Eesti b ioeetika ja inimuuringute nõukogu le JÄTKUTAOTLUS nr 1 2 Uurimistöö täielik nimetus: „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti g eenivaramu kohordis“ Uurimistöö põhiline eesmärk: Antud projekti eesmärk on välja selgitada geenidoonorite suu ja soolestiku mikroobikoosluse seoseid nende tervisenäitajatega, mikrobioota rolli erinevate haiguste kujunemisel ja ravimite metabolismis ja taluvuses. Käesoleva projekti raames plaanitakse tagasi kutsuda kuni 4000 geenidoonorit, kellelt kogutakse teise ajapunkti terviseandmed, määratakse verest metaboliitide kontsentratsioonid ning võetakse lisaks proovid suu ja soolestiku mikroobide määramiseks. Uurimistöö käigus määratakse geenidoonorite suus ja soolestikus olevate mikroobide liigiline ja funktsionaalne profiil. Viimaste aastate uurimistööd on näidanud selgelt suu ja soolestiku mikroobide olulist rolli nii erinevate haiguste kujunemisel kui ka ravimite metabolismis. Antud uurimistöö käigus laiendatakse Eesti g eenivaramu valmit mikrobioomi andmetega, mis võimaldab lisaks inimese genoomi uurimisele võtta arvesse tervise hindamiseks ka meie organismis elutsevate mikroobide elutegevuse. Selli sed mitmetahuli sed analüüs id, kus lisaks inimese enda genoomi andmetele kaasatakse ka mikrobioomi andmed, anna vad võimaluse leida uus haiguste tekkemehhanisme, avastada uusi markereid, mis aitaksid diagnoosida haigusi juba nende varajases staadiumis ning samuti uurida mikrobioomi olulisust ravimite toimele. Vastutav uurij a : ees- ja perekonnanimi: Elin Org PhD amet: professor töökoht: TÜ g enoomika i nstituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post:
[email protected] Nimetatud uuringule on varem väljastatud järgmi sed TÜ inimuuringute eetika komitee ja Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu l oad : protokolli nr. 266/T-10, 16 .0 1 .201 7 (Põhitaotlus, mille tekst koos täiendustega on lisatud antud jätkutaotlusele) protokolli nr. 271/M-25, 19.06.2017 (Jätkutaotlu s , millega sooviti saada luba ühe lisaküsimustiku esitamiseks uuritavatele) protokoll nr. 291/M-26, 18.03.2019 (Jätkutaot lus, millega sooviti lisada uued uurijad) protokoll nr 1.1-12/17 21.01.2020 ( J ätkutaotlus, millega taotle t i luba saata koeproovid (bakteriaalne DNA või geenidoonorite suu ja väjaheite proov) bakteriaalse DNA sekveneermiseks väljaspool Eesti Vabariiki). p rotokoll nr. 1.1-12/17 , 28.10.2020 (Jätkutaotlu s , mil lega sooviti lisad uued uurijad ning koostööpartner) protokoll nr. 1.1-12/17 , 08.12.2020 (Jätkutaotlus, millega sooviti lisad uued uurijad) protokoll nr. 08.06.2021 nr 1.1-12/ 17 (Jätkutaotlus 5, millega taotleti luba saata koeproovid (bakteriaalne DNA või geenidoonorite suu ja väjaheite proov) bakteriaalse DNA sekveneermiseks väljaspool Eesti Vabariiki) protokoll nr 12.10.21 nr 1.1-12/1639 Jätkutaotlus, millega sooviti lisada uued uurijad protokoll nr 08. 02. 2022 nr 1.1-12/542 Jätkutaotlus, millega sooviti lisada uued uurijad protokoll nr. 06. 04. 2022 nr 1.1-12/1312 (Jätkutaotlus, millega sooviti lisada uus uurija) protokoll nr. 16. 08.2 022 nr 1.1-12/2768 (Jätkutaotlus, millega sooviti lisada uued uurijad, täiendada ning pikendada teadusuuringut) protokoll nr. 30.11.2022 nr 1.1-12/3878 Jätkutaotlus, millega sooviti lisada uu s uurija Uu ri ngu lõpptähtaeg on 31.12.2026 Taotluse sisu: Käesolev jätku taotlus on esitatud eesmär kidega : Eemaldada projektis töö lõpetanud uurijad Soovime projektist eemaldada projektis tegevuse lõpetanud inimesed (põhitaotluses eristuvalt maha tõmmatud): Helena Andreson , pole enam seotud uurimisprojekti tegevustega Cheung Wai Chan , lõpetas magistrantuuri ning ei jätkanud õpinguid Tartu Ülikoolis Jennifer Neumaier, lõpetas magistrantuuri ning ei jätkanud õpinguid Tartu Ülikoolis Linda Sootak, ei ole enam TÜ Biomeditsiini magistrant Kristin Karu, ei osale enam uurimisprojekti tegevustes Lisada uurimistööle uued uurijad: Ees- ja perekonnanimi: Annabel Toom Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (biomeditsiin) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Annabel Toom on TÜ magistrant , kes soovib teha oma magistri öö teemal, kus analüüsitakse soolestiku mikroobioomi näitajaid kasutades projektis kogutud metagenoomi andmeid . Projekti vastutav uurija Elin Org on Annabel Toomi magistritöö juhendaja, kaasjuhendaja Oliver Aasmets . Tema juhendamisel toimub antud uurimistöös kogutud ning analüüsitud mikrobioomi andmete kasut a mine teadustöö läbiviimiseks. Täpsemalt soovime uurimistöös analüüsida erinevaid soolestiku mikrobioomi metagenoomi andmete analüüsil kasutatavaid tervise indekseid. Andmeanalüüsiks vajalikud metagenoomi andmed (mitmekesisus, bakterite sagedused) tehakse Annabel Toomile kättesaadavaks kuni magistritöö valmimiseni ( eeldatavasti juuni , 202 5 ). Annabel Toom kasutab kättesaadavaks tehtud andmeid vaid projekti eesmärkide ja oma tööülesannete raames. Kasutatakse vaid neid fenotüüpide andmeid , mida küsiti põhitaotluses ning uu si andmeid geenivaramust ei väljastata. Annabel Toom saab tööks vajalik ud mikrobioomi andm ed parooliga kaitstud kõvakettalt, andmete allalaadimist ei võimaldata . Enne andmetele ligipääsu sõlmitakse konfidentsiaalsusleping . 3) Soovime lisada uuringusse uued uurijad Christian-Albrechts Kieli Ü likooli Kliinilise Molekulaarioloogia I nstituudi st (IKMB) : i nstituudi direktor ja uurimistöö juht prof. Andre Franke , prof. Mathieu Groussin ning järeldoktorid Malte Rühlemann ja Guillermo G Torres: Ees- ja perekonnanimi: Mathieu Groussin Teaduslik kraad: PhD Amet: Professor Töökoht: Institute for Clinical Molecular Biology, Christian-Albrechts-University of Kiel , Germany e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Malte Rühlemann Teaduslik kraad: PhD Amet: PostDoc Töökoht: Institute for Clinical Molecular Biology, Christian-Albrechts-University of Kiel , Germany e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Guillermo G Torres Teaduslik kraad: PhD Amet: PostDoc Töökoht: Institute for Clinical Molecular Biology, Christian-Albrechts-University of Kiel , Germany e-post:
