või soovisite oleksite surnud ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C4 Kas see masenduse periood algas paari kuu jooksul pärast lähedase inimese surma või mõnda muud palju stressi tekitanud sündmust ? 01 Jah 02 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C5 Kui pikalt kestis teie kõige raskem masenduse ja huvipuuduse periood ? Arvestage palun sisse nii kõige hullemale kahele nädalale eelnenud kui järgnenud aeg . 01 Vähem kui üks kuu 02 Üks kuni kolm kuud 03 Üle kolme kuu, kuid vähem kui kuud kuud 04 Üle kuue kuu, aga vähem kui 12 kuud 05 Üks kuni kaks aastat 06 Üle kahe aasta DA Ei soovi vastata C6 Palun mõelge oma rollidele selle episoodi ajal , sealhulgas tööl , koolis , lastehoiu ja majapidamistöödega seoses ning vaba aja veetmisel . Kui palju takistasid masendus ja huvipuudus teie elu või tavapäraseid tegevusi ? 01 Üldse mitte 02 Veidi 03 Mõnevõrra 04 Palju 05 Väga palju DA Ei soovi vastata C7 Kui mitu kaks nädalat või enam kestnud masenduse ja huvipuuduse perioodi teil on elus olnud ? 01 Üks 02 Mitu 03 Üks episood läheb üle teiseks UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C8 Kui vana te umbes olite esimese kahenädalase või pikema masenduse ja huvipuuduse perioodi ajal ? XX aastane DA Ei soovi vastata C8 a Kui vana te olite viimase kahenädalase või pikema masenduse ja huvipuuduse perioodi ajal ? XX aastane 01 Periood kestab praegu DA Ei soovi vastata C9 Kas mõni selline episood esines teil mõne kuu jooksul peale lapse sündi ? 01 Jah 00 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C9a Kas lapse sünnile järgnenud masenduse periood oli teie esimene episood , mil tundsite masendust ja huvipuudust ? 01 Jah 00 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata C10 Kui teil on olnud mitu masenduse ja huvipuuduse episoodi , siis kas need on esinenud pigem sügis-talvisel perioodil ? 01 Jah 00 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata 33) Nüüd soovime teada saada mõnede teiste sümptomite kohta teie ELU JOOKSUL . C 1 1 Kas teie elus olnud perioodi , mil olete tundnud mitme päeva jooksul püsivalt ebatavaliselt kõrgenenud meeleolu , eufooriat , aktiivsust või energiat , nii et teised inimesed märkasid seda ? Palun ärge arvestage siin neid perioode , kui olite alkoholijoobes või uimastite mõju all. 01 Jah 00 Ei DA Ei soovi vastata C 1 2 Kas teie elus on olnud perioodi , mil olite püsivalt ärritunud mitme päeva jooksul , nii et karjusite inimeste peale või teil tekkisid konfliktid ja kaklused ? 01 Jah 00 Ei DA Ei soovi vastata Palun mõelge nüüd oma ELU JOOKSUL kogetud muretsemise ja ärevuse peale ... D 1.1 Kas teil on kunagi elus olnud kuu aega või kauem kestnud perioodi , mil tundsite suurt muret , ärevust või pinget mitmete igapäevaelu , tööd , kodu , lähedasi või ennast puudutavate asjade pärast enamuse ajast ? 01 Jah → D1.1a 00 Ei → küsimustiku lõppu DA Ei soovi vastata D 1.1a Mis on olnud kõige pikem periood , mille jooksul selline muretsemine või ärevus on kestnud ? XX päeva XXX kuud XXXX aastat või 04 Nii kaua kui ma mäletan UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata D 1.2 Kas sel perioodil muretsesite või tundsite ärevust enamusel päevadest ? 01 Jah 00 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata D 1.3 Kas teil oli keeruline muretsemist lõpetada ükskõik kuidas ka ei proovinuks ? 01 Jah 00 Ei UN Ei oska öelda DA Ei soovi vastata Täname vastamast ! Teie panus on teadusele oluline . Kui pärast küsimustiku täitmist soovite arutada oma elustiili , füüsilise või vaimse tervisega seotud küsimusi või soovite otsida abi mõnele oma terviseprobleemile , soovitame Teil pöörduda oma perearsti poole . Kui küsimustiku täitmise järel tunnete , et tahaksite vaimse tervise teemadel rohkem informatsiooni , külastage järgnevaid usaldusväärseid veebilehekülgi : https://peaasi.ee https://www.terviseinfo.ee/et/valdkonnad/vaimne-tervis HYPERLINK "https://lahendus.net/database" https://lahendus.net/database Lisa 5 Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku leht U uringu nimetus: „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu ( edaspidi