Hankija vastus

Riigihangete vaidlustuskomisjon e-post: [email protected] Kuupäev digiallkirjas Hankija: Tartu Ülikool Registrikood 74001073 Ülikooli 18, 50090 Tartu Hankija esindaja: Andra Alt E-post: [email protected] Telefon: 737 6635 Vaidlustaja: Oxford Nanopore Technologies plc Gosling Building, Edmund Halley Road, Oxford Science Park, Oxford OX4 4DQ, United Kingdom Vaidlustaja esindajad: Kaidi Reiljan-Sihvart, vandeadvokaat Advokaadibüroo COBALT Pärnu mnt 15, 10141 Tallinn Telefon: 665 1888 Menetlusdokumendid: [email protected] Kadri Matteus, vandeadvokaat Advokaadibüroo Matteus Tartu mnt 82, 10112 Tallinn Telefon: 53 419 810 Menetlusdokumendid: [email protected] Kolmas isik: Pacific Biosciences of California Inc 1305 O’Brien Drivem, Menlo Park, CA, 94025, Ameerika Ühendriigid E-post: [email protected] Kolmanda isiku esindajad: Mario Sõrm, advokaat E-post: [email protected] Kadri Härginen, vandeadvokaat E-post: [email protected] Advokaadibüroo Sorainen Rotermanni 6, 10111 Tallinn 1  VASTUS VAIDLUSTUSELE Riigihankes „PacBio Revio sekveneerimisinstrumentide ostmine“ viitenumbriga 276955 sõlmitud hankelepingu tühisuse tuvastamise osas 1. ASJAOLUD JA MENETLUSE KÄIK Hankija avaldas riigihangete registris 11.03.2024 riigihanke „PacBio Revio sekveneerimisinstrumentide ostmine“ (viitenumber 276955) kohta vabatahtliku teate, milles teavitati kavatsusest sõlmida väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse tulemusel hankeleping kolmanda isikuga. 29.03.2024 avaldas hankija riigihangete registris hankelepingu sõlmimise teate, milles teavitati kõnealuses hankes kolmanda isikuga hankelepingu sõlmimisest, mille objektiks oli 3 sekveneerimisinstrumendi ostmine pika lugemiga DNA sekveneerimise jaoks. Väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse läbiviimise aluseks oli RHS § 49 lg 1 p 2, kuivõrd tehnilistel põhjustel sai hankelepingu sõlmida ainult ühe ettevõtjaga. Põhjused selleks olid alljärgnevad: „Tartu Ülikooli genoomika instituut vajab seadmeid inimese täisgenoomide pika lugejaga sekveneerimiseks Eesti Biopanga osalejate perifeerse täisvere DNA-proovidest, sealhulgas väikeste variantide, struktuurivariantide, korduste laienduste, metüleerimise ja haplotüüpide faasimise tuvastamiseks ühest raamatukogust ja sekveneerimisvoorust. Single Molecule Real- Time sekveneerimistehnoloogia võimaldab saada pikkade lugemitega sekveneerimisandmeid üksikutelt DNA molekulidelt, säilitades sealjuures DNA metülatsiooni info. Kuna oluline on saadavate andmete kvaliteet, mida alternatiivsed tehnoloogiad kombinatsioonis ei võimalda - samaaegselt SNVde määramine (>99,9% F1), indelite määramine (>99,3% F1) ja struktuursete variantide määramine (>95% F1), siis ainuvõimalik on osta sekveneerimisinstrumendid ühelt pakkujalt, kes on tehnoloogia arendaja ja tootja ning kellele kuuluvad või on eksklusiivselt litsentseeritud tehnoloogiaga seotud patendid. Hankemenetlus viidi läbi vastavalt RHS § 49 lõike 1 punktile 2, sest hankelepingu saab sõlmida ainult ühe ettevõtjaga tehnilistel põhjustel.“ Vaidlustaja on seisukohal, et ka temal on olemas hankija vajadustele vastav tehnoloogia ning sellest tulenevalt on hankija kasutanud väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse erandit õigusvastaselt ning taotleb hankija ja kolmanda isiku vahel sõlmitud hankelepingu tühisuse tuvastamist. Hankija nende väidetega ei nõustu ning on seisukohal, et vaidlustaja tehnoloogiat ei saa lugeda samaväärseks kolmanda isiku tehnoloogiaga ning seejuures on hankija käesolevas asjas veendunud, et hankija vajadustele vastavat tehnoloogiat suudab pakkuda üksnes kolmas isik. Sellest tulenevalt on hankija väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetlust kasutanud õiguspäraselt ning hankija ja kolmanda isiku vahel sõlmitud hankelepingu tühisuse tuvastamise eeldused ei ole täidetud. 2. HANKIJA ÕIGUSLIKUD PÕHJENDUSED VAIDLUSTUSE OSAS 2.1. Vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaid ei saa lugeda samaväärseteks Alustuseks soovib hankija selgitada laiemat üldpilti sekveneerimistehnoloogiate omavahelistest erinevustest, mis on vajalik tõendamaks, kuidas vaidlustaja väited käesolevas vaidluses vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiate samaväärsusest ei ole korrektsed. Vaidlustaja (edaspidi ka: ONT) on viidanud vaidlustuse erinevates punktides (1.3, 2 2.3.2.1, 2.3.2.2, 2.3.2.3, 2.3.2.4, 2.3.3, 2.4.8, 2.4.10, 2.4.11, 2.4.12) justkui oleks nende pakutava sekveneerimistehnoloogia puhul tegu sama tehnoloogiaga nagu on sõlmitud hankelepingu partneriks oleva kolmanda isiku (edaspidi ka: PacBio) sekveneerimistehnoloogia. Hankija on seisukohal, et selline väide on ebaõige ja eksitav. Hoolimata sellest, et mõlema tehnoloogia puhul sekveneeritakse pikemaid DNA ahelaid kui varasemate sekveneerimistehnoloogiate puhul (sellest ka nimetus „pikkade lugemitega sekveneerimine“, „long-read sequencing“), on tegemist tehnoloogiliselt väga erinevate meetoditega, mis väljendub muuhulgas ka samade DNA proovide analüüsimisel saadud andmete kvaliteedi erinevustes. Seda kinnitab ka vaidlustaja esitatud kirjavahetus (vaidlustuse lisa 3, 26.09.2023), kus vaidlustaja esindaja on hankijale edastanud dokumendid, mis toetavad vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia kirjeldamist ainsa võimaliku valikuna ning soovib hankija kinnitust, et hange on võimalik läbi viia väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetlusena. Seega saab ka vaidlustaja ise väga hästi aru, et vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiad on erinevad, ning sõltuvalt võimaliku hankija vajadustest saavad olemas olla objektiivsed alused ühe või teise sekveneerimistehnoloogia hankimiseks väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses. See aga välistab juba eos tehnoloogiate samaväärsuse võimaluse. Hankija on hankele eelnenud pilootprojektide raames hinnanud erinevate (sealhulgas ka vaidlustaja ja kolmanda isiku pakutavate) sekveerimistehnoloogiate abil saadavate andmete kvaliteeti nii teaduskirjanduse, olemasolevate kasutajate kogemuste, avalikult kättesaadavate andmete kui ka Eesti geenivaramu DNA proovide sekveneerimise põhjal. Eesti geenivaramu DNA proovide sekveneerimised olid eriti olulised seetõttu, et sekveneerimistehnoloogiate tootjate turundusmaterjalides viidatud kvaliteediga andmete saamiseks on tihti kasutatud ideaalilähedase kvaliteediga, rakukultuuridest kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplekte kasutades eraldatud ning sekveneerimise eelselt külmutamata DNA proove. See aga ei vasta hankija kasutuses olevatele DNA proovidele ning nende sekveneerimisel saadavale andmekvaliteedile. Pilootkatsetes Eesti geenivaramu DNA proovide sekveneerimine andis hankijale ainulaadse ülevaate hankija poolt reaalselt sekveneerida planeeritud proovide puhul saavutatavast andmete kvaliteedist erinevate sekveneerimistehnoloogiate puhul. Pilootprojektides saadud andmeid analüüsides ning võrreldes jõudis hankija järeldusele, et vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiad ning saadud andmed ei ole samaväärsed ega üks-ühele võrreldavad ja et hankija praegusi vajadusi arvestades on kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogia ning selle abil saadud andmed ainsaks võimalikuks valikuks. Näited peamistest kvaliteedinäitajatest, millele hankija otsus tugines, on toodud lisas 1. Tulenevalt sellest ei olnud mõeldav, et hankija viiks läbi avatud hankemenetluse, kus samadel tingimustel hakkaksid konkureerima niivõrd erinevad ja erineva kvaliteediga andmeid tootvad sekveneerimistehnoloogiad, millest vähemalt ühe puhul on juba eelnevalt tuvastatud, et see ei vasta hankija praegustele vajadustele (ja oleks tulnud ka avatud hankemenetluses nõuetele mittevastavaks tunnistada). 