[email protected] E es- ja perekonnanimi: Andre Franke amet: Professor, direktor töökoht: Institute of Clinical Molecular Biology (IKMB), Christian-Albrechts-University of Kiel & University Hospital Schleswig-Holstein (UKSH) töökoha aadress: Rosalind-Franklin-Str. 12, 24105 Kiel, Germany Tel: +49 431 / 500 - 15 109 or 15 110 Email:
[email protected] Koostöö raames uuritakse mikrobioomi muutusi põletikulise soolehaiguse (IBD) patsientide ja tervete inimeste vahel. Uuringu läbiviimiseks on kogutud soole metagenoomi andmestik ligi 10 populatsioonist. Koostöös TÜ genoomika instituudi mikrobioomi uurimisgrupiga soovitakse andmekogu täiendada ning lisada analüüsi ka Eesti mikrobioomi kohordi (EstMB) proove , mis suurendab veelgi uuringu statistilist võimsust ning laiendab ka uuringus osalevate populatsioonide esindatust mikrobioomi ja IBD vaheliste seoste leidmiseks. Käesoleva uuringu raames on loodud Eesti mikrobioomi kohordis (kokku 2509 inimest) on ligi 40 IBD diagnoosiga geenidoonorit. Uuringu raames viiakse läbi ulatuslik metaanalüüs, et tuvastada nii erinevaid mikroobide liike, geene ja metaboolseid radu, mis erinevad IBD-ga patsientidel ja kontrollide vahel. Andmete analüüsiks kasutatakse juba olemasolevaid sekveneerimisandmeid (metagenoom) . Andmeanalüüsiks vajalikud metagenoomi andmed tehakse koostööraames kättesaadavaks kuni kehtiva kooskõlastuse lõpuni (detsember, 2026) ning kättesaadavaks tehtud andmeid kasutatakse vaid projekti eesmärkide raames. Kasutatakse vaid neid meatagenoomi ja fenotüüpide andmeid, mida küsiti põhitaotluses. Uusi andmeid geenivaramust ei väljastata. Andmete analüüsimiseks antakse ligipääs ainult SAPU serveris (kontrollitud parooliga juurdepääs), kus andmete allalaadimist ei võimaldata. Kõik analüüsid teostatakse andmetega, mis on pseudonüümitud . 4) Kooskõlastus geenidoonorite proovide säilitamiseks ja uurimiseks väljaspool Eesti Vabariigi territooriumi L isaks olemasolevatele metagenoomi andmete analüüsile soovitakse Christian-Albrechts-Kieli Ü likooli Kliinilise Molekulaarioloogia instituudiga (IKMB) Saksamaal teostada ka bakterigenoomide sekveneerimisanalüüs (metagenoomi) valitud EstMB kohordi proovidele (kuni 500 proovi). Proovid valitakse välja kui sobitatud kontrollid teise uuringu raames kogutud IBD patsientidele (mitte-geenidoonorid). Sekveneerimine (metagenoomi analüüs) on vajalik selleks, et ühtlustada kahe uuringu käigus kogutud proovide analüüsi metoodikat, kuna EstMB projekti raames on nii DNA eraldamine kui sekveneerimine varasemalt läbi viidud erinevate meetodikatega. Käesolev jätkutaotlus on esitatud kooskõlastuse saamiseks geenidoonorite koeproovide säilitamiseks ja uurimiseks väljaspool Eesti Vabariigi territooriumi vastavalt Inimgeeniuuringute seaduse (edaspidi IGUS) § 18 lõikele(4) (viimane redaktsioon RT I, 15.03.2019, 64, jõustunud 15.03.2019, https://www.riigiteataja.ee/akt/72581?leiaKehtiv ). Käesolev taotlus on vajalik Tartu Ülikooli senati loa taotlemiseks Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu (edaspidi EGV) geenidoonorite bioloogilise materjali (kuni 500 geenidoonori bakteriaalse DNA proovi) saatmiseks väljaspoole Eesti Vabariigi territooriumi . Käimasoleva uuringu raames on kogutud EGV geenidoonorite suu ja väljaheiteproovid, millest eraldatakse bakteriaalne DNA, et uurida mikroobide seoseid erinevate tervisenäitajatega. Kogutud proovide saatmine väljaspoole Eestit võimaldab määrata bakterite DNA järjestused kasutades teise põlvkonna sekveneerimist. Käesolevas jätkutaotluses soovitakse lisada olemasolevale eetikakomitee taotlusele Institute for Clinical Molecular Biology (IKMB ) , kus oleks võimalik teostada mikroobide DNA sekveneerimine. Instituudis on olemas võimekus teostada mikrobioomi proovide sekveneerimine, mis teostatakse koostöö raames (tasutakse koostööpartneri prof. A. Franke vahenditest) , et saada sarnased andmed ulatusliku rahvusvahelise koostöö läbiviimiseks. IKMB-le väljastatakse uuringu raames kogutud iga geenidoonori (N= 5 00) bakteriaalne DNA proov (à 2 µg) , mille le te ostatakse sekveneerimisanalüüs. Saadud tulemuste edasine analüüsimine toimub Eestis. Sekveneerimisandmete analüüsil osalevad ainult uurijad, kes on lisatud uurimistaotlusele. Fenotüübi andmeid ei väljastata, kõik analüüside tulemused säilitatakse üksnes EGV andmebaasides ning kogu protsessist ülejääv bioloogilise materjali ülejääk kas saadetakse EGVsse tagasi või hävitatakse. Proovide edasine staatus lepitakse kokku täpsemalt lepingus. Koeproovid väljastatakse mikroobse DNA sekveneerimiseks: Institute for Clinical Molecular Biology Christian-Albrechts-University of Kiel Rosalind-Franklin-Str. 12 24105 Kiel, Germany Esitatud dokumentide nimekiri Kaaskiri Uurimistöö esialgne taotlus täiendustega Taotluse esitaja kontaktandmed: Elin Org Mikrobioomika professor TÜ g enoomika i nstituut , Eesti g eenivaramu t eaduskeskus Riia 23b, Tartu
[email protected] ; Tel: 5226157 /allkirjastatud digitaalselt/
