Vastus andmepäringule tervise infosüsteemist (Tarkvara TAK uuring)

ERAELU KAITSE JA RIIGI LÄBIPAISTVUSE EEST OTSUS isikuandmete töötlemisest teadusuuringuks nr 2.2-/17/29 Otsuse tegija Andmekaitse Inspektsiooni vaneminspektor Liisa Ojangu (peadirektori volitusel) Otsuse tegemise aeg ja koht Tallinnas, 20.09.2017 Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus OÜ 11672027 Taotluse esitaja Ülikooli 2, Tartu 51003 [email protected] RESOLUTSIOON: Isikuandmete kaitse seaduse § 16 lõige 3 alusel otsustan: anda luba andmesubjektide nõusolekuta isikuandmete töötlemiseks teadusuuringus "Tervise infosüsteemi epikriiside ja saatekirjade andmestiku epidemioloogiline, kvaliteediline ja statistiline analüüs” 08.09.2017 taotluses ja selle lisades esitatud tingimustel ja mahus. VAIDLUSTAMISVIIDE: Otsuse peale on võimalik esitada 30 päeva jooksul vaie haldusmenetluse seadustiku § 71 lõikes 1 sätestatud korras või esitada kaebus halduskohtule halduskohtumenetluse seadustiku § 7 lõikes 1 sätestatud korras. TAOTLUSE ESITAJA SELETUS ja KINNITUSED: Isikuandmete töötlemise eesmärk: Uuringu eesmärgiks on analüüsida Tervise Infosüsteemis (TIS) sisalduvaid terviklikke kliinilisi andmeid kvaliteedilisest, lingvistilisest ja infotehnoloogilisest aspektist. Uurimistööl on kaks omavahel tugevalt seotud alameesmärki: 1) Olemasolevate andmeeraldus- ja andmepuhastus töövoogude edasiarendamine, parendamine ja laiendamine tervele TIS-i andmestikule (võimaldamaks terviseandmete paremat kasutamist teadusuuringuteks ning tulevikus paremate e-tervise lahenduste loomiseks). 2) Epikriiside ning saatekirjade andmestiku statistiline ja masinõppepõhine analüüs konkreetsete epidemioloogiliste, meditsiiniliste ja ravikvaliteedialaste küsimuste kontekstis: Väike-Ameerika 19 / 10129 Tallinn / 627 4135 / [email protected] / www.aki.ee Registrikood 70004235  a. populatsiooniüleste tervisenäitajate koondamine ja nende usaldusväärsuse hindamine; b. ravikvaliteedi indikaatorite automaatse arvutamise võimalikkuse uurimine; c. patsiendi raviprotsessi (s.h elukoha ja eri raviasutuste vahel liikumise) kaardistamine – statistiline analüüs üle kõikide patsientide; d. populatsiooniülese ravimite kõrvalmõjude ja tõhususe mõõtmine; e. erinevate haigusregistrite andmete eeltäitmine ja kooskõla hindamine; f. personaalmeditsiini otsusetugede toimimiseks vajalike kliiniliste andmete eraldamine; g. populatsioonipõhiste epidemioloogiliste analüüside läbi viimine. Töötlemiskoha aadressid: Ülikooli 2, Tartu 51003 Töödeldavate andmete koosseis: Uurimistöös töödeldakse Tervise Infosüsteemist pärit epikriiside, saatekirjade ja saatekirja vastuste järgmist andmekoosseisu:  Patsiendi üldandmed: pseudonüüm, sünniaasta, sugu, elukoha maakond  Dokumendi üldandmed (haigusjuhtumi liik, dokumendi tüüp, number, versioon, kuupäev, saatekirja kehtivuse ajavahemik)  Tervishoiuasutus, mis dokumendi väljastas  Dokumendi koostaja eriala  Perearsti praksise nimetus  Suunaja eriala ja tervishoiasutus  Saatekirja tellimuse number ja dokumendi liik  Haigusjuhtumi kirjeldus  Surma aeg  Külastused  Lõplik kliiniline diagnoos  Suunamine (kuhu suunatud blokist ainult asutus ja eriala)  Kliiniline diagnoos  Patomorfoloogiline diagnoos  Otsus  Anamnees (s.h ravimid), diagnoosi põhjendus ja kulg  Allergia  Objektiivne leid  Uuringud ja protseduurid, operatsioonid, analüüsid (s.h radioloogilised uuringud, patoloogia uuringud, laboratoorsed uuringud, koloskoopia uuringud)  Märkused  Immuniseerimine  Kokkuvõte patsiendi ravist  Seisund väljakirjutamisel  Režiimi ja ravialased soovitused, s.h taastusraviks  Töökorralduse muutmise vajadus, põhjus  Väljastatud ravimid  Väljastatud dokumendid  Vastuvõtule pöördumise aeg  Telemeditsiinilisel konsultatsioonil osaleja eriala  Dokumendi koostamise kuupäev  Vastutaja asutuse nimi ja kood Patsienti otseselt identifitseerivad andmed on eemaldatud ja asendatud Tervise 2 (3) Infosüsteemi volitatud töötleja (TEHIK) poolt pseudonüümiga, samuti on eemaldatud arstide nimed ja koodid. Isikuandmete allikad: Tervise Infosüsteemi sisestatud epikriisid, saatekirjad ja saatekirja vastused. Need vastuvõtjad või vastuvõtjate kategooriad, kellele andmed võidakse avalikustada: Ei ole. Andmete kavandatav edastamine kolmandatesse riikidesse: Ei edastata. Taotleja kinnituste kohaselt: Andmete töötlemine ei kahjusta andmesubjekti huve, sest väljund on teaduslik üldistus ja e- tervise valdkonna jaoks paremad IT-lahendused. ANDMEKAITSE INSPEKTSIOONI PÕHJENDUSED ja SELGITUSED: Isikuandmete kaitse seaduse § 16 lõige 3 sätestab nõude, et isikustatud andmetega ja isiku nõusolekuta uuringu läbiviimiseks peab olema Andmekaitse Inspektsiooni eelnev luba. Loamenetluse käigus on taotluse esitaja mulle kinnitanud, et isikuandmete töötlemisel võetakse isikuandmete kaitseks kasutusele piisavad organisatsioonilised, füüsilised ja infotehnilised turvameetmed ning registreeritud on delikaatsete isikuandmete töötlemine. Taotluse esitaja on hinnanud ja välja toonud ülekaaluka avaliku huvi ning kinnitanud, et töödeldavate isikuandmete põhjal ei muudeta isikute kohustuste mahtu ega kahjustata muul viisil ülemääraselt andmesubjektide õigusi. Olen arvestanud Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee otsusega. Andmekaitse Inspektsiooni luba isikuandmete töötlemiseks teadusuuringus kehtib tingimustel, mis on 08.09.2017 taotluses inspektsioonile esitatud ning lisamaterjalides kajastatud. Kui teadusuuringu loa taotluses esitatud tingimused muutuvad, tuleb sellest Andmekaitse Inspektsiooni teavitada. /allkirjastatud digitaalselt/ Liisa Ojangu vaneminspektor peadirektori volitusel 3 (3) Jaak Vilo [email protected] Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus Meie 21.12.2017 nr 5.2-9/693-2 Vastus tervise infosüsteemist andmete väljastamise taotlusele teadusuuringuks Lugupeetud Jaak Vilo Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskuse poolt läbiviidava teadusuuringu uurijad on edastanud Sotsiaalministeeriumile teabenõude andmete väljastamiseks tervise infosüsteemist. Vastavaid andmeid küsitakse uuringu „Tervise infosüsteemi epikriiside ja saatekirjade andmestiku epidemioloogiline, kvaliteediline ja statistiline analüüs“ läbiviimiseks. Uuringu eesmärgiks on analüüsida tervise infosüsteemis sisalduvaid terviklikke kliinilisi andmeid kvaliteedilisest, lingvistilisest ja infotehnoloogilisest aspektist. Uurimistööl on kaks omavahel tugevalt seotud alameesmärki: 1) Olemasolevate andmeeraldus- ja andmepuhastus töövoogude edasiarendamine, parendamine ja laiendamine tervele TIS-i andmestikule (võimaldamaks terviseandmete paremat kasutamist teadusuuringuteks ning tulevikus paremate e-tervise lahenduste loomiseks). 2) Epikriiside ning saatekirjade andmestiku statistiline ja masinõppepõhine analüüs konkreetsete epidemioloogiliste, meditsiiniliste ja ravikvaliteedialaste küsimuste kontekstis: a. populatsiooniüleste tervisenäitajate koondamine ja nende usaldusväärsuse hindamine; b. ravikvaliteedi indikaatorite automaatse arvutamise võimalikkuse uurimine; c. patsiendi raviprotsessi (s.h elukoha ja eri raviasutuste vahel liikumise) kaardistamine – statistiline analüüs üle kõikide patsientide; d. populatsiooniülese ravimite kõrvalmõjude ja tõhususe mõõtmine; e. erinevate haigusregistrite andmete eeltäitmine ja kooskõla hindamine; f. personaalmeditsiini otsusetugede toimimiseks vajalike kliiniliste andmete eraldamine; g. populatsioonipõhiste epidemioloogiliste analüüside läbi viimine. Uurimistöös töödeldakse tervise infosüsteemist pärit epikriiside, saatekirjade ja saatekirja vastuste andmekoosseisusid, mis on märgitud taotluses. Patsienti otseselt identifitseerivad andmed on eemaldatud ja asendatud tervise infosüsteemi volitatud töötleja Tervise ja heaolu infosüsteemide keskuse (TEHIK) poolt pseudonüümiga, samuti on eemaldatud arstide nimed ja koodid. Tuginedes isikuandmete kaitse seaduse § 16 lõikele 3, tervise infosüsteemi eetikakomitee 4.10.2017. a otsusele, Tartu Ülikooli inimuuringute eetikakomitee otsusele nr 268/T-12 ning Gonsiori 29 / 15027 Tallinn / 626 9301 / [email protected] / www.sm.ee / registrikood 70001952  2 Andmekaitse Inspektsiooni otsusele nr 2.2-/17/29, anname nõusoleku teabenõudes küsitud andmete väljastamiseks tervise infosüsteemist. Tulenevalt Vabariigi Valitsuse 01.12.2016. a määruse nr 138 „Tervise infosüsteemi põhimäärus“ § 4 lg 2 punktist 4 sõlmib Tervise ja Heaolu Infosüsteemise Keskus Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskuse uurijatega andmevahetuse kokkuleppe, milles on kirjeldatud vastavalt lisas 4 märgitud lepingu kavandile turvaline andmete üleandmise viis, teadusuuringu tegemise käigus toimuv andmetöötlus, konfidentsiaalsuse klausel, võimalike riskide maandamise meetmed, andmete hävitamine peale andmetöötluse lõppu ja muud meetmed, mis tagavad andmete turvalise töötlemise. Lähtuvalt uurimistöö läbiviimise eesmärkidest, läbiviidavast suuremahulisest tervise infosüsteemi andmeanalüüsist ja selle eeldatavatest tulemustest (taotluse lk 10) on uuringu läbiviijal kohustus tutvustada uuringu tulemusi Sotsiaalministeeriumile kui tervise infosüsteemi vastutavale töötlejale vähemalt üks kord aastas ning teha ettepanekuid edasise koostöö vormistamiseks. Lugupidamisega (allkirjastatud digitaalselt) Marika Priske Kantsler Lisa: 1. Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskuse taotlus 2. Andmekaitse Inspektsiooni otsus nr 2.2-/17/29 3. Tervise infosüsteemi eetikakomitee 4.10.2017. a otsus 4. Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskuse ja Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskuse andmete väljastus lepingu kavand Mai-Liis Kullama 6269755  3 [email protected] Küsimused-vastused - Tarkvara TAK Taotlus: Tervise infosüsteemi epikriiside ja saatekirjade andmestiku epidemioloogiline, kvaliteediline ja statistiline analüüs Täname Tervise Infosüsteemi Eetikakomiteed täiendavate küsimuste eest seoses anonümiseeriud andmete väljastamise, haldamise, töötlemise ja kaitsega. Q1: Kuidas tagatakse serveri füüsiline kaitse? * Serverid asuvad lukustatud serveriruumis, mis paikneb Tarkvara TAK kontoriruumides. * Sissepääs Tarkvara TAKi kontoriruumi on võimalik ainult elektroonilise kiibiga. Kiip on ainult Tarkvara TAK töötajatel. Sisenemised logitakse. Lahkunud töötajate kiibid konfiskeeritakse. * Töövälisel ajal on Tarkvara TAK kontoriruumid elektroonilise valve all. Valvest maha saavad võtta vaid Tarkvara TAK töötajad neile antud personaalse koodiga (iga kood erinev). Kõik valvesse panekud ja valvest maha võtmised logitakse. * Serveriruumi uks on märgistamata * Serveriruumi uks on tugevdatud * Serveriruum on eraldi valves, valvest mahavõtmise koodi teab ainult süsteemiadministraator, kes on ka ainus, kes serveriruumis tohib käia. * Serveriruumis on liikumisandur, häiresignaal edastatakse turvafirmale. Q2: Kuidas korraldatakse rakendatust? (e. turvameetmete täiendavat rakendamist) * Andmeserver on kättesaadav vaid sisevõrgust. * Andmeserveri andmete kõvakettad on krüpteeritud. * Juurkasutaja (root) ligipääs on ainult süsteemiadministraatoril. * Kogu Tarkvara TAK välisvõrk toimib läbi Tartu Ülikooli võrgu ja sealse (ISKE M-tasemele vastava) tulemüüri. * Sisevõrk käib läbi Tarkvara TAK enda tulemüüride (iptables ja mikrotik) * Kõikidest avatud portidest on olemas dokumenteeritud ülevaade. * Taotletavaid andmeid kusagil veebis ei publitseerita. Q3: Kuidas kontrollitakse LDAP kasutajaid ja kasutajagruppi? Kes sellesse kasutajagruppi kuuluvad? * Autoriseerimine toimub läbi LDAPi. * LDAPi kaudu on ka kasutajate õigused piiratud - iga kasutaja saab ligi ainult neile serveritele ja teenustele kuhu talle ligipääs antud (authorizedService ja hosts parameetrid) * LDAP päringuid kontrollitakse läbi moodulite mod_ldap ja pam. * Kõigil Tarkvara TAK töötajatel, kes serverit kasutavad, on igaühel eraldi kasutajatunnus/parool * Nõutakse, et kasutajatunnuste paroolid oleks keerulised (vähemalt 8 märki, suur- ja väiketähed, numbrid) * Korduval parooli valesti sisestamisel kasutaja automaatselt blokeeritakse. * Grupi puhul vaatame kas kasutaja memberUid on gruppi lisatud, sinna kuuluvad ainult vastava projektiga seotud inimesed. * Projektiga seotus on sätestatud vastavate isikute töölepingus koos konfidentsiaalsuse kohustusega; uurimigruppi kuuluvad doktorandid, magistrandid, tarkvarainsenerid ja teadurid. * Töötaja töölepingu lõppemisel kasutajakonto suletakse. * LDAP kasutajaid lisab taotletavate andmete gruppi süsteemiadministraator üksnes uurimisgrupi liikmete korraldusel ning üksnes juhul, kui töötajal on Tarkvara TAK vastava uurimisrühma liige. Kõik lisamised ja muutmised dokumenteeritakse. Q4: Kuidas tagatakse, et andmeid ei annulleerita? * Kõik töötajad on alla kirjutanud konfidentsiaalsuslepingule, mis kohustab neid järgima "IT ressursside kasutamise korda" * Turvaline hävitamine: ** kirjutatakse andmed üle - s.t formaaditakse kettad üle (UNIXis käsk shred) ** kõikide andmetest tehtud väljatrükkide jaoks on spetsiaalne hävituskast * Tarkvara TAK määrab nimeliselt andmekaitse eest vastutav isiku. Praegu on süsteemiadministraator Mihkel Manguse. * Taotletavad andmed paigaldatakse serverile kirjutuskaitstud režiimis - väldib andmete juhuslikku annulleerimist (kui küsimusega peeti ikka seda silmas) Q5: Lahendus, kuidas on tagatud isikuandmete turvalisus? (TEHIKu keskkond, meditsiiniasutus). * Andmetest eraldatakse identifitseerimist võimaldavad väljad. Alles jääb sünniaasta, millest saab tuletada umbkaudse vanuse; tervishoiuteenust osutava asutuse info ning elukoha info geograafiline piirkond (kohaliku omavalitsuse täpsusega). Geograafiline piirkond võimaldab uurida regionaalseid tunnuseid ja üldiselt eeldatavat keskkonna mõju tervisetrajektooridele. * Isikukood asendatakse krüpteeritud (või juhuslikult genereeritud) koodiga, millega on võimalik siduda ühe isiku eri dokumente ja haigustega seotud infot, kuid mitte tagasi tuletada isikukoodi. Vastav võimekus võib, kuid ei pruugi jääda võimalikuks andmeväljastajale endale. * Struktureerimata väljadele rakendatakse enne väljastamist anonümiseerijat. See on masinõppe meetodite abil arendatud tarkvara, mis tunneb ära sellised tunnused nagu nimed, aadressid, telefoninumbrid, isikukoodid; viited sugulastele. Treenimisel on kasutatud nii Eestis tuntud nimede andmebaasi, kuid nende baasil on tuletatud ka reeglid, mis tunnevad ära andmebaasis puuduvad nimed (konteksti järgi). * Rakendades neid meetmeid on tegu hetkel parima võimaliku anonümiseeritud andmestikuga * Andmeanalüüsides rakendatakse reeglina populatsiooniüleseid meetoded, mille puhul üksiku indiviidi tuvastamine ei ole eesmärgiks. /digiallkiri, 12.05.2017/ Prof. Jaak Vilo ANDMETE VÄLJASTUS E LEPING Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskus (edaspidi: Andmete and ja ) , registrikood 700097700 , asukohaga Uus-Tatari 25/Veerenni 13, Tallinn 10134 , keda esindab põhimääruse alusel direktor Katrin Reinhold ja OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus (edaspidi: Andmete saaja ), registrikood 11672027 , aadress Ülikooli 2, Tartu , keda esindab põhimääruse põhikirja alusel tegevjuht Kristjan Eljand , keda edaspidi nimetatakse eraldi pool või koos poolteks, leppisid kokku alljärgnevas (edaspidi Leping ): I Lepingu ese ja eesmärk Lepingu esemeks on Andmete saajale taotluse ja tervise infosüsteemi vastutava töötleja poolt väljastatud loa (sh sinna juurde kuuluvate lubade) alusel taotletud andmete (edaspidi andmete ) väljastamine. Andmete väljastamise eesmär giks on viia läbi uurimustöö analüüsimaks tervise infosüsteemis (TIS) sisalduvaid terviklikke kliinilisi andmeid kvaliteedi, lingvistilisest ja infotehnoloogilisest aspektist. Täpsemalt - rakendada andmetele erinevaid uusimaid keeletehnoloogia, andme- ja tekstikaeve ning masinõppe meetodeid, luua infotehnoloogilisi lahendusi TIS andmete haldamiseks ja kasutamiseks . Ühtlasi tutvustada uuringu tulemusi ning väljastada tulemuse ülevaade vähemalt üks kord aastas Andme andjale ning TIS vastutavale töötlejale. Väljastatavate andmete koosseis on toodud lepingu Lisas nr 1. Lepingu täitmisel lähtuvad pooled asjaolust, et uurimistöö läbiviimiseks vajab Tarkvara TAK kliinilisi andmeid, mille isikuandmeid mitte sisal d avale kujule viimise hetkel o n andmed isikustatud . Lisaks eemaldatavatele isikuandmetele on olemas tõenäosus, et andmed sisaldavad vabateksti väljades isikustatud andmeid. Käesoleva Lepingu kohaselt kohustub Andmete andja andma Tarkvara TAK–le üle käesoleva lepingu Lisas 1 nimetatud andmed, mida Tarkvara TAK kasutab ainult TIS vastutavale töötlejale esitatud taotluses toodud eesmärkidel ja vastavalt käesoleva lepingu tingimustele. Andmete andjal on õigus jooksvalt kontrollida uurimistöö käigus toimuvat andmete töötlemist . Pooled on kohustatud teostama heas usus kõik vajalikud toimingud ja tegema teise poolega koostööd, mis kindlustaks käesoleva lepingu nõuetekohase täitmise. II Andmete üleandmine ja töötlus Enne andmete väljastamist eemaldab Andmete andja andmetest isiku tuvastamist võimaldavad andmed. Andmed töödeldakse isiku otsese mitte tuvastam ise tasemele ning uurimistöö viiakse läbi pseudonümiseeritud andmetega . Enne andmete üleandmist viib Andmete andja läbi andmete pseudonümiseerimise järgmiselt: Andmete andja eemaldab andmetel isikuandmete bloki andmed, välja arvatud: sugu sünniaasta aadressiväljade korral aadress maakonna tä psusega. Andmete andja asendab andmetes isikukoodi vä ljal oleva isikukoodi pseudonüümiga, nii et sama isiku kohta käivad erinevad anded saavad sama pseudonüümi. Andmete andja rakendab üleantavatel andmetel Andmete saaja poolt tarnitud a nonümiseerimistarkvara , mis võimaldab eemalda da ülejäänud andme väljade lt , s.h vabatekstilistes väljade l olevad isikuandmed (nimed, koodid, telefoninumbrid, aadressid, viited sugulastele jne). Andmete andja annab Andmete saaja le andmed üle krüpteeritud kujul, mis tagab andmete konfidentsiaalsuse ning välistab igasuguse informatsiooni kättesaamise kõikide nende subjektide poolt, kes näevad vaid krüptogrammi (andmete krüpteeritud kuju) ning kellel pole juurdepääsu dešifreerimisvõtmetele. Andmete krüpteerimisel kasutatakse Eesti rahvusliku ID-kaardi põhise turbetaristu standardvahendeid (CDOC) ning andmete dekrüpteerimise võimalus on vaid teadusuuringu vastutaval uurijal Jaak Vilol . Krüpteeritud andmed edastatakse spetsiaalse le Andmete saaja serveris oleva FTP-konto le , millele on ligipääs vaid Andmete andjal ja Andmete saajal . Andmete krüpteerimisprotseduuri korraldab Andmete andja infoturbe osakonna j uh a t aja Urmo Laaneots. Andmete saaja peab arvestust andmete töötlemise kohtade sh andmetes t tehtud koopiate kohta ja andmete hävitamise kohta . Andmete andjal on õigus saada igal ajal Tarkvara TAKilt a rvestuse kohta infot ning kontrollida andmete töötlemise nõuetekohasust vastavalt käesolevale lepingule . Andmete saaja kohustub peale käesoleva lepingu esemeks olevate andmete töötlemise eesmärgi saavutamist hävitama talle käesoleva lepingu alusel üle antud andmed ning nendest tehtud koopiad olenemata nende asukohast ja säilitamise eesmärgist ja viisist . Mittevajalikud vaheandmed hävitatakse viisil, mis vastab Eesti avaliku sektori rahvusliku infoturbestandardi ISKE kõrge (H) turbeastmega andmete hävitamise nõuetele. Samu meetodeid kasutades hävitatakse Andmete saaja poolselt kõik andmed pärast lepingu täitmise lõppu. Andme saajal on kohustus Andmete andja soovil Andmete andjale üle anda And m ete saajale üle antud andmed muutmata kujul kui andmed on vajalikud teiste uurimisprojektide läbiviimiseks ( sh on läbitud eetikakomiteede, Andmekaitse Inspektsiooni ja vastutava töötleja vastav ad menetlus ed ) . Andmete andjal on õigus peale uuringu lõppemisest teada saamist 45 päeva jooksul kontrollida andmete hävit a mise kohustuse täitmist. III . Konfidentsiaalsus Andmete saaja kohustub hoidma talle käesoleva lepingu alusel väljastatud ja andmete väljastamisega seotud teavet (edaspidi: konfidentsiaalne teave) saladuses ning hoidma ja töötlema seda Eesti avaliku sektori rahvusliku infoturbestandardi ISKE sätestatud turvaosaklassi S2 nõuetele vastavas keskkonnas. Andmete saaja kohustub välistama kolmandate isikute juurdepääsu talle käesoleva lepingu kohaselt üle antud andmetele ning nendest tehtud koopiatele (edaspidi konfidentsiaalne teave) vastavalt tervise infosüsteemi vastutava töötleja loale , mitte edastama konfidentsiaalset teavet kolmandatele isikutele ilma vastava loata ning kasutama konfidentsiaalset teavet üksnes käesoleva lepinguga pandud eesmärkide täitmiseks. Töö teostamise käigus Andmete saaja le teatavaks saanud i sikuandme te tuvastamisest tuleb Andmete andjat viivitamata teavitada ning need andmed eemaldada. Andmete saaja l on kohustus teavitada Andmete andjat andmete eemaldamise läbiviimisest ning Andmete andjal on õigus seda kontrollida. Andmete saaja tagab, et kõik isikud, kes puutuvad kokku konfidentsiaalse teabega, on sõlminud konfidentsiaalsuslepingu ning täidavad käesoleva lepingu tingimusi ning juhul, kui nimetatud isikud rikuvad käesolevast lepingust tulenevaid kohustusi, vastutab selle eest Andmete saaja . Konfidentsiaalsuskohustuse rikkumise korral Andmete saaja poolt, on Andmete andjal õigus nõuda koheselt üleantud andmete töötlemise lõpetamist ja sellest tulenevaid toiminguid (sh andmete viivitamatut hävitamist) ning kasutada kõiki seadusest tulenevaid õiguskaitsevahendeid, seal hulgas õigus t nõuda k onfidentsiaalsuskohustuse rikkumise tõttu tekkinud kahju täielikku hüvitamist. Käesoleva lepinguga sätestatud konfidentsiaalsuskohustus kehtib tähtajatult ka peale käesoleva lepingu lõppemist. IV Lõppsätted Leping jõustub selle allkirjastamisest ning lõppeb uuringu lõppemisega. Uuringu lõppemisest on kohustatud Andmete saaja Andme andja t teavitama 10 tööpäeva jooksul. Lepingut saab muuta poolte kirjaliku kokkuleppega. Kõik lepingu muudatused jõustuvad pärast nende all akirjutamist mõlema poole poolt allakirjutamise momendist või poolte poolt kirjalikult määratud tähtajal. Andmete andja esindajaks käesoleva lepingu täitmisega seonduvates küsimustes on analüüsiosakonna juhataja Priit Raspel ( [email protected] ). Andmete saaja esindajaks käesoleva lepingu täitmisega seonduvates küsimustes on Jaak Vilo ([email protected]) . Lepinguga seonduvaid eriarvamusi ja vaid lusi lahendavad pooled eelkõige läbirääkimiste teel. Kui lepingust tulenevaid vaidl usi ei õnnestu lahendada poolte läbirääkimistega, lahendatakse vaidlus A ndmete andja asukohajärgses kohtus. Käesolev leping on vormistatud eesti keeles ja taasesitam ist võimaldaval elektroonilisel kujul ning allkirjastatud digitaalselt. V Lepingu lisad 28 . Käesolevale lepingule on selle sõlmimise hetkel lisatud järgnevad lisad: 2 8 .1. Lisa 1 – Üle antavate andmete andmekoosseis. UURIMISTÖÖ AVALDUS KOOSKÕLASTUSE SAAMISEKS TERVISE INFOSÜSTEEMI EETIKAKOMITEELT Täname täpsustavate küsimuste eest! Täiendasime vastavalt oma taotlust ja lisame kaaskirja. Kõik taotluse muudatused on toodud​ tuhmkollasel taustal. ​TÜ eetikakomitee taotlusele esitatud muudatused on näidatud ​erksal kollasel taustal. 1. UURIMISTÖÖ ANDMED Uurimistöö täielik nimetus (eesti keeles): ​Tervise infosüsteemi epikriiside ja saatekirjade andmestiku epidemioloogiline, kvaliteediline ja statistiline analüüs Uurimistöö toimumiskoht (riik, linn): ​Eesti, Tartu 2. UURIMISTÖÖ TEOSTAJAD JA UURINGUKESKUSED Andmete taotlejaks on Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus (Tarkvara TAK, inglise keeles STACC). Tarkvara TAK on teadus- ja arendus (T&A) asutus, mis on asutatud ettevõtete ja ülikoolide poolt. Hetkel toimub riiklik T&A asutuste evalveerimine, kus osaleb ka Tarkvara TAK. Tervishoiuprojekti peamised huvipooled ja rahastajad on Eesti Haigekassa, Põhja-Eesti Regionaalhaigla oma andmetega; Tartu Ülikooli Kliinikum, Tartu Ülikool ja eraettevõtted Quretec ja Celsius. Terviseandmete analüüsi jaoks vajaliku tehnoloogia arendamise huvi on Eesti suurima terviseregistrite lahenduse pakkujal Quretec’il. 2.1. Vastutav Uurija ees- ja perekonnanimi: Jaak Vilo teaduslik kraad: doktor, arvutiteadused, Helsingi Ülikool töökoht: Tartu Ülikool, professor; OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus töökoha aadress: Liivi 2, Tartu telefoninumber: +372 5049365 e-post: [email protected] allkiri: /allkirjastatud digitaalselt/ 2.2. Uurimisgruppide juhid ees- ja perekonnanimi: Sulev Reisberg teaduslik kraad: tehnikateaduste magister (TTÜ), hetkel doktorant (TÜ) töökoht: OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus töökoha aadress: Ülikooli 2, Tartu telefoninumber: +372 5248123 e-post: [email protected] allkiri: /allkirjastatud digitaalselt/ 1 ees- ja perekonnanimi: Sven Laur teaduslik kraad: tehnikateaduste doktor, Helsingi Tehnikaülikool (nüüd Aalto) töökoht: OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus töökoha aadress: Ülikooli 2, Tartu telefoninumber: +372 53090584 e-post: [email protected] allkiri: /allkirjastatud digitaalselt/ 2.3. Vastutava uurija asutuse juhataja või tema kohusetäitja on uurimistöö korraldamisega nõus: esindaja ees- ja perekonnanimi: Kristjan Eljand töökoht: OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus töökoha aadress: Ülikooli 2, Tartu telefoninumber: +372 55 54 47 53 e-post: [email protected] allkiri: /allkirjastatud digitaalselt/ 3. UURIMISTÖÖ FINANTSEERIMINE Uurimistööd (sh uurimistööga tegelejate palgad) finantseeritakse Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskuse EAS uurimisprogrammi projekti 4 (“E-health and Personalised Medicine”) raames. LÜHIÜLEVAADE SIIANI SAMAL TEEMAL LÄBIVIIDUD UURIMISTÖÖDEST Alates 2009. aastast on ​Eesti E-Tervise sihtasutus (nüüd 2017. aasta algusest Tervise ja Heaolu Infosüsteemide Keskus TEHIK) kogunud statsionaarseid ja ambulatoorseid ravijuhte kajastavaid epikriise. Tekkinud andmekogu on suure meditsiinilise ja teaduslikku väärtusega [1, 2]. Kahjuks on see praeguseni vähe kasutust leidnud [3, 4]. Kogutud dokumentide keerukas formaat (HL7 v3 Clinical Document Architecture Release 2 (CDA R2)) ning suur vabatekstiliste andmeväljade arv muudab andmete eeltöötlusfaasi aja- ja teadmistemahukaks. Paremad IT lahendused ja andmeanalüüsi tehnoloogiad võimaldaksid paremini seda ressurssi eksperimentaalsete teaduslike ja edaspidi uute paremate tervisetehnoloogiate väljatöötamiseks. OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus (Tarkvara TAK) on koostöös Tartu Ülikooli ning TEHIK eelkäija ​Eesti E-Tervise sihtasutusega uurinud epikriiside erinevate andmeväljade täidetust ja kooskõla ning töötanud välja erinevaid uudseid algoritme oluliste andmete epikriisidest eraldamiseks ning andmeväljade omavahelise kooskõla saavutamiseks (2013-2015). Antud koostöö raames valmis mitmeid analüüse ning tarkvaralisi lahendusi: ● terviklik epikriiside andmesisestuse ja -kvaliteedi süvaanalüüs [5, 6] 2  ● rakendus andmekvaliteedi indikaatorite visualiseerimiseks ● epikriiside anonümiseerimise tarkvara koos selle kvaliteedi hindamisega [7], et võimaldada teadusuuringuid anonümiseeritud andmetelt ● epikriiside andmekogu üldist struktuuri kirjeldav raport [8] ● prototüüplahendus patsiendi analüüside ja ravisündmuste visualiseerimiseks [9] ● Müokardiinfarktiregistri (MIR) kirjete kõrvutamine epikriisides märgituga ● prototüüplahendus MIR kirjete eeltäitmiseks epikriisiandmete põhjal ● eesnäärmevähi epidemioloogiliste uuringuteks vajalike andmete eraldamine ● E-tervise publitseerimiskeskkonna klassifikaatorite haldamise andmemudeli analüüs [10] ● E-tervise publitseerimiskeskkonna koodistike analüüs [11] Analüüsitulemusi ja prototüüpide näidiseid on Tarkvara TAK tutvustanud ka laiemalt Eesti tervishoiuga seotud asutustele [12], s.h Sotsiaalministeeriumile, E-Tervise Sihtasutusele, TEHIKule, ​Eesti Haigekassale, Tervise Arengu Instituudile jne. ​Lisaks on Eesti personaalmeditsiini andmevalmiduse ja andmete analüüsi võimakuse kutsutud keynote-ettekandeid peetud Brüsselis, Heidelbergis, ja mujal. IC Permed konverentsile juunis Milaanos on Jaak Vilo kutsutud ava-ettekannet pidama tervise- ja genoomika andmete vajalikkusest teadustööks. 2016. aastast on Tarkvara TAK teinud koostööd Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramuga pakkudes Geenivaramule abi erinevate meditsiinidokumentide eeltöötlemisel ja loodud tehnoloogiate kasutamiseks Geenivaramu andmekogu täiendamiseks. Koostöö peamiseks eesmärgiks on geenidoonorite epikriisides leiduva info koondamine selgelt struktureeritud kliiniliste andmete andmeaidaks, mis vastaks maailmas laialt kasutatavale OMOP CMD formaadile [13] ning eraldatud andmete abil geenidoonorite andmete pideva ajakohastamine ja täiendamine. Hetkeseisuga on epikriisidest eraldatud ja struktureeritult andmeaita paigutamise eeltööna ette valmistatud: ● patsiendile manustatud ja välja kirjutatud ravimite retseptiinfo; ● omavahel kooskõlla viidud diagnoosi RHK-10 koodid ja nimetused1; ● struktureeritud kujul olevad analüüside tulemused; ● osa vabatekstilisel kujul olevaid analüüside tulemusi2; ● muud teadustööks olulised vabateksti märgitud arvulised tunnused3; ● epikriiside koostaja ja tervishoiuteenuse osutaja info. 1 ​Varasemad analüüsid näitasid sama koodiga diagnoosi nimedes suurt varieeruvust. 2 Eraldatud analüüsid said valitud vastavalt Geenivaramu vajadustele. 3 Pikkus, kaal, vererõhk, pulss, vööümbermõõt, kriitilised verenäitajad jms. 4​ Väljatrükid on tekkinud sageli haiglate infosüsteemide epikriisiformaadiga kohandamisprobleemide tulemusena. 