3 Selline eelnev hankija vajadustele vastavuse kinnitamise tarbeks pilootprojektide või muu sarnase eesmärgiga eelprojektide läbiviimine ning seejärel väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses sekveneerimistehnoloogia hankimine on teadus- ja arendusasutuste tavapraktika, mis peab olema teada ka vaidlustajale kui valdkonnas tegutsevale ettevõtjale. Muuhulgas kinnitab seda ka vastuse lisas 2 esitatud hankija koostatud väljavõte Euroopa Liidu „Tenders electronic daily“ hanketeadete registrist, kus alates 01.01.2023 on registreeritud lisaks vaidlusalusele hankele veel vähemalt 5 teadet, kus väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses on hangitud PacBio sekveneerimisinstrumente ning vähemalt 7 teadet, kus väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses on hangitud ONT sekveneerimisinstrumente. Kui vastaks tõele vaidlustaja väide, et tema sekveneerimistehnoloogia on kõigi objektiivsete kriteeriumite järgi samaväärne PacBio sekveneerimistehnoloogiaga, oleks kõik need hanketeated pidanud kuuluma vaidlustamisele, kuivõrd väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse korraldamiseks puudub alus. Hankijale teadaolevalt ei ole seda ei vaidlustaja ega kolmanda isiku poolt tehtud. See on selgeks tõenduseks asjaolule, et kõik turul pakutavad sekveneerimistehnoloogiad ei saa alati olla samaväärsed ning alati tuleb samaväärsuse hindamisel arvesse võtta ka konkreetse hankija projektile kohalduvaid objektiivseid kriteeriume. Seetõttu ei saa hankija vajaduste tarbeks spetsiifiliste nõuete sätestamine konkreetse hanke korraldamisel olla automaatselt käsitletav konkurentsi piiramisega tingimuste kunstliku kitsendamise näol. Eelnevale tuginedes on koostatud ka vabatahtliku teate ning lepingu sõlmimise teate juurde lisatud põhjendus ning väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses kasutatud tehniline kirjeldus, mis viitavad üheselt, et hankija ei hangi ainult midagi, mida võiks nimetada „pika lugemiga DNA sekveneerimise seadmeteks“, vaid on ära toodud ka konkreetsed kvaliteedinäitajad, millele Eesti geenivaramu DNA proovide sekveneerimisel saadud andmed peavad vastama. Seejuures on tehnilises kirjelduses viidatud ka hankija poolt läbi viidud kvaliteedianalüüsile, millele tuginedes tehnoloogia valik on tehtud. 2.2. Hankija poolt väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse korraldamine oli õiguspärane Järgnevalt esitab hankija detailsemad seisukohad vaidlustaja poolt esitatud argumentidele, et näidata ära hankija poolt väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse erandi kasutamise õiguspärasus, kuivõrd vaidlustaja väited vaidlustaja tehnoloogia vastavusest hankija poolt sätestatud tingimustele ei vasta tõele. i. Vaidlustuse punktis 2.3.2.1 väidab vaidlustaja, et tal on olemas hankija kirjeldusele vastav tehnoloogia. Kuigi vastab tõele, et vaidlustaja pakub tehnoloogiat, mida võib sarnaselt sõlmitud hankelepinguga hangitud tehnoloogiale nimetada „pika lugemiga sekveneerimise seadmeteks“, on ebaõige vaidlustaja väide, et see tehnoloogia vastab hankes kirjeldatud vajadustele, sealhulgas tehnilises kirjelduses ära toodud kvaliteedinäitajatele. Seda mittevastavust kirjeldab hankija täiendavalt ka vastuse edaspidistes punktides. ii. Vaidlustuse punktis 2.3.2.2 väidab vaidlustaja, et ainuüksi asjaolu, et hankija katsetas pilootprojekti käigus nende tehnoloogiat, kinnitab et nende tehnoloogia vastab hankija kirjeldatud vajadustele. 4  See väide ei vasta tõele. Hanke läbiviimise ja tehnilise kirjelduse koostamise eelselt läbi viidud pilootprojektide eesmärgiks oligi hinnata olemasolevate sekveneerimistehnoloogiatega hankija kasutuses olevate Eesti geenivaramu geenidoonorite DNA proovide sekveneerimisel saadavate andmete kvaliteeti ning nende vastavust hankija vajadustele. Tehnoloogia katsetamine on käesoleva hanke objektiks olevas valdkonnas vältimatu eeldus vajadustele vastavuse hindamiseks, mitte ümberlükkamatu kinnitus vajadustele vastavuse kohta. Vastasel juhul tõusetuks üleüldse küsimus pilootprojektide läbiviimise vajadusest, kui hankijal oleks võimalik ka ilma pilootprojektide korraldamiseta saada teada, millisel tasemel andmete kvaliteeti suudavad erinevad sekveneerimistehnoloogiad just Eesti geenivaramu geenidoonorite DNA proovide eripärasid arvesse võttes nende proovide sekveneerimisele hankijale pakkuda. Kõnealuse pilootprojekti käigus selguski, et vaidlustaja poolt pakutava sekveneerimistehnoloogiaga saadud sekveneerimisandmete kvaliteet ei vasta hankija vajadustele ning hankijal ei ole võimalik vaidlustaja tehnoloogiaga oma projekti eesmärkide täitmiseks edasi liikuda. See on aga valdkonnas tavapärane, et pilootprojektide käigus läbi viidud tegevuste ja katsetuste tulemusel võib selguda ühe ettevõtja sobivus ning teise ettevõtja mittesobivus. iii. Vaidlustuse punktis 2.3.2.3 väidab vaidlustaja, et nende pakutav ONT Duplex seade täidab kõik vajadused, mis hankijal DNA proovide sekveneerimiseks objektiivselt leiduda võiks, ning esitab väite kinnituseks viited kahele eelretsenseerimata ja publitseerimata käsikirjale ning ühele publitseeritud teadusartiklile. See väide ei vasta tõele. Kuna teadus- ja arendustegevuse valdkond on väga lai ja katab väga erinevaid sekveneerimistehnoloogiaid (ka muid, peale vaidlustaja ja kolmanda isiku pakutavate), proovimaterjale ja nende töötlemise protokolle ning lugematul arvul rakendusi saadud andmetele, ei ole mõeldav, et DNA proovide sekveneerimiseks võiks leiduda üldse mingi lõplik „objektiivsete vajaduste“ nimekiri, millele üks või teine tehnoloogia vastata saab. Vajadused sõltuvad alati andmete kasutaja reaalsetest teaduslikest ja/või praktilistest eesmärkidest. Tartu Ülikooli genoomika instituut ja Eesti geenivaramu on maailma tipptasemel teaduskeskused rahvusvaheliselt tunnustatud teadlaste ja ekspertidega ning maailma tipptasemel teadustööd ei saa teha vastavalt mõne kolmanda osapoole (antud juhul vaidlustaja) poolt ette kirjutatud nn „objektiivsetele vajadustele“. Tartu Ülikooli genoomika instituut on objektiivselt hinnanud oma vajadusi Eesti geenivaramu geenidoonorite DNA proovide sekveneerimisandmete ja nende andmete kvaliteedi osas ning on jõudnud kriteeriumiteni, millele tuginedes hange läbi viidi. On paratamatu, et kõik erinevad sekveneerimistehnoloogiad neile kriteeriumitele ei vasta, kuna erinevad sekveneerimistehnoloogiad ongi välja töötatud erinevatele vajadustele vastamaks. Asjaolu, et teised teadusgrupid on publitseerinud või publitseerimas tulemusi, mis viitavad, et nende objektiivsetele vajadustele vastas vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia väga hästi, on sekveneerimistehnoloogiate laia kasutusvaldkonda arvestades igati oodatav, aga ei mõjuta mitte kuidagi vaidlustaja pakutava tehnoloogia vastavust või mittevastavust hankija spetsiifilistele vajadustele. 5 Lisaks on vaidlustaja poolt viidatud ONT Duplex tehnoloogia puhul tegemist arendusjärgus tehnoloogiaga (fakt, millele viidatakse ka vaidlustuse lisana 4 ära toodud käsikirjas), mis ei olnud hankijale pilootprojekti ega hanke tehnilise kirjelduse koostamise ajal kättesaadav. DNA sekveneerimine ongi väga kiiresti arenev valdkond, aga hankija pidi oma tegevusi planeerides ning hanget läbi viies arvestama hetkel kättesaadava ning usaldusväärselt toimiva tehnoloogiaga, et tagada oma eesmärkide tähtaegne saavutamine. Alljärgnevalt esitab hankija omapoolsed seisukohad, mis näitavad ära, kuidas vaidlustaja poolt lisadena esitatud käsikirjad ja artikkel samuti ei tõenda vaidlustaja tehnoloogia vastavust hankija vajadustele. a. Vaidlustuse lisana 4 ära toodud dokument on eelretsenseerimata ning teadusajakirjas publitseerimata käsikiri (nn „preprint“), mis on avalikustatud 17.03.2024 ehk peale hankija poolt hankeotsuse tegemist ja vabatahtliku teate avaldamist. Seega ei oleks see dokument saanud avaldada käesoleval juhul ka mõju hankija otsustele. Käsikiri kirjeldab muuhulgas väga suure katvusega („approximately 70-fold coverage“) sekveneerimist, mis võib tagada küll osade kvaliteedinäitajate paranemise, aga mis ei vasta hankija praktilistele vajadustele. Käsikirjas on ühe proovi sekveneerimiseks kasutatud 15 sekveneerimiskiipi (“we generated 15 PromethION flow cells of data for the well-characterized human reference genome HG002”), mis ei ole võrreldav ka vaidlustaja poolt konfidentsiaalses lisas 2 slaidil 7 esitatud infoga, kus nende pakkumine oli arvestatud kasutama ühte sekveneerimiskiipi proovi kohta (“Samples per flow cell: 1”) ja seega pole käsikirjas esitatud info võrreldav hankija vajadustega. Sekveneerimiseks on sealjuures kasutatud väljatöötamisjärgus ja kommertsiaalselt mittesaadavaid ONT Duplex sekveneerimisreagente („using early access Duplex chemistry“) ning sekveneerimise käigus toimus ka jätkuvalt sekvneerimiskiipide arendustöö („While variable, the duplex yield stabilized around 20 Gb per flow cell in the later sequencing runs with the newest flow cells“). Lisaks kinnitab ONT Duplex tehnoloogia väljatöötamisjärgus olemist ka artiklis toodud lause, mis toob välja tehnoloogia potentsiaali, mitte tänase valmisoleku rutiinseks kasutamiseks („Duplex sequencing has the potential to produce highly accurate, double-stranded measurements with improved throughput and efficiency compared to the prior techniques“). Väljatöötamisjärgus tehnoloogia kasutamine ei ole hankija huvides. Sekveneerimiseks kasutatav DNA on saadud rakukultuuridest („HG002 cell line was purchased from Coriell Institute [..] and cultured in RPMI-1640 media“) kasutades kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplekte („High molecular weight DNA was extracted from cells using NEB Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissue“), mis ei ole võrreldavad hankija poolt kasutatavate