UURIMISTÖÖ AVALDUS KOOSKÕLASTUSE SAAMISEKS TARTU ÜLIKOOLI INIMUURINGUTE EETIKA KOMITEELT 1. UURI MISTÖÖ ANDMED Uuri mistöö täielik nimetus: „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ Uur i mistöö toimumiskoht : Tartu, Eesti Vabariik 2. UURIMISTÖÖ TEOSTAJAD JA UURINGUKESKUSED 2.1. Vastutav uurija ees- ja perekonnanimi: Elin Org Ph.D amet: genoomika-mikrobioomika kaasprofessor töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadres s: Riia 23b , Tartu 51010 telefon inumber : 7 374039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / 2.2. Kaastöötajad ees- ja perekonnanimi: Prof . Andres Metspalu , M.D, Ph.D amet: Direktor töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b , Tartu 5 1010 telefoninumber: 7 375066 e-post: Andres.Metspalu @ut.ee /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Lili Milani, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Helene Alavere MD, MScHS amet: Andmekogumise osakonna juhataja töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4038 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Tõnu Esko , Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Krista Fischer, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Mari-Liis Tammesoo, MScHS M.Sc amet: Bioinformaatik töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374029 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Triinu Temberg, MSc amet: Andmekoguja töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4031 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Esta Pintsaar amet: Andmekoguja töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4030 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Kreete Lüll, Ph.D amet: TÜ MRI doktorant töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4035 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Kristi Krebs, Ph.D amet: TÜ MRI doktorant töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 37 4039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Toomas Haller, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Maris Teder-Laving, M.Sc amet: teadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374076 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Reedik Mägi, Ph.D amet: Vanemteadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374039 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri/ ees- ja perekonnanimi: Jaanika Kronberg-Guzman, Ph.D amet: teadur töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374037 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Kertu Liis Krigul, MSc amet: doktorant töökoht: TÜ Eesti Geenivaramu töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374035 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Oliver Aasmets, MSc amet: doktorant töökoht: TÜ Genoomika Instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 374042 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Tõnis Org, PhD amet: dotsent, vanemteadur töökoht: TÜMRI, TÜ Genoomika Instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 e-post: tonis
[email protected] ees- ja perekonnanimi: Kaia Palm, PhD amet /töökoht 1 : juhtivteadur, OÜ Protobios amet/töökoht 2 : vanemteadur, TÜ Genoomika Instituut töökoha 1 aadress: Mäealuse 4, Tallinn töökoha 2 aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 55535773 e-post:
[email protected];
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Helena Andreson Teaduslik kraad: PhD Amet/töökoht 1: toidu mikrobioloogia dotsent Amet/töökoht 2: magistrant Töökoha1aadress: Eesti Maaülikool Töökoht 2 aadress: TÜ Arvutiteaduste Instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Annabel Raudsepp Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (geenitehnoloogia) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Jennifer Neumaier Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (geenitehnoloogia) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Cheung Wai Chan Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (Science technology) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Linda Sootak Teaduslik kraad: - Amet: magistrant (geenitehnoloogia) Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Reidar Andreson Teaduslik kraad: Ph D Amet: bioinformaatika teadur Töökoht: TÜ m olekulaar-ja rakubioloogia instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Nele Taba Teaduslik kraad: MSc Amet: spetsialist Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Madis Jaagura Teaduslik kraad: PhD Amet: järeldoktor Töökoht: TÜ genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Signe Altmäe Teaduslik kraad: PhD Amet: teadur Töökoht: Tervisetehnoloogiate arenduskekus AS e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kateryna Pantiukh Teaduslik kraad: MSc Amet: spetsialist Töökoht: TÜ Genoomika instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kelli Lehto Teaduslik kraad: Ph D Amet: kaasprofessor Töökoht: TÜ Genoomika Instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kadri Kõiv Teaduslik kraad: Ph D Amet: teadur Töökoht: TÜ Genoomika Instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Kristin Karu Teaduslik kraad:- Amet: üliõpilane Töökoht: TÜ, füsioteraapia, sporditeaduste ja füsioteraapia instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Annabel Toom Teaduslik kraad: BSc Amet: magistrant (biomeditsiin) Töökoht: TÜ g enoomika Instituut e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Mathieu Groussin Teaduslik kraad: PhD Amet: Professor Töökoht: Institute for Clinical Molecular Biology, Christian- Albrechts -University of Kiel e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Malte Rühlemann Teaduslik kraad: PhD Amet: PostDoc Töökoht: Institute for Clinical Molecular Biology, Christian- Albrechts -University of Kiel e-post:
[email protected] Ees- ja perekonnanimi: Guillermo G Torres Teaduslik kraad: PhD Amet: PostDoc Töökoht: Institute for Clinical Molecular Biology, Christian- Albrechts -University of Kiel e-post:
[email protected] 2.3. Vastutava uurija asutuse juhataja või tema kohusetäitja on uurimistöö korraldamisega nõus: Nimi Prof. Mait Metspalu , M.D, Ph.D amet: Direktor töökoht: TÜ Genoomika Insituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu 51010 telefoninumber: 7 375066 e-post:
[email protected] /Digitaalne allkiri / ees- ja perekonnanimi: Kaia Palm amet: tegevjuht töökoht: OÜ Protobios töökoha aadress : Mäealuse 4, Tallinn Phone : 55535773 Email:
[email protected] ees- ja perekonnanimi: Huijuan Guo amet: töökoht: NOVOGENE (UK) COMPANY LIMITED töökoha aadress : Cambridge Science Park, 25 Milton Road Cambridge, CB4 0FW, United Kingdom CB4 0FW tel: +44 7518548302 Tel: +440 1223628750 Email:
[email protected] ees- ja perekonnanimi: Michelle Mao amet: BGI Business Development Manager töökoht: BGI TECH SOLUTIONS (HONGKONG) CO., LIMITED, töökoha aadress : 12 New Fetter Lane, London EC4A1JP, United Kingdome tel: +44 7518548302 Email:
[email protected] ees- ja perekonnanimi: Yicheng Liu amet: Research Prroject Development Manager töökoht: LATVIA MGI TECH, SIA (MGI) , (Reg.no 50203081351) töökoha aadress : Lidostas Parks, Mārupe, Mārupes Novads, LV-2167, Latvia Email:
[email protected] ees- ja perekonnanimi: Andres Salumets amet: juhatuse liige töökoht: Tervisetehnoloogiate arenduskekus A töökoha aadress: Teaduspargi tänav 13, 50411 Tartu, Estonia Tel: +372 733 040 Email:
[email protected] ees- ja perekonnanimi: Andre Franke amet: Professor, direktor töökoht: Institute of Clinical Molecular Biology (IKMB), Christian- Albrechts -University of Kiel & University Hospital Schleswig-Holstein (UKSH) töökoha aadress: Rosalind-Franklin-Str. 12, 24105 Kiel, Germany Tel: +49 431 / 500 - 15 109 or 15 110 Email:
[email protected] 3. UURIMISTÖÖ FINANTSEERIMINE Uuringut rahastatake Euroopa Regionaalarengu Fond i vahenditest ( Vabariigi Valitsuse korraldusega 347 27.10.2016 kinnitatud investeeringute kava ) (2017-2022) Personaalne uurimistoetus PUT 1371, PI Elin Org (2016-2020) Personaalne uurimistoetus EMBO3573, PI Elin Org (2018-2022) OÜ Protobios omafinantseering ja olemasolevad grantid (PRG573, Panbiora #760921) ja taotletavad uurimisgrantid (ETAG ja H2020 programmid) . Kaia Palm, UT, H2020 projekt no 810645 ja EU Regionaalarengu projekt MOBEC008. Personaalne uurimistoetus PRG1414, PI Elin Org (2022-2026) Uurimistöö üldmaksumuseks on 697 573 € , millest töötasude osakaal on 50%. Grantide vahendeid kasutakse uuringutäitjate palkade maksmiseks vastavalt asutu se kehtivatele palgaeeskirjadele ja projektiga seotud uuringute finantseerimiseks. Uuritavatele uuringus osalemis e eest kompensatsiooni ei maksta . Uuritavatele tasutakse uuringukeskusesse sõiduga seotud transpordikulud esitatud dokumentide alusel kuni 5 0 € ulatuses . 4. LÜHIÜLEVAADE SIIANI SAMAL TEEMAL LÄBIVIIDUD UURIMISTÖÖD EST Teise põlvkonna sekveneerimistehnoloogiate kasutuselevõtt on võimaldanud tuvastada miljoneid mikroo rganismie (bakterid, seened, viirused jne. ) , kes elavad meie organismis ning kelle elutegevus mängib väga olulist rolli meie tervise kujunemisel . Enamik mikroobidest elab inimese seedetraktis, kus nad täidavad mitmeid olulisi funktsioone, nagu näiteks energia omastamine toidust, sapphapete metabolism, limaskesta immuunsüsteemi regulatsioon ja soolestiku barjääri funktsiooni ja metabolismi regulatsioon 1-3 . Arvukad uuringud nii inimeste kui loommudelitega on näidanud, et meie organismis elutsevad mikroobid mõjutavad väga mitmete haiguste kulgu nagu seede elundkonna haigused 4 , metaboolsed haigused (nt. rasvumine ja diabeet ) 5 -8 , südamehaigused 9 -1 0 , neuroloogilised haigused 11-12 , autoimmuunhaigused 13 ja kasvajad 14 . Toitumine on peamiseks inimese soolestiku mikrobiootat mõjutavaks faktoriks 15 -1 7 . Näiteks arvatakse, et järsud muutused Lääne ühiskonna toitumisharjumustes on põhilised metaboolsete haiguste (rasvumine ja diabeet) kui ka erinevate toiduallergiate kiire kasvu mõjutegurid 18 . Samuti on viimastel aastakümnetel sagedane antibiootikumide kasutamine mõjutanud meie mikrobioomi liigilist koosseisu ning seeläbi ka metabolismi 19 . Antud projekti üheks eesmärgiks on uurida soolestiku mikrobioomi ja erinevate haiguste vahelisi seoseid, keskendudes mitmetele faktoritele, mis mõjutavad mikrobioomi kooslust nagu keskkond, elustiil (toit), vanus, sugu, pärilikkus ja tervislik seisund. Mikrobioomi andmete lisamine kombineeritud analüüsidesse, kus võetakse arvesse indiviidi elustiili ja keskkonnafaktoreid ning erinevaid genoomika (DNA, transkritoom, proteoom, metaboloom) andmeid, võimaldab leida paremaid viise haiguste ennetamiseks ja raviks. Lisaks mõjutavad suu ja soolestiku mikroobid ka ravimite metabolismi, mängides rolli nii ravimite efektiivsuse kui ka toksilisuse juures 20 -2 2 . Farmakogenoomilistes teadusuuringutes on viimastel aastatel toimunud suur läbimurre, kus ravimi toimemehhanismide uurimisel võetakse aluseks indivi idide geneetiline varieeruvus. Hoolimata selle st on indiviididevaheline varieeruvus ravimite metaboliseerimisel ja nende toksilisus endiselt suureks probleemiks. Soolestiku mikroobidel võib olla märkimisväärne roll ravimite talumises ja toimemehhanismis, kuid selliseid uurimistöid on tehtud hetkel väga väheste ravimitega. Näiteks on teise tüübi diabeedi ravimi metformiini kasutamisel näidatud muutusi soolestiku mikro biaalses koosseisus, kuid teadmata on veel täpsed toimemehhanismid 2 3 Eesti Geenivaramu andmestik võimaldab uurida mikrobioomi osalust erinevate ravimite metabolismis. Kasutades Eesti Haigekassa ja e-Tervise andmeid ravimi te kasutamise ja kõrvaltoimete kohta võimaldab Eesti Geenivaramu andmestik leida ravimitest tingitud kõrvaltoimete ja mikrobioomi vahelisi seo seid. Olemasolev geneetiline and mestik võimadab leida ka teadaolevate ravimite metabolismis osalevate geenide farmakogeneetiliste markerite ja mikrobioomi vahelisi seoseid. K ombineerides mikrobioomi analüüsi inimese geneetilise varieeruvusega on võimalik leida uusi haiguste tekkemehhanisme ning saada ulatuslikumat ülevaadet ravimite metabolismi ja taluvuse kohta . 