3 Lisaks sellele on tehtud olulisi edusamme vabatekstiliste väljade segmenteerimise osas, mille käigus on vabatekstilistest väljadest üles otsitud ja eraldatud masingenereeritud analüüsitulemuste väljatrükid​4​, millede edasine töötlemine võimaldab oluliselt suurendada eraldatavate analüüsitulemuste arvu, mida saab hiljem teadusuuringutes kasutada. Täiendavat segmenteerimist on plaanis rakendada ka uuringute ja protseduuride kirjelduste edasiseks struktureerimiseks. Selleks vajaliku baastarkvara (EstNLTK töövahendid python programmeerimiskeelele) välja arendamiseks osaleb Tarkvara TAK Eesti riikliku Keeletehnoloogia programmi (EKT) projektis “Autentse meditsiinikeele korpuse kasutamine keeletehnoloogiliste faktieraldusvahendite loomiseks”. Tarkvara TAK on tehnoloogiline partner ka konkreetsetes teadusuuringutes Eesti Genivaramu andmekohordil. Koostöös Tartu Ülikooli teaduritega tegeleme uuringute jaoks vajaliku spetsiifilise kliinilise informatsiooni (põletikunähud, põletikunäitajate analüüsid, ravimite kõrvalmõjud) eraldamisega uuringusse kaasatud patsientide epikriisidest ja muudest meditsiinidokumentidest. 4. KAVANDATAVA UURIMISTÖÖ EESMÄRK, KOKKUVÕTE ja PÕHJENDUS Kavandatava uurimistöö eesmärgiks on ​analüüsida Tervise infosüsteemis (TIS) sisalduvaid terviklikke kliinilisi andmeid kvaliteedilisest, lingvistilisest ja infotehnoloogilisest aspektist​. Täpsemalt - rakendada neile erinevaid uusimaid keeletehnoloogia, andme- ja tekstikaeve ning masinõppe meetodeid, luua infotehnoloogilisi lahendusi TIS andmete haldamiseks ja kasutamiseks. Andmekogu suur maht (üle miljoni inimese kohta kokku üle kümne miljoni dokumendi) ning laialdane demograafiline kaetus loob võimaluse kontrollida olulisi meditsiinilisi hüpoteese valimitel, mille moodustamine muul viisil on töömahukas või väga kallis. Nii näiteks kasutab Tervise Arengu Instituut alates 2014. aastast epikriiside andmestiku üldistes rahvatervishoiu analüüsides [14]. Uurimistööl on kaks omavahel tugevalt seotud alam-eesmärki. Esimeseks alam-eesmärgiks on ​olemasolevate andmeeraldus- ja andmepuhastus töövoogude edasiarendamine, parendamine ja laiendamine tervele TIS-i andmestikule​. Selle tulemusena tekib selgelt struktureeritud kliiniliste andmete andmeait, mis vastaks maailmas laialt kasutatavale standarditele ning mille olemasolu lihtsustaks oluliselt epikriisidest infot otsivatele meditsiinitöötajatele vajaliku info kiiret leidmist, looks võimalused ravikvaliteedi hindamiseks ja ka populatsioonipõhiste meditsiiniuuringute tegemiseks. Töö käigus arendatud andmeeraldus- ja andmepuhastusmetoodika on plaanis 4 avaldada eraldiseisva uurimisraportina, mida saab hiljem kasutada TIS-i arenduste planeerimisel ning erinevate infosüsteemide liidestusvigade avastamiseks. Töö käigus valmivat andmeaita saab vaadata ühelt poolt kui plaanitava riikliku teadustööks vajaliku andmeaida prototüüpi. Antud töö oleks loomulikuks jätkuks Tarkvara TAK-i ja ​E-Tervise varasemale koostööle. Dokumendikesksest TIS infosüsteemist andmete ja faktide eraldamise kaudu saab tulevikus luua ka uue kvaliteediga TIS-i kus on sisse ehitatud andmete efektiivsem ülevaatlik graafiline esitus ning olulise info kuvamine üle pikema aja-intervalli või otsusetoe ja kvaliteediindikaatorite reeglid ja hoiatused/meeldetuletused arstidele. ​Tarkvara TAK-i eesmärk on luua tuleviku teenuste prototüüpe ja tehnoloogilisi lahendusi realistlikku andmekoosseisu arvestades. Teenuste juurutamine otsustatakse võimalike juurutajate-tellijate koostöös (Sotsiaalministeerium, TEHIK, haiglad). ​Eriline fookus käesolevas projektis on meditsiinidokumentidest laboriandmete tuvastamisel ja eraldamisel, et neid saaks analüüsida ja luua prototüüpe arstidele paremate üölevaatlikumate visualiseerimisvahendite loomiseks - sel põhjusel taotleme lisaks epikriisidele ka saatekirja vastuseid, kuna ka saatekirja vastustes sisalduvad tihti olulised laborimõõtmiste tulemused. Teiseks oluliseks alam-eesmärgiks on ​epikriiside ning saatekirjade andmestiku statistiline ja masinõppepõhine analüüs konkreetsete epidemioloogiliste, meditsiiniliste ja ravikvaliteedialaste küsimuste kontekstis: ● populatsiooniüleste tervisenäitajate koondamine ja nende usaldusväärsuse hindamine; ● ravikvaliteedi indikaatorite automaatse arvutamise võimalikkuse uurimine; ● patsiendi raviprotsessi ​(s.h elukoha ja eri raviasutuste vahel liikumise) ​kaardistamine - statistiline analüüs üle kõikide patsientide; ● populatsiooniülese ravimite kõrvalmõjude ja tõhususe mõõtmine; ● erinevate haigusregistrite andmete eeltäitmine ja kooskõla hindamine; ● personaalmeditsiini otsusetugede toimimiseks vajalike kliiniliste andmete eraldamine; ● populatsioonipõhiste epidemioloogiliste analüüside läbi viimine. Populatsiooniüleste tervisenäitajate koondamine ja nende usaldusväärsuse hindamine. TEHIK poolt kogutud epikriiside hulk on aegade ja erialade lõikes ebaühtlane. Saadud koondstatistika võrdlemine alternatiivsete andmeallikatega (Tervise Arengu Instituut, Statistikaamet, Ravimiamet, Haigekassa) võimaldab valideerida kogutud andmete katvust ja kvaliteeti. Ravikvaliteedi indikaatorite automaatse arvutamise võimalikkus. ​Meditsiinisüsteemiga seotud kvaliteedisüsteemi arendamine on Eesti tervishoiusüsteemi ja ravikindlustuse olulisemaid prioriteete [15]. Seoses sellega on loodud Ravikvaliteedi indikaatorite nõukoda, kes kaasates väga erinevaid oma valdkonna spetsialiste on praeguseks välja töötanud 36 ravikvaliteedi indikaatorit [16], millest 13-le on tehtud ka esimesed mõõdistused [17]. Praegune kvaliteediindikaatorite info kogutakse erinevatest allikatest, seejuures suurel määralt 5 MS Exceli tabelitena edastatult haiglate infosüsteemidest. Täisautomatiseeritud ravikvaliteedi monitoorimise süsteem võimaldaks oluliselt kokku hoida ravikvaliteedi monitoorimisega seotud administratiivseid kulusid ja on Haigekassa üks prioriteete [18]. Patsiendi raviprotsessi kaardistamine. ​Patsientide liikumist saab vaadata kas läbi Haigekassale esitatavate raviarvete või läbi epikriiside ja saatekirjade. Neist esimene kajastab patsientide ravi eelkõige kulupõhisest vaatenurgast (vt Joonis 1)​, samas kui epikriisipõhine vaatenurk koos saatekirjadega kannab endas olulisemalt rohkem meditsiinilist ja töövoolist infot. Epikriiside ja saatekirjade analüüsimine võimaldaks luua üldise tervikliku patsiendikäsitluse: mis põhjustel eriarsti juurde suunatakse, kui pikad on tegelik vahe esmase diagnoosi ja eriarsti visiidi vahel ning kuidas mõjutab see ravi tulemuslikkust. Eesmärk on luua töövahendid jälgimaks terviklikku patsiendikäsitlust Eesti meditsiinisüsteemis, st praegust olukorda kirjeldav kaart alates patsiendi esmadiagnoosist kuni tervenemiseni näidisdiagnooside varal. Maailmas on meditsiiniliste töövoogude kaardistamise näol tegu väga kiirelt areneva praktilise uurimissuunaga [19]. Tegu oleks esimeste sammudega Eestis kaardistada meditsiinisüsteemi töövooge ja astuda samme Maailmapanga poolt soovitud patsiendi tervikliku meditsiinisüsteemisisese käsitluse suunas. Joonis 1 - Patsientide liikuvuse uurimiseks loodud prototüübi näide Eesti Haigekassa andmete näitel Populatsiooniülese ravimite kõrvalmõjude ja tõhususe mõõtmine. ​Populatsiooniülene ravimikasutuse monitoorimine võimaldab hinnata ravimite tõhusust ja ohutust. Juba praegu 6 kasutavad mitmed ravimitootjad seda tüüpi uuringuid nn ​post-marketing analüüsi läbiviimiseks [20] ning sellist laadi analüüside läbiviimise võimekuse võiks ka Eestis olemas olla. Antud analüüside võimekuse loomiseks on meie esmaseks eesmärgiks uurida retseptiploki täidetust ning ravimite kõrvalmõjude (​side-effects​) ja kõrvaltoimete (​adverse drug reaction​) automaatse tuvastamise võimalikust epikriisi tekstidest. See võimaldaks koguda olulist infot sagedaste kõrvalmõjude kohta, mis ei pruugi olla kogutud läbi arstide ja patsientide poolt Ravimiametile saadetavate kõrvaltoimete teatiste. Analoogselt saaks koguda andmeid ravimite tõhususe kohta eraldades epikriisidest infot oluliste sümptomite ja haiguse intensiivsusskooride kohta. Erinevate haigusregistrite andmete eeltäitmine ja kooskõla. ​Erinevatele haigusregistritele andmete koondamine ja edastatud andmete kvaliteedi ning kooskõla kontroll on väga aja ja töömahukas. Meie eesmärgiks on jätkata eelnevas koostööperioodis tehtud tööd müokardiinfarktijuhtude analüüsil ning uurida traumaregistri teatiste eeltäitmise võimalikkust. Personaalmeditsiini otsusetugede toimimiseks vajalike kliiniliste andmete eraldamine. Eesti plaanib juba lähiajal käivitada personaalmeditsiini pilootprojekti. Projekti oluliseks komponendiks on kliinilise otsusetoe väljatöötamine ja kliinilises praktikas rakendamine [21]. 2017. aastaks on plaanitud juba selles osas esimesi tegevusi [22], ning ka Tarkvara TAK on välja töötamas kliinilise otsusetoe rakendust [9]. Sõltumata konkreetsest otsusetoe lahendusest on aga tarvis lahendada ja pakuvad teaduslikult suuri väljakutseid mitmed erinevad otsusetoega otseselt seotud probleemid. Esiteks on tarvis mistahes otsusetoe reegli kliinilises praktikas rakendamiseks teostada eeluuring, mis näitaks kui suurele osale populatsioonist vastavad reeglid rakenduvad ning kas otsusetoe poolt tehtud ravisoovitused on adekvaatsed. Sellise uuringu läbiviimine eeldab vajalike andmete eraldamist käibes olevatest digitaaldokumentidest (epikriisidest) moodustatud populatsioonipõhisest andmestikust. Sealjuures on suure tõenäosusega tarvis eraldada just epikriisi tekstilistes väljades olevaid suurusi nagu kehamassiindeks, mis on paljude haiguste riskiteguriks [23, 24]. Loodavad andmeeraldus-töövood on selliste uuringute hädavajalikuks eelduseks ​(joonised 2 ja 3). Teiseks on tarvis andmestikust eraldatud info viia otsusetoe reeglite rakendamiseks sobilikule kujule, vastasel korral pole võimalik reegleid kliinilises praktikas reaalajas rakendada, kuna vastavad töövood on üsna ressursimahukad. Meie eesmärgiks on viia epikriisidest eraldatud andmed üldisele ja rahvusvaheliselt tunnustatud andmemudelile, mille integreerimine otsusetoe süsteemidega oleks lihtsam. Kolmandaks plaanime välja töötada maailmas unikaalseid otsusetoe reegleid, mis kasutaks sisendina nii geeni- kui terviseandmeid. Kogu personaalmeditsiini ja otsusetoe juurutamsie suurimaks küsimuseks on terviklik andmekvaliteet ja milliste twerviseandmete peale saab usaldusväärselt ehitada vastavaid otsusetoe reegleid või masinõpet; seejuures tänapäevane masinõpe vajab võimalikult suurt andmehulka millel “musta kasti meetodeid” või otsustusreegleid treenida. Ekstrapoleerides saadud andmeid kogu rahvastiku terviseandmete peale on võimalik tuvastada kui laialt saab 7 personaalmeditsiini juurutada ning hinnata selle võimalikku oodatavat kasu. Joonis 2​ - Näide pulsi andmete eraldamise prototüübist eesti keele meditsiinitekstidest. Vererõhu andmete meditsiinitekstidest automaatse eraldamise täpsuse hindamiseks kasutasime Eesti Geenivaramu geenidoonorite epikriise. Võtsime 1000 juhuslikku eraldusalgoritmi märgenud vererõhu kirjeldust tekstist ning hindasime neid täpseks, kui seda ümbritsevast lausest ilmnes, et tegu on vererõhuga. 883 juhul oli eraldus korrektne, 77 juhul ebakorrektne ja 3 juhul ei osanud korrektsust hinnata. Vererõhu andmed olid epikriisides pärit erinevatest andmeväljadest - anamnees (58%), kokkuvõte patsiendi ravist (20%), uuringud ja protseduurid (11%), objektiivne leid (10%), operatsioonid (alla 1 %). Joonis 3​ - Vererõhu automaatse eraldamise täpsus Populatsioonipõhiste epidemioloogiliste analüüside läbi viimine. ​Tekkiva andmekogu kvaliteeti ning kasutatavust teadusuuringutes saab kontrollida vaid läbi konkreetsete pilootuuringute. Antud uurimisküsimuste valik lähtub eelkõige Eesti meditsiinisüsteemis ees seisvatest probleemidest, strateegiatest ja arenguplaanidest [18, 21, 25, 26], Tarkvara TAK-i meditsiinipartnerite huvidest ning personaalmeditsiini otsusetugede rakendamiseks vaja minevate tegevuste nimekirjast. Praeguse seisuga on koostöös SA Põhja-Eesti Regionaalhaigla ülemarsti Peep Talvinguga plaanis läbi viia erinevaid populatsiooniüleseid epidemioloogilisi uurimusi ravi ja selle tulemuslikkuse kohta (operatsioonid ja traumad). Koostöös SA Tartu Ülikooli Kliinikumi Meestekliiniku juhi doktor Margus Punabiga on plaanis jätkata eesnäärmevähi diagnoosi aluseks olevate PSA väärtuste uurimist eesmärgiga määrata Eesti populatsiooni kesksed riskimäärad ning analüüsida erinevaid eesnäärmevähi diagnoosimise ja ravi praktikaid (PSA, eesnäärme mahu ja biopsia tulemuste koosanalüüsimine). Nimetatud täiendavateks uurimistöödeks esitatakse eetikakomiteele 8 uuringute täpsustumisel täiendav taotlus. OODATAVAD TULEMUSED JA NENDE TÄHTSUS Käesolev uurimistöö on strateegiliselt oluline Eesti tervishoiuinfosüsteemide tulevase arengu planeerimiseks ning andmete teaduse- ja ravi otstarbel paremaks ära kasutamiseks. Uurimistöö tulemusena luuakse automaatsed töövood ja vahendid TIS kogutud, kuid praegu raskesti analüüsitavate andmete viimiseks kergesti käsitletavale kujule. See on hädavajalikuks sisendiks mitte üksnes teadlastele, vaid oluliseks eelduseks ka mistahes kaasaegse tervisevaldkonna tarkvara, m.h kliinilise otsusetoe rakenduste käivitamiseks ja kasutuselevõtmiseks. Ka arstide suurim etteheide TIS kohta puudutab andmete rasket kasutatavust. Sellises mahus TIS andmeid ei ole teadaolevalt keegi varem Eestis korrastanud ega uurinud. Uurimistöö tulemused võimaldavad võtta kasutusele meetmed andmekvaliteedi tõstmiseks, aga planeerida ka muid tervishoiukorralduslikke (nt ravikvaliteet) tegevusi ja arendada paremaid tervise infosüsteemi komponente - kasutades praegu olemasolevaid andmeid parimal võimalikul viisil. Samas on tegemist pikaaegse ning interdistsiplinaarset oskust vajava tööga, mis nõuab hästikvalifitseeritud ja pikaaegselt rahastatud tööjõudu ja uusi tarkvaralisi tehnoloogiaid, mida väiksemad uurimisgrupid tihti ei suuda üksi tagada. Tarkvara TAK-il koostöös Tartu Ülikooliga on selleks vajalik ressurss olemas. Kokkuvõttes näeme uurimistööd vajalikuna järgmistes võtmepunktides. ● Luuakse suuremahuliste terviseandmete analüüsimise ​töövahendid​: ○ TIS-i andmete põhjal teadustööks efektiivselt kasutatav andmebaas, ○ andmebaasi loomiseks vajalikud töövahendid, ○ andmete anonümiseerija, ○ andmete visualiseerija​ (vt prototüüp joonisel 4). ● Kasvab Eesti-sisene ​võimekus​ ja ​kompetents​ suures mahus terviseandmeid uurida. ● Viiakse läbi ​konkreetseid tervishoiuvaldkondi puudutavaid uuringuid​, mille tulemused võimaldavad teha tervishoiuteenuse paremaks osutamiseks vajalikke otsuseid. ● Loodud andmestike ja töövahendite kasutamise tulemusel kasvab oluliselt Eesti potentsiaal rahvusvahelises teadustöös, avaldada populatsiooniüleseid teadusartikleid ja äratada huvi välismaa teadlaste, s.h välisinvestorite ja ravimifirmade seas, ning läbi potentsiaalsete koostööprojektide suurendada Eesti ekspordivõimekust. ● Loodavad tehnoloogilised lahendused on aluseks uutele koostöövõimalustele. Lisaks sellele võimaldavad loodud töövahendid lihtsama vaevaga luua uusi tarkvaralahendusi tervishoiuteenuste osutamiseks, m.h otsusetoe meetodeid ja algoritme mis on personaalmeditsiini programmi põhilised tehnoloogilised komponendid. Läbi selliste 9  nutikate lahenduste on võimalik ​Eesti inimestele pakkuda senisest tõhusamat ravi​. ● Andmete analüüsimise käigus kohatud anomaaliate ja probleemide kohta on plaanis koostada eraldi raport, mis sisendina andmete kogumisel võimaldab veelgi tugevdada andmete kvaliteeti ja süstemaatilist andmete kogumist. Uurimistöö tulemused on plaanis publitseerida koostöös Tartu Ülikooliga lõputööde ja teadusartiklitena, samuti kasutada tulemusi Eesti-sisestel ja rahvusvahelistel konverentsidel. Joonis 4 - Töötav demolahendus patsiendi andmete visualiseerimiseks ning II tüüpi diabeedi ravijuhist jälgiva otsusetoe süsteemist [1] Pagliari C, Detmer D, Singleton P. Potential of electronic personal health records. BMJ 2007;335:330​3. 10 [2] Saluse J, Aaviksoo A, Ross P, Tiik M, Parve L, Sepper R, Pohjonen H, Jakovlev Ü, Enni K. Eesti terviseinfosüsteemi majandusmõju/puhastulu hindamine. TOFDIGIMÕJU projekti lõpparuanne. Eesti Arst 2010; 89(10):659696. [3] Ross P. Veebipõhine ligipääs isiklikele terviseandmetele: patsiendiportaalide kasutamise ülevaade. Eesti Arst 2013; 92(3):145151. [4] Riigi tegevused e​tervise rakendamisel. Riigikontroll, 17. 01. 2014. http://www.riigikontroll.ee/tabid/206/Audit/2311/Area/21/language/et​EE/Default.aspx [5] Andmekvaliteedi raport. Statsionaarsed epikriisid. Tartu 2014 (​TEHIK​ omandis) [6] Andmekvaliteedi raport. Ambulatoorsed epikriisid. Tartu 2015 (​TEHIK​ omandis) [7] Isikuandmeid sisaldava vabatekstilise meditsiiniinfo anonümiseerimine. Tartu 2014 (​TEHIK​ omandis) [8] Andmekaeve raport: 2012. a. arhiveeritud epikriiside esmane statistiline analüüs. Tartu 2014 (​TEHIK​ omandis) [9] Uus süsteem toetab diabeedihaigeid. Postimees. 13.09.2016 http://www.60pluss.ee/3834771/uus-susteem-toetab-diabeedihaigeid [10] Ajas varieeruvate klassifikaatorite haldamisest, andmemudelitest & liidest(a|u)misest. Tartu 2013 (​TEHIK​ omandis) [11] eTervise SA publitseerimiskeskkonna analüüs. Rakendusuuringu jätkuaruanne. Tartu 2011 (​TEHIK​ omandis) [12] Tarkvara TAK-i terviseandmete analüüsi seminar 2015. https://www.stacc.ee/et/et-tak/one-more-new/events/ [13] Observational Medical Outcomes Partnership Common Data Model. http://omop.org/CDM [14] Tervise infosüsteemi statistikamoodul. Tervise Arengu Instituut, 9.03.2016. http://www.tai.ee/et/tegevused/tervisestatistika/tervise-infosusteemi-statistikamoodul [15] Eesti Haigekassa. Tervishoiuteenuste kvaliteet. http://haigekassa.ee/et/partnerile/tervishoiuteenuste-kvaliteet [16] Eesti Haigekassa. Detailsed ravikvaliteedi indikaatorid. 11 https://haigekassa.ee/et/partnerile/tervishoiuteenuste-kvaliteet/ravikvaliteedi-indikaatorid/deta ilsed-ravikvaliteedi [17] Ravikvaliteedi indikaatorite nõukoja koosolek 23.09.2016 http://haigekassa.ee/sites/default/files/indikaatorid/protokoll_kodulehele.pdf [18] Eesti Haigekassa arengukava 2017-2020. http://haigekassa.ee/sites/default/files/uuringud_aruanded/2016_09_eesti_haigekassa_arenguk ava_noukogule_fvs.pdf [19] Rojas, E., Munoz-Gama, J., Sepúlveda, M., Capurro, D., Process Mining in Healthcare: A literature review, Journal of Biomedical Informatics (2016) http://www.jorgemunozgama.com/data/uploads/pub/papers/jbi16.pdf [20] Coloma, Preciosa M., et al. "Postmarketing safety surveillance." Drug safety36.3 (2013): 183-197. [21] Eesti Personaalmeditsiini Eeluuring. Sotsiaalministeerium. Avaldatud 2015. https://www.sm.ee/et/eeluuring [22] EAS toetatud projektid: personaalmeditsiini otsusetugi. 2016. http://www.eas.ee/toetatud-projektid/?s%5Bsort%5D=date_asc&s%5Bcompany_name%5D= Sotsiaalministeerium&s%5Byear%5D=2016&s%5Bcounty%5D=SGFyanU%3D&s%5Bsche ma%5D=&s%5Bsearch%5D=Otsi&s%5Breset_value%5D=Taasta [23] WHO, Global Status report on noncommunicable diseases 2014 http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/148114/1/9789241564854_eng.pdf [24]​ ​WHO Global report on diabetes 2016 http://apps.who.int/iris/bitstream/10665/204871/1/9789241565257_eng.pdf?ua=1 [25] E-tervise visioon 2025. E-tervise strateegiline arenguplaan 2020. Avaldatud 2015. http://sm.ee/sites/default/files/content-editors/eesmargid_ja_tegevused/Eesti_e_tervise_stratee gia/e-tervise_strateegia_2020.pdf [26] Sotsiaalministeerium. Rahvastiku tervise arengukava 2009-2020. https://www.sm.ee/et/tervis 5. UURIMISTÖÖ TEOSTAMISE AEG 12  ● Uurimistöö andmetega on planeeritud kestma kogu Tarkvara TAK rahastuse lõpuni: o Algus: ​mai​ 2017 o Lõpp: 31.12.2022 ● Uurimist teostatakse eri küsimuste lõikes väikestes gruppides ja etapiviisiliselt, vastavalt tarkvaraliste meetodite valmimisele. 6. LOODAVA ANDMEBAASI STRUKTUUR Loodav andmebaas põhineb PostgreSQL mootoril. Täpne andmebaasi struktuur (andmemudel - andmetabelite kooseis ja tabelite vahelised suhted) selgub uurimistöö käigus, kuna elektrooniliste dokumentide formaadis andmetest struktureeritud andmebaasi loomine on üks käesoleva töö eesmärkidest (vt metoodika). Loomuliku keele töötluseks kasutatakse ja arendatakse efektiivseid andmetöötluse ja statistilise masinõppe meetodeid. 7. METOODIKA (VALIMI KIRJELDUS) Käesolevas uurimistöös kasutatakse andmetena kõiki ​2012-2016. a Tervise infosüsteemi saadetud ​ambulatoorseid ja statsionaarseid epikriise, saatekirju ning ​saatekirja vastuseid​ (s.t andmestik hõlmab kõiki patsiente). Tarkvara TAK on varasemalt analüüsinud 2012-2013. aasta epikriise, kuid seoses TAK-ide Euroopa Regionaalarengu Fondi eelmise rahastusperioodi lõppemisega anti andmed E-Tervise SA-le (​TEHIK eelkäija) 2015. a suvel tagasi ja uurimisprojektid peatati. Tarkvara TAK oli edukas uue rahastusperioodi konkursil ja jätkab projekti elluviimist vähemalt aastani 2022. Tänaseks on ka Digiloo (TIS) epikriiside täidetus ja kvaliteet arvatavasti paranenud, seetõttu soovime analüüsida muuhulgas nii värskeid andmeid kui võimalik. Samal ajal soovime jätkata trendide analüüsi pikema ajavahemiku vältel (kvaliteedi muutused, diagnooside järgnevused jne), ning uurida haiguste omavahelisi ajalisi järjestusi (haiguste trajektoore), mistõttu küsime seekord andmeid pikemast perioodist. Kahe aasta andmete puhul ei ole võimalik analüüsida haiguste ajalisi sõltuvusi ja “teekondi”. Rahvusvahelised uuringud (Brunak et al.) on näidanud, kuidas praegu kümnete aastate pikkused kohordid võimaldavad leida selgeid seoseid selle kohta, kuidas haigused on omavahel ajas sõltuvad; ning sellest tulenevalt tuvastada ka vigu või ennustada täpsemaid diagnoose. Samuti ei saaks indiviidide tasemel nende personaalseid laboriandmeid analüüsides tuletada vajalikke individuaalseid patsiendi oleku muutusi kirjeldavaid reegleid - teadmata, millised väärtused on stabiilsed, millised kõiguvad, millised on liikunud normi piiri lähedale või seda ületamas. ​Arstile oleks vaja tehnoloogiaid, mis näitavad kiiremini välja iga indiviidi individuaalselt kõige olulisemad muutused. ​Ilma pikema ajaloota ei ole selliste tehnoloogiate arendamine võimalik - sest pole võimalik hinnata valepositiivsete ja 13 valenegatiivsete tulemuste arvu või otsida seoseid ajaliste trajektooride ja haiguste kulu ning ravi vahel. Käesoleva uuringu erilisus seisneb asjaolus, et uuritakse kogu Eesti epikriise, s.t tegemist on populatsiooniülese uuringuga. Tänu suurele andmehulgale on võimalik rakendada erinevaid andmekaeve meetodeid ja võimalusi. Saatekirjad on vajalikud mitme epikriisi koondamiseks üheks raviepisoodiks. Raviepisoodide analüüs võimaldab paremini kirjeldada patsientide liikuvust ning pikemajaliste haiguste ravi. Raviepisoodi on vaja ka erinevate haigusregistrite andmete kõrvutamisel epikriisidega. Saatekirja vastuste vajadus tuleneb lisaks patsientide liikumise uurimisele nendes peituvatest laborimõõtmistest. Erinevate suuruste mõõtmistulemuste trendide jälgimiseks ei piisa üksnes epikriisidesse kantud tulemustest, vaid on tarvis arvesse võtta ka saatekirja vastustes olevaid mõõtmisi. Ka oleks uuringu tulemusel valmiva andmebaasi väärtus potentsiaalsetele edasistele projektidele suurem, kui selle andmekoosseis laborimõõtmiste osas oleks täielik. Kavandatav uurimistöö baseerub ​delikaatseid isikuandmeid mittesisaldavatele kliinilistele andmetele, mille iseärasuseks on nende delikaatsus loomise hetkel. Seetõttu on uurimistöö läbiviimise seisukohalt vajalik esialgsetest delikaatsetest isikuandmetest patsientide isiku tuvastamist võimaldavate andmete eemaldamine ja asendamine pseudonüümidega, et jätkata uurimistööd andmetega, mis ei kvalifitseeru enam isikuandmeteks. Andmete pseudonümiseerimiseks vajalik tehnoloogiline võimekus (nn. anonümiseerija) on TEHIKul ja Sotsiaalministeeriumil olemas Tarkvara TAK eelmise tegevusperioodi tulemusel. Andmeväljastusel eraldab vastutav töötleja (TEHIK) kõik isikuandmeid sisaldavad väljad ning asendab need pseudonüümse id-ga tagades sellega andmete tehniline anonümiseerimine. Antud uuringu kontekstis on vaja täiendavalt anonümiseerida vabatekstilised andmeväljad. Kuigi vastavalt epikriisi koostamise juhendile tohib patsiendi isikule viitavat infot lisada vaid fikseeritud andmeväljadesse, siis tegelikus kasutuses pole antud eeldus alati täidetud [7]. Täiendav vabatekstiliste väljade anonümiseerimine tagab, et sellised viited patsientidele või nende sugulastele on andmestikust eemaldatud. Tarkvara TAK saab antud ülesande teostamiseks anda Sotsiaalministeeriumile anonümiseerimistarkvara, mida on kasutatud juba varasemalt nii E-Tervise Sihtasutuses kui ka Geenivaramus epikriiside vabatekstide anonümiseerimiseks. Andmete pseudonümiseerimine ja anonümiseerimine toimub kolmes etapis: ● TEHIK eemaldab epikriisides​t, saatekirjadest ning saatekirja vastustest ​isikuandmete bloki andmed, välja arvatud: ○ sugu ○ sünniaasta 14  ○ aadressiväljade korral aadress maksimaalselt valla täpsusega ​(vajalik patsientide liikumise uurimiseks). ● TEHIK asendab epikriisides, ​saatekirjades ning saatekirja vastustes ​isikukoodi väljas oleva isikukoodi pseudonüümiga, nii et sama isiku erinevad epikriisid saavad sama pseudonüümi. ● E-tervis rakendab saadud failidel Tarkvara TAK poolt tarnitud anonümiseerimistarkvara. Tarkvara eemaldab vabatekstiväljades olevad isikuandmed (nimed, koodid, telefoninumbrid, viited sugulastele jne). Patsiendi sugu ja vanust näitavad atribuutid võimaldavad kõrvutada epikriisidest eraldatud admeid teiste allikatega nagu Haigekassa ja Tervise Arengu instituudi poolt koostatud statistilisi agregeeritud ülevaateid ning haigusregistreid. See võimaldab paremini tuvastada anomaaliad ja andmete kasutuse piire. Andmete edasine analüüs Tarkvara TAK-is jätkub kolmes etapis. Esmalt viiakse epikriisid​, saatekirjad ning saatekirja vastused XML formaadist kergemini töödeldavasse relatsioonilisse andmebaasi. Sealjuures kontrollitakse nende vastavust standarditele ning peamistele andmesisestusnõuetele. Seejärel rakendatakse erinevaid andmepuhastusmeetodeid andmete kooskõlalisuse tagamiseks. Edasises kasutatakse keeletehnoloogilisi vahendeid tekstiliste väljade tükeldamiseks ning levinud sisestusmallide tuvastamiseks. Paljudes infosüsteemides on informatsioon oluliselt struktuursemal kujul kui epikriisi standardis ning seetõttu toimub andmete ekspordil epikriisi nende lihtsustamine (lamendamine). Selle protsessi pööramiseks kasutatakse empiiriliselt tuletatud tükeldusreegleid. Teises etapis tegeletakse vabatekstilistest väljadest faktide tuletusega. Selleks kasutatakse erinevaid masinõppe ja faktieraldusmeetodeid (tugivektormasinaid, tõenäosuslikke keelemudeleid, reeglipõhist faktieraldust, mallituvastust, semantilist ühestust jms). Tuvastatud faktid pannakse faktibaasi ning kasutatakse statistilisi meetodeid nende korrektsuse kontrolliks. Kolmandas etapis tegeletakse eraldatud andmete statistilise töötlemisega. Teostatakse praktilisi epidemioloogilisi uuringuid, kohandatakse ja valideeritakse erinevaid otsusetoe reegleid, uuritakse ravimite kõrvalmõjusid ja tõhusust. Selleks kasutatakse statistilisi meetodeid. Teises ja kolmandas etapis kasutatava andmebaasi struktuuri aluseks on rahvusvaheliselt tunnustatud OMOP CDM mudel. Uuringu käigus selgub, mil määral on võimalik seda mudelit Eesti andmete jaoks kasutusele võtta. Uuringu käigus loodud mudel ja töövahendid andmete teisendamiseks sellele kujule saavad olla Eestis planeeritava terviseandmete andmeaida aluseks. OMOP mudeli kasutamine võimaldaks teostada Eesti andmetelt statistilisi 15 agregeeritud päringuid mis oleksid ühilduvad teiste riikide vastavate andmetega ilma isiku tasemel andmeid vahetamata. Näiteks USA Personaalmeditsiini projekt on kasutamas OMOP mudelit. Kuna uurimistöö on planeeritud pikaajalisena, võib olla vajalik uurimistöö alusandmeid paari aasta pärast täiendada, nt lisades juurde vahepealsete aastate andmeid.​ Selle põhjuseks on nii ajas muutuv TIS dokumentide struktuur/standardid kui ka uusimate andmetega teadusuuringute läbiviimise võimekuse tagamine. ​Sellised andmete täiendamisvajadused kooskõlastatakse eelnevalt Tervise infosüsteemi esindajatega​ ning esitatakse eetikakomiteele vastav jätkutaotlus​. Pärast uurimistöö lõppu andmed tagastatakse ​TEHIKule. Uurimistöö käigus tekkinud tuletatud andmekogud hävitatakse ​(kustutatakse, s.h eemaldatakse varundatud koopiad). Teaduslikust aspektist säilitamist väärivate andmestike tekkimise korral esitatakse eraldi taotlused andmete säilitamise lubamiseks. 10. UURIMISTÖÖS KOGUTAVATE ISIKUANDMETE KAITSE KIRJELDUS (9A) Andmete kogumine - Andmete allikaks on Tervise Infosüsteem, kuhu andmed on kogutud vastavalt Sotsiaalministeeriumi määrusele “Tervise infosüsteemi edastatavate dokumentide andmekoosseisud ning nende säilitamise tingimused ja kord”. Enne andmete uurimistööks kasutada andmist isikuandmed eemaldatakse Tervise Infosüsteemi volitatud töötleja poolt (vt täpsemalt metoodika all). Uurimismeeskonnale isikuandmeid ei edastata. Isikuandmete hoidmine (ei ole tarvis kirjeldada, kuna kasutatakse isikustamata andmeid) Isikuandmete edastamine (ei ole tarvis kirjeldada, kuna kasutatakse isikustamata andmeid) Isikuandmete säilitamine (ei ole tarvis kirjeldada, kuna kasutatakse isikustamata andmeid) Andmete publitseerimine - Uuringu tulemused on statistilist laadi ega too andmestikust esile üksikuid indiviide. Täiendavad meetmed: kõigil Tarkvara TAK töötajatel kehtib konfidentsiaalsuskohustus. Andmeid hoitakse ja töödeldakse ​Tarkvara TAK turvatud serveris Tartus Ülikooli 2. Server on ligipääsetav vaid Tarkvara TAK sisevõrgust. ​Kõigil serveri kasutajatel on oma LDAP kasutajatunnus ja parool ning kõigile on määratud oma kindel kasutajagrupp. Andmetele ligipääs on tagatud ainult uurimisgrupi (kasutajagrupi) liikmetele. 