Eesti geenivaramu geenidoonorite täisverest eraldatud DNA proovidega. Hankija on kvaliteedinõuete seadmisel lähtunud konkreetselt hankija projekti eripäradest ning tehnoloogiate sobivuse hindamisel tuleb arvesse võtta muuhulgas ka asjaolu, et projekti objektiks olevaid geenidoonorite vereproove on kogutud ning nende DNA proove hoiustatud alates aastast 2002. Lisaks ei ole 6  nende DNA eraldamine läbi viidud kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplektidega ning samuti on DNA proove korduvalt külmutatud ja sulatatud. Seega ei ole hankija poolt kasutada planeeritavad DNA proovid üks- ühele võrreldavad vaidlustaja viidatud käsikirjas kasutatud DNA proovidega, kus DNA kvaliteet on ideaalilähedane ning kasutada olev DNA kogus sisuliselt piiramatu. Kahtlemata võivad käsikirjas kirjeldatud tulemused olla oma kontekstis väga head, aga neid ei saa üks-ühele üle kanda hankija spetsiifilistele proovidele ja hankija vajadustele andmekvaliteedi osas. See on ka põhjuseks, miks hankija viis hankele eelnevalt läbi pilootprojektid eri sekveneerimistehnoloogiate hindamiseks, kasutades Eesti geenivaramu geenidoonorite DNA proove. Hankija juhib ka tähelepanu faktile, et käsikirja kaks autorit, sealhulgas esimene autor, on viidanud oma huvide konfliktile seoses vaidlustajaga. b. Vaidlustuse lisana 5 ära toodud dokument on eelretsenseerimata ning teadusajakirjas publitseerimata käsikiri (nn „preprint“), mis on avalikustatud 07.03.2024, ehk peale hankija poolt hankemenetluse alustamist ning pakkujale läbirääkimiste ettepaneku tegemist, seega see dokument ei oleks kuidagi saanud käesoleval juhul mõjutada hankija otsuseid hanke tehnilise kirjelduse koostamisel. Käsikiri kirjeldab muuhulgas DNA proovide sekveneerimist, mis on saadud rakukultuuridest kasutades kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplekte („we isolated high molecular weight (HMW) DNA using an optimized protocol from lymphoblastoid cell lines“), mis ei ole võrreldavad hankija poolt kasutatavate Eesti geenivaramu geenidoonorite täisverest eraldatud DNA proovidega. Ka siinkohal on asjakohane rõhutada juba eelnevalt kirjeldatud asjaolu, et geenidoonorite vereproove on kogutud ning nende DNA proove hoiustatud alates aastast 2002, nende DNA eraldamine ei ole läbi viidud kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplektidega ning DNA proove on korduvalt külmutatud ja sulatatud, mistõttu ei ole hankija poolt kasutada planeeritavad DNA proovid ka selle käsikirja kontekstis üks-ühele võrreldavad käsikirjas kasutatud DNA proovidega, kus DNA kvaliteet on ideaalilähedane ning kasutada olev DNA kogus sisuliselt piiramatu. Seejuures ei viita käsikiri, et oleks üldse kasutatud vaidlustaja pakutavat ONT Duplex tehnoloogiat („libraries for sequencing were prepared using the ligation sequencing kit (SQK-LSK110, ONT), loaded onto a R9.4.1 flow cell, and run on a PromethION 24 sequencer“), mis aga vaidlustaja väitel samuti peaks vastama hankija poolt sätestatud nõuetele ja eesmärkidele. Muuhulgas viitab käsikiri, et vaidlustaja tehnoloogiaga saadud sekveneerimisandmetes on struktuursete variantide F1 skoorid kogu genoomi referentsiks kasutades keskmiselt 71,9% (Tabel S6). Hanke tehnilises kirjelduses ja vabatahtliku teate ning lepingu sõlmimise teate juures on hankija ära toonud struktuursete variantide F1 skoori nõude >95%, mistõttu kinnitab ka 7  vaidlustaja poolt viidatud käsikiri, et erinevalt vaidlustaja väitest ei vasta vaidlustaja pakutav sekveneerimistehnoloogia hankija nõuetele. Hankija juhib ka tähelepanu faktile, et käsikirja viis autorit, sealhulgas esimene ja viimane autor, on viidanud oma huvide konfliktile seoses vaidlustajaga. c. Vaidlustuse lisana 6 ära toodud dokument on eelretsenseeritud teadusajakirjas “Nature Methods” publitseeritud teadusartikkel, mis on avaldatud 14.09.2023. Artikkel kirjeldab ONT sekveneerimistehnoloogia kasutamist referentsgenoomita täisgenoomide kokkupanekuks (de novo assembly). Hankija täisgenoomide sekveneerimise eesmärgiks ei ole de novo assembly, vaid võimalikult täpse tehnoloogiaga ühenukleotiidsete variantide (SNV-de), insertsioonide ja deletsioonide (indelite), koopiaarvu muutuste (CNV-de) ja struktuursete variantide (SVde) tuvastamine ning haplotüüpide faasimine. Artikkel kirjeldab muuhulgas DNA proovide sekveneerimist, mis on saadud külmutatud rakukultuuridest kasutades kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplekte (“The cell line HMW DNA was extracted manually from 4 × 106 cells using a Nanobind Tissue Big DNA kit”), mis ei ole võrreldavad hankija poolt kasutatavate Eesti geenivaramu geenidoonorite täisverest eraldatud DNA proovidega. Ka siinkohal saab taaskord määravaks juba eelnevalt selgitatud asjaolu, et hankija vajadusi ja kvaliteeditingimuste kehtestamist on otseselt mõjutanud konkreetsed geenidoonorite vereproove, nende kogumist ja hoiustamist ning nende DNA eraldamist iseloomustavad faktorid, mida hankija ei hakka siinkohal uuest üle kordama, kuid mis taaskord illustreerivad asjaolu, et hankija poolt kasutada planeeritavad DNA proovid ei ole üks-ühele võrreldavad vaidlustaja viidatud artiklites kasutatud DNA proovidega, kus DNA kvaliteet on ideaalilähedane ning kasutada olev DNA kogus sisuliselt piiramatu. Artikkel taaskord ei viita, et oleks kasutatud ONT Duplex tehnoloogiat („We used the R9.4.1 pore version“). Muuhulgas viitab artikkel, et vaidlustaja tehnoloogiaga saadud sekveneerimisandmetes on indelite F1 skoorid keskmiselt 78,9% (“Small indels continue to be the major source of error for ONT small variant calls”, “indel F1- score of 0.789 for ONT”). Hanke tehnilises kirjelduses ja vabatahtliku teate ning lepingu sõlmimise teate juures on hankija ära toonud indelite F1 skoori nõude >99,3%, mistõttu kinnitab ka vaidlustaja poolt viidatud artikkel, et erinevalt vaidlustaja väitest ei vasta vaidlustaja pakutav sekveneerimistehnoloogia hankija nõuetele ning selline kvaliteediprobleem on ka laiemalt tuntud. Lisaks viitab artikkel, et vaidlustaja tehnoloogiaga kirjeldatud juhul külmutatud rakuliinidest kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplektidega eraldatud DNAst (mille kvaliteet kõigi eelduse kohaselt ületab hankija kasutuses olevate Eesti geenivaramu geenidoonorite DNA proovide kvaliteeti) saadud sekveneerimisandmetes ületab vaid keskmiselt 18,96% järjestatud positsioonidest kvaliteediskoori Q30 (Supplementary Table 1). Hanke tehnilises kirjelduses on hankija ära toonud nõude, et Q30 kvaliteediskoori peab ületama 8  vähemalt 90% järjestatud positsioonidest, mistõttu kinnitab ka see vaidlustaja poolt viidatud artikkel, et erinevalt vaidlustaja väitest ei vasta vaidlustaja pakutav sekveneerimistehnoloogia hankija nõuetele. Hankija juhib ka tähelepanu faktile, et artikli kaks autorit on viidanud oma huvide konfliktile seoses vaidlustajaga. Käsikirjade ja artiklite analüüsi kokkuvõttena juhib hankija tähelepanu sellele, et vaidlustaja kombineerib oma väidetava nõuetele vastavuse kasuks argumenteerimisel kahte erinevat tehnoloogiat. Pilootkatses pakuti hankijale katsetamiseks nn simplex tehnoloogiat, millega saadavad andmemahud on suuremad (ja vastavad hankija vajadustele), aga millega saadav andmete kvaliteet on oluliselt madalam (ja ei vasta hankija vajadustele). Vaidlustuses oma kvaliteedi kasuks argumenteerides on vaidlustaja aga toonud välja nn duplex tehnoloogia, mis nagu eelpool ka vaidlustaja viidatud käsikirjas kirjeldatud, on väljatöötamisjärgus tehnoloogia ning mis vajab sama genoomi katvuse saavutamiseks kordades rohkem sekveneerimiskiipe kui simplex tehnoloogia. See toetab hankija seisukohta, et hankija vajadusi kombinatsioonis vaadates ei vasta vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia nõuetele. Seega on eelnevast tulenevalt üheselt selge, et vaidlustaja pakutav sekveneerimistehnoloogia ei vasta hankija poolt kirjeldatud olulistele nõuetele, mille kehtestamise vajadus on otseselt tulenenud hankija poolt nii projekti enda eesmärkide kui nende eesmärkide täitmise jaoks kasutatavate DNA proovide spetsiifilistest eripäradest ning mis oli ka üks olulistest alustest väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse erandi kasutamiseks käesoleval juhul. 