5. KAVANDATAVA UURIMISTÖÖ EESMÄRK, KOKKUVÕTE JA PÕHJENDUS Antud projekti eesmärk on välja selgitada geenidoonorite suu ja soolestiku mikroobikoosluse seose i d nende tervisenäitajatega, mikrobioota rolli erinevate haiguste kujune misel ja ravimite metabolismis ja taluvuses. Käesoleva projekti raames plaanitakse tagasi kutsuda kuni 4 000 geenidoonorit, kellelt kogutakse teise ajapunkti terviseandmed, määratakse verest metaboliitide kontsentratsioon id ning võetakse lisaks proovid suu ja soolestiku mikroobide määramiseks. Uurimistöö käigus määratakse geenidoonorite suus ja soolestikus olevate mikroobide liigi line ja funktsionaalne profiil. Mikrobioomi andmed kombineeritakse mitmetasandilise geneetilise informatsiooniga, kuhu kuuluvad andmed geno omi varieeruvuse, transkriptoomi ja proteoomi taseme te ning metaboloomi kohta nii erinevate komplekshaigustega ( haigus ed, mida põhjustab kombinatsioon geneetilistest, keskkonna- ja elustiiliteguritest) patsientide kui ka tervete uuritavate korral. Samuti vaadatakse mikrobioomi seoseid ra vimite manustamise varieeruvuse ja taluvusega , kus kombineeritakse uuritava genoomis teadaolevad ravimite toimet põhjustavad geneetilised varie eruvused mikrobioomi andmete ga. Viimaste aastate uurimistööd on näidanud selgelt suu ja soolestiku mikroobide olulist rolli nii erinevate haiguste kujunemisel kui ka ravimite metabolismis. Andmete analüüsimiseks küsitakse luba kasutada geenidoonorite tervise hindamiseks andmeid Geenivaramu andmekogust, kus asuvad Tervise infosüsteemiga lingitud andmed. Iga uuringus osalenund geenidoonori kohta soovi takse infot kaasuvate haiguste (RHK-10 koodid) ja retseptiravimite andmebaasi alusel väljaostetud ravimite (ATC koodide alusel) kohta. Antud uurimistöö käigus laiendatakse Eesti Geenivaramu valmit mikrobioomi andmetega, mi s võimaldab lisaks inimese genoomi uurimisele võtta arvesse tervise hindamiseks ka meie organismis elutsevate mikroobide elutegevuse. Selline mitmetahuline analüüs annab võimaluse leida uus haiguste tekkemehhanisme, avastada uusi markereid, mis aitaksid diagnoosida haigusi juba nende varajases staadiumis ning samuti uurida mikrobioomi olulisust ravimite toimele. Sellisel tasemel kompleksseid uuringuid populatsioonipõhises kohordis pole varem läbi viidud. 6. UURIMISTÖÖ T EOSTAMISE AEG Algus: Veebruar 2017 , lõpp: 31. d etsember 202 6 . 7. UURITAVATE JA NENDE VÄRBAMISVIISI TÄPNE KIRJELDUS Valimi koostamine Valimi aluseks on Eesti Geenivaramu (edaspidi EGV) andmebaasis olevad geenidoonorid (edaspidi GD ) , kes on EGV-ga liitunud ajavahemikul 2007-2010. Nende hulgast koostatakse juhuvalim 4 000 GD-st , kellega rekontakteerutakse kirja teel ning pakutakse võimalust osaleda uuringus. Uuringus osalemise kutse saadetakse 4000 GD-le arvestusega, et eeldatav vastamismäär on vähemalt 50%. Valimi koostamisel toimub k ohandamine vanusele, soole, sünnikohale (maakonna tasandil) . Väljalü litamise kriteeriumiks on muu rahvus kui eestlane, kuna selles populatsioonipõhises teadustöös uuritakse eestlasi. Kirju ei saadeta GD-le , kes on keelanud oma andmete täiendamise . Nimetatud GD-te valimist eemaldamiseks kontrollitakse valimi nimekirja andmete täiendamist keelanute andmebaasiga. Surnud geenidoonoritele kutsete saatmise vältimiseks kasutatakse Rahvastikuregistri linkimise andmeid. Rahvastikuregistriga linkimised toimuvad igal aastal märtsis ning uus linkimine on plaanis enne kirjade saatmist geenidoonoritele. Geenidoonorite andmete tagasikodeerimise taotlus Antud uurimustöö raames toimub GD-te andmete tagasikodeerimine, m illeks palume TÜ Inimuuringute e etika k omitee kooskõlastust. Tagasikodeerimine toimub GD-te kontaktandmete saamiseks. Uuritavad isikud on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, millega GD-d on andnud nõusoleku oma andmete täiendamiseks. GD-ks saamise nõusoleku vorm ning selle täitmise ja säilitamise kord on sätestatud Sotsiaalministri 2001. a. 17. detsembri määrusega nr. 125. GD-te kontaktandmed on saadud tagasikodeerimise käigus. Inimgeeniuuringute seaduse (I GUS) §24 lõige (2) punkt 4 kohaselt on tagasikodeerimine lubatud vastutava töötleja ettepanekul ja eetikakomitee nõusolekul geenidoonori tuvastamiseks, temaga ühenduse võtmiseks ning tema kirjalikul nõusolekul terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks. Uuringusse ei kaasata geenidoonoreid, kes on keelanud oma andmete täiendamise, uuendamise ja kontrollimise. Kutse saadetakse GD-le kas nimelise kirjaga posti teel või e-posti teel, kui on olemas emaili aadress . Kiri märgistatakse tähisega „Isiklik“. Postiseaduse § 33 lõige (1) kohaselt on postisaladus postisaadetise sisu ja konkreetse isiku postikäivet puudutav informatsioon ning sama seaduse lõige (2) sätestab, et postiteenuse osutaja, tema töötaja ja postiteenuse osutajat juhtima õigustatud isik peavad hoidma postisaladust nii teenuse osutamise ajal kui ka pärast seda. GD-le saadetav kiri sisaldab infokirja GD-le (lisa 1) , väljaheite kogumise katsuti koos juhendiga ja küsimustik kodus täitmiseks (lisa 3 ). Mittevastanutele on kavas saata meeldetuletavad kirjad, mille sisu on analoogne esimese kirja omaga. Kutseid saadab ning vastuseid ja vastuvõtuaegu registreerib selleks volitatud isik. Isikustatud andmeid hoitakse kodeerimiskeskuses. P ärast kirja saamist võ tavad GD-d ühendust EGV-ga kas telefoni , SMS -i või e lektronkirja teel , seejärel lepitakse kokku vastuvõtuaeg andmekoguja juurde. Andmekogumise protseduur viiakse läbi EGV andmekogumiskabinettides ning on analoogne EGV põhiandmekogumise käigus teostatavate toimingutega, mida reguleerivad EGV andmekogumise protseduurijuhendid. Uuringu käigus võetakse geenidoonorilt 5 0 ml veeniverd, milleks kasutatakse ühekordse id vahendeid. Korduv vereproovi võtmine toimub biokeemiliste markerite (metaboliitide) määramiseks vereplasmast . Lisaks võetakse GD suu mikrobioomi proov ja väljaheite proov (roojaproov) , et hinnata suu ja soolestiku mikroobiline koostis ja funktsionaalne roll. Korduva v ereproovi , suu limaskesta kaape ja väljaheiteproovi võtmiseks annab geenidoonor kirjaliku nõusoleku allkirjastades nõusolekuvormi ( l isa 2 ). 