16 11. TEAVE SAMA PROJEKTI VARASEMATEST VÕI SAMAAEGSETEST HINDAMISTEST VÕI HEAKSKIITMISTEST MUJAL - 12. LISAD 12.1. Uurimisgruppide juhtide CV-d 17  04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Eesti Teadusinfosüsteem A+ A- Est Eng  SISENE Isikud Asutused Projektid Teadustegevus Klassi kaatorid Uudised Sündmused Avaleht » Isikud » Jaak Vilo Jaak Vilo Sünniaeg 14.11.1966 Telefon 737 5483 Teine telefon +372 50 49 365 E-post [email protected] Kodulehekülg http://biit.cs.ut.ee/ Kirjeldus Professor, Bioinformaatika ; BIIT rühm http://biit.cs.ut.ee/ ; TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja. Eesti Teaduste Akadeemia liige Google Scholar pro il: http://eid.ee/3qj Teenistuskäik Töökohad ja ametid 01.01.2012–... Eesti Teaduste Akadeemia, liige (0,01) 01.09.2009–... Tarkvara TAK, Teadussuuna juht (0,20) 01.12.2007–... Tartu Ülikool, Professor (Bioinformaatika), Arvutiteaduse instituut. (1,00) 01.01.2006–... OÜ Quretec, juhatuse liige (0,05) 2008–2008 Eesti Biokeskus, Erakorraline vanemteadur (0,20) 01.09.2005–30.11.2007 Tartu Ülikool, Vanemteadur, Arvutiteaduse instituut (1,00) 01.09.2004–31.08.2005 Tartu Ülikool, Dotsent, Arvutiteaduse instituut (0,50) 01.01.2002–31.12.2006 Eesti Biokeskus, erak. vanemteadur, 0.1 01.01.2002–31.12.2006 EGeen Inc, Director of Informatics 01.01.1999–31.12.2002 European Bioinformatics Institute EMBL-EBI,Senior Techincal O cer / Researcher 01.01.1997–31.12.1999 Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse instituut, uurimisassistent 01.01.1993–31.12.1997 Helsingi Ülikool, assistent (5-aastane ametikoht) 01.01.1991–31.12.1993 Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja 01.01.1990–31.12.1990 Küberneetika Instituut, insener 01.01.1989–31.12.1990 Helsingi Ülikool, Arvutiteaduse Instituut, õpetaja Haridustee 1991–1999 Helsingi Ülikool, Arvutiteadus, PhD, 2002 1984–1991 Tartu Ülikool, Rakendusmatemaatika, 1991 1973–1984 Tallinna II Keskkool (Reaalkool) Teadusorganisatsiooniline 2014−... Tartu Ülikooli Realia ja Naturalia valdkonna nõukogu liige. ja -administratiivne 2012−... Tartu Ülikooli Senati liige 2012- tegevus 2012−... ETAG Hindamisnõukogu liige 2012−... Eesti Teaduste Akadeemia liige 2011−... TÜ Arvutiteaduse instituudi juhataja, instituudi nõukogu esimees 2011−... Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuuri ETAIS nõukogu esimees 2008−... Tartu Ülikooli Teadusarvutuste Keskuse Nõukogu liige 2006−... ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- .. 2000−... Mitmete ajakirjade (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc) reviewer 2000−... Rahvusvahelise bioinformaatika seltsi ISCB liige 1991−... Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), liige 2014−2014 ECCB - valdkonna programmkomitee juht 2011−2016 Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht 2011−2013 Rahvusvahelise ESFRI projekti ELIXIR ajutise nõukogu liige (Eesti teaduslik esindaja) 2010−2010 Euroopa Bioinformaatika konverentsi ECCB2010 Programmkomitee Valdkonna juht 2008−2011 Euroopa bioinformaatika teadusinfrastruktuuri projekti ELIXIR hariduse- ja teadusressursside alakomiteede liige, Eesti esindaja. 2007−2015 Matemaatika-Informaatika teaduskonna nõukogu liige 2006−2011 Riikliku programmi "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi 2006-2010" juhtkomitee juht 2005−2005 Bioinformatics 2005, Tartu, juuni 2005, (Põhjamaade Bioinformaatika seltsi) konverentsi programm- ja orgkomitee liige. 2005−2005 Bioinformaatika professori valimiste nõukogude liige (TTÜ, TÜ) 2005−2009 Eesti GRID juhtkomitee liige (THM moodustatud) 2004−2004 WABI 2004 Program committee member 2004−2010 Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Programmkomitee liige https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 1/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem 2004−2009 European Conference on Computational Biology (ECCB) Programmikomitee liige Kvali katsioon Teaduskraadid Jaak Vilo, doktorikraad, 2002, (juh) Esko Ukkonen, Pattern Discovery from Biosequences (Mustrite otsimine bioloogilistest sekventsidest), Helsingi Ülikool. Jaak Vilo, magistrikraad, 1991, (juh) Jaan Penjam, Atribuutgrammatikad ja arvutusmudelid (diplomitöö), Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond. Teaduspreemiad ja 2016, Jaak Vilo, Väike medal, Tartu Ülikool tunnustused 2015, Jaak Vilo, Haridus- ja Teadusminsiteeriumi tänukiri: Sten Ilmjärve konkursitöö „Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel” juhendamise eest terviseuuringutevaldkonnas (I preemia meditsiinivaldkonna doktoritööde kategoorias); 2014, Jaak Vilo, Infotehnoloogia Ettevõtete Liidu (ITL) Aasta tegija 2013 2013, Jaak Vilo, Eesti Valgetähe III klassi teenetemärk 2010, Jaak Vilo, Genome Biology - ajakirja aasta 2009 parima teadusartikli preemia nominent 2010, Jaak Vilo, Haridus- ja tedusministri tänukiri Jüri Reimandi doktoritöö (2010 aasta peapreemia doktoritööde hulgas) juhendamise eest 2008, Jaak Vilo, Haridus- ja teadusministri tänukiri Konstantin Tretjakovi I preemia väärilise magistritöö juhendamise eest. 2004, Jaak Vilo, Parima posteri auhind - ISMB-ECCB 2004, Glasgow Teadustöö põhisuunad VALDKOND: 4. Loodusteadused ja tehnika; 4.6. Arvutiteadused; CERCS ERIALA: P170 Arvutiteadus, arvutusmeetodid, süsteemid, juhtimine (automaatjuhtimisteooria); PÕHISUUND: Bioinformaatika, andmekaeve Lisainfo Ph.D., Helsingi Ülikool, 2002. Jooksvad projektid TAR16013 (EXCITE) "Estonian Centre of Ecellence in ICT Research (1.09.2016−31.08.2023)", Maarja Kruusmaa, Tallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut, Cybernetica AS. TK148 "IT Tippkeskus EXCITE (1.01.2016−1.03.2023)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. IUT34-4 "Andmeteaduse meetodid ja rakendused (DSMA) (1.01.2015−31.12.2020)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. MMTAT15103R "ELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (1.09.2015−31.08.2019)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. MMTAT12238 "European Medical Information Framework (EMIF) (1.01.2013−31.12.2017)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. Lõppenud projektid MMTAT15042R "EE-IT - Eesti Edinburghi teaduse tippkeskus - digitaalne võrgustunud majandus (1.06.2015−31.05.2016)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. MMTAT11048 "Uued mudelid levinud tihedate kasvajate ravimite efektiivsuse prekliiniliseks hindamiseks (1.02.2011−30.04.2016)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. ELTAT "Poeketi klientide ostuharjumuste analüüsimeetodite arendamine (1.05.2015−10.01.2016)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT13063T "Conceptual framework for increasing society’s commitment in ICT: approaches in general and higher education for motivating ICT-related career choices and improving competences for applying and developing ICT (1.04.2013−31.08.2015)", Margus Pedaste, Varmo Vene, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Sotsiaal- ja haridusteaduskond, Haridusteaduste instituut, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT12017T/1 "Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga ELIXIR (1.11.2012−31.08.2015)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT13061T "BioMedIT (1.04.2013−31.05.2015)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SF0180008s12 "Kaasaegsed teadusarvutuste meetodid, platvormid ja rakendused. (1.01.2012−31.12.2014)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. SMTAT14075 "Suvekool ESSCaSS 2014 (1.05.2014−30.09.2014)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. LMTAT10001/4 "Strateegilise valdkonna "Software Engineering" projektideülene juhtimine ja nõustamine (1.07.2013−30.06.2014)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT14089 "Doktorant Dmytro Fishmani osalemine Sitsiilias toimuvas suvekoolis First International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2014) (14.06.2014−20.06.2014)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. EKT22 "Mallipõhine faktituletus tekstikorpustest (1.01.2011−31.12.2013)", Sven Laur, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. SMTAT07106/6 "Suvekool ESSCaSS 2013 (1.05.2013−15.10.2013)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. ERMOS19 "Lühikeste RNA geenide analüüs kasutades geeniregulatsiooni ja ekspressiooni andmeid (1.09.2010−31.08.2013)", Balaji Rajashekar, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. LMTAT13089 "Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine (1.01.2013−30.06.2013)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. LMTAT10001/3 "Strateegilise valdkonna "Software Engineering" projektideülene juhtimine ja nõustamine (1.07.2012−30.06.2013)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 2/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem SMTAT07184/4 "Riikliku programmi „Eesti keeletehnoloogia (2011—2017)“ haldustegevuse täitmine. (24.04.2012−15.04.2013)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. ESNATS "Embryonic Stem Cell-Based Alternative Testing Strategies. (1.04.2008−31.03.2013)", Jaak Vilo, OÜ Quretec. SMTAT09116 "TÜ ATI Bioinformaatika ja andmekaeve õppetooli välja arendamine (1.08.2009−30.11.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07106/5 "Suvekool ESScaSS 2012 (1.05.2012−31.10.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT12172 "Doktorantide mobiilsus: The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD) (23.09.2012−1.10.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond. SMTAT12017T "Estonia's Integration to the European Bioinformatics Infrastructure (ELIXIR) (1.01.2012−30.09.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. LMTAT12072 "Privacy-preserving data mining (5.03.2012−30.06.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07184/3 "Riikliku programmi „Eesti keeletehnoloogia (2011—2017)“ haldustegevuse täitmine. (10.10.2011−15.04.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. LMTAT "Kinnisvaratehingute andmebaasi andmemassiivide analüüs seaduspärasuste leidmiseks kinnisvara hinna kujunemises sõltuvalt teostunud tehingutest ja erinevatest parameetritest ning arvutusmudeli ja tarkvara prototüüb loomine korrektsioonifaktorite ennus (10.10.2011−24.02.2012)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. ETF7437 "Paljude geeniekspressiooniandmete ühisanalüüs (MEM) (1.01.2008−31.12.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. SF0182712s06 "Suuremahuliste ja keeruliste arvutusülesannete lahendamise meetodid, arvutuskeskkonnad ja rakendused. (1.01.2006−31.12.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. SMTAT11170 "Auditooriumi tagasiside süsteem (12.10.2011−30.11.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT11171 "MOBIILSE EEG SEADME KASUTAMINE TEADUSES JA TEADUSE POPULARISEERIMISES (12.10.2011−30.11.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07106/4 "Suvekool ESSCaSS 2011 (1.05.2011−30.10.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. MMTAT10063I "Robo M.D. (1.03.2010−1.08.2011)", Jaak Vilo, Satish Narayana Srirama, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT11086 "Konverents-workshop BREW 2011 korraldamine (1.05.2011−31.07.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07184/2 "Riikliku programmi „Eesti keele keeletehnoloogiline tugi (2006—2010)" haldustegevuse täitmine. (6.05.2010−15.05.2011)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT10132E "Vähitekkega seotud epigeneetiliste signaalide keerukus ja analüüs (1.09.2010−31.12.2010)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. ENFIN "ENFIN - Enabling Systems Biology (15.11.2005−14.11.2010)", Jaak Vilo, OÜ Quretec. SMTAT07106/3 "Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduste suvekool ESSCaSS'2010 korraldamine. (1.05.2010−31.10.2010)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. MMTAT07037R "COBRED- Colon and Breast Cancer Diagnostic (1.03.2007−28.02.2010)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07184/1 "Riikliku programmi "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi 2006-2010” programmi haldustegevuste täitmine, konverentsi korraldamine ja koordinaatori tegevused programmi haldamiseks / Administrational activities concerning the National programme for Esto (1.07.2009−1.02.2010)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT08204/1 "Sümpoosion „Innovatiivne Tarkvaratehnoloogia 2009“ (15.10.2009−15.12.2009)", Marlon Dumas, Tartu Ülikool, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. SMTAT09084 "Suvekool BaSoTi 5 (20.05.2009−31.10.2009)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07106/2 "Suvekool ESSCASS 2009 (20.05.2009−31.10.2009)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. EKKTT06-12 "Elektrooniliste teatmeteoste kasutajasõbralikud päringusüsteemid (1.01.2006−31.12.2008)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. SMTAT07106/1 "Suvekool ESSCASS 2008. (1.06.2008−31.10.2008)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07203/1 "4. Baltiche Sommershule "Techniche Informatik/Informationtechnik" in Tartu. (15.05.2008−31.10.2008)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07184 "Eesti keele keeletehnoloogiline tugi "2006-2010” programmi koordineerimiseks, juhtkomitee töö korraldamiseks, programmi eesmärkide täitmise jälgimiseks (17.09.2007−31.03.2008)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. ETF5724 "Geeniregulatsiooni bioinformaatika (BiGeR) (1.01.2004−31.12.2007)", Jaak Vilo, Eesti Biokeskus. SMTAT07203 "Arvutiteaduse instituudi kursuste veebiserver courses.cs.ut.ee (22.10.2007−27.12.2007)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07210 "Arvutiteaduse tarkvaraarenduse server 2 (22.10.2007−17.12.2007)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT07106 "Suvekool ESSCASS 2007 (1.06.2007−31.10.2007)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. LSHG-CT-2003-503329 "ATD - The Alternate Transcript Diversity Project (1.03.2004−28.02.2007)", Jaak Vilo, Eesti Biokeskus. SMTAT03043/65 "IKT erialade õppejõudude osavõtt konverentsidest, seminaridest, kursustest (1.12.2006−31.01.2007)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT03043/59 "IKT erialade eriotstarbeliste õppe- ja teaduslaborite sisustamine. Suure ühismäluga server teadusarvutusteks (20.05.2006−31.01.2007)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. ETF5722 "Andmekaevanduse meetodid ja rakendused (DMMA) (1.01.2004−31.12.2006)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT "Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekool (20.05.2006−30.10.2006)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. SMTAT03043/36 "Mobiilsustoetus. Osavõtt suvekoolist The Analysis of Patterns, Erice, Itaalia (12.10.2005−22.01.2006)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. EKRM05-63 "Elektrooniliste sõnastike ettevalmistamine ja kasutajasõbralikud päringusüsteemid (1.01.2005−31.12.2005)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond. LMTAT05234 "ABC output calculation update (under MIS framework) (8.11.2005−21.11.2005)", Jaak Vilo, Tartu Ülikool. Juhendamisel väitekirjad Anna Leontjeva, doktorant, (juh) Jaak Vilo, Social Network Analysis, . Dmytro Fishman, doktorant, (juh) Jaak Vilo; Hedi Peterson, Bioinformatics data integration, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Elena Sügis, doktorant, (juh) Jaak Vilo, Discovery, Modelling and Simulation of Stem Cell Regulatory Networks in Silico, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Konstantin Tretjakov, doktorant, (juh) Jaak Vilo; Sven Laur, Machine learning methods in Bioinformatics (Masinõpe meetodid bioinformaatikas), Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond. Vijayachitra Modhukur, doktorant, (juh) Jaak Vilo, Whole-genome epigenetic data analysis (Epigeneetiliste andmete analüüs), Tartu Ülikool. Raul Sirel, doktorant, (juh) Kadri Muischnek; Jaak Vilo, Eestikeelsete terviselugude andmekaeve, Tartu Ülikool. Tõnis Tasa, doktorant, (juh) Jaak Vilo; Lili Azin Milani; Reedik Mägi, Management and analysis of massive full-scale genome data. (Suuremahuline täisgenoomsete andmete haldus ja analüüs), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. Sulev Reisberg, doktorant, (juh) Jaak Vilo, Electronic health data for personalized medicine (Elektrooniliste terviseandmete kasutamine personaalmeditsiinis), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. Anna U iand, doktorant, (juh) Jaak Vilo, Large-scale gene expression data analysis (Suuremahuliste geeniekspressiooni andmete analüüs), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 3/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Kaido Lepik, doktorant, (juh) Jaak Vilo; Hedi Peterson, Integration methods for multi-omic data (Erinevate oomika andmete ühendamine), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. Kärt Pormeister, doktorant, (juh) Irene Kull; Jaak Vilo; Katrin Õunap; Barbara J. Evans (University of Houston, TX), Enabling Personalized Medicine through Law: Possibilities, Obstacles, and Risks (Personaalne meditsiin ja õigus: võimalused, takistused ja riskid), Tartu Ülikool. Juhendatud väitekirjad Tauno Metsalu, doktorikraad, 2016, (juh) Jaak Vilo, Statistical analysis of multivariate data in bioinformatics (Mitmemõõtmeliste andmete statistiline analüüs bioinformaatikas), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Sten Ilmjärv, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Eero Vasar; Hendrik Luuk, Estimating di erential expression from multiple indicators (Diferentsiaalse geeniekspressiooni erinevuste hindamine mitmete indikaatorite alusel), Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja siirdemeditsiini instituut. Hedi Peterson, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes (Suuremahuliste andmete kasutamine geenidevaheliste seoste leidmiseks), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Priit Adler, doktorikraad, 2015, (juh) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Analysis and visualisation of large scale microarray data (Paljude mikrokiibi andmestike suuremahuline analüüsimine ja visualiseerimine), Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut. Raivo Kolde, doktorikraad, 2014, (juh) Jaak Vilo, Methods for re-using public gene expression data (Meetodid avalike geeniekspressiooni andmete taaskasutamiseks), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Meelis Kull, doktorikraad, 2011, (juh) Jaak Vilo, Statistical enrichment analysis in algorithms for studying gene regulation (Statistilise rikastatuse analüüs geeniregulatsiooni uurimiseks loodud algoritmides), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Jüri Reimand, doktorikraad, 2010, (juh) Jaak Vilo, Functional Analysis of Gene Lists, Networks and Regulatory Systems (Geenigruppide, võrgustike ja regulatoorsete süsteemide funktsionaalne analüüs), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. Kristjan Metsalu, magistrikraad, 2016, (juh) Reedik Mägi; Tatjana Iljašenko; Jaak Vilo, Web application to calculate genetic risk scores based on imputed data (Veebipõhine lahendus imputeeritud andmete põhjal geneetiliste riskiskooride arvutamiseks), Tartu Ülikool, Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu. Gea Pajula, magistrikraad, 2016, (juh) Irene Teinemaa; Jaak Vilo, Price Elasticity Based Recommender System (Hinnaelastsusel tuginev soovitussüsteem), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. Mari-Liis Allikivi, magistrikraad, 2015, (juh) Meelis Kull; Jaak Vilo, Klasterduspõhine motiiviotsing lühikestel peptiididel, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Andres Tiko, magistrikraad, 2009, (juh) Meelis Kull; Jaak Vilo, Ripple-Down Rule Sets and MDL Learning (Hierarhilised eranditega reeglid ja minimaalsel kirjelduspikkusel põhinev õppimine), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Sten Ilmjärv, magistrikraad, 2009, (juh) Hedi Peterson; Jaak Vilo, Promootorjärjestuste uurimine BxD hiireliini geeniekspressiooni dünaamika alusel, Tartu Ülikool, Loodus- ja tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Bioinformaatika õppetool. Konstantin Tretjakov, magistrikraad (teaduskraad), 2008, (juh) Jaak Vilo; Sven Laur, G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with DNA Binding (G=MAT: meetod geeniekspressiooni ja DNA seondumisandmete ühendamiseks), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. Raivo Kolde, magistrikraad (teaduskraad), 2008, (juh) Jaak Vilo; Sven Laur; Jüri Lember, Co-expression queries across multiple experiments (Ko-ekspressiooni päringud üle mitmete eksperimentide), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. Anton Litvinenko, magistrikraad (teaduskraad), 2007, (juh) Ulrich Norbisrath; Jaak Vilo, Automatic Prediction of Source Code Contribution Type (Lähtekoodi muudatuste tüübi automaatne ennustamine), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Darja Kruševskaja, magistrikraad (teaduskraad), 2007, (juh) Jaak Vilo, Annotation Driven Hierarchical Clustering Analysis (Annotatsioonidel põhinev hierarhilise klasterdamise analüüs), Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond. Priit Adler, magistrikraad (teaduskraad), 2007, (juh) Jaak Vilo, Globaalne geeniekspressioonianalüüs üle mitme ekspressiooniandmestiku, Tartu Ülikool, Bioloogia- geograa ateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Hedi Peterson, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Jaak Vilo, The discovery and characterization of regulatory motifs in Saccharomyces cerevisiae, Tartu Ülikool, Bioloogia- geograa ateaduskond, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut. Jüri Reimand, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Jaak Vilo, Gene Ontology mining tool GOSt, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Kristo Käärmann, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Jaak Vilo; Sven Laur, Haplotype inference using overlapping segments, Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Deniss Sudak, magistrikraad, 2005, (juh) Jaak Vilo, Universaalse sõnastikuredaktori disain, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Meelis Kull, magistrikraad (teaduskraad), 2004, (juh) Jaak Vilo, Kiire klasterdamine meetrilistes ruumides, Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut. Publikatsioonid Klass Aasta Publikatsioon 1.1. 2016 S omos, G.; Dormoy, V.; Metsalu, T.; Jeitziner, R.; Battista, L.; Scabia, V.; Ra oul, W.; Delaloye, JF.; Treboux, A.; Fiche, M.; Vilo, J.; Ayyanan, A.; Brisken, C. (2016). A Preclinical Model for ERα-Positive Breast Cancer Points to the Epithelial Microenvironment as Determinant of Luminal Phenotype and Hormone Response. Cancer Cell, 29 (3), 407−422, 10.1016/j.ccell.2016.02.002. 1.1. 2016 Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Pro ler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199. 1.1. 2016 Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying di erentially methylated regions in high density methylation array data. Bioinformatics, btw304, 10.1093/bioinformatics/btw304. 1.1. 2015 Lees, JG.; Hériché, JK.; Morilla, I.; Fernández, JM.; Adler, P.; Krallinger, M.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ellenberg, J.; Ranea, JA.; Orengo, C. (2015). FUN-L: Gene prioritization for RNAi screens. Bioinformatics, 31 (12), 2052−2053, 10.1093/bioinformatics/btv073. 1.1. 2015 Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak (2015). ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. Nucleic Acids Research, 43, W566−W570, 10.1093/nar/gkv468. 1.1. 2015 Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1, 10.12688/f1000research.6925.1. 1.1. 2015 Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related pro ling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scienti c Reports, 5 (13107), 1−11, 10.1038/srep13107. 1.1. 2015 Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). TRIB3 enhances cell viability during glucose deprivation in HEK293-derived cells by upregulating IGFBP2, a novel nutrient de ciency survival factor. Biochimica et Biophysica Acta-Molecular Cell Research, 1853 (10), 2492−2505, https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 4/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem 10.1016/j.bbamcr.2015.06.006. 1.1. 2014 Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409, 10.4161/15592294.2014.970052. 1.1. 2014 Hériché, JK. ; Lees, JG. ; Morilla, I.; Walter, T. ; Petrova, B.; Julia Roberti, M.; Hossain, MJ.; Adler, P.; Fernández, JM.; Krallinger, M.; Haering, CH.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ranea, JA. ; Orengo, C.; Ellenberg, J (2014). Integration of biological data by kernels on graph nodes allows prediction of new genes involved in mitotic chromosome condensation. Molecular Biology of the Cell, 25 (16), 2522−2536, 10.1091/mbc.E13-04-0221. 1.1. 2014 Lokk, Kaie; Modhukur, Vijayachitra; Rajashekar, Balaji; Märtens, Kaspar; Mägi, Reedik; Kolde, Raivo; Koltšina, Marina; Nilsson, Torbjörn K.; Vilo, Jaak; Salumets, Andres; Tõnisson, Neeme (2014). DNA methylome pro ling of human tissues identi es global and tissue-speci c methylation patterns. Genome Biology, 15 (4), R54, 10.1186/gb-2014-15-4-r54. 1.1. 2014 Ilmjärv, Sten; Hundahl, Christian Ansgar; Reimets, Riin; Niitsoo, Margus; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Vasar, Eero; Luuk, Hendrik (2014). Estimating di erential expression from multiple indicators. Nucleic Acids Research, 42 (8), e72, 10.1093/nar/gku158. 1.3. 2014 Vilo, Jaak (2014). Nutikas jätkusuutlik Eesti. Riigikogu Toimetised, 29, 40−47. 3.1. 2014 Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta-analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (_EditorsAbbr). Structural and functional RNA mapping (361−373). Springer. (Methods in Molecular Biology; 1182). 6.7. 2014 Vilo, Jaak (2014). Teadus – väike, kuid oluline arengumootor. Arengufondi mõtteraamat. 1.1. 2013 Peterson, Hedi; Abu Dawud, Raed; Garg, Abishek; Wang, Ying; Vilo, Jaak; Xenarios, Ioannis; Adjaye, James (2013). Qualitative modeling identi es IL- 11 as a novel regulator in maintaining self-renewal in human pluripotent stem cells. Frontiers in Physiology, 4 (303), 303. 1.1. 2013 Tretyakov, Konstantin; Laur, Sven; Smant, Geert; Vilo, Jaak; Prins, Pjotr (2013). Fast probabilistic le ngerprinting for big data. BMC Genomics, 14 (2), S8, 10.1186/1471-2164-14-S2-S8. 1.1. 2013 Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell- derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143, 10.1007/s00204-012- 0967-3. 1.1. 2013 Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. Bioinformatics, 29 (7), 886−893. 1.3. 2013 Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459. 6.6. 2013 Vilo, Jaak (2013). Jaak Vilo: tasuta ei võrdu odav. Postimees, .. 6.7. 2013 Tiit, Ene-Margit; Engelbrecht, Jüri; Eamets, Raul; Vilo, Jaak; Bahovski, Erkki; Aaviksoo, Ain (2013). Ekspertarvamused eestlaste rändest. Käpp, Triin (_EditorsAbbr). Eesti ustest - sisse, välja : kõned, artiklid, esseed (101−118). Tartu: Eesti Keele Sihtasutus. 1.1. 2012 Gaspar, John Antonydas; Doss, Michael Xavier; Winkler, Johannes; Wagh, Vilas; Hescheler, Jürgen; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Schulz, Herbert; Sachinidis, Agapios (2012). Gene expression signatures de ning fundamental biological processes in pluripotent, early, and late di erentiated embryonic stem cells. Stem cells and development, 21 (13), 2471−2484, 10.1089/scd.2011.0637. 1.1. 2012 Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of Cancer, 132 (12), 2884−2893, 10.1002/ijc.27981. 1.1. 2012 Saare, M.; Rebane, A.; Rajashekar, B.; Vilo, J., Peterson, P. (2012). Autoimmune regulator is acetylated by transcription coactivator CBP/p300. Experimental and Cellular Research, 318 (14), 1767−78. 1.1. 2012 Reimand, Jüri; Aun, Anu ; Vilo, Jaak ; Vaquerizas, Juan M ; Sedman, Juhan ; Luscombe, Nicholas M (2012). m:Explorer - multinomial regression models reveal positive and negative regulators of longevity in yeast quiescence. Genome Biology, 13 (6), R55, 10.1186/gb-2012-13-6-r55. 1.1. 2012 Rebane, A.; Zimmermann, M.; Aab, A.; Baurecht, H.; Koreck, A.; Karelson, M.; Abram, K.; Metsalu, T.; Pihlap, M.; Meyer, N.; Fölster-Holst, R.; Nagy, N.; Kemeny, L.; Kingo, K.; Vilo, J.; Illig, T.; Akdis, M.; Franke, A.; Novak, N.; Weidinger, S. ... Akdis, CA. (2012). Mechanisms of IFN-γ-induced apoptosis of human skin keratinocytes in patients with atopic dermatitis. Journal of Allergy and Clinical Immunology, 129 (5), 1297−306, 10.1016/j.jaci.2012.02.020. 1.1. 2012 Kolde, Raivo; Laur, Sven ; Adler, Priit ; Vilo, Jaak (2012). Robust Rank Aggregation for gene list integration and meta-analysis. Bioinformatics, 28 (4), 573−580, 10.1093/bioinformatics/btr709. 1.1. 2012 Altmäe, S.; Reimand, J.; Hovatta, O.; Zhang, P.; Kere, J.; Laisk, T.; Saare, M.; Peters, M.; Vilo, J.; Stavreus-Evers, A.; Salumets, A. (2012). Research Resource: Interactome of Human Embryo Implantation: Identi cation of Gene Expression Pathways, Regulation, and Integrated Regulatory Networks. Molecular Endocrinology, 26 (1), 203−217. 3.1. 2012 Leontjeva, Anna ; Tretyakov, Konstantin ; Vilo, Jaak ; Tamkivi, Taavi (2012). Fraud Detection: Methods of Analysis for Hypergraph Data. In Proceedings of the First IEEE/ACM International Workshop on Cybersecurity of Online Social Networks (IEEE/ACM CSOSN 2012): IEEE/ACM International Workshop on Cybersecurity of Online Social Network (IEEE/ACM CSOSN), Istanbul. IEEE Conference Publications, 1060−1064. 3.4. 2012 Leontjeva, Anna; Tretjakov, Konstantin; Tamkivi, Taavi; Vilo, Jaak (2012). Analysis of Hypergraph Data with Application to Fraud Detection. The First International Workshop on Cyber Security of Online Social Network (CSOSN 2012). 6.6. 2012 Vilo, Jaak (2012). Jaak Vilo: nooremalt kooli ja kool lühemaks. (x). 6.7. 