2.3. Hankija on lähtunud oma otsuste langetamisel tehnoloogiate kvaliteeditasemest iv. Vaidlustuse punktis 2.3.2.4 väidab vaidlustaja, et hankija otsuse aluseks on olnud hinna- kvaliteedi suhe, mitte see, et vaid üks tehnoloogia vastab hankija vajadustele. Hankija soovib juhtida tähelepanu asjaolule, et vaidlustaja on siin vaidlustuse lisana 7 ära toodud originaalteksti tõlkinud ebaõigelt ja tekitab seeläbi ka ebaõige ettekujutuse hankija väitest. Originaalteksti „it will give us long reads and epigenetics at lower cost and with better quality (at indels) for all samples, and we consider this highly valuable for all our current projects“ korrektne tõlge on „see annab meile pikad lugemid ja epigeneetika madalama hinnaga ja parema kvaliteediga (indelite osas) kõigile meie proovidele, ja me peame seda väga väärtuslikuks kõigi meie käimasolevate projektide jaoks“. Korrektselt tõlgituna väljendab hankija lause selgelt, et otsuse aluseks on saadud andmete kvaliteet, mis on meie käimasolevate projektide jaoks oluline, ja mida vaidlustaja tehnoloogia pakkuda ei suuda. Kuigi vastuses on muuhulgas ka hinda mainitud, siis hinna-kvaliteedi suhet hankija ei ole maininud ning see ei ole ka olnud hankija otsuse aluseks. Otsuse langetamine on siiski lähtunud kvaliteeditasemest, mida üks või teine tehnoloogia suudab hankija vajadusi arvesse võttes pakkuda ning kirja eesmärgiks on olnud selgitada vaidlustajale, milles seisnesid tema poolt pakutava tehnoloogia puudujäägid. Hinna-kvaliteedi suhte alusel pakkuja valimisele viitab vaidlustaja korduvalt veel mitmetes vaidlustuse punktides ning on järjepidevalt seisukohal, et hankija otsuste tegemisel on määravaks saanud ikkagi just üksnes hinna-kvaliteedi suhe ning mitte see, 9  et reaalselt vaid üks tehnoloogia vastab hankija spetsiifilistele vajadustele. See ebaõige väide tugineb kogu vaidlustuse ulatuses vaidlustaja ebaõigele tõlkele, milles kahetsusväärselt jäetakse tähelepanuta kvaliteedi nüansse kirjeldav tekstiosa ning tehakse seeläbi tekstist ebaõigeid ja enda eesmärke teenivaid järeldusi, kuid mille ebaõigsust aitavad kinnitada jooksvalt kõik hankija käesolevas vaidlustuse vastuses esitatud seisukohad. 2.4. Hankija ei ole riigihankes esitatud tingimusi kunstlikult kitsendanud v. Vaidlustuse punktis 2.3.3 väidab vaidlustaja, et hankija on kunstlikult kitsendatud tingimustega konkurentsi piiranud ning toob selle kinnituseks fakti, et mitmed asutused kasutavad vaidlustaja tehnoloogiat pika lugemiga täisgenoomide sekveneerimiseks. Lisaks väidab vaidlustaja, et hankija kriteeriumid on võrreldavad pakendi värvusele nõuete seadmisega. Need väited on ebaõiged. Nagu eelnevates punktides juba ka kirjeldatud, on kasutusel väga erinevaid sekveneerimistehnoloogiaid (sealhulgas ka muid peale vaidlustaja ja kolmanda isiku pakutavate) ja mitmeid neist kasutatakse erinevate asutuste poolt ka täisgenoomide sekveneerimiseks. Ainuüksi sellele tuginedes ei saa aga väita, et kõik need sekveneerimistehnoloogiad oleksid omavahel võrdväärsed ning oleksid võrdselt sobivad ükskõik millisteks eesmärkideks (sh hankija eesmärkideks). Konkreetsemalt vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaid võrreldes on kahe tehnoloogia suurimateks erinevusteks, et vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia abil on võimalik sekveneerida ülipikki lugemeid, mis on vajalikud referentsgenoomita täisgenoomide kokkupanekuks (de novo assembly) ja pangenoomide loomiseks telomeerist-telomeerini sekveneerimise korral. Kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogia annab aga märkimisväärselt kõrgema andmete kvaliteedi. Kuna hankija eesmärk ei ole genoomide de novo assembly, vaid Eesti geenivaramu geenidoonorite täisgenoomide sekveneerimine võimalikult kõrge kvaliteediga, et need andmed oleksid kasutatavad teadustöös uute seoste leidmiseks ja kliiniliselt oluliste leidudega geenidoonorite tagasikutsumiseks uuringutesse, ongi kolmanda isiku poolt pakutava sekveneerimistehnoloogia kasutamine hankija jaoks ainuvõimalik valik. Samuti tuleb siinkohal tehnoloogia sobivusele hinnangu andmisel arvestada sellega, et teiste täisgenoome sekveneerivate asutuste ja ka nende klientide eesmärgid võivad olla hankija eesmärkidest erinevad, mistõttu võib nende jaoks olla sobivaimaks valikuks just vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia kasutamine. Kuid ei ole põhjendatud väita, et pelgalt see asjaolu, et teised asutused kasutavad vaidlustaja sekveneerimistehnoloogiat, saaks olla ka absoluutseks tõendiks, et hankija on tingimusi kunstlikult kitsendanud, kuivõrd hankijate vajadused võivad nende projektide eesmärkidest erineda. Seda kinnitab ka asjaolu, et paljud täisgenoomide sekveneerimisteenuse pakkujad (näiteks Novogene, NGI Sweden jt) kasutavad samaaegselt nii vaidlustaja kui kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiatel töötavaid sekvenaatoreid, et pakkuda kõigile vajadustele vastavaid lahendusi – kui vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiad oleksid kõigile vajadustele alati võrdselt vastavad, puuduks teenusepakkujatel vajadus teha täiendavaid kulutusi mõlemaid tehnoloogiaid toetavate seadmete soetamiseks. 10  Eelnevast tulenevalt on hankija hinnangul ebaõige ja asjakohatu ka vaidlustaja poolt toodud pakendi värvuse analoogia, mis jätab otsesõnu mulje justkui oleksid hankija poolt kehtestatud spetsiifilised nõuded tühised ning hankija projekti eesmärkide elluviimise kontekstis täiesti ebaolulised. Nii juba eelnevalt esitatud kui ka järgnevalt esitatavatest seisukohtadest nähtub selgelt ja üheselt, milles seisnesid vaidlusaluses hankes hankija poolt esitatud spetsiifiliste nõuete olulisus, ning kuidas esitatud nõuete näol on tegemist hankija vajadust otseselt kajastavate tingimustega, mitte konkurentsi kunstliku kitsendamise eesmärgil välja mõeldud ebaoluliste nõuetega. Hetkel oleks sobivamaks analoogiaks pigem olukord, kus hankija on soovinud hankida kombaini, aga vaidlustaja väidab et tema pakutav künnimasin on kombainiga samaväärne ja hankija vajadustele vastav, kuna see on samuti paljudes põllumajandusettevõtetes kasutusel. Või alternatiivselt olukord, kus hankija on soovinud hankida kompuutertomograafi, aga vaidlustaja väidab, et tema pakutav ultrahelimasin on kompuutertomograafiga samaväärne ja hankija vajadustele vastav, kuna see on samuti paljudes haiglates kasutusel. Ehk teisisõnu soovib hankija hetkel selliste analoogiatega illustreerida seisukohta, et pelgalt samas valdkonnas tegutsemine ei saa tingimata alati tähendada, et igale valdkonnas omasele töö teostamisele peavad kohalduma alati samaväärsed tehnilised nõuded ja tingimused, sest vastasel juhul on tegemist kunstlikult kitsendatud tingimuste kaudu konkurentsi piiramisega. Ka kohtupraktikas on kinnitust leidnud seisukoht, et kuniks kehtestatud tingimusele on objektiivne põhjendus olemas ning see põhjendatus lähtub tingimuse eesmärgist ja sobivusest, on hankijal õigus kehtestada enda eesmärkidele vastavad täiendavad tingimused.1 Nagu on hankija juba ka eelnevalt selgitanud, siis on käesoleval juhul hankija konkreetsed vajadused tingitud nii projekti enda eesmärkide kui ka projekti objektiks olevate DNA proovide spetsiifilisest eripärast. Seega on hankijal selgelt olemas ka objektiivne põhjendus nii vabatahtlikus teates kui hankelepingu sõlmimise teates sätestatud nõuete kehtestamiseks ning hankija ei ole nõudeid kehtestanud pelgalt eesmärgiga konkurentsi kunstlikult piirata, et oleks põhjendatud otselepingu sõlmimine kolmanda isikuga. 2.5. Pilootprojektide läbiviimine ei tähenda mitmete tehnoloogiate vastavust hankija nõuetele vi. Vaidlustuse punktis 2.4.7 viitab vaidlustaja rahvusvahelisele õiguskirjandusele, millele tuginedes peaks hankija enne tehnilistel põhjustel ainupakkuja argumendi kasutamist uurima turgu ja võib-olla konsulteerima sõltumatu eksperdiga. Asjaolu, et hankija on enne hanke korraldamist lisaks turu-uuringule läbi viinud ka pilootprojektid, kinnitavad ka vaidlustaja enda esitatud argumendid. Ehk hankija ongi enne otselepingu sõlmimise erandi rakendamist turul pakutavate tehnoloogiate seas turgu uurinud. Pilootprojektide tulemused, mis on ka ülalpool kirjeldatud, ongi hankija otsuste aluseks, et käesoleval juhul on hankija vajadustele vastavat tehnoloogiat 1 RKHKo 3-20-718 p-d 17-18. 