8. UURIMISMETOODIKA TÄPNE KIRJELDUS Uuring toimub EGV - s ning selle käigus kogutakse andmed kuni 4 000 eestlase suu ja soolestiku mikrobioomi profiili ja funktsio oni kohta ning seostatakse kogutud andmeid inimese genoomi ja metaboloomika andmetega. EGV andmekabinettides vii akse lä bi geenidoonorite taasküsitlemin e ja koe ning suu mikrobioomi proovide kogum in e ja esma ne töötlemin e. Soolestiku mikrobioomiproov (väljaheite proov) saadetakse EGVsse spetsiaalses katsutis postiga, kasutades makstud vastusega ümbrikut. Antud uuringu andmekogumis e protseduur on analoog ne esmakordselt geenidoonoriks saamise ga . Uuringus osalemiseks allkirjastavad GD -d Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku lehe ( l isa 2 ). Suu ja väljaheite proovidest eraldatakse bakteriaalne DNA, mis sekveneeritakse kasutades kas 16S rRNA varieeruvaid piirkondi või kogu genoomi sekveneerimist (metagenoomika). Sekveneerimisel kasutatakse Illumina tehnoloogiaid (MiSeq või HiSeq 2500 sekvenaatoreid) . Bakterigenoomide sekveneerimisanalüüs planeeritakse läbi viia firma des BGI TECH SOLUTIONS harufirmas LATVIA MGI TECH, SIA (MGI) ( Dr. Yicheng Liu ) , Novogene ( Dr. Ruiqiang Li ) . Mõlemas uurimisasutuses on olemas selliste analüüside tegemise võimekus. Proovide väljasaatmiseks väljaspool Eesti Vabariigi territooriumi taotletakse eraldi luba Tartu Ülikooli senatist. Väljastatakse uuringu raames kogutud iga geenidoonori (N=4000) k ohta süljeproov (à 500µl), väljaheite proov (à 500mg) , bakterite DNA proov (à 2 µg). Sülje ja väljaheiteproovist eraldatakse bakteriaalne DNA, millega tehakse sekveneerimisanalüüs. Saadud tulemuste edasine analüüsimine toimub Eestis. Seetõttu uurijaid välismaalt ei kaasata. Fenotüübi andmeid ei väljastata, kõik analüüside tulemused säilitatakse üksnes TÜ EGV andmebaasides ning kogu protsessist ülejääv bioloogilise materjali ülejääk kas saadetakse TÜ EGVsse tagasi, või hävitatakse. Koostöö raames Christian-Albrechts-Kieli Ülikooli Kliinilise Molekulaarioloogia instituudiga ( IKMB ) Saksamaal teostatakse valitud geenidoonoritele (kuni 500 geenidoonorit) sekveneerimisanalüüs IKMB-s Saksamaal. Tegemist on koostööprojektiga, mille eesmärgiks on uurida põletikulise soolehaiguse (IBD) seoseid mikrobioomiga , mille raames valitakse antud uuringu raames kogutud uuritavatest välja sobilikud kontroll -indiviidid uuringusse kaasatud IBD patsientidele (IBD patsiendid on kogutud teise uurimisprojekti raames , tegemist ei ole geenidoonoritega). IKMB-le väljastatakse uuringu raames kogutud iga geenidoonori (N=500) bakteriaalne DNA proov (à 2 µg), millele teostatakse sekveneerimisanalüüs. Saadud tulemuste edasine analüüsimine toimub Eestis. Sekveneerimisandmete analüüsil osalevad ainult uurijad, kes on lisatud uurimistaotlusele. Fenotüübi andmeid ei väljastata, kõik analüüside tulemused säilitatakse üksnes EGV andmebaasides ning kogu protsessist ülejääv bioloogilise materjali ülejääk kas saadetakse EGVsse tagasi või hävitatakse. Proovide edasine staatus lepitakse kokku täpsemalt lepingus. Koeproovid väljastatakse mikroobse DNA sekveneerimiseks: Institute for Clinical Molecular Biology Christian-Albrechts-University of Kiel Rosalind-Franklin-Str. 12 24105 Kiel, Germany Analüüsiks kasutakse vabalt kättesaadavaid tarkvaraprogramme nagu QIIME ja MOTHUR. Lisaks mikroobide liigilise koosseisu määramisele, hinnatakse mikroobide funktsionaalne profiil, kasutades kas 16S rRNA-l põhinevat PICRUST algoritmi või kogu genoomi sekveneerimist. Igale GD-le koostatakse kataloog suus ja soolestikus esinevate mikroobidest ning esinevate mikroorganismide funktsioonidest. Mikrobioomi ja tervisenäitajate hindamisel kasutatakse erinevaid vabavarana saadaolevaid tarkvara pakette nagu Vegan , MaAsLin , Stamp, LefSe, Plink . Lisaks määratakse uuritavate vereproovist metaboliitide koosseis. Mikroobide ja metaboliitide vaheliste seoste hindamiseks kasutame ka võrgustiku ( network ) analüüsi (WGCNA mudel). Selline mitmetahuline analüüs annab võimaluse leida nii üksikuid mikroob-metaboliit vahelisi seoseid kui ka kompleksseid võrgustikke ja radasid. Antud projekti raames on EGV-s plaanis analüüsida lisaks uurimistöö käigus saadud mikrobioomi andmetele ka varasemates uuringutes teostatud DNA sekveneerimise ja genotüpiseerimise, transkriptoomi, proteoomika, epigeneetika andmeid ning teostataks bioinformaatilisi analüüse kasutades süsteemibioloogia meetodeid. Selliste analüüside käigus proovitakse leida uusi biomarkereid erinevate haiguste tuvastamiseks ja ravi edukuse jälgimiseks. Uuringu käigus kogutud plasmaproovides t (seisuga september 2020 on kogutud proovid 2500 geenidoonorilt) on plaanis määrata antikeha epitoopide profiil kasutades mimotoop-variatsiooni analüüsi (MVA, immunoprofileerimine) meetodit. Lühidalt, ühes MVA analüüsis kasutatakse 2.5ul plasmat, mis inkubeeritakse juhuvalikuga peptiidi M13 faagidisplei raamatukoguga. Seejärel faag-antikeha kompleksid püütakse proteiin G-kattelistele magnetkerakestele. Mitteseondunud faagid eemaldatakse korduvpesudega, seondunud fraktsioon lüüsitakse, DNA amplifitseeritakse ning peptiidsed järjestused tuvastatakse kasutades faagi DNA sekveneerimiseks Illumina HiSeq meetodit. Saadud peptiidide andmestikust valitakse statistilisi meetodeid kasutades välja parimad kontroll- ja katserühma eristavad epitoobid spetsiifilisuse ja sensitiivsuse väärtuste kriteeriumi alusel ning neid analüüsitakse edasiselt järgnevas valideerimise protsessis erinevate immuunanalüüsi meetoditega, sh peptiidikiip (vajadusel ELISA või Western blot analüüs 24 . Seerumis leiduvate antikehade valideerimiseks