2012 Vilo, Jaak (2012). Eesti ja e-Eesti. üks või kaks vankrit? Universitas Tartuensis (45−47). Tallinna Ülikooli Kirjastus. 1.1. 2011 Võsa, Urmo; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Fischer, Krista; Välk, Kristjan; Tõnisson, Neeme; Roosipuu, Retlav; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Annilo, Tarmo (2011). Identi cation of miR-374a as a prognostic marker for survival in patients with early-stage nonsmall cell lung cancer. Genes, Chromosomes and Cancer, 50 (10), 812−822, 10.1002/gcc.20902. 1.1. 2011 Tserel, L.; Runnel, T.; Kisand, K.; Pihlap, M.; Bakho , L.; Kolde, R.; Peterson, H.; Vilo, J.; Peterson, P.; Rebane, A. (2011). MicroRNA Expression Pro les of Human Blood Monocyte-derived Dendritic Cells and Macrophages Reveal miR-511 as Putative Positive Regulator of Toll-like Receptor 4. Journal of Biological Chemistry, 286 (30), 26487−26495, 10.1074/jbc.M110.213561. 1.1. 2011 Reimand, J.; Arak, T. ; Vilo, J. (2011). g:Pro ler—a web server for functional interpretation of gene lists (2011 update). Nucleic Acids Research, 39 (2), w307−w315. 1.1. 2011 Tretyakov, K.; Laur, S.; Vilo, J. (2011). G = MAT: Linking Transcription Factor Expression and DNA Binding Data. PLoS ONE, 6 (1), e14559, 10.1371/journal.pone.0014559. 3.1. 2011 Tretyakov, Konstantin; Armas-Cervantes, Abel; García-Bañuelos, Luciano; Vilo, Jaak; Dumas, Marlon (2011). Fast Fully Dynamic Landmark-based Estimation of Shortest Path Distances in Very Large Graphs. CIKM’11, October 24–28, 2011, Glasgow, Scotland, UK.. Association for Computing Machinery (ACM) , 1785−1794. 5.1. 2011 Valk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Roosipuu, R.; Vilo, J.; Metspalu, A. (2011). GENE EXPRESSION-BASED APPROACHES IN DIFFERENTIATION OF METASTASES AND SECOND PRIMARY TUMOUR. 6. s1055−s1056. 5.1. 2011 Peters, Maire; Altmäe, Signe; Reimand, Jüri; Laisk, Triin; Saare, Merli; Hovatta, Outti; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Stavreus-Evers, Anneli; Salumets, Andres. (2011). Human embryo-endometrium interactions at the time of implantation. 26: 27th Annual Meeting of the European Society of Human Reproduction and Embryology, 3-6 juuli, Stockholm, Rootsi. Oxford University Press, 216−216. (1). 5.2. 2011 Välk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Roosipuu, R.; Vilo, J.; Metspalu, A. (2011). Whole genome gene expression pro ling of two control and three subsequent lung cancer samples of the same patient. World Conference on Lung Cancer, Amsterdam, 2011. 6.6. 2011 Vilo, J. (2011). Kuidas õpetada lastele matemaatikat? . 6.6. 2011 Vilo, Jaak (2011). Jaak Vilo: riskime kõrghariduse väljasuretamisega. .. 1.1. 2010 Välk, Kristjan; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Reintam, Mari-Ann; Petzold, Cathleen; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres (2010). Gene Expression Pro les of Non-Small Cell Lung Cancer: Survival Prediction and New Biomarkers. Oncology, 79, 283−292, DOI:10.1159/000322116. 1.1. 2010 https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 5/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Lõoke, M.; Reimand, J.; Sedman, T.; Sedman, J.; Järvinen, L.; Värv, S.; Peil, K.; Kristjuhan, K.; Vilo, J.; Kristjuhan, A. (2010). Relicensing of transcriptionally inactivated replication origins in budding yeast. Journal of Biological Chemistry, 285 (51), 40004−40011, 10.1074/jbc.M110.148924. 1.1. 2010 Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tõnis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Genome-wide promoter analysis of histone modi cations in human monocyte-derived antigen presenting cells. BMC Genomics, 11, 642, 10.1186/1471-2164-11-642. 1.1. 2010 Billon, Nathalie; Kolde, Raivo; Reimand, Juri; Monteiro, Miguel C; Kull, Meelis; Peterson, Hedi; Tretyakov, Konstantin; Adler, Priit; Wdziekonski, Brigitte; Vilo, Jaak; Dani, Christian (2010). Comprehensive transcriptome analysis of mouse embryonic stem cell adipogenesis unravels new processes of adipocyte development. Genome Biology, 11 (8), R80, 10.1186/gb-2010-11-8-r80. 1.1. 2010 Reimand, Jüri; Vaquerizas, Juan M ; Todd, Annabel E ; Vilo, Jaak ; Luscombe, Nicholas M (2010). Comprehensive reanalysis of transcription factor knockout expression data in Saccharomyces cerevisiae reveals many new targets. Nucleic Acids Research, 38 (14), 4768−4777, 10.1093/nar/gkq232. 1.1. 2010 Doss, Michael Xavier ; Wagh, Vilas ; Schulz, Herbert ; Kull, Meelis ; Kolde, Raivo ; Pfannkuche, Kurt ; Nolden, Tobias ; Himmelbauer, Heinz; Vilo, Jaak ; Hescheler, Jürgen ; Sachinidis, Agapios (2010). Global transcriptomic analysis of murine embryonic stem cell-derived brachyury+ (T) cells. Genes to Cells, 15 (3), 209−228, 10.1111/j.1365-2443.2010.01390.x. 1.1. 2010 Maron, E.; Kallassalu, K.; Tammiste, A.; Kolde, R.; Vilo, J.; Tõru, I.; Vasar, V.; Shlik, J.; Metspalu, A. (2010). Peripheral Gene Expression Profiling of CCK- 4-Induced Panic in Healthy Subjects. American Journal of Medical Genetics Part B-Neuropsychiatric Genetics, 153B (1), 269−274, 10.1002/ajmg.b.30898. 1.1. 2010 Jung, Marc; Peterson, Hedi ; Chavez, Lukas; Kahlem, Pascal; Lehrach, Hans ; Vilo, Jaak ; Adjaye, James (2010). A Data Integration Approach to Mapping OCT4 Gene Regulatory Networks Operative in Embryonic Stem Cells and Embryonal Carcinoma Cells. PLoS ONE, 5 (5), e10709, 10.1371/journal.pone.0010709. 1.2. 2010 Vooder, Tõnu; Välk, Kristjan; Kolde, Raivo; Roosipuu, Retlav; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres (2010). Gene Expression-Based Approaches in Di erentiation of metastases and Second Primary Tumour. Case Reports in Oncology, 3 (2), 255−261, 10.1159/000318010. 3.1. 2010 Meister, Einar; Vilo, Jaak; Kahusk, Neeme (2010). National Programme for Estonian Language Technology: a pre- nal Summary. Human Language Technologies.The Baltic Perspective : Proceedings of the Fourth International Conference, Baltic HLT 2010. _EditorsAbbr Skadina, Inguna; Vasiljevs, Andrejs. Amsterdam: IOS Press, 11−14. (Frontiers in Arti cial Intelligence and Applications; 219). 3.1. 2010 Kull, M.; Tretyakov, K.; Vilo, J. (2010). An evolutionary model of DNA substring distribution. In: Elomaa,T.; Mannila, H.; Orponen, P. (_EditorsAbbr). Algorithms and Applications (147−157). Berlin / Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science). 3.2. 2010 Küngas, Peep ; Lepmets, Marion; Willemson, Jan; Vilo, Jaak (2010). Tarkvara TAK – lüli alusuuringute ja tootearenduse vahel. Infoühiskonna aastaraamat 2009 (90−95). Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium. 3.2. 2010 Küngas, Peep; Lepmets, Marion; Willemson, Jan; Vilo, Jaak (2010). Software Technology and Applications Competence Centre – the link between research and product development. In: INFORMATION SOCIETY YEARBOOK 2009 (88−93). Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium. 3.4. 2010 Orasmaa, Siim ; Käärik, Reina ; Vilo, Jaak ; Hennoste, Tiit (2010). Information Retrieval of Word Form Variants in Spoken Language Corpora Using Generalized Edit Distance. Proceedings of the Seventh conference on International Language Resources and Evaluation (LREC'10): The International Conference on Language Resources and Evaluation; Valletta, Malta; May 17-23, 2010. _EditorsAbbr Calzolari, Nicoletta; Choukri, Khalid; Maegaard, Bente; Mariani, Joseph; Odjik, Jan. Valletta, Malta: ELRA, 623−629. 5.1. 2010 Altmae, S.; Reimand, J.; Vilo, J.; Hovatta, O.; Stavreus-Evers, A.; Salumets, A. (2010). EMBRYO - ENDOMETRIUM INTERACTIONS AT THE TIME OF IMPLANTATION. Annual Meeting of the American-Society-for-Reproductive-Medicine (ASRM 2010) Location: Denver, CO Date: OCT 23-27, 2010 . New York: Elsevier, s86−s87. (2010). 5.1. 2010 Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tonis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Gene Expression and Epigenetic Changes in Di erentiation of Human Macrophages and Dendritic Cells. Scandinavian Journal of Immunology, 71 (6), 526−526. 5.1. 2010 Rebane, Ana; Tserel, Liina; Kisand, Kai; Backho , Lairi; Runnel, Toomas; Kolde, Raivo; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Balanced Expression of miRNA-S Secures Di erentiation and Maturation of Human Blood Monocyte Derived Dendritic Cells. Scandinavian Journal of Immunology, 71 (6), 512−513. 1.1. 2009 Storm, M.l P.; Kumpfmueller, B.; Thompson, B. ; Kolde, R.; Vilo, J. ; Hummel, O.; Schulz, H.; Welham, M. J. (2009). Characterization of the Phosphoinositide 3-Kinase-Dependent Transcriptome in Murine Embryonic Stem Cells: Identi cation of Novel Regulators of Pluripotency. Stem Cells, 27 (4), 764−775, 10.1002/stem.3. 1.1. 2009 Adler, P.; Kolde, R.; Kull, M.; Tkachenko, A.; Peterson, H.; Reimand, J.; Vilo, J. (2009). Mining for coexpression across hundreds of datasets using novel rank aggregation and visualisation methods. Genome Biology, 10 (12), R139, 10.1186/gb-2009-10-12-r139. 1.1. 2009 Schulz, H; Kolde, R; Adler, P; Aksoy, I; Anastassiadis, K; Bader, M; Billon, N; Boeuf, H; Bourillot, PY; Buchholz, F; Dani, C; Doss, MX; Forrester, L; Gitton, M; Henrique, D; Hescheler, J; Himmelbauer, H; Hübner, N; Karantzali, E; Kretsovali, A ... Functional Genomics in Embryonic Stem Cells Consortium, x (2009). The FunGenES database: a genomics resource for mouse embryonic stem cell di erentiation. PLoS ONE, 4 (9), e6804−e6804, 10.1371/journal.pone.0006804. 1.1. 2009 Krushevskaya, D.; Peterson, H.; Reimand, J.; Kull, M.; Vilo, J. (2009). VisHiC—hierarchical functional enrichment analysis of microarray data. Nucleic Acids Research, 37, W587−W592, 10.1093/nar/gkp435. 1.1. 2009 Koscielny, G.; Le Texier, V.; Gopalakrishnan, C.; Kumanduri, V.; Riethoven, J.-J.; Nardone, F.; Stanley, E.; Fallsehr, C.; Hofmann, O.; Kull, M.; Harrington, E.; .Boué, S.; Eyras, E.; Plass, M.; Lopez, F.; Ritchie, W.; Moucadel, V.; Ara, T.; Pospisil, H.; Herrmann, A. ... Thanaraj, T.A. (2009). ASTD: the Alternative Splicing and Transcript Diversity Database. Genomics, 93 (3), 213−220, 10.1016/j.ygeno.2008.11.003. 1.1. 2009 Trouillas, M.; Saucourt, C.; Guillotin, B.; Gauthereau, X.; Ding, L.; Buchholz, F.; Doss, M.-X.; Sachinidis, A.; Hescheler, J.; Hummel, O.; Huebner, N.; Kolde, R.; Vilo, J.; Schultz, H.; Boeuf, H. (2009). Three LIF-dependent signatures and gene clusters with atypical expression pro les, identi ed by transcriptome studies in mouse ES cells and early derivatives. BMC Genomics, 10 (73), 1, 10.1186/1471-2164-10-73. 3.1. 2009 Adler, P.; Peterson, H.; Agius, P.; Reimand, J.; Vilo, J. (2009). Ranking genes by their co-expression to subsets of pathway members. In: Annals of the New York Academy of Sciences (1−13). Oxford: Blackwell Publishing. (Challenges of Systems Biology: Community E ort to Harness Biological Complexity). 3.1. 2009 Jäger, M.; Kamm, L.; Krushevskaja, D.; Talvik, H.-A.; Veldemann, J.; Vilgota, A.; Vilo, J. (2009). Flexible Database Platform for Biomedical Research with Multiple User Interfaces and a Universal Query Engine. In: Haav, H.-M.; Kalja, A. (_EditorsAbbr). Databases and Information Systems V - Selected Papers from the Eighth International Baltic Conference, DB&IS 2008 (301−310). IOS Press. (Frontiers in Arti cial Intelligence and Applications). 3.2. 2009 Meister, Einar; Roosmaa, Tiit; Vilo, Jaak (2009). Estonian language technology Anno 2009. Proceedings of the NODALIDA 2009 workshop Nordic Perspectives on the CLARIN Infrastructure of Common Language Resources : May 14, 2009, Odense, Denmark. _EditorsAbbr Domeij, R; Koskenniemi, K.; Krauwer, S.; Maegaard, B.; Rögnvaldsson, E.; de Smedt. 21−26. (NEALT Proceedings Series; 5 ). 6.3. 2009 Vilo, J. (2009). Üksainus küsimus: Keeletehnoloogiast (Vastab Jaak Vilo). Horisont, 2, 6. 1.1. 2008 Adler, P.; Reimand, J.; Jänes, J.; Kolde, R.; Peterson, H.; Vilo, J. (2008). KEGGanim: pathway animations for high-throughput data. Bioinformatics, 24 (4), 588−590, 10.1093/bioinformatics/btm581. 1.1. 2008 Kull, M.; Vilo, J. (2008). Fast approximate hierarchical clustering using similarity heuristics. BioData Mining, 1 (9), UNSP 9, 10.1186/1756-0381-1-9. 1.1. 2008 Reimand, J. ; Tooming, L. ; Peterson, H.; Adler, P.; Vilo, J. (2008). GraphWeb: mining heterogeneous biological networks for gene modules with functional signi cance. Nucleic Acids Research, 36, W452−W459, 10.1093/nar/gkn230. 3.1. 2008 Meister, Einar; Vilo, Jaak (2008). Strengthening the Estonian language technology. LREC 2008 : 6th International Conference on Language Resources and Evaluation, May 26 - June 1, 2008, Marrakech, Marocco, proceedings. [Paris]: European Language Resources Association, 3101−3104. 3.1. 2008 Tkatchenko, A.; Tretjakov, K.; Adler, P.; Vilo, J. (2008). Text mining for automatic annotation of microarray experiment clusters. Databases and Information Systems: 8th International Baltic Conference on Databases and Information Systems; Tallinn; 02-05 June 2008. _EditorsAbbr Haav, H.-M.; Kalja, A. Tallinn University of Technology Press, 423−426. 3.1. 2008 Jäger, M.; Kamm, L.; Krushevskaja, D.; Talvik, H.-A.; Veldemann, J.; Vilgota, A.; Vilo, J. (2008). Flexible Database Platform for Biomedical Research with Multiple User Interfaces and a Universal Query Engine. Databases and Information Systems: 8th International Baltic Conference on Databases and Information Systems; Tallinn; 02-05 June 2008. _EditorsAbbr Haav, H.-M.; Kalja, A. Tallinn: Tallinn University of Technology Press, 279−287. 5.2. 2008 Meister, Einar; Vilo, Jaak (2008). Strengthening the Estonian language technology. LREC 2008 : Sixth International Conference on Language Resources and Evaluation : May 26 - June 1, 2008, Marrakech, Marocco, conference abstracts. _EditorsAbbr Calzolari, Nicoletta et al. Paris: European Language https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 6/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Resources Association, 55−56. 6.6. 2008 Vilo, J. (2008). Kuidas leida nõel heinakuhjast? . Tallinn. 6.6. 2008 Vilo, J. (2008). Arvutite eesti keele oskusest. Keele Infoleht. 1.1. 2007 Reimand, J.; Kull, M.; Peterson, H.; Hansen, J., Vilo, J. (2007). g:Pro ler – a web-based toolset for functional pro ling of gene lists from large-scale experiments. Nucleic Acids Research, 35, W193−W200, 10.1093/nar/gkm226. 3.5. 2007 Pavlidis, P.; Uri, J.; Kuzmitshov, I.; Peterson, H.; Vilo, J. (2007). Incremental use of homologies to infer cis-regulatory motifs in gene clusters. Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK teise aastakonverentsi artiklite kogumik : 11.-12. mai 2007, Viinistu Kunstimuuseum. 121−124. 3.5. 2007 Reimand, J.; Vilo, J. (2007). Functional pro ling of gene lists. In: Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK teise aastakonverentsi artiklite kogumik : 11.-12. mai 2007, Viinistu Kunstimuuseum (113−115). Viinistu Kunstimuuseum. 6.6. 2006 Vilo, J. (2006). Biobanks depend on high-quality data. CSC News, 1, 17−17. 6.6. 2006 Vilo, J. (2006). Kiireim tee infoühiskonda. Hea Eesti Idee (HEI), 46−48. 6.6. 2006 Vilo, J. (2006). Tipptasemel tööjõu puudus ei lahene lisapanusteta. (62−63). 6.6. 2005 Vilo, J. (2005). Jackpoti tõenäosuse kasvatamine. . 1.1. 2004 Kapushesky, M.; Kemmeren, P.; Culhane, AC.; Durinck, S.; Ihmels, J.; Korner, C.; Kull, M.; Torrente, A.; Sarkans, U.; Vilo, J.; Brazma, A. (2004). Expression Pro ler: next generation-an online platform for analysis of microarray data. Nucleic Acids Research, 32, W465−W470. 1.1. 2003 Brazma, A.; Parkinson, H.; Sarkans, U.; Shojatalab, M.; Vilo, J.; Abeygunawardena, N.; Holloway, E.; Kapushesky, M.; Kemmeren, P.; Lara, GG.; Oezcimen, A.; Rocca-Serra, P.; Sansone, SA. (2003). ArrayExpress - a public repository for microarray gene expression data at the EBI. Nucleic Acids Research, 31 (1), 68−71. 1.1. 2003 Rocca-Serra, P.; Brazma, A.; Parkinson, H.; Sarkans, U.; Shojatalab, M.; Contrino, S.; Vilo, J.; Abeygunawardena, N.; Mukherjee, G.; Holloway, E.; Kapushesky, M.; Kemmeren, P.; Lara, GG.; Oezcimen, A.; Sansone, SA. (2003). ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI. Comptes Rendus Biologies, 326, 1075−1078. 3.1. 2003 Vilo, J.; Sarkans, U.; Kemmeren, P.; Kapushesky, M.; Brazma, A. (2003). Expression Pro ler. In: Parmigiani, G.; Garett, E.S.; Irizarry, R.A.; Zeger, S.L. (_EditorsAbbr). The Analysis of Gene Expression Data: Methods and Software. Heidelberg: Springer. (Reihe: Statistics for Biology and Health). 6.2. 2003 Vilo, J. (2003). Andmekaevandamise uurimisseminar. Tartu: Arvutiteaduse Instituut. 1.1. 2002 Dawson, E.; Abecasis, GR.; Bumpstead, S.; Chen, Y.; Hunt, S.; Beare, DM.; Pabial, J.; Dibling, T.; Tinsley, E.; Kirby, S.; Carter, D.; Papaspyridonos, M.; Livingstone, S.; Ganske, R.; Lohmmussaar, E.; Zernant, J.; Tonisson, N.; Remm, M.; Magi, R.; Puurand, T. ... Dunham, I. (2002). A rst-generation linkage disequilibrium map of human chromosome 22. Nature, 418 (6897), 544−548. 1.1. 2002 Kemmeren, P.; van Berkum, NL.; Vilo, J.; Bijma, T.; Donders, R.; Brazma, A.; Holstege, FCP. (2002). Protein interaction veri cation and functional annotation by integrated analysis of genome-scale data. Molecular Cell, 9 (5), 1133−1143. 1.1. 2002 Palin, K.; Ukkonen, E.; Brazma, A.; Vilo, J. (2002). Correlating gene promoters and expression in gene disruption experiments. Bioinformatics, 18, S172−S180. 1.1. 2002 Rung, J.; Schlitt, T.; Brazma, A.; Freivalds, K.; Vilo, J. (2002). Building and analysing genome-wide gene disruption networks. Bioinformatics, 18, S202−S210. 1.1. 2002 Almeida, R.; Norrish, A.; Levick, M.; Vetrie, D.; Freeman, T.; Vilo, J.; Ivens, Al.; Lange, U.; Stober, C.; McCann, S.; Blackwell, J.M. (2002). From genomes to vaccines: Leishmania as a model. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences, 357 (1417), 5−11. 1.2. 2002 Brazma, A.; Sarkans, U.; Robinson, A.; Vilo, J.; Vingron, M.; Hoheisel, J.; Fellenberg, K. (2002). Microarray Data Representation, Annotation and Storage. Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology, 77, 113−139. 2.3. 2002 Vilo, J. (2002). Pattern Discovery from Biosequences. (Doktoritöö, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland). Helsinki: University of Helsinki. 1.1. 2001 Spellman, P.; Stoeckert, C.; Ansorge, W.; Ball, CA.; Gaasterland, T.; Glenisson, P.; Holstege, FCP.; Markowitz, V.; Parkinson, H.; Sarkans, U.; Schulze- Kremer, S.; Taylor, R.; Vilo, J.; Vingron, M.; Brazma, A.; Robinson, A.; Stewart, J.; Hingamp, P.; Sherlock, G.; Aach, J. ... Quackenbush, J. (2001). Minimum information about a microarray experiment (MIAME) - toward standards for microarray data. Nature Genetics, 29 (4), 365−371. 1.1. 2001 Vilo, J.; Kivinen, K. (2001). Regulatory sequence analysis: application to the interpretation of gene expression. European Neuropsychopharmacology, 11 (6), 399−411. 1.1. 2001 Brazma, A.; Vilo, J. (2001). Gene expression data analysis. Microbes and Infection, 3 (10), 823−829. 1.2. 2001 Möller, S.; Vilo, J.; Croning, M. D.R. (2001). Prediction of the coupling speci city of G protein coupled receptors to their G proteins. Bioinformatics, 17 (6), S174−S181. 3.1. 2001 Brazma, A.; Robinson, A.; Vilo, J. (2001). Gene Expression Data Mining and Analysis. In: Jordan, B. (_EditorsAbbr). DNA Microarrays: Gene Expression Applications (106−129). Springer Verlag. 1.1. 2000 Brazma, A.; Vilo, J. (2000). Gene expression data analysis. FEBS Letters, 480 (1), 17−24. 3.2. 2000 Vilo, J.; Brazma, A.; Jonassen, I.; Robinson, A.; Ukkonen, E. (2000). Mining for Putative Regulatory Elements in the Yeast Genome Using Gene Expression Data. In: Proceedings of the 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, August 3-7, 2002, Edmondon, Alberta, Canada (384−394). AAAI Press. 1.1. 1998 Brazma, A.; Jonassen, I.; Vilo, J.; Ukkonen, E. (1998). Predicting gene regulatory elements in silico on a genomic scale. Genome Research, 8 (11), 1202−1215. 5.2. 1998 Brazma, A.; Jonassen, I.; Vilo, J.; Ukkonen, E. (1998). Predicting Gene Regulatory Elements from their Expression Data in the Complete Yeast Genome. GCB 98, German Conference on Bioinformatics 1998. 3.2. 1997 Brazma, A.; Vilo, J.; Ukkonen, E.; Valtonen, K. (1997). Data Mining for Regulatory Elements in Yeast Genome. Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, ISMB-97; June, 1997. AAAI Press, 65−74. 3.1. 1996 Brazma, A.; Ukkonen, E.; Vilo, J. (1996). Discovering unbounded unions of regular pattern languages from positive examples. In: Tetsuo, A. (_EditorsAbbr). Algorithms and computation (95−104). Berlin: Springer. (Lecture notes in computer science; 1178). 3.2. 1996 Brazma, A.; Jonassen, I.; Ukkonen, E.; Vilo, J. (1996). Discovering Patterns and Subfamilies in Biosequences. Proceedings of Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ISMB-96 : Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ISMB-96; Wahington University, St. Louis, MO; 12-15 June, 1996. AAAI Press, 34−43. 3.5. 1996 Vilo, J. (1996). Arvutiteadusega bioloogia probleemide kallale. Maiväli, Ü.; Kull, K.; Möls, T. (_EditorsAbbr). Schola Biotheoretica XXII; Elu Keeled (71−76). Tartu - Tallinn: TA Kirjastus. (Schola Biotheoretica). 3.1. 1994 Kivinen, J.; Mannila, H.; Ukkonen, E.; Vilo, J. (1994). An algorithm for learning hierarchical classi ers. Machine Learning: ECML-94, Proc. Seventh European Conference on Machine Learning : Seventh European Conference on Machine Learning . Springer, 375−378. (Lecture Notes in Computer Science, 784). Tööstusomand Tööstusomand Patentne leiutis: Processing Search Queries in a Network of Interconnected Nodes; Omanikud: Skype Technologies OÜ; Autorid: Konstantin Tretjakov, Luciano Garcia Banuelos, Abel Armas Cervantes, Jaak Vilo, Marlon Dumas; Prioriteedi kuupäev: 24.10.2011. Patentne leiutis: Processing Search Queries Using a Data Structure; Omanikud: Skype Technologies OÜ; Autorid: Konstantin Tretjakov, Luciano Garcia Banuelos, Abel Armas Cervantes, Jaak Vilo, Marlon Dumas; Prioriteedi kuupäev: 24.10.2011. Patentne leiutis: Peptiidide pro leerimine ja humoraalse immuunsuse monitooring; Omanikud: Protobios OÜ; Autorid: Kaia Palm, Lagle Kasak, Anri Kivil, Ave Kris Lend, Toomas Neuman, Arno Pihlak, Anti Alman, Mari-Liis Krupp, Meelis Kull, Balaji Rajashekar, Sulev Reisberg, Martin Sauk, Gerli Viikmaa, Jaak Vilo; Prioriteedi number: US 14/079,626; Prioriteedi kuupäev: 13.11.2013. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 7/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Jaak Vilo Date of birth 14.11.1966 Phone 737 5483 Another phone +372 50 49 365 E-mail [email protected] Home http://biit.cs.ut.ee/ Description Professor, Bioinformatics; BIIT group http://biit.cs.ut.ee/, Head of the Institute of Computer Science, University of Tartu Member of Estonian Academy of Sciences Google Scholar pro le: http://eid.ee/3qj Career Institution and position 01.01.2012–... Estonian Academy of Sciences, Member (0,01) 01.09.2009–... STACC - Software Technologies and Applications Competence Center, Strategic area leader (0,20) 01.12.2007–... University of Tartu, Professor (Bioinformatics), Institute of Computer Science (1,00) 01.01.2006–... Quretec Ltd, Member of Board (0,05) 2008–2008 Estonian Biocentre, Extraordinary Senior Researcher (0,20) 01.09.2005–30.11.2007 University of Tartu, Senior Researcher, Institute of Computer Science (1,00) 01.09.2004–31.08.2005 University of Tartu, Associate Professor, Institute of Computer Science (0,50) 01.01.2002–31.12.2006 Eesti Biokeskus, scientist, grant holder (0.1) 01.01.2002–31.12.2006 EGeen Inc, Director of Informatics 01.01.1999–31.12.2002 European Bioinformatics Institute EMBL-EBI, 01.01.1997–31.12.1999 University of Helsinki, Department of Computer Science, Research assistent 01.01.1993–31.12.1997 University of Helsinki, Research assistent (5-year o cial elected position holder) 01.01.1991–31.12.1993 University of Helsinki, Department of Computer Science teaching assistant 01.01.1990–31.12.1990 Institute of Cybernetics, Talinn, Engineer 01.01.1989–31.12.1990 University of Helsinki (teaching assistant) Education 1991–1999 Ph.D., University of Helsinki, Computer Science, 2002 1984–1991 M.Sc., Tartu University, Applied Mathematics. 1991 1973–1984 Tallinn II Secondary School (Reaalkool) R&D related managerial 2014−... Member of the council of Realia et Naturalia area of the University of Tartu and administrative work 2012−... Member of the Senate of University of Tartu 2012−... Estonian Research Council evaluation board member 2012−... Member of Estonian National Academy of Sciences 2011−... Head of the Institute of Computer Science, Head of the Council 2011−... Chairman of the board of Estonian Scienti c Computing Infrastructure (ETAIS) 2008−... Member of the board of the High Performance Computing Center, University of Tartu 2006−... ECCB (European Conference on Computational Biology), Steering Committee Member (2006- .. 2000−... Reviewer for several journals (Bioinformatics, NAR, BMC Systems Biology, BMC Bioinformatics, Febs J, etc) 2000−... International Society for Computational Biology (ISCB, http://www.iscb.org/) liige 1991−... Association for Computing Machinery (ACM, http://www.acm.org/), professional member 2014−2014 ECCB - Programme committee area co-chair (gene expression) 2011−2016 Riikliku programmi "Eesti keele tehnoloogia 2011-2017" juhtkomitee juht 2011−2013 Member of the interim board of ELIXIR, the international bioinformatics research infrastructure project. Scienti c representative of Estonia. 2010−2010 European Conference on Computational Biology (ECCB-2010) - Programme committee Area Chair 2008−2011 Representative of Estonia to ELIXIR (ESFRI Infrastructure Bioinformatics project) education and science resources subcommittees 2007−2015 Member of the council of the faculty of Mathematics and Informatics 2006−2011 Head of the Steering committee of the "National Programme of the Estonian Language Technology (2006-2010)" 2005−2005 Bioinformatics 2005, Tartu, June 2005 - Programme and Organizational committee member 2005−2009 Member of the Estonian GRID board appointed by the Ministry of Research and Education 2004−2004 WABI 2004 Program committee member 2004−2010 Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) - Program Committee member 2004−2009 European Conference on Computational Biology (ECCB) Program Committee Member Quali cations Academic degrees Jaak Vilo, Doctor's Degree, 2002, (sup) Esko Ukkonen, Pattern Discovery from Biosequences, University of Helsinki. Jaak Vilo, Master's Degree, 1991, (sup) Jaan Penjam, Atribuutgrammatikad ja arvutusmudelid (diplomitöö) (Attribute Grammars and Computational Models), University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 8/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Honours & awards 2016, Jaak Vilo, Small Medal, University of Tartu 2015, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Sten Ilmjärv PhD thesis that received the I prize in national PhD series. 2014, Jaak Vilo, The "Person of the Year of 2013" by Estonian Association of ICT companies 2013, Jaak Vilo, Estonian Order of the White Star III class 2010, Jaak Vilo, Genome Biology - Best Research Paper Award 2009 shortlisted nominee 2010, Jaak Vilo, Minister of Science and Education: letter of thanks for successful supervision of Jüri Reimands PhD that received top national prize in PhD series 2008, Jaak Vilo, Ministrer of Education and Science - award to Konstantin Tretjakov MSc work (I prize) supervision 2004, Jaak Vilo, Best poster award - ISMB/ECCB 2004, Glasgow (10 out of over 1000 posters) Field of research FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences; CERCS SPECIALTY: P170 Computer science, numerical analysis, systems, control ; SPECIALITY: Bioinformatics, systems biology, and data mining Additional information Doctor of Philosophy (Ph.D.) University of Helsinki, 2002 Projects in progress TAR16013 (EXCITE) "Estonian Centre of Ecellence in ICT Research (1.09.2016−31.08.2023)", Maarja Kruusmaa, Tallinn University of Technology , School of Information Technologies, Centre for Biorobotics, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Technology, Cybernetica AS. TK148 "IT Tippkeskus EXCITE (1.01.2016−1.03.2023)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. IUT34-4 "Data Science Methods and Applications (DSMA) (1.01.2015−31.12.2020)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. MMTAT15103R "ELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (1.09.2015−31.08.2019)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. MMTAT12238 "European Medical Information Framework (EMIF) (1.01.2013−31.12.2017)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Completed projects MMTAT15042R "EE-IT - Centre of Excellence on Connected Digital Economy (1.06.2015−31.05.2016)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. MMTAT11048 "New Models for Preclinical Evaluation of Drug E cacy in Common Solid Tumours (1.02.2011−30.04.2016)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. ELTAT "Developing methods to analyze the buying habits of chainstore clients (1.05.2015−10.01.2016)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. SMTAT13063T "Conceptual framework for increasing society’s commitment in ICT: approaches in general and higher education for motivating ICT-related career choices and improving competences for applying and developing ICT (1.04.2013−31.08.2015)", Margus Pedaste, Varmo Vene, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Social Sciences and Education, Institute of Education, University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Technology, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT12017T/1 "Estonia's Integration to the European Bioinformatics Infrastructure ELIXIR (1.11.2012−31.08.2015)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT13061T "BioMedIT (1.04.2013−31.05.2015)", Jaak Vilo, University of Tartu. SF0180008s12 "Modern scienti c computing methods, platforms and applications. (1.01.2012−31.12.2014)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SMTAT14075 "EssCass 2014 Summer School (1.05.2014−30.09.2014)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. LMTAT10001/4 "General leading and consulting of the strategic area "Software Engineering" (1.07.2013−30.06.2014)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT14089 "PhD student's Dmytro Fishman's participation in First International Synthetic and Systems Biology Summer School (SSBSS 2014) in Sicily, Italy (14.06.2014−20.06.2014)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. EKT22 "Mallipõhine faktituletus tekstikorpustest (1.01.2011−31.12.2013)", Sven Laur, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SMTAT07106/6 "ESSCaSS 2013 Summer School (1.05.2013−15.10.2013)", Jaak Vilo, University of Tartu. ERMOS19 "small RNAs : analysis of small RNAs using gene regulation and co-expression data (1.09.2010−31.08.2013)", Balaji Rajashekar, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. LMTAT13089 "Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine (1.01.2013−30.06.2013)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. LMTAT10001/3 "General leading and consulting of the strategic area "Software Engineering" (1.07.2012−30.06.2013)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT07184/4 "Administrative activities concerning the National programme for Estonian Language Technology (2011—2017) (24.04.2012−15.04.2013)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. ESNATS "Embryonic Stem Cell-Based Alternative Testing Strategies. (1.04.2008−31.03.2013)", Jaak Vilo, Quretec Ltd. SMTAT09116 "Developing UT ICS Bioinformatics and data mining chair (1.08.2009−30.11.