11  võimeline pakkuma üksnes kolmas isik. Lisaks on hankija konsulteerinud mitme sõltumatu eksperdiga Uppsala Ülikoolis, Århusi Ülikoolis, KU Leuveni Ülikoolis ja Leideni Ülikooli Meditsiinikeskuses. Seega on hankija võtnud kasutusele kõik mõistlikult hankija võimuses olevad meetmed, et olla veendunud väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse kasutamise lubatavuses ja õiguspärasuses. vii. Vaidlustuse punktis 2.4.8 väidab vaidlustaja, et hankija ei saanud väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetlust pidada õiguspäraseks, kuna hankija pidas vaidlustajaga läbirääkimisi sama tehnoloogia soetamiseks, oli selleks loonud ka pilootprojekti ning oli ette valmistamas hankelepingut ja 06.10.2023 kuupäeval olid vajalikud dokumendid ette valmistatud. Nagu ülalpool kirjeldatud, vastab tõele, et hankija viis hankele eelnevalt läbi pilootprojekte, et hinnata erinevate sekveneerimistehnoloogiatega saadavate andmete kvaliteeti. Samuti vastab tõele, et hankija oli ennetavalt ette valmistamas hankemenetluseks vajalikku dokumentatsiooni, et sobiva tehnoloogia leidmisel hanke läbiviimisega esimesel võimalusel alustada. Vaidlustajaga paraku selleni ei jõutudki, kuivõrd pilootprojekti tulemusena selgus vaidlustaja tehnoloogia mittevastavus. Küll aga on ka samas, vaidlustaja poolt lisas 3 viidatud 06.10.2023 kuupäeval saadetud e-kirjas hankija esindaja poolt öeldud: „Now we are only waiting for the bioinformatics analysis of the first 15 samples“ (eesti keeles: „Nüüd ootame me ainult esimese 15 [sekveneeritud] proovi bioinformaatilise analüüsi järel“), millest on üheselt aru saada, et andmete kvaliteedi hindamist, millele hankija lõplikud otsused pidid tuginema, polnud selleks hetkeks veel läbi viidud. Seega ei saanud vaidlustaja ei sel hetkel ega ka hiljem eeldada, et hankija on vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia enda vajadustele vastavaks hinnanud – asjaolu, et hankija edasised otsused ja tegevused sõltuvad pilootprojekti lõplikest tulemustest oli vaidlustajale teada. Nagu ülalpool kirjeldatud, siis tegelikkuses selgus sekveneerimisandmete analüüsi järel, et vaidlustaja sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete kvaliteet ei vasta hankija vajadustele ning erineb oluliselt kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete kvaliteedist, mistõttu ei saa ka väita et tegu oleks „sama tehnoloogiaga“, mida hankija oleks pidanud hankima avatud hankemenetluses. Lisaks sellele oli hankija informeerinud vaidlustajat kahtlustest nende sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete kvaliteedi sobivuse osas (Vastuse lisas 3 ära toodud e-kirjavahetus hankija esindaja L.M. ja vaidlustaja esindaja J.O. vahel). 28.11.2023 kirjutas hankija esindaja: „just a quick update – still issues with the CNV calling, even after improving the settings, no CNV-s were detected in the CYP genes.. and he [we] had preselected samples with clear CNVs in 2D6 and 2C19“ (eesti keeles: „kiire värskendus – CNVde (koopiaarvu variatsioonide) määramisega on jätkuvalt probleeme, ka peale seadistuste parandamist, CYP geenides ei leitud ühtegi CNVd, ja analüüsideks olid valitud proovid, kus 2D6 ja 2C19 geenides on selgelt CNVd olemas“). 01.12.2023 lisas hankija esindaja: „We can’t move forward until we have the indels and CNVs sorted out“ (eesti keeles: „Me ei saa enne edasi liikuda kui [probleemid] indelite ja CNVdega on lahendatud“). 18.12.2023 lisas hankija esindaja: „We are still working on full comparison on the results, there are still issues with calling CNVs in CYP2D6“ (eesti keeles: „Me tegeleme veel tulemuste põhjaliku võrdlusega, CYP2D6 [geenis] on 12  jätkuvalt probleeme CNVde määramisega“). Seega ei saanud vaidlustaja ka hiljem eeldada, et hankija on nende sekveneerimistehnoloogia oma vajadustele sobivaks hinnanud. viii. Vaidlustuse punktis 2.4.9 viitab vaidlustaja lisale 8, mille kohaselt polnud 18.12.2023 kuupäeval hankija veel teinud lõplikku otsust sobiva sekveneerimise platvormi osas, kuna pilootprojekti andmete analüüs polnud veel lõpetatud. Samuti väidab vaidlustaja, et selle ajani polnud talle teada, et hankija katsetab pilootprojektides ka teisi tehnoloogiaid. Kuigi asjaolu, kas vaidlustaja oli sel hetkel teadlik, et hankija katsetab ka teisi tehnoloogiaid või mitte pole vaidlustuses sisuliselt oluline, juhib hankija siiski tähelepanu, et pole mõeldav, et hankija oleks teinud sekveneerimistehnoloogia osas valiku ilma erinevaid alternatiive kaalumata. See pidi olema igale mõistlikule ettevõtjale ka ilma hankija poolt eraldi välja toomata selgelt arusaadav. ix. Vaidlustuse punktis 2.4.10 väidab vaidlustaja, et hankijal oli esialgne plaan soetada sama tehnoloogia vaidlustajalt, ja et selleks oli kooskõlastatud ka võimalik väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse kasutamine. Väide, et hankija oli teinud lõpliku otsuse soetada vaidlustaja sekveneerimistehnoloogiat, on ebaõige. Seda kinnitavad ka vastuse punktis vii välja toodud asjaolud, kus hankija on kirjavahetuses vaidlustajaga välja toonud, et lõplikud otsused sõltuvad pilootprojektis saadud andmete kvaliteedi analüüsist – see pidi olema ka vaidlustajale selgelt arusaadav. Küll aga kinnitab asjaolu, et vaidlustaja oli hankijaga pidanud arutelusid võimaliku väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse kasutamise osas, selgelt fakti, et ka vaidlustaja ise saab väga hästi aru, et vaidlustaja ja kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiad on erinevad, ning sõltuvalt võimaliku hankija vajadustest saavad olemas olla objektiivsed alused ühe või teise sekveneerimistehnoloogia hankimiseks väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses. Lisaks väidab vaidlustaja taas, et asjaolu, et hankija piloteeris mitut erinevat tehnoloogiat, viitab sellele, et hankija eesmärkide saavutamiseks pidid need kõik sobivad olema. Sellele ebaõigele väitele on eelnevalt täpsemalt vastatud ka vastuse punktis 0. Kuid siinkohal soovib hankija veel täiendavalt rõhutada, et selliseid pilootprojekte korraldataksegi just eesmärgiga saada teada, millised turul saadaolevad tehnoloogiad konkreetse projekti vajadustele üldse vastata võiksid ning saada seeläbi ka teada, millise hankemenetluse liigiga on kõige otstarbekam edasi liikuda. Teoreetiliselt oleks pilootprojekti tulemusel võinud ka selguda tõesti, et eksisteerib näiteks kaks (või ka rohkem) pakkujat, kelle tehnoloogiad suudavad kõik võrdväärselt täita hankija vajadusi ja eesmärke. Sellisel juhul oleks hankija jaoks ilmselgelt olnud põhjendatud ka korraldada hoopis avalik hankemenetlus. Kuid seejuures ei ole põhjendatud väita, et kui pilootprojekte korraldatakse mitmete ettevõtetega, siis see justkui eos juba tähendaks automaatselt ka kõikide ettevõtjate vastavust hankija tingimustele. Käesoleval juhul saigi pilootprojektide tulemusel hankijale selgeks, et ükski teine pakkujatest ei saaks nõuetele vastavalt lepingut täita ning seeläbi oli hankija omandanud igati põhjendatud 13  veendumuse, et väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse erandi kasutamine on lubatud ja õiguspärane. Hankija on seisukohal, et vaidlustaja on pilootprojektide läbiviimise eesmärgile andnud ebaõiged ja mõnevõrra isegi vasturääkivad tähendused. Ühest küljest rõhutab vaidlustaja kohtupraktikast tulenevat ootust, et enne väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse tulemusel otselepingu sõlmimist uurib hankija turgu ja konsulteerib ekspertidega. Hoolimata sellest, et vaidlustaja ei ole pilootprojektidele sama eesmärgiga tähendust omistanud, on käesoleval juhul selge, et turgu on hankija eelnevalt uurinud nii pilootprojektide abil kui ka ekspertidega konsulteerides. Selle kõige juures aga tuli vaidlustaja jaoks väidetavalt üllatusena, et hankija üldse viis pilootprojekte läbi ka teiste pakkujatega, mitte ainult vaidlustajaga. Isegi kui pilootprojektide tulemusel oleks hankija vajadustele vastavat tehnoloogiat suutnud pakkuda üksnes vaidlustaja, siis kehtiksid ka vaidlustajaga otselepingu sõlmimisele täpselt samasugused eeldused ning valdkonda tundvale ettevõtjale peaks olema ilmselge, et hankija saabki üldse väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse kasutamise lubatavuses ja õiguspärasuses veenduda eelnevalt vastavat turgu uurides. Sellest tulenevalt jääb hankija jaoks ka arusaamatuks, mis põhjusel omistab vaidlustaja hetkel pilootprojekti korraldamisele sellise tähenduse, et kui hankija katsetab samaaegselt mitme pakkuja tehnoloogiat, siis ei saa maailmas põhimõtteliselt olla vaid üks tehnoloogia, mida saab kasutada hankija eesmärke silmas pidades. Selline seisukoht küll võib, kuid ei pruugi tingimata olla üks pilootprojektide korraldamise tulemusel selguv tõsiasi. Käesoleval juhul on pilootprojektide läbiviimise tulemusel tekkinud hankijale igakülgselt põhjendatud veendumus, et hankija nõuetele vastab üksnes kolmanda isiku tehnoloogia. 