peptiidikiibi meetodil peptiidid või faagid prinditakse, lisatakse peptiidikiibile lahjendatud plasma ning inkubeeritakse üleöö. Tris-puhverdatud soolalahuse (TBS) pesude järgselt lisatakse märgisega konjugeeritud inimese Ig vastased sekundaarsed antikehad. Inkubatsiooni järel pestakse kiipi TBS-i ja veega, lastakse kuivada, skaneeritakse ning tulemused analüüsitakse vastavate pildi töötlusprogrammidega. Valideerimiseks kasutatavad peptiidsed või valgulised antigeenid kas sünteesitakse või saadakse a) rekombinantseid meetodeid kasutades; b) kommertsiaalsetest allikatest. Kõik laboris teostatavad katsed toimuvad vastavalt laboris eelnevalt välja töötatud protokollidele ehk SOP-dele ( standard operating procedur es). Immunoprofileerimisega seotud töödeks plaanitakse kasutada kuni 200ul plasmat. Töö eksperimentaalne teostamine ja saadud tulemuste analüüsimine toimub Eestis. Fenotüübi andmeid ei väljastata, kõik analüüside tulemused säilitatakse üksnes TÜ EGV andmebaasides ning kogu protsessist ülejääv bioloogilise materjali ülejääk kas saadetakse TÜ EGVsse tagasi, või hävitatakse. Kuna mikrobioomi kooslus muutub kogu eluea vältel ning seda mõjutavad väga paljud erinevad faktorid, siis on väga oluline jälgida mikrobioomi muutusi ajas pikemalt ning koguda andmed erinevatest ajapunktidest. See annaks võimaluse hinnata geenidoonorite mikrobioomi muutusi koos tervise muutustega ning hinnata mikrobioomi mõju näiteks haiguste kujunemisel ja/või ravimite tarbimisel. Üheks oluliseks uurimisküsimuseks oleks välja selgitada, milline on soolestiku ja suu mikrobioomi mõju haigusriskide hindamisel. Riskimudelite välja töötamiseks oleks vajalik meil jälgida mikrobioomi muutusi ajas ning neid analüüsida koos inimese elustiili ja terviseparameetritega. Seetõttu soovime koguda uuringus juba osalenud geenidoonoritelt lisaks proovid veel ühest andmepunktist. Kogutakse täpselt samad proovid, mis esialgu: suu limaskesta kaape proov, väljaheite proovi soolestiku mikroobide määramiseks ning 1 vereproov (50 mL) vereplasmast metaboliitide määramiseks . Uuringut plaanitakse läbi viia arvestusega, et teise ajapunkti proovid oleksid kogutud vähemalt 4 aastat peale esimese ajapunkti kogmist (esimeste proovide kogumisega alustati 2017 aasta sügisel). Uuringus osalenud geenidoonorile saadetakse elektronkirjaga Uuringu infokiri ( l isa 4), milles kutsutakse geenidoonorit osalema uuesti „ Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu kohordis“ teadusuuringus, mille raames soovitakse koguda proovid teisest ajapunktis. Kutses selgitatakse vajadust teise andmepunkti proovide kogumiseks. Uuringus osalemiseks palutakse geenidoonoril ( GD ) minna https://geenidoonor.ee lehele ning sisse logida „ Mikrobioomi uuringute“ keskkonda, kus on võimalik allkirjastada uuringus osalemiseks nõusoleku vorm (lisa 5). Nõusoleku vormis palume geenidoonorite täpsustada oma kontaktandmeid (e-posti ja postiaadress), et saaksime neile saata proovi kogumise katsuti ning vajadusel ühendust võtta. Peale nõusoleku andmist saadetakse GD-tele koju väljaheite proovi võtmise juhend ja kogumise katsuti ning registreeritakse veebis vastuvõtu aeg Geenivaramu andmekogumise kabinetti. Lisaks proovide kogumisele palutakse uuringus osalejatel täita uuesti uuringus varem kasutatud veebipõhine uuringuküsimustik, mis võimaldab hinnata GD-te elustiili ja tervist teises ajapunktis (lisa 3 ) . Meie esimese ajapunkti andmete analüüs näitas, et nii vaimse tervisega seotud haigused kui ka antidepressantide kasutamine mõjutavad oluliselt soolestiku mikrobioomi. Kuna viimased 4 aastat on olnud inimestele väga keeruline aeg (koroona epideemia jt. tegurid), mis võivad avaldada olulist mõju vaimsele tervisele, siis sooviksime teises ajapunktis lisada oma uuringu küsimustikule juurde ka küsimused (lisa 3; küsimustiku blokid nr 31-33 ) , mis võimal daks täpsemini hinnata geenidoonorite heaolu ja vaimset tervist samas ajapunktis kogutud mikrobioomi proovidega. Vaime tervise ja heaolu hindamiseks kasutatakse EEK2 instrumenti ning CIDI intervjuul baseeruvaid skriiningküsimusi elu jooksul esinenud vaimse tervise probleemide hindamiseks. K üsimustik u täitmine võtab aega umbes 30 minutit. Uues ajapunktis kogutud proovide töötlemine ning analüüs toimub nagu on kirjedatud põhitaotluses. Andmete edasiseks analüüsimiseks palutakse luba kasutada geenidoonorite tervise hindamiseks andmeid Geenivaramu andmekogust, kus sisalduvad Tervise infosüsteemiga lingitud andmed. Iga uuringus osalenund geenidoonori kohta soovime saada teha päringuid kaasuvate haiguste (RHK-10 koodid) ja retseptiravimite andmebaasi alusel väljaostetud ravimite (ATC koodide alusel) kohta. Uurijad saavad terviseandmestiku info pseudonüümitult geenidonorite kohta. 9. UURIMISTÖÖ EETILISTE ASPEKTIDE KIRJELDUS A nalüüsitavad koeproovid on loovutanud isikud, kes on vabatahtlikkuse alusel hakanud TÜ EGV geenidoonoriks. Uuringus osalemine on vabatahtlik. Osaleda soovijatele on antud võimalus saada eelnevalt lisainformatsiooni uuringu tingimuste ja eesmärkide kohta. Uuringu kasud: Uurimistöö tulemusena loodame tuvastada mikrobioomi seoseid tervisenäitajate ja pärilikkusega, mis võiks aidata avastada uusi haiguste tekkemehhanisme. Samuti uurime mikrobioobi seost ravimite metabolismiga, mis võimaldab saada ulatuslikumalt ülevaadet ravimite metabolismist ja taluvusest. Selliste mehhanismide täpsem tundmine võimaldab anda soovitusi elustiili muutmiseks vastavalt inimese mikrobioomi ja geneetilisele omapärale. Käeoleva uuringu tulemuste kohta GD-le personaalset tagasisidet ei anta, kuna kogutavad andmed on aluseks edasistele uuringutele ning seoste leidmine geeniandmete, keskkonnategurite ja mikrobioomi vahel ongi käesoleva uuringu eesmärk. Kaudset kasu saavad aga kõik GD-d, sest uurimistöö tulemusena saadakse uut teavet ning tagasiside andmis e l GD-le on see väärtuslikuks lisainformatsiooniks. Uuringu riskid: Isikuandmete turvaline käitlemine antud uuringu käigus on tagatud EGV-s kasutusel olevate isikuandmete kaitse meetmetega ja infotehnoloogiliste lahendustega. Need on kasutusel olnud alates EGV andmekogumise algusest ning pidevalt täienenud. EGV-s on kõik andmekogumise protseduurid kirjeldatud ning neid järgitakse rangelt. Biomaterjali kogumisega seotud riskide vähendamiseks on kasutusel ainult ühekordsed materjalid ning vereproovide kogumist viivad läbi kogenud andmekogujad. 