Geenivaramu ) pöördub Teie poole, kuna Te olete geenidoonor ja olete juba osalenud teadusuuringus „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ . Geenivaramu pakub Teile võimalust osaleda sama teadustöö jätku-uuringus. Teie kontakt andmed saadi Geenivaramu andmebaasis hoitavate andmete tagasikodeerimise teel . Tagasikodeerimise teostasid Geenivaramu töötajad, kellele on vastavad volitused antud Genoomika instituudi direktori poolt . Tagasikodeerimise käigus järgiti andmekaitse nõudeid, mis on sätestatud Inimgeeniuuringute s eadusega (Inimgeeniuuringute seadus , kehtiv redaktsioon RT I, 13.03.2019, 64 ). Nimetatud seaduse §24 lõige (2) punkt 4 kohaselt on vastutaval töötlejal lubatud tagasikodeerimist läbi viia vastutava töötleja ettepanekul ja eetikakomitee nõusolekul geenidoonori tuvastamiseks, temaga ühenduse võtmiseks ning tema kirjalikul nõusolekul terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks . Palun lugege järgnev informatsioon hoolikalt läbi. Ärge allkirjastage seda vormi enne, kui saate aru kogu järgnevatel lehekülgedel toodud informatsioonist ning olete saanud rahuldavad vastused kõikidele küsimustele. Lühikokkuvõte uuringust Uurimistöö viib läbi Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. Uuringu käigus kogutakse andmed kuni 4000 geenidoonori soolestiku ja suu limaskesta mikroobikoosluse ning vere biokeemiliste markerite (metaboliitide) kohta . Uuringu eesmärk on uurida suu ja soolestiku mikro obide ja tervisenäitajate vahelisi seoseid ning hinnata nende mõju haiguste tekkimisele ja ravimite toimele . Uuringu käigus on Teil juba üks kord kogutud väljaheite ja suu proovid mikroobide määramis ek s. See toimus umbes neli aastat tagasi. Käesolevas jätku - uuringus soovime koguda veel üks kord samad proovid, mis võimaldab analüüsida T eie suu ja soolestiku mikrobioomis toimunud muutusi. Kogutud andmeid rakendatakse teadustöös, mille tulemused avaldatakse teadusartiklitena. Mida uuringus osalemine Teie jaoks tähendab? Pärast nõusoleku vormi allkirjastamist saadetakse Teile koju väljaheite proovi võtmise juhend ja kogumise katsuti ning samal veebilehel registreeritakse vastuvõtu aeg Geenivaramu andmekogumise kabinetti Tartus või Tallinnas . Uuringu käigus kogutakse suukaape ja väljaheite proov , millest määratakse Teie suu ja soolestiku mikroobide koosseis uues (teises) ajapunktis . Suu mikroobikoosluse hindamiseks peate andma suu kaape proovi spetsiaalsesse katsutisse andmekogumise kabinetis. Väljaheite proov kogutakse tavalisest roojaproovist, mille kogumiseks saadetakse Teile postiga koju spetsiaal ne katsuti koos täpsete juhistega. Proovi palume Teil kaasa võtta andmekogumise kabinetti vastuvõtule tulles või saata makstud vastusega ümbrikus tava postiga aadressile: TÜ genoomika instituut, Riia 23b, Tartu 51010. Proovide sarnastel tingimustel kogumise huvides soovime , et proov võetakse võimalusel samal päeval, kui on andmekogumise kabinetti registreeritud vastuvõtuaeg ning mitte rohkem kui 12 tundi enne vastuvõtule tulekut. Kui saadate väljaheite proovi postiga palume see postitada võimalikult kiiresti, hiljemalt 12h jooksul . Lisaks mikroobiproovidele võetakse Teilt 50 ml veeniverd, milleks kasutatakse ühekordseid vahendeid. Korduv vereproovi võtmine toimub vere biokeemiliste markerite ehk metaboliitide , näiteks lipiidide, rasv- , amino - ja sapphapete määramiseks. V arasemalt ei ole neid analüüse tehtud . Korduv a vereproovi analüüsimisel saadud andmed võimaldavad tuvastada mikroobide elutegevusel tekkinud biokeemilisi ühendeid ning seostada neid Teie tervisenäitajatega . Lisaks palume Teil täita veebipõhi ne uurimisküsimustik , mis võimaldab hinnata nii Teie elustiili kui tervisenäitajaid . K üsimustiku täitmiseks kulub umbes 30 minutit. Küsimustik avaneb täitmiseks pärast seda kui olete nõusoleku vormi digitaalselt allkirjastanud. Usaldusväärste analüüside läbiviimiseks soovime lisaks kasutada T eie terviseandmeid ( diagnoositud haiguste ja ravimite kasutamise info) Eesti Geenivaramu andmebaasist, ku s on eetikakomitee nõusolekul info Teie terviseandme te kohta Tervise infosüsteemist (TIS). Kõik andmed saadakse kodeeritud kujul, mis ei võimalda ühelgi uurijal neid kokku viia geenidoonori nimega. Uuringuga seotud kulutuste kompenseerimine Kuna andmekogumine toimub Tartu ja Tallinna andmekogumis e kabinettides, hüvitame Teile transpordikulud esitatud sõidudokumentide alusel kuni 50 euro ulatuses. Sõidukompensatsiooni taotlemise avaldus koos täitmise juhendiga on leitav SIIT Uuringuga seotud riskid ja isikuandmete kaitse Veenivere proovid kogub kvalifitseeritud tervishoiutöötaja ning vere võtmisel veenist võib tekkida nahaalune verevalum. Verevalumi tekke vältimiseks on oluline, et pärast veenivere võtmist istuksite 5 minuti jooksul rahulikult avaldades torkekohale pisut survet. Uuringus järgitakse seadustest (Inimgeeniuuringute seadus, Isikuandmete kaitse seadus) tulenevaid nõudeid. Uuritavate andmeid säilitatakse kodeeritud kujul, lahus uuritava isiku tuvastamist võimaldavast koodivõtmest. Koodivõtit ja isikuandmeid sisaldavaid dokumente hoitakse Geenivaramu piiratud juurdepääsuga serveris, millel puudub internetiühendus. Uuringu pseudonüümitud andmebaasi säilitatakse Geenivaramus kuni detsembrini 203 2 aastal. Uuringus kogutud andmed ja proovimaterjalid on suure teadusliku väärtusega ning neid säilitatakse tähtajatult Geenivaramus ning kasutatakse vaid teaduslikel eesmärkidel, kooskõlastades nende kasutamise alati eetikakomiteega. Teadusuuringuteks väljastatakse Geenivaramust terviseseisundi kirjeldusi ja mikrobioomi ainult pseudonüümitud kujul, mis tähendab, et teadlased ei saa tuvastada, kelle andmeid nad analüüsivad . Andmete analüüsimiseks kasutame geenivaramus hoitavaid andmeid Teil esinenud haiguste ja kasutatud ravimite kohta. Uuringus osalemine on vabatahtlik. Kõik Teiega seonduvad andmed on konfidentsiaalsed ja teadlastele väljastatakse ainult pseudonüümitud ehk kodeeritud andmeid. Teil on alati võimalus loobuda uuringus osalemisest. Selleks on vaja saata e-kiri uuringu vastutavale uurijale [email protected] . Loobumisel ei kustutata seni kogutud andmeid, kuid uusi andmeid juurde ei koguta. Kuidas saate selles uuringus osaleda Kui te olete nõus antud uuringus osalema, palume Teil digiallkirjastada uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku vorm järgnevalt lingilt: [ link digiallkirjastamiseks ]. Te saate vormi digiallkirjastada kas ID-kaardi, mobiil-ID või Smart -ID abil . Kelle poole pöörduda küsimuste või probleemide korral Uuringu on kooskõlastanud Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu. Kui Teil on küsimusi seoses enda kui uuritava õigustega, siis saate pöörduda Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu poole e-kirjaga aadressil [email protected] . Kui Teil on andmekaitset puudutavaid küsimusi, siis saate pöörduda Andmekaitse Inspektsiooni poole telefonil 6274135 või e-kirjaga aadressil [email protected] .Uuringuga seonduvate küsimuste korral saate täiendavat informatsiooni Geenivaramu meiliaadressidelt [email protected] Nõusoleku vorm: Uuringu nimetus: „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ Mina , .................................................................... ...........isikukood........................................... , olen informeeritud ülalmainitud uuringust ja ma olen teadlik läbiviidava uurimistöö eesmärgist, uuringu metoodikast ja kinnitan oma nõusolekut selles osalemiseks allkirjaga. Nõustun isikuandmete töötlemisega. Tean, et uuringute käigus tekkivate küsimuste ja probleemide korral saan mulle vajalikku täiendavat informatsiooni kui kirjutate aadressile [email protected] Soovi korral saate nõusoleku vormi alla laadida ja välja printida SIIT Minu kontaktandmed: E-posti aadress: ……………………………………………………………………………………….. Postiaadress: …………………………………………………………………………………………. Uuritava allkiri: ………………………………………………………. Kuupäev (päev, kuu, aasta): …………………………………………………………………………. Uuritavale informatsiooni andnud isiku nimi: ……………………………………………………….. Allkiri: ……………………………………………………….. Kuupäev (päev, kuu, aasta):………………………………………………………………………….. Hea geenidoonor ! Pöördume Teie poole, kuna osalesite varem Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu projektis „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ . 2017 . aastal alustati Geenivaramu s teadusu uringut “ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis .” U uringu eesmärgiks o li määrata soolestikus ja suus elavate mikroorganismide kooslus ning analüüsida nende mõju haiguste kujunemisel e ning ravimite metabolismi le . Kogutud andmed võimaldavad saada uusi teadmisi haiguste ennetamiseks ja varajaseks diagnoosimiseks ning täpsemaks raviks. Juhusliku valiku alusel ol ite Teie üks nendest, kes sattus valitud uuringusse ning kes nõustu s selles teadusuuringus osalema. Uuringu käigus kogutud mikrobioomi andmete analüüs on võimaldanud meil tuvastada mitmeid mikrobioomi ja tervise vahelisi seoseid. Näiteks leidsime , et soolestiku mikrobioomi mitmekesisust mõjutavad väga mitmed elustiili faktorid nagu toit, füüsiline aktiivsus ning et mikrobioomi koosseis on muutunud paljude haiguste ja ravimite kasutamise tagajärjel. Kuna mikrobioomi koosseis muutub inimese eluea jooksul ning seda mõjutavad väga erinevad tegurid (elustiil, vanus, tervis jne) , on väga oluline analüüsida mikroobide koosseisu rohkem kui ühel ajahetkel . Seetõttu soovime Teid kutsuda jätkuuringule ning koguda Teilt veel üks kord mikrobioomi analüüsiks proovid, mis oleks ligikaudu 4 aastat peale esimeste proovide andmist. Mitmest ajapunktist kogutud mikrobioomi andmed võimaldaks jälgida muutusi Teie mikrobioomikoosluse s ning täpsemalt uurida mikroobide seoseid Teie tervisega. Käesoleva uuringuga soovime , et võtaksite endalt uue väljaheite proovi soolestiku mikroorganismide määramiseks ning palume Teil külastada Geenivaramu andmekogumiskabinetti, kus võetakse suu limaskes ta kaapeproov ja üks vereproov (50 m l ) biokeemiliste markerite määramiseks . Lisaks palume Teil täita veebipõhise elustiili ja terviseseisundi küsimustik u, milleks kulub umbes 30 min utit. Küsimustik avaneb täitmiseks pärast seda kui olete nõusoleku vormi digitaalselt allkirjastanud. Usaldusväärste analüüside läbiviimiseks soovime lisaks kasutada T eie terviseandmeid ( diagnoositud haiguste ja ravimite kasutamise info) Eesti Geenivaramu andmebaasist, ku s on eetikakomitee nõusolekul info Teie terviseandmete kohta Tervise infosüsteemist (TIS). Kõik andmed saadakse kodeeritud kujul, mis ei võimalda ühelgi uurijal neid kokku viia geenidoonori nimega. Kuna andmekogumine toimub Tartu ja Tallinna andmekogumis e kabinettides, hüvitatakse Teile transpordikulud esitatud sõidudokumentide alusel kuni 5 0 euro ulatuses. Kui Te olete nõus uuringus osalema, palume Teil minna https://geenidoonor.ee lehele ning sisse logida „ Mikrobioomi uuringute“ keskkonda , kus saate allkirjastada uuringus osalemise ks nõusolek u vorm i. Te saate vormi digiallkirjastada kas ID- kaardi , mobiil -ID või Smart-ID abil . Peale nõusoleku andmist saadetakse Teile koju väljaheite proovi võtmise juhend ja kogumise k atsuti . Nõusoleku vormis palume Teil täpsustada oma kontaktandmeid ( e-posti ja postiaadress ), et saaksime Teile saata proovi kogumise katsuti ning vajadusel ühendust võtta . Seejärel registreeritakse Teile veebipõhiselt vastuvõtu aeg Geenivaramu andmekogumise kabinetti. Täiendavat teavet uuringu kohta on võimalik saada, kui kirjutate aadressile [email protected] . Vastuvõttude sujuvaks korraldamiseks oleme tänulikud, kui teatate meile oma soovist uuringus osaleda ühe kuu jooksul pärast käesoleva kirja saamist. Soovin Teile kõike head ja tänan koostöö eest Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramuga! Elin Org PhD Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kaasprofessor Saatja: Tartu Ülikool <[email protected]> Saadetud: 25.07.2022 12:15 Adressaat: SM Info <[email protected]> Teema: Vastused EBIN-i küsimustele uurimistöö "Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu kohordis“ kohta Tere!Esitame vastused EBIN-i küsimustele uurimistöö &quot;Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu kohordis kohta.Vastutav uurija Elin Org.Teiega on jagatud Webdesktop-i dokumenti, mis asub järgneval aadressil: LugupidamisegaEne Mö[email protected] 1174