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07106/5 "Suvekool ESScaSS 2012 (1.05.2012−31.10.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT12172 "The European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD) (23.09.2012−1.10.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old). https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 9/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem SMTAT12017T "Estonia's Integration to the European Bioinformatics Infrastructure (ELIXIR) (1.01.2012−30.09.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu. LMTAT12072 "Privacy-preserving data mining (5.03.2012−30.06.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07184/3 "Administrative activities concerning the National programme for Estonian Language Technology (2011—2017) (10.10.2011−15.04.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. LMTAT "Kinnisvaratehingute andmebaasi andmemassiivide analüüs seaduspärasuste leidmiseks kinnisvara hinna kujunemises sõltuvalt teostunud tehingutest ja erinevatest parameetritest ning arvutusmudeli ja tarkvara prototüüb loomine korrektsioonifaktorite ennus (10.10.2011−24.02.2012)", Jaak Vilo, University of Tartu. ETF7437 "Multi-experiment gene expression data matrix analysis (MEM) (1.01.2008−31.12.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SF0182712s06 "The methods, environments, and applications for solving large and complex computational problems (1.01.2006−31.12.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SMTAT11170 "Auditooriumi tagasiside süsteem (12.10.2011−30.11.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT11171 "MOBIILSE EEG SEADME KASUTAMINE TEADUSES JA TEADUSE POPULARISEERIMISES (12.10.2011−30.11.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07106/4 "Suvekool ESSCaSS 2011 (1.05.2011−30.10.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu. MMTAT10063I "Robo M.D. (1.03.2010−1.08.2011)", Jaak Vilo, Satish Narayana Srirama, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT11086 "Konverents-workshop BREW 2011 korraldamine (1.05.2011−31.07.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07184/2 "Administrative activities concerning the National programme for Estonian Language Technology (2006—2010) (6.05.2010−15.05.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT10132E "Complexity of Independent Epigenetic Signals in Cancer Initiation (CIESCI) (1.09.2010−31.12.2010)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. ENFIN "ENFIN - Enabling Systems Biology (15.11.2005−14.11.2010)", Jaak Vilo, Quretec Ltd. SMTAT07106/3 "9th Estonian Summer School on Computer and Systems Science, (ESSCaSS 2010) (1.05.2010−31.10.2010)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. MMTAT07037R "COBRED- Colon and Breast Cancer Diagnostic (1.03.2007−28.02.2010)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07184/1 "Administrational activities concerning the National programme for Estonian Language Technology (2006-2010) (1.07.2009−1.02.2010)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT08204/1 "Symposium on Innovative Software Technology 2009 (15.10.2009−15.12.2009)", Marlon Dumas, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT09084 "5. Baltische Sommerschule "Technische Informatik/Informationstechnik" in Tartu (20.05.2009−31.10.2009)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07106/2 "8th Estonian Summer School on Computer and Systems Science, (ESSCaSS 2009) (20.05.2009−31.10.2009)", Jaak Vilo, University of Tartu. EKKTT06-12 "Elektrooniliste teatmeteoste kasutajasõbralikud päringusüsteemid (1.01.2006−31.12.2008)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SMTAT07106/1 "Suvekool ESSCASS 2008. (1.06.2008−31.10.2008)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07203/1 "4. Baltiche Sommershule "Techniche Informatik/Informationtechnik" in Tartu. (15.05.2008−31.10.2008)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07184 "Coordination of the programme "National Programme for Estonian Language Technology (2006-2010) " (17.09.2007−31.03.2008)", Jaak Vilo, University of Tartu. ETF5724 "Bioinformatics of Gene Regulation (BiGeR) (1.01.2004−31.12.2007)", Jaak Vilo, Estonian Biocentre. SMTAT07203 "Web server for Institute of Computer Science course materials - courses.cs.ut.ee (22.10.2007−27.12.2007)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07210 "Software development server for Computer Science (22.10.2007−17.12.2007)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT07106 "Suvekool ESSCASS 2007 (1.06.2007−31.10.2007)", Jaak Vilo, University of Tartu. LSHG-CT-2003-503329 "ATD - The Alternate Transcript Diversity Project (1.03.2004−28.02.2007)", Jaak Vilo, Estonian Biocentre. SMTAT03043/65 "IKT erialade õppejõudude osavõtt konverentsidest, seminaridest, kursustest (1.12.2006−31.01.2007)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT03043/59 "A special equipment for ICT labs - large shared memory computer server for scienti c computing (20.05.2006−31.01.2007)", Jaak Vilo, University of Tartu. ETF5722 "Data Mining Methods and Applications (DMMA) (1.01.2004−31.12.2006)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT "Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekool (20.05.2006−30.10.2006)", Jaak Vilo, University of Tartu. SMTAT03043/36 "Mobiilsustoetus. Osavõtt suvekoolist The Analysis of Patterns, Erice, Itaalia (12.10.2005−22.01.2006)", Jaak Vilo, University of Tartu. EKRM05-63 "Elektrooniliste sõnastike ettevalmistamine ja kasutajasõbralikud päringusüsteemid (1.01.2005−31.12.2005)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. LMTAT05234 "ABC output calculation update (under MIS framework) (8.11.2005−21.11.2005)", Jaak Vilo, University of Tartu. Dissertations under supervision Anna Leontjeva, Phd student, (sup) Jaak Vilo, Social Network Analysis, . Dmytro Fishman, Phd student, (sup) Jaak Vilo; Hedi Peterson, Bioinformatics data integration, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Elena Sügis, Phd student, (sup) Jaak Vilo, Discovery, Modelling and Simulation of Stem Cell Regulatory Networks in Silico, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Konstantin Tretjakov, Phd student, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur, Machine learning methods in Bioinformatics, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Vijayachitra Modhukur, Phd student, (sup) Jaak Vilo, Whole-genome epigenetic data analysis, University of Tartu. Raul Sirel, Phd student, (sup) Kadri Muischnek; Jaak Vilo, Eestikeelsete terviselugude andmekaeve (Text mining of Estonian Medical Records), University of Tartu. Tõnis Tasa, Phd student, (sup) Jaak Vilo; Lili Azin Milani; Reedik Mägi, Management and analysis of massive full-scale genome data., University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Sulev Reisberg, Phd student, (sup) Jaak Vilo, Electronic health data for personalized medicine, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Anna U iand, Phd student, (sup) Jaak Vilo, Large-scale gene expression data analysis, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Kaido Lepik, Phd student, (sup) Jaak Vilo; Hedi Peterson, Integration methods for multi-omic data, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Kärt Pormeister, Phd student, (sup) Irene Kull; Jaak Vilo; Katrin Õunap; Barbara J. Evans (University of Houston, TX), Enabling Personalized Medicine through Law: Possibilities, Obstacles, and Risks, University of Tartu. Supervised dissertations https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 10/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Tauno Metsalu, Doctor's Degree, 2016, (sup) Jaak Vilo, Statistical analysis of multivariate data in bioinformatics, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Sten Ilmjärv, Doctor's Degree, 2015, (sup) Jaak Vilo; Eero Vasar; Hendrik Luuk, Estimating di erential expression from multiple indicators, University of Tartu, Faculty of Medicine, Institute of Biomedicine and Translational Medicine. Hedi Peterson, Doctor's Degree, 2015, (sup) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes, University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu. Priit Adler, Doctor's Degree, 2015, (sup) Jaak Vilo; Juhan Sedman, Analysis and visualisation of large scale microarray data, University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu. Raivo Kolde, Doctor's Degree, 2014, (sup) Jaak Vilo, Methods for re-using public gene expression data, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Meelis Kull, Doctor's Degree, 2011, (sup) Jaak Vilo, Statistical enrichment analysis in algorithms for studying gene regulation, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Jüri Reimand, Doctor's Degree, 2010, (sup) Jaak Vilo, Functional Analysis of Gene Lists, Networks and Regulatory Systems, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Kristjan Metsalu, Master's Degree, 2016, (sup) Reedik Mägi; Tatjana Iljašenko; Jaak Vilo, Web application to calculate genetic risk scores based on imputed data, University of Tartu, Estonian Genome Center. Gea Pajula, Master's Degree, 2016, (sup) Irene Teinemaa; Jaak Vilo, Price Elasticity Based Recommender System, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Mari-Liis Allikivi, Master's Degree, 2015, (sup) Meelis Kull; Jaak Vilo, Klasterduspõhine motiiviotsing lühikestel peptiididel (Clustering-based motif discovery from short peptides), University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Andres Tiko, Master's Degree, 2009, (sup) Meelis Kull; Jaak Vilo, Ripple-Down Rule Sets and MDL Learning, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Sten Ilmjärv, Master's Degree, 2009, (sup) Hedi Peterson; Jaak Vilo, Promootorjärjestuste uurimine BxD hiireliini geeniekspressiooni dünaamika alusel (Researching promoter sequences on the basis of gene expression Dynamics in mouse BxD lines), University of Tartu, Faculty of Science and Technology (old), Institute of Molecular and Cell Biology, University of Tartu, Chair of Bioinformatics. Konstantin Tretjakov, Master's Degree, 2008, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur, G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with DNA Binding, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Raivo Kolde, Master's Degree, 2008, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur; Jüri Lember, Co-expression queries across multiple experiments, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Anton Litvinenko, Master's Degree, 2007, (sup) Ulrich Norbisrath; Jaak Vilo, Automatic Prediction of Source Code Contribution Type, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Darja Kruševskaja, Master's Degree, 2007, (sup) Jaak Vilo, Annotation Driven Hierarchical Clustering Analysis, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Priit Adler, Master's Degree, 2007, (sup) Jaak Vilo, Globaalne geeniekspressioonianalüüs üle mitme ekspressiooniandmestiku (Global gene expression data analysis across multiple data sets), University of Tartu, Faculty of Biology and Geography, Institute of Molecular and Cell Biology. Hedi Peterson, Master's Degree, 2006, (sup) Jaak Vilo, The discovery and characterization of regulatory motifs in Saccharomyces cerevisiae (The discovery and characterization of regulatory motifs in Saccharomyces cerevisiae), University of Tartu, Faculty of Biology and Geography, Institute of Molecular and Cell Biology. Jüri Reimand, Master's Degree, 2006, (sup) Jaak Vilo, Gene Ontology mining tool GOSt (Gene Ontology mining tool GOSt), University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Kristo Käärmann, Master's Degree, 2006, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur, Haplotype inference using overlapping segments, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Deniss Sudak, Master's Degree, 2005, (sup) Jaak Vilo, Universaalse sõnastikuredaktori disain (Design of universal dictionary editor), University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Meelis Kull, Master's Degree, 2004, (sup) Jaak Vilo, Kiire klasterdamine meetrilistes ruumides (Fast Clustering in Metric Spaces), University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Publications Category Year Publication 1.1. 2016 S omos, G.; Dormoy, V.; Metsalu, T.; Jeitziner, R.; Battista, L.; Scabia, V.; Ra oul, W.; Delaloye, JF.; Treboux, A.; Fiche, M.; Vilo, J.; Ayyanan, A.; Brisken, C. (2016). A Preclinical Model for ERα-Positive Breast Cancer Points to the Epithelial Microenvironment as Determinant of Luminal Phenotype and Hormone Response. Cancer Cell, 29 (3), 407−422, 10.1016/j.ccell.2016.02.002. 1.1. 2016 Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Pro ler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199. 1.1. 2016 Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying di erentially methylated regions in high density methylation array data. Bioinformatics, btw304, 10.1093/bioinformatics/btw304. 1.1. 2015 Lees, JG.; Hériché, JK.; Morilla, I.; Fernández, JM.; Adler, P.; Krallinger, M.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ellenberg, J.; Ranea, JA.; Orengo, C. (2015). FUN-L: Gene prioritization for RNAi screens. Bioinformatics, 31 (12), 2052−2053, 10.1093/bioinformatics/btv073. 1.1. 2015 Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak (2015). ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. Nucleic Acids Research, 43, W566−W570, 10.1093/nar/gkv468. 1.1. 2015 Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1, 10.12688/f1000research.6925.1. 1.1. 2015 Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related pro ling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator genes. Scienti c Reports, 5 (13107), 1−11, 10.1038/srep13107. 1.1. 2015 Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). TRIB3 enhances cell viability during glucose deprivation in HEK293-derived cells by upregulating IGFBP2, a novel nutrient de ciency survival factor. Biochimica et Biophysica Acta-Molecular Cell Research, 1853 (10), 2492−2505, 10.1016/j.bbamcr.2015.06.006. 1.1. 2014 Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409, 10.4161/15592294.2014.970052. 1.1. 2014 Hériché, JK. ; Lees, JG. ; Morilla, I.; Walter, T. ; Petrova, B.; Julia Roberti, M.; Hossain, MJ.; Adler, P.; Fernández, JM.; Krallinger, M.; Haering, CH.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ranea, JA. ; Orengo, C.; Ellenberg, J (2014). Integration of biological data by kernels on graph nodes allows prediction of new genes involved in mitotic chromosome condensation. Molecular Biology of the Cell, 25 (16), 2522−2536, 10.1091/mbc.E13-04-0221. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 11/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem 1.1. 2014 Lokk, Kaie; Modhukur, Vijayachitra; Rajashekar, Balaji; Märtens, Kaspar; Mägi, Reedik; Kolde, Raivo; Koltšina, Marina; Nilsson, Torbjörn K.; Vilo, Jaak; Salumets, Andres; Tõnisson, Neeme (2014). DNA methylome pro ling of human tissues identi es global and tissue-speci c methylation patterns. Genome Biology, 15 (4), R54, 10.1186/gb-2014-15-4-r54. 1.1. 2014 Ilmjärv, Sten; Hundahl, Christian Ansgar; Reimets, Riin; Niitsoo, Margus; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Vasar, Eero; Luuk, Hendrik (2014). Estimating di erential expression from multiple indicators. Nucleic Acids Research, 42 (8), e72, 10.1093/nar/gku158. 1.3. 2014 Vilo, Jaak (2014). Nutikas jätkusuutlik Eesti. Riigikogu Toimetised, 29, 40−47. 3.1. 2014 Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta-analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (_EditorsAbbr). Structural and functional RNA mapping (361−373). Springer. (Methods in Molecular Biology; 1182). 6.7. 2014 Vilo, Jaak (2014). Teadus – väike, kuid oluline arengumootor. Arengufondi mõtteraamat. 1.1. 2013 Peterson, Hedi; Abu Dawud, Raed; Garg, Abishek; Wang, Ying; Vilo, Jaak; Xenarios, Ioannis; Adjaye, James (2013). Qualitative modeling identi es IL- 11 as a novel regulator in maintaining self-renewal in human pluripotent stem cells. Frontiers in Physiology, 4 (303), 303. 1.1. 2013 Tretyakov, Konstantin; Laur, Sven; Smant, Geert; Vilo, Jaak; Prins, Pjotr (2013). Fast probabilistic le ngerprinting for big data. BMC Genomics, 14 (2), S8, 10.1186/1471-2164-14-S2-S8. 1.1. 2013 Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell- derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143, 10.1007/s00204-012- 0967-3. 1.1. 2013 Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. Bioinformatics, 29 (7), 886−893. 1.3. 2013 Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459. 6.6. 2013 Vilo, Jaak (2013). Jaak Vilo: tasuta ei võrdu odav. Postimees, .. 6.7. 2013 Tiit, Ene-Margit; Engelbrecht, Jüri; Eamets, Raul; Vilo, Jaak; Bahovski, Erkki; Aaviksoo, Ain (2013). Ekspertarvamused eestlaste rändest. Käpp, Triin (_EditorsAbbr). Eesti ustest - sisse, välja : kõned, artiklid, esseed (101−118). Tartu: Eesti Keele Sihtasutus. 1.1. 2012 Gaspar, John Antonydas; Doss, Michael Xavier; Winkler, Johannes; Wagh, Vilas; Hescheler, Jürgen; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Schulz, Herbert; Sachinidis, Agapios (2012). Gene expression signatures de ning fundamental biological processes in pluripotent, early, and late di erentiated embryonic stem cells. Stem cells and development, 21 (13), 2471−2484, 10.1089/scd.2011.0637. 1.1. 2012 Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of Cancer, 132 (12), 2884−2893, 10.1002/ijc.27981. 1.1. 2012 Saare, M.; Rebane, A.; Rajashekar, B.; Vilo, J., Peterson, P. (2012). Autoimmune regulator is acetylated by transcription coactivator CBP/p300. Experimental and Cellular Research, 318 (14), 1767−78. 1.1. 2012 Reimand, Jüri; Aun, Anu ; Vilo, Jaak ; Vaquerizas, Juan M ; Sedman, Juhan ; Luscombe, Nicholas M (2012). m:Explorer - multinomial regression models reveal positive and negative regulators of longevity in yeast quiescence. Genome Biology, 13 (6), R55, 10.1186/gb-2012-13-6-r55. 1.1. 2012 Rebane, A.; Zimmermann, M.; Aab, A.; Baurecht, H.; Koreck, A.; Karelson, M.; Abram, K.; Metsalu, T.; Pihlap, M.; Meyer, N.; Fölster-Holst, R.; Nagy, N.; Kemeny, L.; Kingo, K.; Vilo, J.; Illig, T.; Akdis, M.; Franke, A.; Novak, N.; Weidinger, S. ... Akdis, CA. (2012). Mechanisms of IFN-γ-induced apoptosis of human skin keratinocytes in patients with atopic dermatitis. Journal of Allergy and Clinical Immunology, 129 (5), 1297−306, 10.1016/j.jaci.2012.02.020. 1.1. 2012 Kolde, Raivo; Laur, Sven ; Adler, Priit ; Vilo, Jaak (2012). Robust Rank Aggregation for gene list integration and meta-analysis. Bioinformatics, 28 (4), 573−580, 10.1093/bioinformatics/btr709. 1.1. 2012 Altmäe, S.; Reimand, J.; Hovatta, O.; Zhang, P.; Kere, J.; Laisk, T.; Saare, M.; Peters, M.; Vilo, J.; Stavreus-Evers, A.; Salumets, A. (2012). Research Resource: Interactome of Human Embryo Implantation: Identi cation of Gene Expression Pathways, Regulation, and Integrated Regulatory Networks. Molecular Endocrinology, 26 (1), 203−217. 3.1. 2012 Leontjeva, Anna ; Tretyakov, Konstantin ; Vilo, Jaak ; Tamkivi, Taavi (2012). Fraud Detection: Methods of Analysis for Hypergraph Data. In Proceedings of the First IEEE/ACM International Workshop on Cybersecurity of Online Social Networks (IEEE/ACM CSOSN 2012): IEEE/ACM International Workshop on Cybersecurity of Online Social Network (IEEE/ACM CSOSN), Istanbul. IEEE Conference Publications, 1060−1064. 3.4. 2012 Leontjeva, Anna; Tretjakov, Konstantin; Tamkivi, Taavi; Vilo, Jaak (2012). Analysis of Hypergraph Data with Application to Fraud Detection. The First International Workshop on Cyber Security of Online Social Network (CSOSN 2012). 6.6. 2012 Vilo, Jaak (2012). Jaak Vilo: nooremalt kooli ja kool lühemaks. (x). 6.7. 2012 Vilo, Jaak (2012). Eesti ja e-Eesti. üks või kaks vankrit? Universitas Tartuensis (45−47). Tallinna Ülikooli Kirjastus. 1.1. 2011 Võsa, Urmo; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Fischer, Krista; Välk, Kristjan; Tõnisson, Neeme; Roosipuu, Retlav; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Annilo, Tarmo (2011). Identi cation of miR-374a as a prognostic marker for survival in patients with early-stage nonsmall cell lung cancer. Genes, Chromosomes and Cancer, 50 (10), 812−822, 10.1002/gcc.20902. 1.1. 2011 Tserel, L.; Runnel, T.; Kisand, K.; Pihlap, M.; Bakho , L.; Kolde, R.; Peterson, H.; Vilo, J.; Peterson, P.; Rebane, A. (2011). MicroRNA Expression Pro les of Human Blood Monocyte-derived Dendritic Cells and Macrophages Reveal miR-511 as Putative Positive Regulator of Toll-like Receptor 4. Journal of Biological Chemistry, 286 (30), 26487−26495, 10.1074/jbc.M110.213561. 1.1. 2011 Reimand, J.; Arak, T. ; Vilo, J. (2011). g:Pro ler—a web server for functional interpretation of gene lists (2011 update). Nucleic Acids Research, 39 (2), w307−w315. 1.1. 2011 Tretyakov, K.; Laur, S.; Vilo, J. (2011). G = MAT: Linking Transcription Factor Expression and DNA Binding Data. PLoS ONE, 6 (1), e14559, 10.1371/journal.pone.0014559. 3.1. 2011 Tretyakov, Konstantin; Armas-Cervantes, Abel; García-Bañuelos, Luciano; Vilo, Jaak; Dumas, Marlon (2011). Fast Fully Dynamic Landmark-based Estimation of Shortest Path Distances in Very Large Graphs. CIKM’11, October 24–28, 2011, Glasgow, Scotland, UK.. Association for Computing Machinery (ACM) , 1785−1794. 5.1. 2011 Valk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Roosipuu, R.; Vilo, J.; Metspalu, A. (2011). GENE EXPRESSION-BASED APPROACHES IN DIFFERENTIATION OF METASTASES AND SECOND PRIMARY TUMOUR. 6. s1055−s1056. 5.1. 2011 Peters, Maire; Altmäe, Signe; Reimand, Jüri; Laisk, Triin; Saare, Merli; Hovatta, Outti; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Stavreus-Evers, Anneli; Salumets, Andres. (2011). Human embryo-endometrium interactions at the time of implantation. 26: 27th Annual Meeting of the European Society of Human Reproduction and Embryology, 3-6 juuli, Stockholm, Rootsi. Oxford University Press, 216−216. (1). 5.2. 2011 Välk, K.; Vooder, T.; Kolde, R.; Roosipuu, R.; Vilo, J.; Metspalu, A. (2011). Whole genome gene expression pro ling of two control and three subsequent lung cancer samples of the same patient. World Conference on Lung Cancer, Amsterdam, 2011. 6.6. 2011 Vilo, J. (2011). Kuidas õpetada lastele matemaatikat? . 6.6. 2011 Vilo, Jaak (2011). Jaak Vilo: riskime kõrghariduse väljasuretamisega. .. 1.1. 2010 Välk, Kristjan; Vooder, Tõnu; Kolde, Raivo; Reintam, Mari-Ann; Petzold, Cathleen; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres (2010). Gene Expression Pro les of Non-Small Cell Lung Cancer: Survival Prediction and New Biomarkers. Oncology, 79, 283−292, DOI:10.1159/000322116. 1.1. 2010 Lõoke, M.; Reimand, J.; Sedman, T.; Sedman, J.; Järvinen, L.; Värv, S.; Peil, K.; Kristjuhan, K.; Vilo, J.; Kristjuhan, A. (2010). Relicensing of transcriptionally inactivated replication origins in budding yeast. Journal of Biological Chemistry, 285 (51), 40004−40011, 10.1074/jbc.M110.148924. 1.1. 2010 Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tõnis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Genome-wide promoter analysis of histone modi cations in human monocyte-derived antigen presenting cells. BMC Genomics, 11, 642, 10.1186/1471-2164-11-642. 1.1. 2010 Billon, Nathalie; Kolde, Raivo; Reimand, Juri; Monteiro, Miguel C; Kull, Meelis; Peterson, Hedi; Tretyakov, Konstantin; Adler, Priit; Wdziekonski, Brigitte; Vilo, Jaak; Dani, Christian (2010). Comprehensive transcriptome analysis of mouse embryonic stem cell adipogenesis unravels new processes of adipocyte development. Genome Biology, 11 (8), R80, 10.1186/gb-2010-11-8-r80. 1.1. 2010 Reimand, Jüri; Vaquerizas, Juan M ; Todd, Annabel E ; Vilo, Jaak ; Luscombe, Nicholas M (2010). Comprehensive reanalysis of transcription factor knockout expression data in Saccharomyces cerevisiae reveals many new targets. Nucleic Acids Research, 38 (14), 4768−4777, 10.1093/nar/gkq232. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 12/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem 1.1. 2010 Doss, Michael Xavier ; Wagh, Vilas ; Schulz, Herbert ; Kull, Meelis ; Kolde, Raivo ; Pfannkuche, Kurt ; Nolden, Tobias ; Himmelbauer, Heinz; Vilo, Jaak ; Hescheler, Jürgen ; Sachinidis, Agapios (2010). Global transcriptomic analysis of murine embryonic stem cell-derived brachyury+ (T) cells. Genes to Cells, 15 (3), 209−228, 10.1111/j.1365-2443.2010.01390.x. 1.1. 2010 Maron, E.; Kallassalu, K.; Tammiste, A.; Kolde, R.; Vilo, J.; Tõru, I.; Vasar, V.; Shlik, J.; Metspalu, A. (2010). Peripheral Gene Expression Profiling of CCK- 4-Induced Panic in Healthy Subjects. American Journal of Medical Genetics Part B-Neuropsychiatric Genetics, 153B (1), 269−274, 10.1002/ajmg.b.30898. 1.1. 2010 Jung, Marc; Peterson, Hedi ; Chavez, Lukas; Kahlem, Pascal; Lehrach, Hans ; Vilo, Jaak ; Adjaye, James (2010). A Data Integration Approach to Mapping OCT4 Gene Regulatory Networks Operative in Embryonic Stem Cells and Embryonal Carcinoma Cells. PLoS ONE, 5 (5), e10709, 10.1371/journal.pone.0010709. 1.2. 2010 Vooder, Tõnu; Välk, Kristjan; Kolde, Raivo; Roosipuu, Retlav; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres (2010). Gene Expression-Based Approaches in Di erentiation of metastases and Second Primary Tumour. Case Reports in Oncology, 3 (2), 255−261, 10.1159/000318010. 3.1. 2010 Meister, Einar; Vilo, Jaak; Kahusk, Neeme (2010). National Programme for Estonian Language Technology: a pre- nal Summary. Human Language Technologies.The Baltic Perspective : Proceedings of the Fourth International Conference, Baltic HLT 2010. _EditorsAbbr Skadina, Inguna; Vasiljevs, Andrejs. Amsterdam: IOS Press, 11−14. (Frontiers in Arti cial Intelligence and Applications; 219). 3.1. 2010 Kull, M.; Tretyakov, K.; Vilo, J. (2010). An evolutionary model of DNA substring distribution. In: Elomaa,T.; Mannila, H.; Orponen, P. (_EditorsAbbr). Algorithms and Applications (147−157). Berlin / Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science). 3.2. 2010 Küngas, Peep ; Lepmets, Marion; Willemson, Jan; Vilo, Jaak (2010). Tarkvara TAK – lüli alusuuringute ja tootearenduse vahel. Infoühiskonna aastaraamat 2009 (90−95). Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium. 3.2. 2010 Küngas, Peep; Lepmets, Marion; Willemson, Jan; Vilo, Jaak (2010). Software Technology and Applications Competence Centre – the link between research and product development. In: INFORMATION SOCIETY YEARBOOK 2009 (88−93). Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium. 3.4. 2010 Orasmaa, Siim ; Käärik, Reina ; Vilo, Jaak ; Hennoste, Tiit (2010). Information Retrieval of Word Form Variants in Spoken Language Corpora Using Generalized Edit Distance. Proceedings of the Seventh conference on International Language Resources and Evaluation (LREC'10): The International Conference on Language Resources and Evaluation; Valletta, Malta; May 17-23, 2010. _EditorsAbbr Calzolari, Nicoletta; Choukri, Khalid; Maegaard, Bente; Mariani, Joseph; Odjik, Jan. Valletta, Malta: ELRA, 623−629. 5.1. 2010 Altmae, S.; Reimand, J.; Vilo, J.; Hovatta, O.; Stavreus-Evers, A.; Salumets, A. (2010). EMBRYO - ENDOMETRIUM INTERACTIONS AT THE TIME OF IMPLANTATION. Annual Meeting of the American-Society-for-Reproductive-Medicine (ASRM 2010) Location: Denver, CO Date: OCT 23-27, 2010 . New York: Elsevier, s86−s87. (2010). 5.1. 2010 Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Rebane, Ana; Kisand, Kai; Org, Tonis; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Gene Expression and Epigenetic Changes in Di erentiation of Human Macrophages and Dendritic Cells. Scandinavian Journal of Immunology, 71 (6), 526−526. 5.1. 