9.1 Uurimistöö andmekaitse aspektid Uurimistöös kasutatakse varem TÜ EGVga liitunud geenidoonorite andmeid, mis on pseudonüümitud. Tagasikodeerimist võimaldavad koodid ning isikuandmed paiknevad kodeerimiskeskuses, mis on kõrgeima turvalisusastmega ala EGVs. Tagasikodeerimist teostab EGV töötaja, kellele on EGV direktori käskkirja alusel antud õigus isikustatud andmete töötlemiseks. Andmekogumise protseduur viiakse läbi EGV andmekogumiskabinetis juhindudes EGV andmekogumise protseduurijuhenditest. Kutseid ei saadeta geenidoonoritele, kes on keelanud oma andmete täiendamise. Uurijad töötavad eranditult vaid anonüümsete andmetega 10. TEAVE SAMA PROJEKTI VARASEMAST VÕI SAMAAEGSETEST HINDAMISTEST VÕI HEAKSKIITMISTEST MUJAL Ei ole. 11 . LISAD: Infokiri geenidoonorile Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku leht Uuritava informeerimise ja teadliku nõusoleku leht_teine ajapunkt Küsimustik Uuringu läbiviijate CV-d KASUTATUD KIRJANDUS Tremaroli, V. & Bäckhed, F. Functional interactions between the gut microbiota and host metabolism. Nature 489, 242–9 (2012). Round, J. L. & Mazmanian, S. K. The gut microbiota shapes intestinal immune responses during health and disease. Nat. Rev. Immunol. 9, 313–23 (2009). Ridlon, J. M., Kang, D. J., Hylemon, P. B. & Bajaj, J. S. Bile acids and the gut microbiome. Curr. Opin. Gastroenterol. 30, 332–8 (2014). Palm, N.W. et al. Immunoglobulin A coating identifies colitogenic bacteria in inflammatory bowel disease. Cell 158 , 1000–1010,(2014) Karlsson, F., Tremaroli, V., Nielsen, J. & Bäckhed, F. Assessing the human gut microbiota in metabolic diseases. Diabetes 62, 3341–9 (2013). Qin, J. mfl. A metagenome-wide association study of gut microbiota in type 2 diabetes. Nature 490, 55–60 (2012). Karlsson, F. H. mfl. Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control. Nature 498, 99–103 (2013). Org, E. mfl. Genetic and environmental control of host-gut microbiota interactions. Genome Res. 25, 1558–69 (2015). Wang, Z. mfl. Gut flora metabolism of phosphatidylcholine promotes cardiovascular disease. Nature 472, 57–63 (2011). Tang, W. H. W. mfl. Intestinal microbiota-dependent phosphatidylcholine metabolites, diastolic dysfunction, and adverse clinical outcomes in chronic systolic heart failure. J. Card. Fail. 21, 91–6 (2015). Mayer, E.A., Knight, R., Mazmanian, S.K., Cryan, J.F., Tillisch, K.. Gut microbes and the brain: paradigm shift in neuroscience. J. Neurosci. Off. J. Soc. Neurosci. 34 , 15490–15496. (2014) Sampson, T.R., Mazmanian, S.K. Control of brain development, function, and behavior by the microbiome. Cell Host Microbe 17 , 565–576 (2015). Vaahtovuo J, Munukka E, Korkeamaki M, Luukkainen R, Toivanen P. Fecal microbiota in early rheumatoid arthritis. J Rheumatol 35 :1500–1505 (2008). Wroblewski LE, Peek RM, Coburn LA. The Role of the Microbiome in Gastrointestinal Cancer. Gastroenterol Clin North Am.(2016) Parks, B. W. mfl. Genetic control of obesity and gut microbiota composition in response to high-fat, high-sucrose diet in mice. Cell Metab. 17, 141–152 (2013). David, L. A. mfl. Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome. Nature 505, 559–63 (2014). Wu, G. D. mfl. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes. Science 334, 105–8. (2011) Tan J, McKenzie C, Vuillermin PJ, Goverse G, Vinuesa CG, Mebius RE, Macia L, Mackay CR. Dietary Fiber and Bacterial SCFA Enhance Oral Tolerance and Protect against Food Allergy through Diverse Cellular Pathways. Cell Rep . Jun 21 ;15(12):2809-24.(2016) Simone Becattini, Ying Taur, Eric G. Pamer. Antibiotic-Induced Changes in the Intestinal Microbiota and Disease. Trends Mol Med. Jun; 22 (6): 458–478. (2016) Spanogiannopoulos, P., Bess, E. N., Carmody, R. N. & Turnbaugh, P. J. The microbial pharmacists within us: a metagenomic view of xenobiotic metabolism. Nat. Rev. Microbiol. Apr;14(5):273-87 , (2016). Haiser, H. J., Seim, K. L., Balskus, E. P. & Turnbaugh, P. J. Mechanistic insight into digoxin inactivation by Eggerthella lenta augments our understanding of its pharmacokinetics. Gut Microbes 5, 233–238 (2014). Haiser, H. J. & Turnbaugh, P. J. Is it time for a metagenomic basis of therapeutics? Science 336, 1253–5 (2012) McCreight, L. J., Bailey, C. J. & Pearson, E. R. Metformin and the gastrointestinal tract. Diabetologia 59, 426–35 (2016)
Saatja: "Tartu Ülikool" <
[email protected]>
Saaja: "SM Info"
Teema: Jätkutaotlus EBINile uurimistööle "Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu kohordis“ kooskõlastuse saamiseks
Kuupäev: 2024-04-16 16:40
Tere!
Esitame EBIN-ile uuesti väikeste muudatustega jätkutaotluse nr 12 uurimistöö
"Mikroobikoosluse ja tervise vaheliste seoste uurimine Tartu Ülikooli Eesti
geenivaramu kohordis“ kohta. Palume taotluse menetleda kiirkorras.
Uurimistöö vastutav täitja on Elin Org.
Teiega on jagatud Webdesktop-i dokumenti vaatamiseks/allkirjastamiseks, mis
asub järgneval aadressil:
https://dok.ut.ee/sharing/?page=view_shared_item
<https://dok.ut.ee/sharing/?page=view_shared_item&item_id=2484085299&key=6d82823bb065dc942bf7dd1595c411f5a0de730c&lang=et>
&item_id=2484085299&key=6d82823bb065dc942bf7dd1595c411f5a0de730c&lang=et
Lugupidamisega
Ene Mölder
[email protected]
+372 507 1174