2.6. Hankija ei ole vabatahtlikku teadet kasutanud pahatahtlikult vaidlustamistähtaja lühendamiseks ilma tegeliku aluseta Hankija hinnangul on keeruline mõista, kuidas on vaidlustaja jõudnud järeldusele, et hankeüksuse soovitust väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse läbiviimise käigus kasutada vabatahtlikku teate esitamist saab tõlgendada selliselt, et hankija on pidanud vabatahtliku teate esitamist pelgalt formaalsuseks ja on ilmselgelt kasutanud seda pahatahtlike eesmärkide saavutamiseks. Vabatahtliku teate kasutamine ei ole väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluste puhul midagi ebatavalist. Kuivõrd eelnevast tulenevalt on üheselt selge, et hankija on menetlusliigi valimisel käitunud heas usus ning lähtunud veendumusest, et hankija projekti elluviimist on võimalik tagada üksnes kolmanda isiku poolt pakutavat tehnoloogiat kasutades, millest tulenevalt oli väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluse kasutamine käesoleval juhul lubatud ja õiguspärane, siis ei esine asjaoludest tulenevalt ka alust väita, et hankija on vabatahtlikku teate avaldamist pidanud formaalsuseks. Vabatahtlikku teadet on kasutatud eesmärgipäraselt. Vaidlustuse punktis 1.3 väidab vaidlustaja, et tal puudus tegelik võimalus vabatahtlikku teadet vaidlustada. Punktides 2.4.11, 2.4.12 ja 2.4.13 väidab vaidlustaja, et hankija ei ole teda vabatahtliku teate esitamise kavatsusest ette hoiatanud, ei ole viidanud selle „vaidlustamise vajadusele“ ja on rikkunud „aktiivset kohustust“ vaidlustajat teavitada. On ebaselge, mis põhjustel puudus vaidlustajal tegelik võimalus vabatahtliku teate vaidlustamiseks. Samuti on ebaselge, millest oleks pidanud tulenema hankija väidetav kohustus 14 vaidlustajat vabatahtliku teate esitamise kavatsusest ette teavitada või selle esitamise järel teda suunata teadet vaidlustama. Hankeregistri(te)s oma tegevusvaldkonna hanketeadete kohta teavituste saamiseks registreerimine või regulaarne hankeregistri(te) jälgimine on iga potentsiaalselt hangetest osa võtta sooviva ettevõtja võimalus, ja selle võimaluse kasutamata jätmine on ettevõtja poolne hooletus ja teadlikult võetud risk, mille ära hoidmiseks ja ettevõtete täiendavaks teavitamiseks puudub hankijatel kohustus. Lisaks ei vasta tõele vaidlustaja poolt vaidlustuse punktis 2.4.12 esitatud väide, et vaidlustaja sai vabatahtliku teate esitamisest teada alles 21.03.2024 kui hankija esindaja edastas vaidlustajale lingid hankeregistrites esitatud teadetele. Vastuse lisana 4 ära toodud kirjavahetuses vaidlustaja esindaja J.O. ja hankija esindaja M.M. vahel kirjutas vaidlustaja esindaja 20.03.2024 kuupäeval: „Thank you very much for your time this afternoon. [..] Please share a link or details on the ongoing public tender/contract award information as agreed.“ (eesti keeles: „Suur tänu teie aja eest täna pärastlõunal. [..] Palun jagage linke või täpsustusi käimasoleva avaliku hanke/vabatahtliku teate kohta, nii nagu kokku lepitud.“). Sellest selgub, et vaidlustaja sai võimalikust vabatahtliku teate esitamisest teada hiljemalt 20.03.2024 pärastlõunal toimunud veebikoosolekul, misjärel oleks hoolas ettevõtja saanud koheselt hankeregistritest talle teadaolevaid hankija rekvisiite kasutades leida avaldatud vabatahtliku teate ning soovi korral esitada tähtaegselt vaidlustuse. Kogu informatsioon, mida vaidlustaja on vaidlustuses esitanud, pidi talle olema teada ka vabatahtliku teate vaidlustamise perioodi ajal, kuivõrd tehnoloogia puudujääkide ja seeläbi hankija vajadustele mittevastavuse teemadel olid hankija ja vaidlustaja ka juba varasemates kirjavahetustes suhelnud. Et vaidlustaja ettenähtud ajal vabatahtliku teate peale vaidlustust ei esitanud ning vaidlustab hankelepingu peale vaidlustamise tähtaega ning peale hankelepingu sõlmimist, lepingu objektiks olevate seadmete üleandmist ning sellega seoses nii hankija kui kolmanda isiku poolt tehtud märkimisväärsete kulutuste tegemist, viitab hoopis vaidlustaja pahatahtlikkusele käesolevas vaidluses. Kokkuvõttes on hankija eesmärgiks personaalmeditsiini-alane teadustöö, kus on väga oluline andmete väga kõrge kvaliteet ja seetõttu ei vasta vaidlustaja pakutav sekveneerimistehnoloogia hankija vajadustele. Andmete kõrge kvaliteedi nõuet on hankija selgelt väljendanud ka vabatahtliku teate ning lepingu sõlmimise teate juurde lisatud põhjenduses ning väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetluses kasutatud tehnilises kirjelduses, millele vaidlustaja pakutav tehnoloogia ei vasta. Seejuures on vaidlustaja üritanud oma vaidlustuses luua ebaõiget ettekujutust, et nende pakutava tehnoloogia tugevad küljed oleks justkui ainsateks võimalikeks objektiivseteks kriteeriumideks, mille alusel sekveneerimistehnoloogiaid hinnata võiks ning et nende tehnoloogia nõrkade külgede kokkusobimatus hankija vajadustega on tingimuste kunstlik kitsendamine. Eelnevast tulenevalt on hankija poolt esitatud selgitustest ja tõenditest üheselt selge, et sellised vaidlustaja seisukohad ei vasta tõele. Hankija on käesoleval juhul lähtunud oma tegevustes igakülgselt põhjendatud veendumusest, et väljakuulutamiseta läbirääkimistega hankemenetlus oli lubatud ja asjakohane menetlusliik ning vabatahtlikku teadet kasutati heauskselt ja eesmärgipäraselt. Hankelepingu sõlmimine ilma hanketeate eelneva avaldamiseta oli õiguspärane ning hankelepingu tühisuse tuvastamise aluseid ei esine. 15 3. MENETLUSLIKUD KÜSIMUSED 3.1. Hankija on esitanud vastuse tähtaegselt. 3.2. Hankija soovib asja läbivaatamist kirjalikus menetluses. 4. Eeltoodust tulenevalt ja juhindudes RHS § 197 lõige 1 punktist 4 palub Hankija vaidlustuskomisjonil: 4.1. jätta vaidlustus täies ulatuses rahuldamata (RHS § 197 lg 1 p 4); 4.2. jätta vaidlustusmenetluses kantud kulud vaidlustaja kanda. Lugupidamisega (allkirjastatud digitaalselt) Andra Alt hankeosakonna jurist hankija volitatud esindaja LISAD: Lisa 1 – Kvaliteedinäitajad sekveneerimistehnoloogia valikuks Lisa 2 – TED väljavõte 02.05.2024 Lisa 3 – Kirjavahetus hankija ja kolmanda isiku vahel nov-dets 2023 Lisa 4 – Kirjavahetus hankija ja kolmanda isiku vahel märts 2024 Lisa 5 – Hankija ja kolmanda isiku vahel sõlmitud hankeleping Lisa 6 – Tehniline kirjeldus 16  Pilootprojekti tulemused, mille alusel hankija langetas valiku Pacific Biosciences of California Inc pakutava SMRT sekveneerimistehnoloogia kasuks Hankija viis 2023.-2024. aastal läbi pilootprojektid eesmärgiga hinnata olemasolevate sekveneerimistehnoloogiate andmete kvaliteeti konkreetselt hankija kasutuses olevate DNA proovide sekveneerimisel ning nende vastavust hankija vajadustele. Hankija planeerib sekveneerida Eesti geenivaramus hoiustatud geenidoonorite täisverest eraldatud DNA proove, mida on kogutud ja hoiustatud alates 2002. aastast ja mille eraldamiseks pole kasutatud kõrgmolekulaarse DNA eraldamise reagendikomplekte, samuti on proove korduvalt külmutatud ja sulatatud, mis võib vähendada proovide kvaliteeti. Hankija seisukohast oli oluline hinnata ka enda reaalsetelt proovidelt saadavat kvaliteeti, kuna hankija kasutatavate DNA proovide kvaliteet võib olla erinev sekveneerimistehnoloogiate tootjate turundusmaterjalides viidatud kvaliteediga andmete saamiseks kasutatud proovide kvaliteedist. Pilootprojektides sekveneeritud proovide hulgas oli 16 DNA proovi, mida sekveneeriti nii vaidlustaja kui ka kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaga. Mõlema tehnoloogia korral viidi sekveneerimisraamatukogude ettevalmistamine ja nende sekveneerimine läbi tootja kasutusjuhendeid järgides, tootjaga kooskõlastatult ning kasutades bioinformaatiliseks analüüsiks tootja ametlikke heakskiidetud tööriistu. Lisaks kummagi sekveneerimistehnoloogia andmete kvaliteedi analüüsile viis hankija läbi ka sekveneerimisandmete võrdluse Eesti geenivaramus varem samadele proovidele tehtud lühikese lugemiga sekveneerimisandmete vastu. See oli oluline, kuna lühikese lugemiga sekveneerimisandmetest ühenukleotiidsete variantide (SNV-de) ning insertsioonide ja deletsioonide (indelite) määramine on tänane valdkonna standard. Hankija jaoks oli oluline saada infot, milline on pika lugemiga sekveneerimisandmete kvaliteet võrdluses rahvusvaheliselt tunnustatud valdkonna standardiga. Eraldiseisev pika lugemiga sekveneerimisandmete kvaliteedi analüüs Peamised kvaliteedinäitajad, millele hankija pilootprojektides analüüsitud 16 proovi puhul tähelepanu pööras, olid andmete täpsus ja hankija jaoks piisava usaldusväärsusega aluspaaride osakaal sekveneerimisandmetes. Andmete täpsuse hindamiseks kasutatakse Q-skoori (quality score, kvaliteediskoor), mis näitab, kui suure tõenäosusega on sekveneeritud aluspaar määratud õigesti. • Q-skoori väärtus Q10 viitab, et üks aluspaar 10st on määratud valesti ehk 90% tõenäosusega on aluspaar määratud õigesti. • Q-skoori väärtus Q20 viitab, et üks aluspaar 100st on määratud valesti ehk 99% tõenäosusega on aluspaar määratud õigesti. • Q-skoori väärtus Q30 viitab, et üks aluspaar 1000st on määratud valesti ehk 99,9% tõenäosusega on aluspaar määratud õigesti. Kuna hankija eesmärgiks on täisgenoomide sekveneerimine võimalikult kõrge kvaliteediga, et need andmed oleksid kasutatavad teadustöös uute seoste leidmiseks ja kliiniliselt oluliste leidudega geenidoonorite tagasikutsumiseks uuringutesse, on hankija jaoks oluline, et Q30 kvaliteediskooriga (ehk 99,9% usaldusväärsusega) määratud aluspaaride osakaal saadud andmetes oleks võimalikult suur. Lisaks andmete täpsusele on oluline vaadata ka ühes sekveneerimiskatses saadud andmete hulka, mille hindamiseks on võimalik kasutada katvust. Katvuse kordaja näitab kui mitmes lugemis on iga genoomi positsioon keskmiselt esindatud – näiteks 30x katvuse korral on iga genoomi positsioon kinnitatud keskmiselt 30 erineva lugemi poolt. Pilootprojektides hankija proovidest saadud sekveneerimisandmeid analüüsides selgus, et vaatamata mõlema tehnoloogiaga saavutatud võrreldavast katvusest (joonis 1: proovide keskmine katvus vaidlustaja andmetes 39,2x ja kolmanda isiku andmetes 37,8x) on vaidlustaja sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete puhul Q-skoorid väga oluliselt madalamad, kui kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete puhul. Joonis 1. Pilootprojektides sekveneeritud 16 proovi (S01-S16) katvused vaidlustaja (ONT) ja kolmanda isiku (PB) tehnoloogiatega. Vaidlustaja proovide katvuste keskmine on 39,2x ja kolmanda isiku proovide katvuste keskmine on 37,8x. Joonisel 2 toodud andmetes on vaidlustaja tehnoloogiaga saadud lugemite kvaliteedi mediaanväärtus keskmiselt Q19 ja kolmanda isiku tehnoloogiaga saadud andmete puhul keskmiselt Q35, mis teeb vaidlustaja andmete puhul lugemite keskmiseks aluspaari valesti määramise tõenäosuseks 1,259% ja kolmanda isiku andmete puhul 0,032%. Seega on vaidlustaja andmete puhul aluspaari valesti määramise tõenäosus ligi 40 korda suurem kui kolmanda isiku andmete puhul. Joonis 2. Pilootprojektides analüüsitud 16 proovi (S01-S16) lugemite Q-skooride mediaanväärtused vaidlustaja (ONT) ja kolmanda isiku (PB) sekveneerimistehnoloogiatega. Vaidlustaja proovide keskmine Q-skoor on Q19 ja kolmanda isiku proovide keskmine Q-skoor on Q35. Lisaks mediaan Q-skoorile saab vaadata ka selliste aluspaaride osakaalu kogu andmetest, kus Q-skoor on Q30 või parem (aluspaari valesti määramise tõenäosus alla 0,1%). Need andmed on ära toodud joonisel 3. Vaidlustaja andmete puhul on selliste aluspaaride osakaal 70,8% ja kolmanda isiku andmete puhul on see 93,5%. Hankija poolt tehnilises kirjelduses seatud nõudeks oli vähemalt 90% aluspaaride kvaliteediskoor Q30 või parem. Joonis 3. Pilootprojektides analüüsitud 16 proovi (S01-S16) Q-skooriga Q30 või üle selle määratud aluspaaride osakaal sekveneeritud andmetest vaidlustaja (ONT) ja kolmanda isiku (PB) sekveneerimistehnoloogiatega. Vaidlustaja proovidel on kvaliteediskooriga Q30 või üle selle määratud keskmiselt 70,8% aluspaaridest ja kolmanda isiku proovidel keskmiselt 93,5% aluspaaridest. Pilootprojektis saadud pika lugemiga sekveneerimisandmete kvaliteedi analüüsi tulemusena selgus, et vaidlustaja sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete kvaliteet on oluliselt madalam kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete kvaliteedist, ning hankija eesmärkide saavutamiseks (teadustöös uute seoste leidmiseks ja kliiniliselt oluliste leidudega geenidoonorite tagasikutsumiseks uuringutesse) pole vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia sobiv. Pika lugemiga sekveneerimisandmete võrdlus lühikese lugemiga sekveneerimisandmetega Inimese genoomis leidub erineva pikkusega varieeruvaid elemente ning neid jaotatakse pikkuse alusel kolmeks: kõige arvukamad on ühenukleotiidsed variandid ehk SNVd (single nucleotide variants), sageduselt järgmised on lühikesed (1-50 aluspaari pikkused) insertsioonid ja deletsioonid ehk indelid ja kolmandana esineb pikemaid struktuurseid variante ehk SVsid (structural variants). Inimese genoomi varieeruvuse kaardistamiseks on kõik need kolm klassi olulised. Haiguste ja ravimivastusega seotud geenivariante on leitud kõikides nendes kategooriates, mistõttu otsis hankija sekveneerimisetehnoloogiat, millega oleks võimalik tuvastada võimalikult täpselt kõigi kolme kategooria genoomseid varieeruvusi. Lühikese lugemiga sekveneerimisandmete vastu võrdlemisel oli hankija jaoks kõige olulisem vaadata SNVde ja indelite tulemusi, kuna nende määramine lühikese lugemiga sekveneerimisandmetest on tänane valdkonna standard, ning tänu lühikese lugemiga sekveneerimistehnoloogia väga heale üksikute aluspaaride määramise kvaliteedile on saadud andmed väga usaldusväärsed. Struktuursete variantide määramiseks on lühikese lugemiga sekveneerimine vähem sobiv ja seetõttu nende puhul võrdlus nii informatiivne pole – eeldatavalt on pika lugemiga sekveneerimisel saadud andmed usaldusväärsemad kui lühikese lugemiga sekveneerimisel saadud andmed. Joonisel 4 toodud andmetest selgub, et SNVde puhul on nii vaidlustaja kui kolmanda isiku tehnoloogia tulemused väga sarnased ja kumbki tehnoloogia on tuvastanud proovi kohta keskmiselt ca 3,4 miljonit sellist SNVd, mis on kinnitatud ka lühikese lugemiga saadud sekveneerimisandmetes. Indelite andmeid vaadates on aga vaidlustaja tehnoloogiaga saadud tulemused oluliselt kehvemad, tuvastades proovi kohta keskmiselt vaid 463,888 indelit, samas kui kolmanda isiku tehnoloogiaga on proovi kohta keskmiselt tuvastatud 580,937 sellist indelit, mis on kinnitatud ka lühikese lugemiga sekveneerimisandmetes. Sellest järeldub, et vaidlustaja tehnoloogiaga hankija proove sekveneerides jääks hankijal võrreldes kolmanda isiku tehnoloogiaga tuvastamata iga genoomi kohta keskmiselt ca 117 tuhat variatsiooni ehk umbes 1/5 kõikidest lühikese lugemiga sekveneerimisel tuvastatud indelitest. Kuna hankija eesmärgiks on saadud andmete kasutamine teadustöös uute seoste leidmiseks ja kliiniliselt oluliste geenivariantide tuvastamiseks, siis ei ole vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia kasutamine ja selline potentsiaalselt väga oluliste andmete kaotamine hankija eesmärkide saavutamiseks vastuvõetav. Joonis 4. Pilootprojektides analüüsitud 16 proovist (S01-S16) võrdluses lühikese lugemiga sekveneerimisandmetega tuvastatud indelite (indels) ja SNVde (snps) arvud vaidlustaja (ONT) ja kolmanda isiku (PB) sekveneerimistehnoloogiaga. Vaidlustaja proovidel on keskmine tuvastatud indelite arv 463,888 ja kolmanda isiku proovidel 580,937. Vaidlustaja proovidel on keskmine tuvastatud SNVde arv 3,423,283 ja kolmanda isiku proovidel 3,438,124. Asjaolu, et vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia indelite määramise suutlikkus on problemaatiline, kinnitavad ka vaidlustaja kodulehel ära toodud andmed, mille kohaselt jäävad võrdluses kõrge kvaliteediga võrdlusandmetega vaidlustaja tehnoloogiaga saadud kogu genoomi indelite F1-skoorid sõltuvalt kasutatud bioinformaatilistest tööriistadest ja sekveneerimise katvusest ca 80-90% vahemikku. Kuigi F1-skoorid ei ole üks-ühele võrreldavad pilootkatse andmete juures kasutatud mõõdikuga, kus vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia tuvastas vaid ca 80% kolmanda isiku sekveneerimistehnoloogiaga tuvastatud indelitest, joonistavad viidatud graafikul toodud F1- skoorid sarnase pildi vaidlustaja sekveneerimistehnoloogia puudujääkidest hankija vajaduste jaoks olulises kategoorias. F1-skooride näol on tegu täpsust (precision) ja saagist (recall) kombineeriva mõõdikuga, mille puhul 100% lähemal olevad väärtused näitavad andmete paremat kvaliteeti. Täpsus näitab, kui suur osakaal vaidlustaja tehnoloogiaga tuvastatud indelitest olid korrektsed ning saagis näitab kui suure osakaalu kõigist tegelikult olemasolevatest indelidest suutis vaidlustaja tehnoloogia tuvastada. Asjaolu, et F1-skoorid on 80-90% vahemikus viitab sellele, et vaidlustaja tehnoloogia jätab ca 10-20% kõikidest indelitest tuvastamata ja/või 10-20% vaidlustaja tehnoloogiaga leitud indelitest on valepositiivsed. Kumbki neist juhtudest ei ole hankija vajadusi arvestades vastuvõetav, ning asjaolu, et seda kinnitavad andmed on ära toodud ka vaidlustaja kodulehel näitab, et vaidlustaja on oma tehnoloogia puudujääkidest teadlik. Joonis 5. Vaidlustaja kodulehel (https://nanoporetech.com/platform/accuracy, 06.05.2024 kuupäeval) välja toodud graafik vaidlustaja sekveneerimistehnoloogiaga saadud andmete võrdlemisest kõrge kvaliteediga võrdlusandmetega ja selle põhjal saadud SNVde (SNP), indelite (INDEL) ja SVde (SV) F1-skooridega kahe eri bioinformaatilise tööriistaga (A ja B) analüüsides ja nelja eri sekveneerimiskatvuse juures (eri värvi tulbad). Indelite juures on täisvärvitud tulpades ära toodud F1-skoorid kogu genoomi indelite korral (mis on hankija vajadusteks oluline) ja piirjoontega tulpades ära toodud F1-skoorid ainult genoomi kodeeriva regiooni indelite korral.  