2010 Rebane, Ana; Tserel, Liina; Kisand, Kai; Backho , Lairi; Runnel, Toomas; Kolde, Raivo; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak; Peterson, Pärt (2010). Balanced Expression of miRNA-S Secures Di erentiation and Maturation of Human Blood Monocyte Derived Dendritic Cells. Scandinavian Journal of Immunology, 71 (6), 512−513. 1.1. 2009 Storm, M.l P.; Kumpfmueller, B.; Thompson, B. ; Kolde, R.; Vilo, J. ; Hummel, O.; Schulz, H.; Welham, M. J. (2009). Characterization of the Phosphoinositide 3-Kinase-Dependent Transcriptome in Murine Embryonic Stem Cells: Identi cation of Novel Regulators of Pluripotency. Stem Cells, 27 (4), 764−775, 10.1002/stem.3. 1.1. 2009 Adler, P.; Kolde, R.; Kull, M.; Tkachenko, A.; Peterson, H.; Reimand, J.; Vilo, J. (2009). Mining for coexpression across hundreds of datasets using novel rank aggregation and visualisation methods. Genome Biology, 10 (12), R139, 10.1186/gb-2009-10-12-r139. 1.1. 2009 Schulz, H; Kolde, R; Adler, P; Aksoy, I; Anastassiadis, K; Bader, M; Billon, N; Boeuf, H; Bourillot, PY; Buchholz, F; Dani, C; Doss, MX; Forrester, L; Gitton, M; Henrique, D; Hescheler, J; Himmelbauer, H; Hübner, N; Karantzali, E; Kretsovali, A ... Functional Genomics in Embryonic Stem Cells Consortium, x (2009). The FunGenES database: a genomics resource for mouse embryonic stem cell di erentiation. PLoS ONE, 4 (9), e6804−e6804, 10.1371/journal.pone.0006804. 1.1. 2009 Krushevskaya, D.; Peterson, H.; Reimand, J.; Kull, M.; Vilo, J. (2009). VisHiC—hierarchical functional enrichment analysis of microarray data. Nucleic Acids Research, 37, W587−W592, 10.1093/nar/gkp435. 1.1. 2009 Koscielny, G.; Le Texier, V.; Gopalakrishnan, C.; Kumanduri, V.; Riethoven, J.-J.; Nardone, F.; Stanley, E.; Fallsehr, C.; Hofmann, O.; Kull, M.; Harrington, E.; .Boué, S.; Eyras, E.; Plass, M.; Lopez, F.; Ritchie, W.; Moucadel, V.; Ara, T.; Pospisil, H.; Herrmann, A. ... Thanaraj, T.A. (2009). ASTD: the Alternative Splicing and Transcript Diversity Database. Genomics, 93 (3), 213−220, 10.1016/j.ygeno.2008.11.003. 1.1. 2009 Trouillas, M.; Saucourt, C.; Guillotin, B.; Gauthereau, X.; Ding, L.; Buchholz, F.; Doss, M.-X.; Sachinidis, A.; Hescheler, J.; Hummel, O.; Huebner, N.; Kolde, R.; Vilo, J.; Schultz, H.; Boeuf, H. (2009). Three LIF-dependent signatures and gene clusters with atypical expression pro les, identi ed by transcriptome studies in mouse ES cells and early derivatives. BMC Genomics, 10 (73), 1, 10.1186/1471-2164-10-73. 3.1. 2009 Adler, P.; Peterson, H.; Agius, P.; Reimand, J.; Vilo, J. (2009). Ranking genes by their co-expression to subsets of pathway members. In: Annals of the New York Academy of Sciences (1−13). Oxford: Blackwell Publishing. (Challenges of Systems Biology: Community E ort to Harness Biological Complexity). 3.1. 2009 Jäger, M.; Kamm, L.; Krushevskaja, D.; Talvik, H.-A.; Veldemann, J.; Vilgota, A.; Vilo, J. (2009). Flexible Database Platform for Biomedical Research with Multiple User Interfaces and a Universal Query Engine. In: Haav, H.-M.; Kalja, A. (_EditorsAbbr). Databases and Information Systems V - Selected Papers from the Eighth International Baltic Conference, DB&IS 2008 (301−310). IOS Press. (Frontiers in Arti cial Intelligence and Applications). 3.2. 2009 Meister, Einar; Roosmaa, Tiit; Vilo, Jaak (2009). Estonian language technology Anno 2009. Proceedings of the NODALIDA 2009 workshop Nordic Perspectives on the CLARIN Infrastructure of Common Language Resources : May 14, 2009, Odense, Denmark. _EditorsAbbr Domeij, R; Koskenniemi, K.; Krauwer, S.; Maegaard, B.; Rögnvaldsson, E.; de Smedt. 21−26. (NEALT Proceedings Series; 5 ). 6.3. 2009 Vilo, J. (2009). Üksainus küsimus: Keeletehnoloogiast (Vastab Jaak Vilo). Horisont, 2, 6. 1.1. 2008 Adler, P.; Reimand, J.; Jänes, J.; Kolde, R.; Peterson, H.; Vilo, J. (2008). KEGGanim: pathway animations for high-throughput data. Bioinformatics, 24 (4), 588−590, 10.1093/bioinformatics/btm581. 1.1. 2008 Kull, M.; Vilo, J. (2008). Fast approximate hierarchical clustering using similarity heuristics. BioData Mining, 1 (9), UNSP 9, 10.1186/1756-0381-1-9. 1.1. 2008 Reimand, J. ; Tooming, L. ; Peterson, H.; Adler, P.; Vilo, J. (2008). GraphWeb: mining heterogeneous biological networks for gene modules with functional signi cance. Nucleic Acids Research, 36, W452−W459, 10.1093/nar/gkn230. 3.1. 2008 Meister, Einar; Vilo, Jaak (2008). Strengthening the Estonian language technology. LREC 2008 : 6th International Conference on Language Resources and Evaluation, May 26 - June 1, 2008, Marrakech, Marocco, proceedings. [Paris]: European Language Resources Association, 3101−3104. 3.1. 2008 Tkatchenko, A.; Tretjakov, K.; Adler, P.; Vilo, J. (2008). Text mining for automatic annotation of microarray experiment clusters. Databases and Information Systems: 8th International Baltic Conference on Databases and Information Systems; Tallinn; 02-05 June 2008. _EditorsAbbr Haav, H.-M.; Kalja, A. Tallinn University of Technology Press, 423−426. 3.1. 2008 Jäger, M.; Kamm, L.; Krushevskaja, D.; Talvik, H.-A.; Veldemann, J.; Vilgota, A.; Vilo, J. (2008). Flexible Database Platform for Biomedical Research with Multiple User Interfaces and a Universal Query Engine. Databases and Information Systems: 8th International Baltic Conference on Databases and Information Systems; Tallinn; 02-05 June 2008. _EditorsAbbr Haav, H.-M.; Kalja, A. Tallinn: Tallinn University of Technology Press, 279−287. 5.2. 2008 Meister, Einar; Vilo, Jaak (2008). Strengthening the Estonian language technology. LREC 2008 : Sixth International Conference on Language Resources and Evaluation : May 26 - June 1, 2008, Marrakech, Marocco, conference abstracts. _EditorsAbbr Calzolari, Nicoletta et al. Paris: European Language Resources Association, 55−56. 6.6. 2008 Vilo, J. (2008). Kuidas leida nõel heinakuhjast? . Tallinn. 6.6. 2008 Vilo, J. (2008). Arvutite eesti keele oskusest. Keele Infoleht. 1.1. 2007 Reimand, J.; Kull, M.; Peterson, H.; Hansen, J., Vilo, J. (2007). g:Pro ler – a web-based toolset for functional pro ling of gene lists from large-scale experiments. Nucleic Acids Research, 35, W193−W200, 10.1093/nar/gkm226. 3.5. 2007 Pavlidis, P.; Uri, J.; Kuzmitshov, I.; Peterson, H.; Vilo, J. (2007). Incremental use of homologies to infer cis-regulatory motifs in gene clusters. Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK teise aastakonverentsi artiklite kogumik : 11.-12. mai 2007, Viinistu Kunstimuuseum. 121−124. 3.5. 2007 Reimand, J.; Vilo, J. (2007). Functional pro ling of gene lists. In: Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK teise aastakonverentsi artiklite kogumik : 11.-12. mai 2007, Viinistu Kunstimuuseum (113−115). Viinistu Kunstimuuseum. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 13/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem 6.6. 2006 Vilo, J. (2006). Biobanks depend on high-quality data. CSC News, 1, 17−17. 6.6. 2006 Vilo, J. (2006). Kiireim tee infoühiskonda. Hea Eesti Idee (HEI), 46−48. 6.6. 2006 Vilo, J. (2006). Tipptasemel tööjõu puudus ei lahene lisapanusteta. (62−63). 6.6. 2005 Vilo, J. (2005). Jackpoti tõenäosuse kasvatamine. . 1.1. 2004 Kapushesky, M.; Kemmeren, P.; Culhane, AC.; Durinck, S.; Ihmels, J.; Korner, C.; Kull, M.; Torrente, A.; Sarkans, U.; Vilo, J.; Brazma, A. (2004). Expression Pro ler: next generation-an online platform for analysis of microarray data. Nucleic Acids Research, 32, W465−W470. 1.1. 2003 Brazma, A.; Parkinson, H.; Sarkans, U.; Shojatalab, M.; Vilo, J.; Abeygunawardena, N.; Holloway, E.; Kapushesky, M.; Kemmeren, P.; Lara, GG.; Oezcimen, A.; Rocca-Serra, P.; Sansone, SA. (2003). ArrayExpress - a public repository for microarray gene expression data at the EBI. Nucleic Acids Research, 31 (1), 68−71. 1.1. 2003 Rocca-Serra, P.; Brazma, A.; Parkinson, H.; Sarkans, U.; Shojatalab, M.; Contrino, S.; Vilo, J.; Abeygunawardena, N.; Mukherjee, G.; Holloway, E.; Kapushesky, M.; Kemmeren, P.; Lara, GG.; Oezcimen, A.; Sansone, SA. (2003). ArrayExpress: a public database of gene expression data at EBI. Comptes Rendus Biologies, 326, 1075−1078. 3.1. 2003 Vilo, J.; Sarkans, U.; Kemmeren, P.; Kapushesky, M.; Brazma, A. (2003). Expression Pro ler. In: Parmigiani, G.; Garett, E.S.; Irizarry, R.A.; Zeger, S.L. (_EditorsAbbr). The Analysis of Gene Expression Data: Methods and Software. Heidelberg: Springer. (Reihe: Statistics for Biology and Health). 6.2. 2003 Vilo, J. (2003). Andmekaevandamise uurimisseminar. Tartu: Arvutiteaduse Instituut. 1.1. 2002 Dawson, E.; Abecasis, GR.; Bumpstead, S.; Chen, Y.; Hunt, S.; Beare, DM.; Pabial, J.; Dibling, T.; Tinsley, E.; Kirby, S.; Carter, D.; Papaspyridonos, M.; Livingstone, S.; Ganske, R.; Lohmmussaar, E.; Zernant, J.; Tonisson, N.; Remm, M.; Magi, R.; Puurand, T. ... Dunham, I. (2002). A rst-generation linkage disequilibrium map of human chromosome 22. Nature, 418 (6897), 544−548. 1.1. 2002 Kemmeren, P.; van Berkum, NL.; Vilo, J.; Bijma, T.; Donders, R.; Brazma, A.; Holstege, FCP. (2002). Protein interaction veri cation and functional annotation by integrated analysis of genome-scale data. Molecular Cell, 9 (5), 1133−1143. 1.1. 2002 Palin, K.; Ukkonen, E.; Brazma, A.; Vilo, J. (2002). Correlating gene promoters and expression in gene disruption experiments. Bioinformatics, 18, S172−S180. 1.1. 2002 Rung, J.; Schlitt, T.; Brazma, A.; Freivalds, K.; Vilo, J. (2002). Building and analysing genome-wide gene disruption networks. Bioinformatics, 18, S202−S210. 1.1. 2002 Almeida, R.; Norrish, A.; Levick, M.; Vetrie, D.; Freeman, T.; Vilo, J.; Ivens, Al.; Lange, U.; Stober, C.; McCann, S.; Blackwell, J.M. (2002). From genomes to vaccines: Leishmania as a model. Philosophical Transactions of the Royal Society of London Series B-Biological Sciences, 357 (1417), 5−11. 1.2. 2002 Brazma, A.; Sarkans, U.; Robinson, A.; Vilo, J.; Vingron, M.; Hoheisel, J.; Fellenberg, K. (2002). Microarray Data Representation, Annotation and Storage. Advances in Biochemical Engineering/Biotechnology, 77, 113−139. 2.3. 2002 Vilo, J. (2002). Pattern Discovery from Biosequences. (Doktoritöö, Department of Computer Science, University of Helsinki, Finland). Helsinki: University of Helsinki. 1.1. 2001 Spellman, P.; Stoeckert, C.; Ansorge, W.; Ball, CA.; Gaasterland, T.; Glenisson, P.; Holstege, FCP.; Markowitz, V.; Parkinson, H.; Sarkans, U.; Schulze- Kremer, S.; Taylor, R.; Vilo, J.; Vingron, M.; Brazma, A.; Robinson, A.; Stewart, J.; Hingamp, P.; Sherlock, G.; Aach, J. ... Quackenbush, J. (2001). Minimum information about a microarray experiment (MIAME) - toward standards for microarray data. Nature Genetics, 29 (4), 365−371. 1.1. 2001 Vilo, J.; Kivinen, K. (2001). Regulatory sequence analysis: application to the interpretation of gene expression. European Neuropsychopharmacology, 11 (6), 399−411. 1.1. 2001 Brazma, A.; Vilo, J. (2001). Gene expression data analysis. Microbes and Infection, 3 (10), 823−829. 1.2. 2001 Möller, S.; Vilo, J.; Croning, M. D.R. (2001). Prediction of the coupling speci city of G protein coupled receptors to their G proteins. Bioinformatics, 17 (6), S174−S181. 3.1. 2001 Brazma, A.; Robinson, A.; Vilo, J. (2001). Gene Expression Data Mining and Analysis. In: Jordan, B. (_EditorsAbbr). DNA Microarrays: Gene Expression Applications (106−129). Springer Verlag. 1.1. 2000 Brazma, A.; Vilo, J. (2000). Gene expression data analysis. FEBS Letters, 480 (1), 17−24. 3.2. 2000 Vilo, J.; Brazma, A.; Jonassen, I.; Robinson, A.; Ukkonen, E. (2000). Mining for Putative Regulatory Elements in the Yeast Genome Using Gene Expression Data. In: Proceedings of the 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, August 3-7, 2002, Edmondon, Alberta, Canada (384−394). AAAI Press. 1.1. 1998 Brazma, A.; Jonassen, I.; Vilo, J.; Ukkonen, E. (1998). Predicting gene regulatory elements in silico on a genomic scale. Genome Research, 8 (11), 1202−1215. 5.2. 1998 Brazma, A.; Jonassen, I.; Vilo, J.; Ukkonen, E. (1998). Predicting Gene Regulatory Elements from their Expression Data in the Complete Yeast Genome. GCB 98, German Conference on Bioinformatics 1998. 3.2. 1997 Brazma, A.; Vilo, J.; Ukkonen, E.; Valtonen, K. (1997). Data Mining for Regulatory Elements in Yeast Genome. Fifth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, ISMB-97; June, 1997. AAAI Press, 65−74. 3.1. 1996 Brazma, A.; Ukkonen, E.; Vilo, J. (1996). Discovering unbounded unions of regular pattern languages from positive examples. In: Tetsuo, A. (_EditorsAbbr). Algorithms and computation (95−104). Berlin: Springer. (Lecture notes in computer science; 1178). 3.2. 1996 Brazma, A.; Jonassen, I.; Ukkonen, E.; Vilo, J. (1996). Discovering Patterns and Subfamilies in Biosequences. Proceedings of Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ISMB-96 : Fourth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology ISMB-96; Wahington University, St. Louis, MO; 12-15 June, 1996. AAAI Press, 34−43. 3.5. 1996 Vilo, J. (1996). Arvutiteadusega bioloogia probleemide kallale. Maiväli, Ü.; Kull, K.; Möls, T. (_EditorsAbbr). Schola Biotheoretica XXII; Elu Keeled (71−76). Tartu - Tallinn: TA Kirjastus. (Schola Biotheoretica). 3.1. 1994 Kivinen, J.; Mannila, H.; Ukkonen, E.; Vilo, J. (1994). An algorithm for learning hierarchical classi ers. Machine Learning: ECML-94, Proc. Seventh European Conference on Machine Learning : Seventh European Conference on Machine Learning . Springer, 375−378. (Lecture Notes in Computer Science, 784). Industrial property Industrial property Invention: Processing Search Queries in a Network of Interconnected Nodes; Owners: Skype Technologies OÜ; Authors: Konstantin Tretjakov, Luciano Garcia Banuelos, Abel Armas Cervantes, Jaak Vilo, Marlon Dumas; Priority date: 24.10.2011. Invention: Processing Search Queries Using a Data Structure; Owners: Skype Technologies OÜ; Authors: Konstantin Tretjakov, Luciano Garcia Banuelos, Abel Armas Cervantes, Jaak Vilo, Marlon Dumas; Priority date: 24.10.2011. Invention: Peptide pro ling and monitoring humoral immunity; Owners: Protobios OÜ; Authors: Kaia Palm, Lagle Kasak, Anri Kivil, Ave Kris Lend, Toomas Neuman, Arno Pihlak, Anti Alman, Mari-Liis Krupp, Meelis Kull, Balaji Rajashekar, Sulev Reisberg, Martin Sauk, Gerli Viikmaa, Jaak Vilo; Priority number: US 14/079,626; Priority date: 13.11.2013. Otsisõna  « 1 2 3 » Leitud 65 kirjet 25 50 100 https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 14/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Projekti Projekti Vastutav Rahastamine Programm Number Nimi  Asutus algus lõpp täitja kokku filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... 4. Baltiche Sommershule "Techniche MUU SMTAT07203/1 15.05.2008 31.10.2008 Jaak Vilo Tartu Ülikool 3 822,43 EUR Informatik/Informationtechnik" in Tartu. ABC output calculation update (under MIS MUU LMTAT05234 08.11.2005 21.11.2005 Jaak Vilo Tartu Ülikool 3 408,79 EUR framework) AgedBrainSYSBIO Aju vananemisega seotud bioloogiliste radade 1.2.3.3. 01.01.2013 30.06.2017 Jaak Vilo OÜ Quretec 463 520,00 EUR (305299) süsteemibioloogia Alamprojektide 1.2 (Biomedical Data Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Integration and Mining), 2.2 (Smart Services), Matemaatika- MUU LMTAT13089 01.01.2013 30.06.2013 Jaak Vilo 46 158,00 EUR 2.3 (Software Development Productivity) ja 2.4 informaatikateaduskond, (Dynamic Methods) juhtimine ja nõustamine Arvutiteaduse instituut Andmekaevanduse meetodid ja rakendused ETF ETF5722 01.01.2004 31.12.2006 Jaak Vilo Tartu Ülikool 24 652,75 EUR (DMMA) Tartu Ülikool, Loodus- ja Andmeteaduse meetodid ja rakendused IUT IUT34-4 01.01.2015 31.12.2020 Jaak Vilo täppisteaduste valdkond, 349 800,00 EUR (DSMA) Arvutiteaduse instituut Arvutiteaduse instituudi kursuste veebiserver MUU SMTAT07203 22.10.2007 27.12.2007 Jaak Vilo Tartu Ülikool 7 030,28 EUR courses.cs.ut.ee MUU SMTAT07210 Arvutiteaduse tarkvaraarenduse server 2 22.10.2007 17.12.2007 Jaak Vilo Tartu Ülikool 6 263,34 EUR LSHG-CT-2003- MUU ATD - The Alternate Transcript Diversity Project 01.03.2004 28.02.2007 Jaak Vilo Eesti Biokeskus 112 200,03 EUR 503329 SMTAT11170 (11- MUU Auditooriumi tagasiside süsteem 12.10.2011 30.11.2011 Jaak Vilo Tartu Ülikool 4 620,00 EUR 03-01-32) Biomarkerite tuvastamine korduvate DETECTIVE 1.2.3.3. toksilisuse mõõtmiste jaoks in vitro 01.01.2011 31.12.2015 Jaak Vilo OÜ Quretec 145 372,80 EUR (266838) süsteemides SMTAT13061T MUU (3.2.1201.13- BioMedIT 01.04.2013 31.05.2015 Jaak Vilo Tartu Ülikool 465 876,80 EUR 0019) COBRED - Colon and Breast Cancer Diagnostic MUU MMTAT07037R (Projekti COBRED) andmebaasi ning andmete 01.03.2007 28.02.2010 Jaak Vilo Tartu Ülikool 396 891,34 EUR analüüsi meetodite ja tööriistade loomine). Doktorant Dmytro Fishmani osalemine Sitsiilias Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, toimuvas suvekoolis First International Matemaatika- MUU SMTAT14089 14.06.2014 20.06.2014 Jaak Vilo 1 279,64 EUR Synthetic and Systems Biology Summer School informaatikateaduskond, (SSBSS 2014) Arvutiteaduse instituut Doktorantide mobiilsus: The European Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, SMTAT12172 Conference on Machine Learning and MUU 23.09.2012 01.10.2012 Jaak Vilo Loodus- ja 1 448,04 EUR (12030118) Principles and Practice of Knowledge Discovery tehnoloogiateaduskond in Databases (ECML PKDD) Tartu Ülikool, Matemaatika- informaatikateaduskond, EE-IT - Eesti Edinburghi teaduse tippkeskus - MUU MMTAT15042R 01.06.2015 31.05.2016 Jaak Vilo Arvutiteaduse instituut; Tartu 170 000,00 EUR digitaalne võrgustunud majandus Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut MUU SMTAT Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekool 20.05.2006 30.10.2006 Jaak Vilo Tartu Ülikool 4 473,82 EUR Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduste suvekool Matemaatika- MUU SMTAT07106/3 01.05.2010 31.10.2010 Jaak Vilo 6 391,16 EUR ESSCaSS'2010 korraldamine. informaatikateaduskond, Arvutiteaduse instituut Eesti keele keeletehnoloogiline tugi "2006- 2010” programmi koordineerimiseks, MUU SMTAT07184 17.09.2007 31.03.2008 Jaak Vilo Tartu Ülikool 9 586,75 EUR juhtkomitee töö korraldamiseks, programmi eesmärkide täitmise jälgimiseks Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika MUU SMTAT12017T 01.01.2012 30.09.2012 Jaak Vilo Tartu Ülikool 30 000,00 EUR infrastruktuuriga (ELIXIR) Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika MUU SMTAT12017T/1 01.11.2012 31.08.2015 Jaak Vilo Tartu Ülikool 393 700,00 EUR infrastruktuuriga ELIXIR Elektrooniliste sõnastike ettevalmistamine ja Tartu Ülikool, Matemaatika- EKRM EKRM05-63 01.01.2005 31.12.2005 Jaak Vilo 17 256,15 EUR kasutajasõbralikud päringusüsteemid informaatikateaduskond https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 15/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Elektrooniliste teatmeteoste Tartu Ülikool, Matemaatika- EKKTT EKKTT06-12 01.01.2006 31.12.2008 Jaak Vilo 67 746,35 EUR kasutajasõbralikud päringusüsteemid informaatikateaduskond Tartu Ülikool, Matemaatika- ELIXIR-EXCELERATE - Fast-track ELIXIR informaatikateaduskond, MUU MMTAT15103R implementation and drive early user 01.09.2015 31.08.2019 Jaak Vilo Arvutiteaduse instituut; Tartu 550 003,00 EUR exploitation across the life-sciences Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut Embrüonaalsete tüvirakkude põhised MUU ESNATS 01.04.2008 31.03.2013 Jaak Vilo OÜ Quretec 447 381,54 EUR alternatiivsed testimisstrateegiad « 1 2 3 » 25 50 100 Otsisõna  « 1 2 3 4 5 » Leitud 115 kirjet 25 50 100 Publikatsioon Klassi kaator Fail filter... filter... S omos, G.; Dormoy, V.; Metsalu, T.; Jeitziner, R.; Battista, L.; Scabia, V.; Ra oul, W.; Delaloye, JF.; Treboux, A.; Fiche, M.; Vilo, J.; Ayyanan, A.; Brisken, C. (2016). A Preclinical Model for ERα-Positive Breast Cancer Points to the Epithelial Microenvironment as Determinant of Luminal Phenotype and 1.1. Hormone Response. Cancer Cell, 29 (3), 407−422, 10.1016/j.ccell.2016.02.002. Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Pro ler-a web server for functional 1.1. interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199. Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying di erentially methylated regions in high density 1.1. methylation array data. Bioinformatics, btw304, 10.1093/bioinformatics/btw304. Tserel, Liina; Kolde, Raivo; Limbach, Maia; Tretyakov, Konstantin; Kasela, Silva; Kisand, Kai; Saare, Mario; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Milani, Lili; Peterson, Pärt (2015). Age-related pro ling of DNA methylation in CD8+ T cells reveals changes in immune response and transcriptional regulator 1.1. genes. Scienti c Reports, 5 (13107), 1−11, 10.1038/srep13107. Metsalu, Tauno; Vilo, Jaak (2015). ClustVis: a web tool for visualizing clustering of multivariate data using Principal Component Analysis and heatmap. 1.1. Nucleic Acids Research, 43, W566−W570, 10.1093/nar/gkv468. Lees, JG.; Hériché, JK.; Morilla, I.; Fernández, JM.; Adler, P.; Krallinger, M.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ellenberg, J.; Ranea, JA.; Orengo, C. (2015). FUN-L: Gene 1.1. prioritization for RNAi screens. Bioinformatics, 31 (12), 2052−2053, 10.1093/bioinformatics/btv073. Kolde, Raivo; Vilo, Jaak (2015). GOsummaries: an R Package for Visual Functional Annotation of Experimental Data. F1000Research, 4 (574), 1, 1.1. 10.12688/f1000research.6925.1. Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). TRIB3 enhances cell viability during glucose deprivation in HEK293-derived cells by upregulating IGFBP2, a novel nutrient de ciency survival factor. Biochimica et Biophysica Acta-Molecular Cell Research, 1853 (10), 2492−2505, 1.1. 10.1016/j.bbamcr.2015.06.006. Örd, Tiit; Örd, Daima; Adler, Priit; Biene, Tuuliki; Vilo, Jaak; Örd, Tõnis (2015). The role of Tribbles homolog 3 (TRIB3) in the cellular stress response to 5.2. glucose starvation. In: . Lokk, Kaie; Modhukur, Vijayachitra; Rajashekar, Balaji; Märtens, Kaspar; Mägi, Reedik; Kolde, Raivo; Koltšina, Marina; Nilsson, Torbjörn K.; Vilo, Jaak; Salumets, Andres; Tõnisson, Neeme (2014). DNA methylome pro ling of human tissues identi es global and tissue-speci c methylation patterns. 1.1. Genome Biology, 15 (4), R54, 10.1186/gb-2014-15-4-r54. Ilmjärv, Sten; Hundahl, Christian Ansgar; Reimets, Riin; Niitsoo, Margus; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Vasar, Eero; Luuk, Hendrik (2014). Estimating 1.1. di erential expression from multiple indicators. Nucleic Acids Research, 42 (8), e72, 10.1093/nar/gku158. Hériché, JK. ; Lees, JG. ; Morilla, I.; Walter, T. ; Petrova, B.; Julia Roberti, M.; Hossain, MJ.; Adler, P.; Fernández, JM.; Krallinger, M.; Haering, CH.; Vilo, J.; Valencia, A.; Ranea, JA. ; Orengo, C.; Ellenberg, J (2014). Integration of biological data by kernels on graph nodes allows prediction of new genes 1.1. involved in mitotic chromosome condensation. Molecular Biology of the Cell, 25 (16), 2522−2536, 10.1091/mbc.E13-04-0221. Metsalu, Tauno; Viltrop, Triin; Tiirats, Airi; Rajashekar, Balaji; Reimann, Ene; Kõks, Sulev; Rull, Kristiina; Milani, Lili; Acharya, Ganesh; Basnet, Purusotam; Vilo, Jaak; Mägi, Reedik; Metspalu, Andres; Peters, Maire; Haller-Kikkatalo, Kadri; Salumets, Andres (2014). Using RNA sequencing for 1.1. identifying gene imprinting and random monoallelic expression in human placenta. Epigenetics, 9 (10), 1397−1409, 10.4161/15592294.2014.970052. Vilo, Jaak (2014). Nutikas jätkusuutlik Eesti. Riigikogu Toimetised, 29, 40−47. 1.3. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 16/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Fail filter... filter... Võsa, Urmo; Kolde, Raivo; Vilo, Jaak; Metspalu, Andres; Tarmo, Annilo (2014). Comprehensive meta-analysis of microRNA expression using a robust rank aggregation approach. In: M. Lucrecia Alvarez, MS, PhD (_EditorsAbbr). Structural and functional RNA mapping (361−373). Springer. (Methods in 3.1. Molecular Biology; 1182). Vilo, Jaak (2014). Teadus – väike, kuid oluline arengumootor. Arengufondi mõtteraamat. 6.7. Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. 1.1. Bioinformatics, 29 (7), 886−893. Tretyakov, Konstantin; Laur, Sven; Smant, Geert; Vilo, Jaak; Prins, Pjotr (2013). Fast probabilistic le ngerprinting for big data. BMC Genomics, 14 (2), 1.1. S8, 10.1186/1471-2164-14-S2-S8. Krug, AK; Kolde, R; Gaspar, JA; Rempel, E; Balmer, NV; Meganathan, K; Vojnits, K; Baquié, M; Waldmann, T; Ensenat-Waser, R; Jagtap, S; Evans, RM; Julien, S; Peterson, H; Zagoura, D; Kadereit, S; Gerhard, D; Sotiriadou, I; Heke, M; Natarajan, K ... Sachinidis, A (2013). Human embryonic stem cell- 1.1. derived test systems for developmental neurotoxicity: a transcriptomics approach. Archives of Toxicology, 87 (1), 123−143, 10.1007/s00204-012-0967- 3. Peterson, Hedi; Abu Dawud, Raed; Garg, Abishek; Wang, Ying; Vilo, Jaak; Xenarios, Ioannis; Adjaye, James (2013). Qualitative modeling identi es IL-11 1.1. as a novel regulator in maintaining self-renewal in human pluripotent stem cells. Frontiers in Physiology, 4 (303), 303. Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide 1.3. infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459. Adler, Priit; Peterson, Hedi; Vilo, Jaak (2013). Prioritization of protein-protein interactions associated with Alzheimer’s disease using data mining. Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli IKTDK VII aastakonverentsi artiklite kogumik: Info- ja kommunikatsioonitehnoloogia doktorikooli VII 3.5. aastakonverents 15.-16.11.2013. Vilo, Jaak (2013). Jaak Vilo: tasuta ei võrdu odav. Postimees, .. 6.6. Tiit, Ene-Margit; Engelbrecht, Jüri; Eamets, Raul; Vilo, Jaak; Bahovski, Erkki; Aaviksoo, Ain (2013). Ekspertarvamused eestlaste rändest. Käpp, Triin 6.7. (_EditorsAbbr). Eesti ustest - sisse, välja : kõned, artiklid, esseed (101−118). Tartu: Eesti Keele Sihtasutus. Võsa, U; Vooder, T; Kolde, R; Vilo, J; Metspalu, A; Annilo, T (2012). Meta-analysis of microRNA expression in lung cancer. International Journal of 1.1. Cancer, 132 (12), 2884−2893, 10.1002/ijc.27981. « 1 2 3 4 5 » 25 50 100 Otsisõna  « 1 2 » Leitud 35 kirjet 25 50 100 Kaitsmise Kaitsmise Pealkiri  Juhendatav Kraad Juhendaja Asutus staatus aasta filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Tartu Ülikool, Loodus- ja Analysis and visualisation of large Adler, Priit doktorikraad Jaak Vilo; Juhan Sedman Kaitstud 2015 tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli scale microarray data Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut Annotation Driven Hierarchical Kruševskaja, magistrikraad Tartu Ülikool, Matemaatika- Jaak Vilo Kaitstud 2007 Clustering Analysis Darja (teaduskraad) informaatikateaduskond Tartu Ülikool, Matemaatika- Automatic Prediction of Source Litvinenko, magistrikraad Ulrich Norbisrath; Jaak Vilo Kaitstud 2007 informaatikateaduskond, Code Contribution Type Anton (teaduskraad) Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Fishman, Bioinformatics data integration doktorikraad Jaak Vilo; Hedi Peterson Juhendamisel informaatikateaduskond, Dmytro Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Bioinformatics Models for Disease Iljašenko, doktorikraad Jaak Vilo Juhendamisel informaatikateaduskond, Risk Assessment Tatjana Arvutiteaduse instituut Tkatšenko, Tartu Ülikool, Matemaatika- Biomedical Text Mining doktorikraad Jaak Vilo Juhendamisel Aleksandr informaatikateaduskond Co-expression queries across magistrikraad Tartu Ülikool, Matemaatika- Kolde, Raivo Jaak Vilo; Sven Laur; Jüri Lember Kaitstud 2008 multiple experiments (teaduskraad) informaatikateaduskond https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 17/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Discovery, Modelling and Tartu Ülikool, Matemaatika- Simulation of Stem Cell Regulatory Sügis, Elena doktorikraad Jaak Vilo Juhendamisel informaatikateaduskond, Networks in Silico Arvutiteaduse instituut Eestikeelsete terviselugude Sirel, Raul doktorikraad Kadri Muischnek; Jaak Vilo Juhendamisel Tartu Ülikool andmekaeve Tartu Ülikool, Loodus- ja Electronic health data for Reisberg, doktorikraad Jaak Vilo Juhendamisel täppisteaduste valdkond, personalized medicine Sulev Arvutiteaduse instituut Enabling Personalized Medicine Irene Kull; Jaak Vilo; Katrin Õunap; Pormeister, through Law: Possibilities, doktorikraad Barbara J. Evans (University of Juhendamisel Tartu Ülikool Kärt Obstacles, and Risks Houston, TX) Estimating di erential expression Jaak Vilo; Eero Vasar; Hendrik Tartu Ülikool, Arstiteaduskond, Bio- ja Ilmjärv, Sten doktorikraad Kaitstud 2015 from multiple indicators Luuk siirdemeditsiini instituut Exploiting high-throughput data for Tartu Ülikool, Loodus- ja Peterson, establishing relationships between doktorikraad Jaak Vilo; Juhan Sedman Kaitstud 2015 tehnoloogiateaduskond, Tartu Ülikooli Hedi genes Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut Functional Analysis of Gene Lists, Reimand, Tartu Ülikool, Matemaatika- doktorikraad Jaak Vilo Kaitstud 2010 Networks and Regulatory Systems Jüri informaatikateaduskond G=MAT: Linking Transcription Tretjakov, magistrikraad Tartu Ülikool, Matemaatika- Jaak Vilo; Sven Laur Kaitstud 2008 Factor Expression with DNA Binding Konstantin (teaduskraad) informaatikateaduskond Tartu Ülikool, Matemaatika- Reimand, magistrikraad Gene Ontology mining tool GOSt Jaak Vilo Kaitstud 2006 informaatikateaduskond, Jüri (teaduskraad) Arvutiteaduse instituut Globaalne Tartu Ülikool, Bioloogia- magistrikraad geeniekspressioonianalüüs üle Adler, Priit Jaak Vilo Kaitstud 2007 geograa ateaduskond, Molekulaar- ja (teaduskraad) mitme ekspressiooniandmestiku rakubioloogia instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Haplotype inference using Käärmann, magistrikraad Jaak Vilo; Sven Laur Kaitstud 2006 informaatikateaduskond, overlapping segments Kristo (teaduskraad) Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Loodus- ja Integration methods for multi-omic Lepik, Kaido doktorikraad Jaak Vilo; Hedi Peterson Juhendamisel täppisteaduste valdkond, data Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Kiire klasterdamine meetrilistes magistrikraad Kull, Meelis Jaak Vilo Kaitstud 2004 informaatikateaduskond, ruumides (teaduskraad) Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Klasterduspõhine motiiviotsing Allikivi, magistrikraad Meelis Kull; Jaak Vilo Kaitstud 2015 informaatikateaduskond, lühikestel peptiididel Mari-Liis Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Loodus- ja Large-scale gene expression data U iand, doktorikraad Jaak Vilo Juhendamisel täppisteaduste valdkond, analysis Anna Arvutiteaduse instituut Machine learning methods in Tretjakov, Tartu Ülikool, Matemaatika- doktorikraad Jaak Vilo; Sven Laur Juhendamisel Bioinformatics Konstantin informaatikateaduskond Tartu Ülikool, Loodus- ja Management and analysis of Jaak Vilo; Lili Azin Milani; Reedik Tasa, Tõnis doktorikraad Juhendamisel täppisteaduste valdkond, massive full-scale genome data. Mägi Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Methods for re-using public gene Kolde, Raivo doktorikraad Jaak Vilo Kaitstud 2014 informaatikateaduskond, expression data Arvutiteaduse instituut « 1 2 » 25 50 100 Otsisõna  Leitud 3 kirjet https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 18/19 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Prioriteedi Prioriteedi Prioriteedi Tüüp Pealkiri Autorid Fail Asutused number kuupäev klassi kaator filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Peptiidide pro leerimine ja Kaia Palm; Lagle Kasak; Anri Kivil; Ave Kris Lend; Toomas Neuman; Patentne US Rahvusvaheline Protobios 13.11.2013 humoraalse Arno Pihlak; Anti Alman; Mari-Liis Krupp; Meelis Kull; Balaji leiutis 14/079,626 (IPC) OÜ immuunsuse Rajashekar; Sulev Reisberg; Martin Sauk; Gerli Viikmaa; Jaak Vilo monitooring Processing Search Skype Patentne Konstantin Tretjakov; Luciano Garcia Banuelos; Abel Armas 24.10.2011 USA (USPC) Queries in a Network of Technologies leiutis Cervantes; Jaak Vilo; Marlon Dumas Interconnected Nodes OÜ Processing Search Skype Patentne Konstantin Tretjakov; Luciano Garcia Banuelos; Abel Armas 24.10.2011 USA (USPC) Queries Using a Data Technologies leiutis Cervantes; Jaak Vilo; Marlon Dumas Structure OÜ Otsisõna  Leitud 3 kirjet Autorid Pealkiri Asutus filter... filter... filter... Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Jaak Vilo g:Pro ler Arvutiteaduse instituut Jaak Vilo KEGGanim Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond Jaak Vilo; Raivo Kolde; Priit Adler; Meelis Kull; Jüri MEM - Multi-Experiment-Matrix Gene expression search Tartu Ülikool, Matemaatika-informaatikateaduskond, Reimand; Hedi Peterson database and tools Arvutiteaduse instituut Otsisõna  Leitud 2 kirjet Pealkiri Valdkond Kontaktisik Asutus filter... filter... filter... filter... Andmekaeve, masinõpe, algoritmid 4. Loodusteadused ja tehnika Jaak Vilo Tartu Ülikool Statistiliste uuringute IT lahendused ja uuringute andmebaasid Jaak Vilo Tartu Ülikool https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/e63e43ba-5f1e-4efb-8836-e3c10bdca560 19/19  Curriculum Vitae Nimi: Kristjan Eljand Telefon: 55 544 753 E-mail: [email protected] Hariduskäik Periood Õppeasutus Eriala Majandusteadus – ärirahandus ja investeeringud 2009-2011 Tartu Ülikool (magistriõpe) 2006-2009 Tartu Ülikool Majandusteadus - rahandus ja arvestus (bakalaureuseõpe) 1993-2006 Otepää Gümnaasium Keskharidus Töökogemus Periood Organisatsioon ja ametikoht Tööülesanded Tarkvara Tehnoloogia juuli.16 - ... Tegevjuht Arenduskeskus OÜ mai.14 - ... Andmeteadus OÜ Tegevjuht Klientide ning töötajate nõustamine ärianalüüsi (äriplaanide, tasuvusanalüüside, ekspordiplaanide, Civitta/Innopolis Konsultatsioonid finantsanalüüside jms) valdkonnas, apr.09 - mai.14 AS konsultatsiooniprojektide juhtimine. Ärianalüüsiga seotud teenuste osutamine, arendamine ja müük. Väärtpaberiportfelli juhtimine. Otepää Gümnaasium Majandus- ja ettevõtlusõppe läbiviimine 10-12 klassi sept.12 – jun.13 Majandusõpetaja õpilastele. nov.07- veebr.12 One Wing OÜ Ettevõtte finantsjuhtimine Täiendkoolitused Periood Koolitaja Teema Marketingi Instituut: Anu-Mall 2016 B2B ja B2G marketing ning sisuturunduse alused Naarits Andmeteadus: • Masinõppimine 2014 • Tehisintelligentsed mudelid • Optimeerimine Excel ja makrod 2012 IT Koolituskeskuse OÜ • Visual Basic ja selle kasutamine Exceli mudelite koostamisel Turu-uuringute koostamise koolitus Eesti Kaubandus-Tööstuskoda & • Turu-uuringute planeerimine. 2011 EAS: Jakob Saks, Kalev Kaarna • Turu-uuringute teostamine. • Kuidas tõlgendada saadud infot. „Usaldusliku kliendisuhte loomine Self II OÜ: Endel Hango, Liis konsultatsiooniprotsessis“. 2010 Aavaste-Hango, Jari Kukkonen, „Andmete ja info kogumine ning analüüs Karin Hango. konsultatsiooniprotsessis, organisatsiooni diagnostika“. „Tegevusplaani koostamine ja selle elluviimine“ . Keelteoskus Eesti keel Emakeel Inglise keel Väga hea kõnes ja kirjas Soome keel Vestlustase Vene keel Algtase 1 Tehtud tööde nimekiri Projekti Klient Töö sisu valmimine Krediidihaldusprotsessi kaeve - kitsaskohtade tuvastamine ja soovitusmootori Register OÜ märts.2016 loomine kliendihalduritele. Tartu Veekeskus OÜ Tasuvusanalüüs Aura Veekeskuse juurdeehituse projektile juuni.2015 Turu-uuring + Projekti plaan + finantsilise tasuvuse analüüs + sotsiaal- majandusliku tasuvuse analüüs + Riskianalüüs + Ettevõtte rahavoogude Ühendatud Piletite AS prognoos + partnerlusleping Norra partneriga taotlemaks rahastust veebr.14 tootearendusprojektile "TransitOnline – the software and hardware product for public transportation sector" Taani suuruselt teise telekomiettevõtte hinnaplaanide ja kliendibaasi analüüs Telenor (Taani) okt.13-dets.13 eesmärgiga lihtsustada ettevõtte tooteportfelli. Projekti plaan + finantsilise tasuvuse analüüs + sotsiaal-majandusliku tasuvuse Cross Borders Trust analüüs + Riskianalüüs + Ettevõtte rahavoogude prognoos taotlemaks rahastust aug.13 Services OÜ tootearendusprojektile "Signwise" Projekti plaan + finantsilise tasuvuse analüüs + sotsiaal-majandusliku tasuvuse Affecto Estonia OÜ analüüs + Riskianalüüs + Ettevõtte rahavoogude prognoos taotlemaks rahastust aug.13 tootearendusprojektile "Perearsti Mobiilne Töökoht" Projekti plaani ettevalmistamine, taotlemaks raha tootearendusprojekti "Tark Bauhof Group AS juuni.13 Tellimussüsteem Kaubandusettevõtetele" eeluuringute teostamiseks. Projekti juhtimine ja strateegilise dokumendi koostamine "Tallinna Ettevõtlus- Tallinna Ettevõtlusamet juuni.13 ja Innovatsioonistrateegia 2014-2018" Projekti plaan + finantsilise tasuvuse analüüs + sotsiaal-majandusliku tasuvuse analüüs + Riskianalüüs + Ettevõtte rahavoogude prognoos taotlemaks rahastust Sportland Eesti AS veebr.14 tootearendusprojektile "Riist- ja Tarkvaralahendus Klientide Sidumiseks, Arendamiseks ja nendega kommunikeerumiseks." Majandus ja finantsanalüüsi koostamine projektile "Rae valla Pirita jõe ELVESO AS apr.13 reoveekogumisala veemajandusprojekt" Majandus- ja finantsanalüüsi koostamine projektile "Põltsamaa valla vee ja Põltsamaa vallavara OÜ veebr.13 kanalisatsioonimajanduse rekonstrueerimise 2. osa" Taotluse ja ekspordiplaani (sh ärikeskkonna analüüs, turundusplaan, ELME Metall OÜ finantsprognoos, riskianalüüs) koostamine projekti "Saksamaa, Taani, Norra ja dets.12 Rootsi ekspordiplaan" raames. Tasuvusanalüüs killustiku tootmise kompleksi ehitamise projektile + ettevõtte VKG Kaevandused OÜ dets.12 rahavoogude prognoos. Taotluse koostamine eesmärgiga saada toetust ratturite mitmepäevasõidu Tour Klubi Tartu Maraton MTÜ sept.12 of Estonia korraldamiseks Taotluse koostamine eesmärgiga saada toetust 2013 aastal toimuva Tartu Klubi Tartu Maraton MTÜ sept.12 Sügisjooksu rahvusvaheliste turundustegevuste teostamiseks. Nõudlus-, finants-, ja tasuvusanalüüsi koostamine eesmärgiga taotleda toetust BLRT Refonda OÜ sept.12 metallijäätmete ringlussevõtu arendamiseks ettevõttes. Eesti Raudtee kaubaveo uuring õlitoodete osas eesmärgiga selgitada välja Civitta/Orlen juuni.12 turuosalised, kogused, hinnad ja tingimused. Projekti "AS Järvamaa Haigla juurde statsionaarse õendusabi ehk AS Järvamaa Haigla hooldusraviteenuste osutamise kompleksi rajamine" majandus- ja juuni.12 finantsanalüüsi koostamine. Eesti Maaülikool Taastuvate energiaallikate kasutuselevõtu tasuvusanalüüs mai.12 2  Äriplaani ja projektiplaani koostamine ühistranspordis puutevaba piletisüsteemi Ühendatud Piletite AS jaan.12 väljaarendamiseks. Printimisseadmete ja tarkvara müügiga tegeleva Leedu ettevõtte Printera UAB Printera UAB jaan.12 väärtuse hindamine. Tallinna Linn Ülemiste liiklussõlme II etapi ehituse sotsiaalmajanduslik analüüs. nov.11 AS Epler & Lorenz Finantsprognoos investeeringutoetuse taotlemiseks KIK-lt. sept.11 Nelitäht OÜ Finantsprognoos investeeringutoetuse taotlemiseks KIK-lt. sept.11 AS Glimstedt Läänemereäärseid riike hõlmava ekspordiplaani koostamine. aug.11 Põllumajandusmisteerium Eesti põllumajandusteadus- ja arendusasutuste rahastamisallikate analüüs. aug.11 Ekspordiplaan ekspordi arendamiseks Suurbritannia ja India suunal ning Estonian Spirit OÜ jaan.11 projekti finantsanalüüs. Ekspordiplaan ekspordi arendamiseks Venemaa suunal ning finantsanalüüsi TERE AS nov.10 koostamine. TERE AS Äriplaan arendustöötaja kaasamiseks Venemaal ning finantsanalüüs. nov.10 Nelitäht OÜ Paberi-, plasti- ja klaaspakendite jäätmete töötluse ja taaskasutuse Nelitäht OÜ nov.10 arendamise projekti finantsanalüüs. Kohtla-Nõmme Kohtla-Nõmme Kaevanduspark ja muuseumi renoveerimise finantsanalüüs aug.10 vallavalitsus (piirkondade konkurentsivõime tugevdamine). OÜ Grenster Viinistu merekeskuse väljaarendamise finantsanalüüs. aug.10 MTÜ Noblessneri Valukoda Noblessneri valukoja renoveerimise finantsanalüüs. aug.10 OÜ Hankasport Männiku jalgpallikeskuse väljaarendamise finantsanalüüs. aug.10 SA Emajõe Jõeriik Laev „Vanemuine“ renoveerimise finantsanalüüs. aug.10 SunWash Technologies OÜ SunWash Technologies finantsanalüüs täiendava võõrkapitali kaasamiseks. aug.10 OY Structum Viljaelevaatori omahinnamudeli koostamine. juuli.10 MTÜ Eisma Sadam Finantsanalüüs MTÜ tegevuse jätkusuutlikkuse hindamiseks. juuni.10 Ettevõtte äriplaani koostamine ja Jahvatusveski soetamise projekti Estonian Cell AS mai.10 tasuvusanalüüs. ABB AS Ettevõtte äriplaani koostamine. mai.10 Clifton AS Ettevõtte tootearendusprojekti tasuvusanalüüs. mai.10 ProGroup Holding AS Ettevõtte tootearendusprojekti finantsanalüüs. apr.10 AS TERE Ettevõtte äriplaani koostamine. märts.10 4home.ee finantsmudeli koostamine: veebilehe külastajate voogude prognoosist 4Home OÜ jaan.10 investeeringute tasuvuseni. Biodiesel Varad OÜ jaan.10 Tartu Tervishoiu kõrgkool Tartu Tervishoiu kõrgkooli uue hoone ehituse finantsanalüüs. nov.09 US Kunstifond Rotermanni loomekeskuse loomise äriplaan ja finantsanalüüs. nov.09 Nelitäht OÜ Nelitäht OÜ jäätmejaama arendamise tasuvusanalüüs nov.09 Viljandi kultuuriakadeemia Viljandimaa kompetentsikeskuse rajamise finantsanalüüs. okt.09 Eesti Kirjandusmuuseum Eesti Kirjandusmuuseumi renoveerimine ja juurdeehituse finantsanalüüs. sept.09 Tartu linn Tartu linna ühistransporti toetavate süsteemide kaasajastamise tasuvusanalüüs. sept.09 Eesti Lennuakadeemia Eesti Lennuakadeemia uue õppehoone ehitamise finantsanalüüs (KELA projekt) aug.09 Projekti "Õendus- ja hooldusravi infrastruktuuri Lõuna-Eesti haigla AS väljaarendamine Lõuna-Eesti Haiglas" majandus- ja finantsanalüüs (sh haigla sept.09 finantsprognoos, projekti tasuvusanalüüs, projekti kvantitatiivne riskianalüüs). 3  Projekti "SA Läänemaa Haigla õendus- ja hooldusteenuste infrastruktuuri SA Läänemaa Haigla arendamine" majandus- ja finantsanalüüs (sh haigla finantsprognoos, projekti sept.09 tasuvusanalüüs, projekti kvantitatiivne riskianalüüs). Projekti "Põlva Haigla õendus- ja hooldusteenuste Põlva Haigla AS infrastruktuuri arendamine“ majandus- ja finantsanalüüs (sh haigla sept.09 finantsprognoos, projekti tasuvusanalüüs, projekti kvantitatiivne riskianalüüs). Projekti "Õendus- ja hooldusteenuste infrastruktuuri AS Valga Haigla väljaarendamine Valga Haiglas" majandus- ja finantsanalüüs (sh haigla sept.09 finantsprognoos, projekti tasuvusanalüüs, projekti kvantitatiivne riskianalüüs). Projekti "Viljandi haigla õendus- ja hooldusteenuste infrastruktuuri SA Viljandi Haigla arendamines" majandus- ja finantsanalüüs (sh haigla finantsprognoos, projekti sept.09 tasuvusanalüüs, projekti kvantitatiivne riskianalüüs). Konguta Vallavalitsus Konguta lasteaia renoveerimise finantsanalüüs juuli.09 Viljandi ühendatud Vana-Võidu õpilaskodu renoveerimise finantsanalüüs juuli.09 kutsekeskkool Arvo Pärdi nimelise muusikamaja rahalise- ja sotsiaalmajandusliku tasuvuse Rakvere linn juuli.09 hindamine. Tartu Hiie kool Hiie kooli õpilaskodu renoveerimise finantsanalüüs. juuli.09 MTÜ Elva Veekeskus Elva Veekeskuse ehituse tasuvusanalüüs juuli.09 Tähtvere Vald Ilmatsalu Põhikooli rekonstrueerimise finantsanalüüs juuli.09 Kohtla-Nõmme Kohtla-Nõmme noortekeskuse renoveerimise finantsanalüüs juuli.09 vallavalitsus Tallina tervishoiu kõrgkool Tallinna tervishoiu kõrgkooli finantsanalüüs. juuli.09 Äriplaani koostamine Tselluloosimassi keetmiskeskuse renoveerimise projekti Horizon Pulp & Paper mai.09 jaoks Moodul AS Turundus- ja konkurentsistrateegia loomine apr.09 Publikatsioonid Valmimise aeg Teema Nov.11 Magistritöö – Delta neutraalse optsioonistrateegia rakendamine. Bakalaureusetöö - Väärtpaberiportfelli rahvusvaheline diversifitseerimine Eesti investori Jul.09 seisukohalt. Apr.08 Uurimus - Brändi loomise ja juurutamise kriitilised edutegurid. 4  04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Eesti Teadusinfosüsteem A+ A- Est Eng  SISENE Isikud Asutused Projektid Teadustegevus Klassi kaatorid Uudised Sündmused Avaleht » Isikud » Sulev Reisberg Sulev Reisberg Kvali katsioon Teaduskraadid Sulev Reisberg, magistrikraad (teaduskraad), 2006, (juh) Andres Taklaja, Saateantenni lähitsooni kasutamine DVB-ringhäälingus, Tallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Raadio- ja sidetehnika instituut. Sulev Reisberg, doktorant, (juh) Jaak Vilo, Electronic health data for personalized medicine (Elektrooniliste terviseandmete kasutamine personaalmeditsiinis), Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, Arvutiteaduse instituut. Publikatsioonid Klass Aasta Publikatsioon 1.1. 2016 Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Pro ler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199. 1.3. 2013 Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459. 3.1. 2006 Taklaja, An.; Reisberg, S. (2006). Broadcast in near- eld region of transmitter antenna. BEC 2006 : 2006 International Baltic Electronics Conference : proceedings of the 10th Biennial Baltic Electronics Conference: 10th Biennial Baltic Electronics Conference. Tallinn (Estonia), October 2-4, 2006 . Tallinn: Tallinn University of Technology, 153−156. Sulev Reisberg Quali cations Academic degrees Sulev Reisberg, Master's Degree, 2006, (sup) Andres Taklaja, Saateantenni lähitsooni kasutamine DVB-ringhäälingus (Usage of near- eld region of transmitter antenna in DVB broadcasting), Tallinn University of Technology School of Information Technologies, Department of Radio and Communication Engineering. Sulev Reisberg, Phd student, (sup) Jaak Vilo, Electronic health data for personalized medicine, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Publications Category Year Publication 1.1. 2016 Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Pro ler-a web server for functional interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199. 1.3. 2013 Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459. 3.1. 2006 Taklaja, An.; Reisberg, S. (2006). Broadcast in near- eld region of transmitter antenna. BEC 2006 : 2006 International Baltic Electronics Conference : proceedings of the 10th Biennial Baltic Electronics Conference: 10th Biennial Baltic Electronics Conference. Tallinn (Estonia), October 2-4, 2006 . Tallinn: Tallinn University of Technology, 153−156. Otsisõna  Leitud 3 kirjet https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/6a826bad-669a-4a79-8ef2-013e9700e6cf?tabId=CV_EST 1/2 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Projekti Projekti Vastutav Rahastamine Programm Number Nimi  Asutus algus lõpp täitja kokku filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Tallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus; Tartu Ülikool, TAR16013 Maarja Loodus- ja täppisteaduste valdkond, TK (EXCITE) IT Tippkeskus EXCITE 01.09.2016 31.08.2023 2 642 075,15 EUR Kruusmaa Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- ja (TK148) täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut; Cybernetica AS Tallinna Tehnikaülikool; Tallinna Tehnikaülikool, RF seadmete disaini Andres MUU 639F 01.05.2006 31.12.2007 Infotehnoloogia teaduskond, Raadio- ja 144 504,24 EUR täiustatud tehnoloogia Taklaja sidetehnika instituut, Mikrolainetehnika õppetool Telekommunikatsioonitehnika Eerik Tallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia SF SF0142507s03 01.01.2003 31.12.2007 139 391,32 EUR alased uuringud Lossmann teaduskond Otsisõna  Leitud 4 kirjet Publikatsioon Klassi kaator Fail filter... filter... Reimand Jüri; Arak Tambet; Adler Priit; Kolberg Liis; Reisberg Sulev; Peterson Hedi; Vilo Jaak (2016). g:Pro ler-a web server for functional 1.1. interpretation of gene lists (2016 update). Nucleic Acids Research, gkw199, 10.1093/nar/gkw199. Roberto, G.; Leal, I.; Sattar, N.; Loomis, AK.; Avillach, P.; Egger, P.; van Wijngaarden, R.; Ansell, D.; Reisberg, S.; Tammesoo, ML.; Alavere, H.; Pasqua, A.; Pedersen, L.; Cunningham, J.; Tramontan, L.; Mayer, MA.; Herings, R.; Coloma, P.; Lapi, F.; Sturkenboom, M. ... Gini, R. (2016). Identifying Cases of 1.1. Type 2 Diabetes in Heterogeneous Data Sources: Strategy from the EMIF Project. PLoS ONE, 11 (8), e0160648, 10.1371/journal.pone.0160648. Reisberg, S; Sirel, R; Kalda, R; Merzin, M; Pruulmann, J; Vilo, J (2013). Elektrooniliste terviselugude analüüsimise võimalused Tartu perearstide 1.3. infosüsteemi näitel. Eesti Arst, 92 (8), 452−459. Taklaja, An.; Reisberg, S. (2006). Broadcast in near- eld region of transmitter antenna. BEC 2006 : 2006 International Baltic Electronics Conference : proceedings of the 10th Biennial Baltic Electronics Conference: 10th Biennial Baltic Electronics Conference. Tallinn (Estonia), October 2-4, 2006 . Tallinn: 3.1. Tallinn University of Technology, 153−156. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/6a826bad-669a-4a79-8ef2-013e9700e6cf?tabId=CV_EST 2/2  04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Eesti Teadusinfosüsteem A+ A- Est Eng  SISENE Isikud Asutused Projektid Teadustegevus Klassi kaatorid Uudised Sündmused Avaleht » Isikud » Sven Laur Sven Laur Sünniaeg 24.03.1979 Telefon 737 5434 E-post [email protected] Teenistuskäik Teadusorganisatsiooniline 2002−... Eesti Arvuti- ja Süsteemiteaduse Suvekooli organiseerimiskomitee liige. ja -administratiivne 2008−2012 Eesti Arvutiteaduse Talvekooli organiseerimiskomitee liige tegevus 2005−2009 Nordsec'i programmkomitee liige Kvali katsioon Teaduspreemiad ja 2003, Sven Laur, CIMO BALTIA 75 stipendium tunnustused Lisainfo magister scientiarum informaatikas Tartu Ülikool, 2003 Sven Laur Date of birth 24.03.1979 Phone 737 5434 E-mail [email protected] Career Institution and position 01.01.2016–... University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, Senior Researcher (1,00) 09.10.2015–... Software Technology and Applications Competence Center, Project manager (0,40) 01.05.2013–31.12.2015 University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Senior Research Fellow in Privacy-Preserving Data Mining (1,00) 01.12.2012–30.04.2013 University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Senior Research Fellow in Privacy-Preserving Data Mining (0,60) 01.01.2012–30.11.2012 University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Senior Research Fellow in Privacy-Preserving Data Mining (1,00) 01.01.2009–31.12.2011 University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow in Algorithmic Data Analysis (1,00) 01.01.2008–31.12.2008 University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science, Research Fellow extraordinarius (1,00) 01.01.2004–31.12.2008 researcher and PhD student in Laboratory for Theoretical Computer Science (Helsinki University of Technology) 01.01.2003–31.12.2008 PhD student of Universty of Tartu (Institute of Computer Science) 01.01.2003–31.12.2003 research assistant in in Laboratory for Theoretical Computer Science (Helsinki University of Technology) R&D related managerial 2002−... member of the programme committee of Estonian Summer School in and administrative work 2008−2012 member of the programme committee of Estonian Winter School in Computer Science https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 1/7 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem 2005−2009 member of the programm comitee of Nordsec Quali cations Academic degrees Sven Laur, Doctor's Degree, 2008, (sup) Helger Lipmaa; Kaisa Nyberg, Cryptographic Protocol Design, Helsinki University of Technology. Sven Laur, Master's Degree, 2003, (sup) Ahto Buldas, Reliability and security of the NTRU encruption and signature schemes (Reliability and security of the NTRU encruption and signature schemes), University of Tartu. Field of research FIELD OF RESEARCH: 4. Natural Sciences and Engineering; 4.6. Computer Sciences Projects in progress TAR16013 (EXCITE) "Estonian Centre of Ecellence in ICT Research (1.09.2016−31.08.2023)", Maarja Kruusmaa, Tallinn University of Technology , School of Information Technologies, Centre for Biorobotics, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Technology, Cybernetica AS. IUT2-1 "Provably secure and veri able systems (1.01.2013−31.12.2018)", Dominique Peer Ghislain Dr Unruh, University of Tartu, Faculty of Science and Technology, Institute of Computer Science. Completed projects EKT57 "EstNLTK: Pythoni teegid eestikeelsete vabatekstide lihtsamaks töötlemiseks (1.01.2014−31.12.2016)", Sven Laur, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SMTAT14149 "Participation in Information Security Conference (ISC 2014) in Hong Kong (10.10.2014−15.10.2014)", Sven Laur, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. EKT22 "Mallipõhine faktituletus tekstikorpustest (1.01.2011−31.12.2013)", Sven Laur, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SMTAT13127 "Doktorant Kristjan Kripsi osalemine rahvusvahelisel üritusel13th International School on Foundations of Security Analysis and Design (FOSAD) (1.09.2013−7.09.2013)", Sven Laur, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. SMTAT13109 "Participating at conference Applied Cryptography and Network Security (ACNS 2013) (24.06.2013−29.06.2013)", Sven Laur, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. ETF9171 "ProveIt - Computer-Aided Veri cation of Cryptographic Proofs (1.01.2012−31.12.2012)", Dominique Peer Ghislain Dr Unruh, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. ETF8058 "E cient cryptocomputing (1.01.2009−31.12.2011)", Helger Lipmaa, Cybernetica AS, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SF0182712s06 "The methods, environments, and applications for solving large and complex computational problems (1.01.2006−31.12.2011)", Jaak Vilo, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. SF0012708s06 "Theoretical and Practical Security of Heterogenous Information Systems (1.01.2006−31.12.2011)", Ahto Buldas, Cybernetica AS. SMTAT10132E "Complexity of Independent Epigenetic Signals in Cancer Initiation (CIESCI) (1.09.2010−31.12.2010)", Jaak Vilo, University of Tartu, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. MMTAT07037R "COBRED- Colon and Breast Cancer Diagnostic (1.03.2007−28.02.2010)", Jaak Vilo, University of Tartu. ETF6944 "Security proofs for cryptographic protocols (1.01.2007−31.12.2009)", Peeter Laud, Cybernetica AS. ETF6848 "Privacy-Preserving Data-Mining: Cryptographic Methods (1.01.2006−31.12.2008)", Helger Lipmaa, Cybernetica AS. ETF5722 "Data Mining Methods and Applications (DMMA) (1.01.2004−31.12.2006)", Jaak Vilo, University of Tartu. Dissertations under supervision Konstantin Tretjakov, Phd student, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur, Machine learning methods in Bioinformatics, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Kristjan Krips, Phd student, (sup) Sven Laur, Extending cryptographic proving assistant ProveIt, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Ilja Kuzovkin, Phd student, (sup) Raul Vicente Zafra; Sven Laur, Machine Learning Techniques for Analyzing Brain Data and Development of Brain-Computer Interface Systems, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Pille Pullonen, Phd student, (sup) Dan Bogdanov; Sven Laur, Actively secure multiparty computation, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Alisa Pankova, Phd student, (sup) Peeter Laud; Sven Laur, E cient Secure Multiparty Computation, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Supervised dissertations Liina Kamm, Doctor's Degree, 2015, (sup) Sven Laur, Privacy-preserving statistical analysis using secure multi-party computation, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Dan Bogdanov, Doctor's Degree, 2013, (sup) Sven Laur, Sharemind: programmable secure computations with practical applications, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 2/7 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Tanel Pärnamaa, Master's Degree, 2015, (sup) Leopold Parts; Sven Laur, Piltide automaatne kirjeldamine eesti keeles – visuaalse ja semantilise ühisesituse õppimine neurovõrkudega (Translating Pictures to Estonian - Learning Shared Representations of Images and Languages Using Neural Networks), University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Tiit Pikma, Master's Degree, 2014, (sup) Jan Villemson; Sven Laur, Auditing of Secure Multiparty Computations, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Tiina Turban, Master's Degree, 2014, (sup) Dan Bogdanov; Sven Laur; Stig Frode Mjølsnes, A Secure Multi-Party Computation Protocol Suite Inspired by Shamir’s Secret Sharing Scheme, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Pille Pullonen, Master's Degree, 2013, (sup) Dan Bogdanov; Sven Laur, Actively Secure Two-Party Computation: E cient Beaver Triple Generation, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Reimo Rebane, Master's Degree, 2012, (sup) Dan Bogdanov; Sven Laur; Tuomas Aura, A Feasibility Analysis of Secure Multiparty Computation Deployments, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Timo Petmanson, Master's Degree, 2012, (sup) Sven Laur, Pattern based fact extraction from Estonian texts, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Kristjan Krips, Master's Degree, 2012, (sup) Sven Laur, A Tool for the Formal Analysis of Symmetric Primitives, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Toomas Krips, Master's Degree, 2012, (sup) Sven Laur; Valdis Laan, Threshold secret sharing with generalisations to rings, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Konstantin Tretjakov, Master's Degree, 2008, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur, G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with DNA Binding, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Raivo Kolde, Master's Degree, 2008, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur; Jüri Lember, Co-expression queries across multiple experiments, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science. Dan Bogdanov, Master's Degree, 2007, (sup) Jan Villemson; Sven Laur, How to securely perform computations on secret-shared data, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Liina Kamm, Master's Degree, 2007, (sup) Ahto Buldas; Sven Laur, Homological Classi cation of Commitment Schemes, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Kristo Käärmann, Master's Degree, 2006, (sup) Jaak Vilo; Sven Laur, Haplotype inference using overlapping segments, University of Tartu, Faculty of Mathematics and Computer Science, Institute of Computer Science. Publications Category Year Publication 1.1. 2017 Bogdanov, Dan; Kamm, Liina; Laur, Sven; Sokk, Ville (2017). Implementation and Evaluation of an Algorithm for Cryptographically Private Principal Component Analysis on Genomic Data. IEEE / ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 1−8 [_isbeingpublished]. 1.1. 2016 Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying di erentially methylated regions in high density methylation array data. Bioinformatics, btw304, 10.1093/bioinformatics/btw304. 3.4. 2016 Orasmaa, Siim; Petmanson, Timo; Tkatšenko, Aleksandr; Laur, Sven; Kaalep, Heiki-Jaan; (2016). EstNLTK – NLP Toolkit for Estonian. Proceedings of the Tenth International Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2016): The International Conference on Language Resources and Evaluation; Portorož, Slovenia; 2016. _EditorsAbbr Nicoletta Calzolari (Conference Chair) and Khalid Choukri and Thierry Declerck and Marko Grobelnik and Bente Maegaard and Joseph Mariani and Asuncion Moreno and Jan Odijk and Stelios Piperidis. Portorož, Slovenia: ELRA, 2460−2466. 3.1. 