Väljavõte Euroopa Liidu „Tenders electronic daily“ hanketeadete registrist alates 01.01.2023 Pacbio Revio sekveneerimisinstrumentide hankimised ilma avatud hankemenetluseta 1. Rootsi, Uppsala Ülikool https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/30009-2023 2. Austria, Innsbrucki Meditsiiniülikool https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/152700- 2023 3. Soome, Helsingi Ülikool https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/749790-2023 4. Norra, Oslo Ülikool https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/44347-2023 5. Saksamaa, Leibnizi Instituut https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/142954-2023 ONT PromethION ja GridION sekveneerimisinstrumentide hankimised ilma avatud hankemenetluseta 1. Itaalia, Siena Ülikool https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/677653-2023 2. Taani, Sjællandi regioon https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/741306-2023 3. Norra, St. Olavi haigla https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/45500-2024 4. Holland, Maastrichti Ülikool https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/77705-2024 5. Holland, Utrechti Ülikooli meditsiinikeskus https://ted.europa.eu/en/notice/- /detail/259550-2024 6. Saksamaa, Max-Plancki Instituut https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/741063-2023 7. Norra, Stavangeri Ülikooli Haigla https://ted.europa.eu/en/notice/-/detail/558089-2023  FW: Quick call on project status? Lili Milani <[email protected]> Tue 2024-04-30 11:59 To:Steven Smit <[email protected]>;Tuuli Reisberg <[email protected]> 1 attachments (167 KB) image001.jpg; From: Lili Milani <[email protected]> Date: Monday, 18. December 2023 at 16:29 To: Jakob Ørtvig <[email protected]> Subject: Re: Quick call on project status? Hi Jakob Sorry about the delay in getting back to you, I was completely offline writing a big grant application. We are still working on full comparison on the results, there are still issues with calling CNVs in CYP2D6. We hope to make the final decision on sequencing platform in February. Would you like us to return the sequencer until we make our final decision? Kind regards, Lili Sent from my iPhone On 1 Dec 2023, at 09:17, Lili Milani <[email protected]> wrote: Hi Jakob, We can’t move forward until we have the indels and CNVs sorted out. Kind regards, Lili From: Jakob Ørtvig <[email protected]> Date: Tuesday, 28. November 2023 at 13:54 To: Lili Milani <[email protected]> Subject: Re: Quick call on project status? Hi Lili, Thank you very much for your reply. I’ve raised it with our internal experts who will reply to Maarja’s message from earlier today. I’m confident it’s a matter of the tools applied as the information should be in the data. We’re keen to collaborate on getting this visualized for you. I appreciate the analysis has progressed slower than we planned for, but can we please pursue the plan we agreed on and get the VEAT, new loan agreement and order for the 400 genomes sorted over the coming few weeks? That would be really helpful, so let me know how we can support you. I was also of the understanding you needed to spend the funding this year as well or did I get that wrong? Best wishes, Jakob Jakob Ørtvig Associate Sales Director, Nordics & Baltics <image001.jpg> ---------------------------------------------------------------------------- Oxford Nanopore Technologies Denmark ApS C/o Crowe, Rygaards Allé, 2900 Hellerup, Denmark mobile: +45 2938 2507 twitter: @nanopore, @rtvig_j www.nanoporetech.com ---------------------------------------------------------------------------- CONFIDENTIAL From: Lili Milani <[email protected]> Date: Tuesday, 28 November 2023 at 09:49 To: Jakob Ørtvig <[email protected]> Subject: Re: Quick call on project status? Hi Jakob, This week is tricky, but just a quick update – still issues with the CNV calling, even after improving the settings, no CNV-s were detected in the CYP genes.. and he had preselected samples with clear CNVs in 2D6 and 2C19.. Is there a better workflow for pharmacogenetics calling on ONT reads (that would include CNV calling)? Kind regards, Lili  CONFIDENTIAL From: Jakob Ørtvig <[email protected]> Date: Tuesday, 28. November 2023 at 10:44 To: Lili Milani <[email protected]> Subject: Quick call on project status? Hi Lili, I hope you are well? With end of year approaching quickly now it would be great to catch up on the project status and next steps. Are you available for a quick conversation today or tomorrow? Best wishes, Jakob Jakob Ørtvig Associate Sales Director, Nordics & Baltics <image001.jpg> ---------------------------------------------------------------------------- Oxford Nanopore Technologies Denmark ApS C/o Crowe, Rygaards Allé, 2900 Hellerup, Denmark mobile: +45 2938 2507 twitter: @nanopore, @rtvig_j www.nanoporetech.com ---------------------------------------------------------------------------- IMPORTANT NOTICE: The information transmitted is intended only for the person or entity to which it is addressed and may contain confidential and/or privileged material. Any review, re- transmission, dissemination or other use of, or taking of any action in reliance upon, this information by persons or entities other than the intended recipient is prohibited. If you received this in error, please contact the sender and delete the material from any computer. Although we routinely screen for viruses, addressees should check this e-mail and any attachment for viruses. We make no warranty as to absence of viruses in this e-mail or any attachments. CONFIDENTIAL IMPORTANT NOTICE: The information transmitted is intended only for the person or entity to which it is addressed and may contain confidential and/or privileged material. Any review, re- transmission, dissemination or other use of, or taking of any action in reliance upon, this information by persons or entities other than the intended recipient is prohibited. If you received this in error, please contact the sender and delete the material from any computer. Although we routinely screen for viruses, addressees should check this e-mail and any attachment for viruses. We make no warranty as to absence of viruses in this e-mail or any attachments.  FW: ONT & Estonia Genome Center partnership Mait Metspalu <[email protected]> Wed 20-Mar-24 15:50 To:​Lili Milani <[email protected]>;​Steven Smit <[email protected]>​ From: Jakob Ørtvig <[email protected]> Date: Wednesday, 20. March 2024 at 15:45 To: Mait Metspalu <[email protected]> Cc: Tonya McSherry <[email protected]> Subject: ONT & Estonia Genome Center partnership Dear Mait, Thank you very much for your time this afternoon. As discussed, it would be great if you and Lili are available to continue the conversation after her grant deadline. Would Tuesday or Wednesday next week work for you? Please share a link or details on the ongoing public tender/contract award information as agreed. Thank you in advance. Best wishes, Jakob Jakob Ørtvig Associate Sales Director, Nordics & Baltics ---------------------------------------------------------------------------- Oxford Nanopore Technologies Denmark ApS C/o Crowe, Rygaards Allé, 2900 Hellerup, Denmark mobile: +45 2938 2507 twitter: @nanopore, @rtvig_j www.nanoporetech.com ---------------------------------------------------------------------------- IMPORTANT NOTICE: The information transmitted is intended only for the person or entity to which it is addressed and may contain confidential and/or privileged material. Any review, re-transmission, dissemination or other use of, or taking of any action in reliance upon, this information by persons or entities other than the intended recipient is prohibited. If you received this in error, please contact the sender and delete the material from any computer. Although we routinely screen for viruses, addressees should check this e-mail and any attachment for viruses. We make no warranty as to absence of viruses in this e-mail or any attachments. CONFIDENTIAL   ANNEX 1 TECHNICAL DESCRIPTION Institute of genomics of the University of Tartu would like to procure 3 (three) PacBio Revio long-read sequencing instruments for long-read sequencing of human whole genomes from Estonian Biobank participants’ peripheral whole blood DNA samples, including detection of small variants, structural variants, repeat expansions, methylation, and haplotype phasing from a single library and sequencing run. Sequencing technology Single molecule real-time (SMRT) sequencing, which allows for repeated sequencing of the forward and reverse strand of individual DNA molecules, including CpG site methylation calling. Accurate reads of molecules 15,000 base pairs and longer with at least 90% of bases >Q30. Highly accurate calling of single-nucleotide variants (* >99.9% F1), indels (* >99.3% F1), and structural variants (* >95% F1) plus haplotype phasing - as benchmarked by Homo sapiens GIAB trio HG002-4 (*) and independent quality analysis of Estonian Biobank participant samples carried out by the tenderer. Instrument specifications Simultaneous running of up to 4 Revio SMRT Cells containing 25 million ZMW (nanoscale apertures). Primary analysis, including read generation and methylation calling, performed on-instrument. Throughput of up to 1300 human genomes per year.