2014 Laur, Sven; Zhang, Bingsheng (2014). Lightweight Zero-Knowledge Proofs for Crypto-Computing Protocols. Information Security - 17th International Conference, ISC 2014, Hong Kong, China, October 12-14, 2014. Proceedings: 17th International Conference, ISC 2014, Hong Kong, China, October 12-14, 2014. _EditorsAbbr Chow, Sherman, S. M.; Camenisch, Jan; Hui, Lucas, Ch,i Kwong; Yiu, Siu-Ming . Springer, 140−157. (Lecture Notes in Computer Science; 8783). 3.1. 2014 Bogdanov, Dan; Laud, Peeter; Laur, Sven; Pullonen, Pille (2014). From Input Private to Universally Composable Secure Multi-party Computation Primitives. 2014 IEEE 27th Computer Security Foundations Symposium, CSF 2014, Vienna, Austria, July 19-22, 2014. _EditorsAbbr Datta, Anupam; Fournet, Cedric. IEEE Computer Society, 184−198. 3.1. 2014 Bogdanov, Dan; Kamm, Liina; Laur, Sven; Pruulmann-Vengerfeldt, Pille; Talviste, Riivo; Willemson, Jan (2014). Privacy-preserving statistical data analysis on federated databases. Privacy Technologies and Policy: Annual Privacy Forum 2014, 20.-21. mai 2014, Ateena, Kreeka. _EditorsAbbr Preneel, Bart; Ikonomou, Demosthenes. Springer, 30−55. (Lecture Notes in Computer Science; 8450). 1.1. 2013 Meiden, H; Berg, M; Brons, S; Ding, H; Eck, H; Hoen, M; Karhunen, J; Kruif, T; Laan, M; Li, C; Lissovski, A; Morgan, T; Paris, P; Piip, K; Pol, M; Scannell, R; Scholten, J; Smeets, P; Spork, C; Emmichoven, P ... Temmerman, G. (2013). Laser-based diagnostics applications for plasma-surface interaction studies. Journal of Instrumentation, 8, 1−14, 10.1088/1748-0221/8/11/C11011. 1.1. 2013 Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. Bioinformatics, 29 (7), 886−893. 3.1. 2013 Laur, Sven; Talviste, Riivo; Willemson, Jan (2013). From oblivious AES to e cient and secure database join in the multiparty setting. Applied Cryptography and Network Security (ACNS 2013), 25.-28. juuni 2013, Ban , Alberta, Kanada. Springer Verlag, 84−101. (Lecture Notes in Computer Science; 7954). 3.4. 2013 Tkachenko, Alexander; Petmanson, Timo; Laur, Sven (2013). Named Entity Recognition in Estonian. Proceedings of the 4th Biennial International Workshop on Balto-Slavic Natural Language Processing, So a, Bulgaria, 8-9 August 2013. _EditorsAbbr The Association for Computational Linguistics. ACL: Omnipress, 78−83. (2013). 6.7. 2013 Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Talviste, Riivo (2013). Oblivious Sorting of Secret-Shared Data. Cybernetica Research Reports. 1.1. 2012 Kolde, Raivo; Laur, Sven ; Adler, Priit ; Vilo, Jaak (2012). Robust Rank Aggregation for gene list integration and meta-analysis. Bioinformatics, 28 (4), 573−580, 10.1093/bioinformatics/btr709. 3.1. 2012 Bogdanov, Dan; Jagomägis, Roman; Laur, Sven (2012). A universal toolkit for cryptographically secure privacy-preserving data mining. In: Michael Chau et al (_EditorsAbbr). Proceedings of the Paci c Asia Workshop on Intelligence and Security Informatics 2012 (112−126). Heidelberg: Springer. (Lecture Notes in Computer Science). 1.1. 2011 Tretyakov, K.; Laur, S.; Vilo, J. (2011). G = MAT: Linking Transcription Factor Expression and DNA Binding Data. PLoS ONE, 6 (1), e14559, 10.1371/journal.pone.0014559. 3.1. 2011 Sven Laur; Jan Willemson; Bingsheng Zhang (2011). Round-E cient Oblivious Database Manipulation. 7001: 14th International Conference, ISC 2011, Xi’an, China, October 26-29, 2011. . _EditorsAbbr Xuejia Lai, Jianying Zhou, Hui Li. Springer, 262−277. (Lecture Notes in Computer Science). 3.1. 2010 Laur, Sven; Lipmaa, Helger (2010). On the Feasibility of Consistent Computations. 6056: PKC 2010; Paris, France; May 26-28, 2010. _EditorsAbbr Phong Nguyen, David Pointcheval. Springer Verlag, 88−106. (Lecture Notes in Computer Science). 1.2. 2009 Laur, Sven; Pasini, Sylvain (2009). User-aided data authentication. International Journal of Security and Networks, 4, 69−86, 10.1504/IJSN.2009.023427. 3.1. 2009 Buldas, Ahto; Laur, Sven; Niitsoo, Margus (2009). Oracle separation in the non-uniform model. In: Pieperzyk, J.; Zhang, F. (_EditorsAbbr). ProvSec 2009 (230−244). Springer-Verlag Berlin. (LNCS; 5848). 6.7. 2009 https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 3/7 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Bogdanov, Dan; Jagomägis, Roman; Laur, Sven. (2009). Privacy-preserving Histogram Computation and Frequent Itemset Mining with Sharemind. Cybernetica Research Reports. 2.3. 2008 Laur, S. (2008). Cryptographic Protocol Design. (Doktoritöö, Helsinki University of Technology). Helsinki University of Technology. 3.1. 2008 Laur, Sven ; Pasini, Sylvain (2008). SAS-Based Group Authentication and Key Agreement Protocols. Public Key Cryptography - PKC 2008, 11th International Workshop on Practice and Theory in Public-Key Cryptography, Barcelona, Spain, 9-12 March 2008.. _EditorsAbbr Cramer, Ronald. Springer- Verlag, 197−213. (Lecture Notes in Computer Science; 4939). 3.1. 2008 Jänes, J.; Laur, S.; Kolka, I. (2008). Detection and characterisation of Hα emission lines from Gaia BP/RP spectra. C.A.L. Bailer-Jones. Classi cation and discovery in large astronomical surveys (71−75). Melville, New York: AIP. 3.1. 2008 Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Willemson, Jan (2008). Sharemind: a framework for fast privacy-preserving computations. Computer Security – ESORICS 2008 : 13th European Symposium on Research in Computer Security Málaga, Spain, October 6-8, 2008 . _EditorsAbbr Jajodia, Sushil; Lopez, Javier. Heidelberg: Springer, 192−206. (Lecture Notes in Computer Science; 5283). 3.1. 2007 Laur, Sven; Lipmaa, Helger (2007). A New Protocol for Conditional Disclosure of Secrets and Its Applications. In: Jonathan Katz and Moti Yung (_EditorsAbbr). Applied Cryptography and Network Security, 5th International Conference, ACNS 2007, Zhuhai, 5 - 8 June, 2007 (207−225). Springer- Verlag. (Lecture Notes in Computer Science; 4521). 3.1. 2007 Buldas, Ahto; Laur, Sven. (2007). Knowledge-binding commitments with applications in time-stamping. Lecture Notes in Computer Science, 4450, 150−165. 1.1. 2006 Buldas, Ahto; Laur, Sven (2006). Do broken hash functions a ect the security of time-stamping schemes? In: In 4th International Conference on Applied Cryptography and Network Security -- ACNS'06 (50−65). Singapore: Springer. (LNCS). 3.1. 2006 Laur, S.; Nyberg, K. (2006). E cient mutual data authentication using manually authenticated strings. In: Pointcheval, D.; Mu, Y.; Chen, K. (_EditorsAbbr). The 5th International Conference on Cryptology and Network Security CANS 2006; Suzhou, China; December 8 - 10, 2006 (90−107). Springer. (Lecture Notes in Computer Science; 4301). 3.1. 2006 Laur, Sven; Lipmaa, Helger; Mielikäinen, Taneli (2006). Cryptographically Private Support Vector Machines. KDD-2006: The Twelfth ACM SIGKDD International Conference on Knowledge Discovery and Data Mining, Philadelphia, USA, August 20 - 23, 2006. ACM, 618−624. 3.1. 2005 Lipmaa, H.; Mielikäinen, T.; Laur, S. (2005). Private Itemset Support Counting. Seventh International Conference on Information and Communications Security, ICICS '05, volume 3783 of Lecture Notes in Computer Science: Seventh International Conference on Information and Communications Security, ICICS '05; China; 10-13 December, 2005. Beijing: Springer, 97−111. 1.1. 2004 Goethals, Bart; Laur, Sven; Lipmaa, Helger; Mielikäinen, Taneli (2004). On Private Scalar Product Computation for Privacy-Preserving Data Mining. The 7th Annual International Conference in Information Security and Cryptology (ICISC 2004), volume 3506 of Lecture Notes in Computer Science, Seoul, Korea, December 2--3, 2004: The 7th Annual International Conference in Information Security and Cryptology; Seoul, Korea; 2-3 December, 2004. _EditorsAbbr Park, Choonsik; Chee, Seongtaek . Springer-Verlag, 104−120. (3506). 3.4. 2004 Laur, S.; Lipmaa, H. (2004). On Private Similarity Search Protocols. Proceedings of the 9th Nordic Workshop on Secure IT Systems (NordSec 2004), Espoo, Finland, November 4-5, 2004: Proceedings of the 9th Nordic Workshop on Secure IT Systems; Espoo, Finland; 4-5 November, 2004. _EditorsAbbr Liimatainen, S.; Virtanen, T. 73−77. Otsisõna  Leitud 16 kirjet Projekti Projekti Vastutav Rahastamine Programm Number Nimi  Asutus algus lõpp täitja kokku filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Andmekaevanduse meetodid ja ETF ETF5722 01.01.2004 31.12.2006 Jaak Vilo Tartu Ülikool 24 652,75 EUR rakendused (DMMA) COBRED - Colon and Breast Cancer Diagnostic (Projekti MUU MMTAT07037R COBRED) andmebaasi ning 01.03.2007 28.02.2010 Jaak Vilo Tartu Ülikool 396 891,34 EUR andmete analüüsi meetodite ja tööriistade loomine). Doktorant Kristjan Kripsi osalemine rahvusvahelisel Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika- SMTAT13127 MUU üritusel13th International School 01.09.2013 07.09.2013 Sven Laur informaatikateaduskond, Arvutiteaduse 998,20 EUR (13-03-01-33) on Foundations of Security instituut Analysis and Design (FOSAD) Doktorant Riivo Talviste Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika- SMTAT13109 osalemine konverentsil Applied MUU 24.06.2013 29.06.2013 Sven Laur informaatikateaduskond, Arvutiteaduse 1 621,26 EUR (13-03-01-29) Cryptography and Network instituut Security (ACNS 2013) Helger Cybernetica AS; Tartu Ülikool, Matemaatika- ETF ETF8058 Efektiivne krüptoarvutamine 01.01.2009 31.12.2011 54 471,42 EUR Lipmaa informaatikateaduskond EstNLTK: Pythoni teegid Tartu Ülikool, Matemaatika- EKT EKT57 eestikeelsete vabatekstide 01.01.2014 31.12.2016 Sven Laur 153 800,00 EUR informaatikateaduskond lihtsamaks töötlemiseks Heterogeensete infosüsteemide Ahto SF SF0012708s06 teoreetiline ja praktiline 01.01.2006 31.12.2011 Cybernetica AS 589 336,79 EUR Buldas turvalisus https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 4/7 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Tallinna Tehnikaülikool, Infotehnoloogia teaduskond, Biorobootika keskus; Tartu TAR16013 Maarja Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste valdkond, TK (EXCITE) IT Tippkeskus EXCITE 01.09.2016 31.08.2023 2 642 075,15 EUR Kruusmaa Arvutiteaduse instituut; Tartu Ülikool, Loodus- (TK148) ja täppisteaduste valdkond, Tehnoloogiainstituut; Cybernetica AS Krüptograa liste protokollide Peeter ETF ETF6944 01.01.2007 31.12.2009 Cybernetica AS 33 257,58 EUR turvatõestused Laud Mallipõhine faktituletus Tartu Ülikool, Matemaatika- EKT EKT22 01.01.2011 31.12.2013 Sven Laur 63 500,00 EUR tekstikorpustest informaatikateaduskond Osalemine Hong-Kongis toimuval Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika- SMTAT14149 MUU konverentsil Information Security 10.10.2014 15.10.2014 Sven Laur informaatikateaduskond, Arvutiteaduse 1 565,35 EUR (7-3.2/77-14) Conference (ISC 2014) instituut Privaatsust säilitav Helger ETF ETF6848 andmekaevandus: 01.01.2006 31.12.2008 Cybernetica AS 39 344,01 EUR Lipmaa krüptograa lised meetodid Dominique ProveIt - arvutipõhine Peer Tartu Ülikool, Matemaatika- ETF ETF9171 krüptograa liste tõestuste 01.01.2012 31.12.2012 8 496,00 EUR Ghislain Dr informaatikateaduskond veri tseerija Unruh Suuremahuliste ja keeruliste arvutusülesannete lahendamise Tartu Ülikool, Matemaatika- SF SF0182712s06 01.01.2006 31.12.2011 Jaak Vilo 584 274,70 EUR meetodid, arvutuskeskkonnad ja informaatikateaduskond rakendused. Dominique Tõestatavalt turvalised ja Peer Tartu Ülikool, Loodus- ja täppisteaduste IUT IUT2-1 01.01.2013 31.12.2018 865 000,00 EUR korrektsed arvutisüsteemid Ghislain Dr valdkond, Arvutiteaduse instituut Unruh Vähitekkega seotud Tartu Ülikool; Tartu Ülikool, Matemaatika- MUU SMTAT10132E epigeneetiliste signaalide 01.09.2010 31.12.2010 Jaak Vilo informaatikateaduskond, Arvutiteaduse 120 000,00 EUR keerukus ja analüüs instituut Otsisõna  « 1 2 » Leitud 33 kirjet 25 50 100 Publikatsioon Klassi kaator Fail filter... filter... Bogdanov, Dan; Kamm, Liina; Laur, Sven; Sokk, Ville (2017). Implementation and Evaluation of an Algorithm for Cryptographically Private Principal 1.1. Component Analysis on Genomic Data. IEEE / ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 1−8 [_isbeingpublished]. Kolde, R; Märtens, K; Lokk, K; Laur, S; Vilo, J (2016). seqlm: an MDL based method for identifying di erentially methylated regions in high density 1.1. methylation array data. Bioinformatics, btw304, 10.1093/bioinformatics/btw304. Orasmaa, Siim; Petmanson, Timo; Tkatšenko, Aleksandr; Laur, Sven; Kaalep, Heiki-Jaan; (2016). EstNLTK – NLP Toolkit for Estonian. Proceedings of the Tenth International Conference on Language Resources and Evaluation (LREC 2016): The International Conference on Language Resources and Evaluation; 3.4. Portorož, Slovenia; 2016. _EditorsAbbr Nicoletta Calzolari (Conference Chair) and Khalid Choukri and Thierry Declerck and Marko Grobelnik and Bente Maegaard and Joseph Mariani and Asuncion Moreno and Jan Odijk and Stelios Piperidis. Portorož, Slovenia: ELRA, 2460−2466. Bogdanov, Dan; Kamm, Liina; Laur, Sven; Sokk, Ville (2016). Implementation and Evaluation of an Algorithm for Cryptographically Private Principal 5.2. Component Analysis on Genomic Data. 1−8. Bogdanov, Dan; Laud, Peeter; Laur, Sven; Pullonen, Pille (2014). From Input Private to Universally Composable Secure Multi-party Computation Primitives. 2014 IEEE 27th Computer Security Foundations Symposium, CSF 2014, Vienna, Austria, July 19-22, 2014. _EditorsAbbr Datta, Anupam; Fournet, 3.1. Cedric. IEEE Computer Society, 184−198. Laur, Sven; Zhang, Bingsheng (2014). Lightweight Zero-Knowledge Proofs for Crypto-Computing Protocols. Information Security - 17th International Conference, ISC 2014, Hong Kong, China, October 12-14, 2014. Proceedings: 17th International Conference, ISC 2014, Hong Kong, China, October 12-14, 2014. 3.1. _EditorsAbbr Chow, Sherman, S. M.; Camenisch, Jan; Hui, Lucas, Ch,i Kwong; Yiu, Siu-Ming . Springer, 140−157. (Lecture Notes in Computer Science; 8783). Bogdanov, Dan; Kamm, Liina; Laur, Sven; Pruulmann-Vengerfeldt, Pille; Talviste, Riivo; Willemson, Jan (2014). Privacy-preserving statistical data analysis on federated databases. Privacy Technologies and Policy: Annual Privacy Forum 2014, 20.-21. mai 2014, Ateena, Kreeka. _EditorsAbbr Preneel, 3.1. Bart; Ikonomou, Demosthenes. Springer, 30−55. (Lecture Notes in Computer Science; 8450). https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 5/7 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem Fail filter... filter... Kamm, Liina; Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Vilo, Jaak (2013). A new way to protect privacy in large-scale genome-wide association studies. 1.1. Bioinformatics, 29 (7), 886−893. Meiden, H; Berg, M; Brons, S; Ding, H; Eck, H; Hoen, M; Karhunen, J; Kruif, T; Laan, M; Li, C; Lissovski, A; Morgan, T; Paris, P; Piip, K; Pol, M; Scannell, R; Scholten, J; Smeets, P; Spork, C; Emmichoven, P ... Temmerman, G. (2013). Laser-based diagnostics applications for plasma-surface interaction 1.1. studies. Journal of Instrumentation, 8, 1−14, 10.1088/1748-0221/8/11/C11011. Laur, Sven; Talviste, Riivo; Willemson, Jan (2013). From oblivious AES to e cient and secure database join in the multiparty setting. Applied Cryptography and Network Security (ACNS 2013), 25.-28. juuni 2013, Ban , Alberta, Kanada. Springer Verlag, 84−101. (Lecture Notes in Computer Science; 3.1. 7954). Tkachenko, Alexander; Petmanson, Timo; Laur, Sven (2013). Named Entity Recognition in Estonian. Proceedings of the 4th Biennial International Workshop on Balto-Slavic Natural Language Processing, So a, Bulgaria, 8-9 August 2013. _EditorsAbbr The Association for Computational Linguistics. ACL: 3.4. Omnipress, 78−83. (2013). Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Talviste, Riivo (2013). Oblivious Sorting of Secret-Shared Data. Cybernetica Research Reports. 6.7. Kolde, Raivo; Laur, Sven ; Adler, Priit ; Vilo, Jaak (2012). Robust Rank Aggregation for gene list integration and meta-analysis. Bioinformatics, 28 (4), 1.1. 573−580, 10.1093/bioinformatics/btr709. Bogdanov, Dan; Jagomägis, Roman; Laur, Sven (2012). A universal toolkit for cryptographically secure privacy-preserving data mining. In: Michael Chau et al (_EditorsAbbr). Proceedings of the Paci c Asia Workshop on Intelligence and Security Informatics 2012 (112−126). Heidelberg: Springer. 3.1. (Lecture Notes in Computer Science). Tretyakov, K.; Laur, S.; Vilo, J. (2011). G = MAT: Linking Transcription Factor Expression and DNA Binding Data. PLoS ONE, 6 (1), e14559, 1.1. 10.1371/journal.pone.0014559. Sven Laur; Jan Willemson; Bingsheng Zhang (2011). Round-E cient Oblivious Database Manipulation. 7001: 14th International Conference, ISC 2011, 3.1. Xi’an, China, October 26-29, 2011. . _EditorsAbbr Xuejia Lai, Jianying Zhou, Hui Li. Springer, 262−277. (Lecture Notes in Computer Science). Laur, Sven; Lipmaa, Helger (2010). On the Feasibility of Consistent Computations. 6056: PKC 2010; Paris, France; May 26-28, 2010. _EditorsAbbr Phong 3.1. Nguyen, David Pointcheval. Springer Verlag, 88−106. (Lecture Notes in Computer Science). Laur, Sven; Pasini, Sylvain (2009). User-aided data authentication. International Journal of Security and Networks, 4, 69−86, 10.1504/IJSN.2009.023427. 1.2. Buldas, Ahto; Laur, Sven; Niitsoo, Margus (2009). Oracle separation in the non-uniform model. In: Pieperzyk, J.; Zhang, F. (_EditorsAbbr). ProvSec 2009 3.1. (230−244). Springer-Verlag Berlin. (LNCS; 5848). Bogdanov, Dan; Jagomägis, Roman; Laur, Sven. (2009). Privacy-preserving Histogram Computation and Frequent Itemset Mining with Sharemind. 6.7. Cybernetica Research Reports. Laur, S. (2008). Cryptographic Protocol Design. (Doktoritöö, Helsinki University of Technology). Helsinki University of Technology. 2.3. Jänes, J.; Laur, S.; Kolka, I. (2008). Detection and characterisation of Hα emission lines from Gaia BP/RP spectra. C.A.L. Bailer-Jones. Classi cation and 3.1. discovery in large astronomical surveys (71−75). Melville, New York: AIP. Laur, Sven ; Pasini, Sylvain (2008). SAS-Based Group Authentication and Key Agreement Protocols. Public Key Cryptography - PKC 2008, 11th International Workshop on Practice and Theory in Public-Key Cryptography, Barcelona, Spain, 9-12 March 2008.. _EditorsAbbr Cramer, Ronald. Springer- 3.1. Verlag, 197−213. (Lecture Notes in Computer Science; 4939). Bogdanov, Dan; Laur, Sven; Willemson, Jan (2008). Sharemind: a framework for fast privacy-preserving computations. Computer Security – ESORICS 2008 : 13th European Symposium on Research in Computer Security Málaga, Spain, October 6-8, 2008 . _EditorsAbbr Jajodia, Sushil; Lopez, Javier. 3.1. Heidelberg: Springer, 192−206. (Lecture Notes in Computer Science; 5283). Laur, Sven; Lipmaa, Helger (2007). A New Protocol for Conditional Disclosure of Secrets and Its Applications. In: Jonathan Katz and Moti Yung (_EditorsAbbr). Applied Cryptography and Network Security, 5th International Conference, ACNS 2007, Zhuhai, 5 - 8 June, 2007 (207−225). Springer- 3.1. Verlag. (Lecture Notes in Computer Science; 4521). « 1 2 » 25 50 100 Otsisõna  Leitud 21 kirjet Kaitsmise Kaitsmise Pealkiri  Juhendatav Kraad Juhendaja Asutus staatus aasta filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Tartu Ülikool, Matemaatika- A Feasibility Analysis of Secure Multiparty Rebane, Dan Bogdanov; Sven magistrikraad Kaitstud 2012 informaatikateaduskond, Computation Deployments Reimo Laur; Tuomas Aura Arvutiteaduse instituut https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 6/7 04/05/2017 Eesti Teadusinfosüsteem filter... filter... filter... filter... filter... filter... filter... Dan Bogdanov; Sven Tartu Ülikool, Matemaatika- A Secure Multi-Party Computation Protocol Suite Turban, Tiina magistrikraad Laur; Stig Frode Kaitstud 2014 informaatikateaduskond, Inspired by Shamir’s Secret Sharing Scheme Mjølsnes Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- A Tool for the Formal Analysis of Symmetric Krips, magistrikraad Sven Laur Kaitstud 2012 informaatikateaduskond, Primitives Kristjan Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Pullonen, Dan Bogdanov; Sven Actively secure multiparty computation doktorikraad Juhendamisel informaatikateaduskond, Pille Laur Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Actively Secure Two-Party Computation: E cient Pullonen, Dan Bogdanov; Sven magistrikraad Kaitstud 2013 informaatikateaduskond, Beaver Triple Generation Pille Laur Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Dan Bogdanov; Sven Applying Secure Multi-Party Computation in Practice Talviste, Riivo doktorikraad Kaitstud 2016 informaatikateaduskond, Laur Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Jan Villemson; Sven Auditing of Secure Multiparty Computations Pikma, Tiit magistrikraad Kaitstud 2014 informaatikateaduskond, Laur Arvutiteaduse instituut magistrikraad Jaak Vilo; Sven Laur; Tartu Ülikool, Matemaatika- Co-expression queries across multiple experiments Kolde, Raivo Kaitstud 2008 (teaduskraad) Jüri Lember informaatikateaduskond Pankova, Tartu Ülikool, Matemaatika- Peeter Laud; Sven E cient Secure Multiparty Computation Alisa; Alisa doktorikraad Juhendamisel informaatikateaduskond, Laur Pankova Arvutiteaduse instituut Krips, Tartu Ülikool, Matemaatika- Extending cryptographic proving assistant ProveIt doktorikraad Sven Laur Juhendamisel Kristjan informaatikateaduskond G=MAT: Linking Transcription Factor Expression with Tretjakov, magistrikraad Tartu Ülikool, Matemaatika- Jaak Vilo; Sven Laur Kaitstud 2008 DNA Binding Konstantin (teaduskraad) informaatikateaduskond Tartu Ülikool, Matemaatika- Käärmann, magistrikraad Haplotype inference using overlapping segments Jaak Vilo; Sven Laur Kaitstud 2006 informaatikateaduskond, Kristo (teaduskraad) Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- magistrikraad Ahto Buldas; Sven Homological Classi cation of Commitment Schemes Kamm, Liina Kaitstud 2007 informaatikateaduskond, (teaduskraad) Laur Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- How to securely perform computations on secret- Bogdanov, magistrikraad Jan Villemson; Sven Kaitstud 2007 informaatikateaduskond, shared data Dan (teaduskraad) Laur Arvutiteaduse instituut Tretjakov, Tartu Ülikool, Matemaatika- Machine learning methods in Bioinformatics doktorikraad Jaak Vilo; Sven Laur Juhendamisel Konstantin informaatikateaduskond Machine Learning Techniques for Analyzing Brain Raul Vicente Zafra; Tartu Ülikool, Matemaatika- Data and Development of Brain-Computer Interface Kuzovkin, Ilja doktorikraad Juhendamisel Sven Laur informaatikateaduskond Systems Petmanson, Tartu Ülikool, Matemaatika- Pattern based fact extraction from Estonian texts magistrikraad Sven Laur Kaitstud 2012 Timo informaatikateaduskond Piltide automaatne kirjeldamine eesti keeles – Tartu Ülikool, Matemaatika- Pärnamaa, Leopold Parts; Sven visuaalse ja semantilise ühisesituse õppimine magistrikraad Kaitstud 2015 informaatikateaduskond, Tanel Laur neurovõrkudega Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Privacy-preserving statistical analysis using secure Kamm, Liina; doktorikraad Sven Laur Kaitstud 2015 informaatikateaduskond, multi-party computation Liina Kamm Arvutiteaduse instituut Tartu Ülikool, Matemaatika- Sharemind: programmable secure computations with Bogdanov, doktorikraad Sven Laur Kaitstud 2013 informaatikateaduskond, practical applications Dan Arvutiteaduse instituut Krips, Sven Laur; Valdis Tartu Ülikool, Matemaatika- Threshold secret sharing with generalisations to rings magistrikraad Kaitstud 2012 Toomas Laan informaatikateaduskond https://www.etis.ee/Portal/Persons/Display/b52b86da-5858-4109-8cf2-3eb8f63b4c14?tabId=CV_ENG 7/7  Kaaskiri Tarkvara TAK-is andmeväljastuse uurimistaotlusele Tervise infosüsteemi eetikakomitee liikmed püstitasid järgmised küsimused taotlusele: Täname täpsustavate küsimuste eest! Täiendasime vastavalt oma taotlust. Kõik muudatused on toodud​ tumekollasel taustal. Küsimuste põhjal jääb mulje, et kõik komitee liikmed ei ole tutvunud taotluse täiendatud versiooniga, mille esitasime TIS eetikakomiteele pärast TÜ eetikakomiteelt heakskiidu saamist. TÜ eetikakomiteele tehtud täiendused on näha ​kollasel taustal​. Alljärgnevalt on toodud vastused ka konkreetsetele küsimustele. 1)Milliseid terviseandmeid ja kui suure isikute ringi kohta käideldakse? Käesolevas uurimistöös kasutatakse andmetena kõiki 2012-2016. a Tervise infosüsteemi saadetud ambulatoorseid ja statsionaarseid epikriise ning saatekirju ja saatekirja vastuseid (s.t andmestik hõlmab kõiki patsiente) Uuringu erilisus seisnebki asjaolus, et uuritakse kogu Eesti epikriise, s.t tegemist on populatsiooniülese uuringuga. Tänu suurele andmehulgale on võimalik rakendada erinevaid andmekaevemeetodeid ja võimalusi. Andmekogu suur maht (üle miljoni inimese kohta kokku üle kümne miljoni dokumendi) ning laialdane demograafiline kaetus loob võimaluse kontrollida olulisi meditsiinilisi hüpoteese valimitel, mille moodustamine muul viisil on töömahukas või väga kallis. Täismahus andmestik on vajalik mitmel põhjusel: 1) andmete tervikliku kvaliteedi hindamine - oleme tuvastanud suure hulga probleeme varasemalt; mis on antud sisendiks ETSA-le vastavate THO-dega suhtlemiseks ja seeläbi üldise kvaliteedi kasvu saavutamiseks 2) Masinõppe meetodite puhul kehtib printsiip - mida rohkem andmeid, seda kvaliteetsemad on masinõppe tulemused ehk seda kvaliteetsemad närvivõrgud jt mudelid on võimalik treenida. Juhusliku või kuidagi selekteeritud andmete puhul on alati oht, et tulemus on kallutatud (​biased​), mis johtub valitud andmetest. 3) väljavõte ptk 7: /.../ soovime jätkata trendide analüüsi pikema ajavahemiku vältel (kvaliteedi muutused, diagnooside järgnevused jne), ning uurida haiguste omavahelisi  ajalisi järjestusi (haiguste trajektoore), mistõttu küsime seekord andmeid pikemast perioodist. 2)Kus andmeid hoitakse ja töödeldakse? Andmeid hoitakse Tarkvara TAK turvatud serveris Tartus Ülikooli 2. Andmetele ligipääs on tagatud ainult uurimisgrupi liikmetele. Lisaks kehtib kõigil Tarkvara TAK töötajatel konfidentsiaalsuskohustus. TEHIKu (tol ajal E-tervise) ​infoturbe juht Valdo Praust käis 2013. a oktoobris enne tollast andmeväljastust STACC ruume inspekteerimas, puudusi ei tuvastanud ja andis nõusoleku andmete väljastamiseks. 3)Konkreetselt milliseid konfidentsiaalsuse tagamise vahendeid vastavate serverite puhul rakendatakse? Server on ligipääsetav vaid Tarkvara TAK sisevõrgust. Kõigil serveri kasutajatel on oma LDAP kasutajatunnus ja parool ning kõigile on määratud oma kindel kasutajagrupp. Andmetele saavad ligi ainult käesoleva projekti tarbeks loodud kasutajagrupi liikmed. Lisaks kehtib kõigil Tarkvara TAK töötajatel konfidentsiaalsuskohustus. 4)Millal ja kuidas andmed hävitatakse või arhiveeritakse? Vastus: Täiendasime vastavalt ptk 9: Pärast uurimistöö lõppu andmed tagastatakse ​TEHIKule. Uurimistöö käigus tekkinud tuletatud andmekogud hävitatakse​ (kustutatakse, s.h eemaldatakse varundatud koopiad).​ Teaduslikust aspektist säilitamist väärivate andmestike tekkimise korral esitatakse eraldi taotlused andmete säilitamise lubamiseks. 5)Millist kasu ühiskonnale võiks uuringu tulemustest tulla? Tulemustest saadav kasu on kirjeldatud ptk 4 (vt ka alampeatükk “Oodatavad tulemused ja nende tähtsus”). Eelkõige avaldub kasu läbi andmete viimise paremini töödeldavale kujule, mis omakorda loob eeldused nendel andmetel baseeruvate otsuste ning kaasaegsete tervisevaldkonna tarkvaralahenduste loomiseks, aga ka Eesti terviseandmete analüüsi teadusvõimekuse tõusuks. Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komitee Protokolli number: 268/T-12 koosolek: 20.03.2017 Komitee koosseis: Esimees Kadri Tamme Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, anestesioloogia ja intensiivravi vanemassistent Aseesimees Kristi Lõuk Tartu Ülikool, humanitaarteaduste ja kunstide valdkond, projektijuht / doktorant Liikmed Naatan Haamer Tartu Ülikooli Kliinikum, hingehoidja Ruth Kalda Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, peremeditsiini professor / õppetooli juhataja Malle Kuum Tartu Ülikool meditsiiniteaduste valdkond, farmakoloogia lektor / farmakoloogia teadur Liis Leitsalu Tartu Ülikooli Eesti geenivaramu, projektijuht Maire Peters Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, geneetika vanemteadur Mare Remm Tartu Tervishoiu Kõrgkool, bioanalüütiku õppekava dotsent Pille Taba Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, neuroloogia professor Maria Tamm Tartu Ülikool, sotsiaalteaduste valdkond, eksperimentaalpsühholoogia teadur Oivi Uibo Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, lastegastroenteroloogia dotsent Vahur Ööpik Tartu Ülikool, meditsiiniteaduste valdkond, spordifüsioloogia professor Otsus: Kooskõlastada uurimistöö. Uurimistöö nimetus: Tervise infosüsteemi epikriiside ja saatekirjade andmestiku epidemioloogiline, kvaliteediline ja statistiline analüüs Vastutav uurija (asutus): Jaak Vilo (OÜ Tarkvara Tehnoloogia Arenduskeskus, Ülikooli 2, 51003 Tartu / Tartu Ülikool, loodus- ja täppisteaduste valdkond, arvutiteaduse instituut, J. Liivi 2, 50409 Tartu) Komitee poolt läbivaadatud dokumendid: 1. Uurimistöö avaldus kooskõlastuse saamiseks Tartu Ülikooli inimuuringute eetika komiteelt, täiendatud 29.03.2017 2. Uurimisgruppide juhtide CV-d (J.Vilo, S.Reisberg, S.Laur, K.Eljand) Uurimistöö lõpp: 31.12.2022 Komitee esimees: Kadri Tamme /allkirjastatud digitaalselt/ Komitee sekretär: Eveli Kadarik /allkirjastatud digitaalselt/ Väljastatud: 04.04.2017 ________________________________________________________________________________ Tartu Ülikool tel 737 5514 teadus- ja arendusosakond e-post [email protected] Lossi 3 www.ut.ee/teadus/eetikakomitee 51003 Tartu