Taotlus

Saatja: Tartu Ülikool <[email protected]> Saadetud: 11.11.2022 13:30 Adressaat: SM Info <[email protected]> Teema: Jätkutaotlus (2) uurimistööle „Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks“ EBIN-ilt kooskõlastuse saamiseks Tere!Esitame EBINile kiirmenetluse korras läbivaatamiseks jätkutaotluse (nr 2) uurimistöö „Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks kohta.Uurimistöö vastutav täitja on Reedik Mägi.Teiega on jagatud Webdesktop-i dokumenti vaatamiseks/allkirjastamiseks, mis asub järgneval aadressil: LugupidamisegaEne Mö[email protected]&#43;372 507 1174 Kaaskiri Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogule Uurimistöö „ Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 infektsiooni ja viiruse vastu vaktsineerimisega kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks ” jätkutaotlus nr 2 Uurimistöö põhitaotlusele on väljastatud Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu luba nr 1.1-1 2/1277 (13. a prill 2020) ja esimesele jätkutaotlusele luba nr 1.1-12/3022 (14.12.2021) . Uurimistöö peamine eesmärk pole muutunud : Uuringu eesmärk on viia läbi ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs, et mõista kas ja kuidas on SARS-CoV-2 viiruse põhjustatud COVID-19 ( Coronavirus Disease 2019) nakatumise tõenäosus ning nakatumisega kaasuvad terviseprobleemid mõjutatud inimese geneetikast. Saadud infot kasutatakse rahvusvahelises biopankade koostöö raames läbiviidavas meta -analüüsis. See uuring aitab kaasa haiguse geneetilise tausta mõistmisele ning annab sisendit farmaatsiafirmadele uute ravimikandidaatide leidmiseks. Uurida SARS-CoV-2 läbipõdemise ja vaktsineerimise tulemusena tekkiva immuunsuse varieeruvuse geneetilisi põhjusi. Vastutav uurija: ees- ja perekonnanimi: Reedik Mägi amet: bioinformaatika professor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] Uurimistöö lõpukuupäev on märts 2025 Taotluse sisu: Käesolev taotlus on esitatud eesmärgiga lisada üks uus uurija Toomas Haller. ees- ja perekonnanimi: Toomas Haller amet: genoomika-metaboloomika kaasprofessor töökoht: TÜ genoomika instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] Toomas Halleri ülesandeks on fenotüübi andmete puhastamine ja ettevalmistamine ning GWAS analüüside teostamine. Andmeanalüüsiks vajalikud genotüübi- ja fenotüübiandmed tehakse kättesaadavaks kuni projekti lõpuni või kuni töösuhte lõppemiseni. Uurija kasutab talle kättesaadavaks tehtud andmeid vaid projekti eesmärkide ja oma tööülesannete raames. Uurija kasutab vaid neid genotüüpide ja fenotüüpide andmeid, mida küsiti põhitaotluses. Uusi andmeid geenivaramust ei väljastata. Andmeanalüüsiks vajalikud genotüübi- ja fenotüübiandmed tehakse kättesaadavaks kuni projekti lõpuni või kuni töösuhte lõppemiseni. Uurija kasutab talle kättesaadavaks tehtud andmeid vaid projekti eesmärkide ja oma tööülesannete raames. Uurija kasutab vaid neid genotüüpide ja fenotüüpide andmeid, mida küsiti põhitaotluses. Uusi andmeid geenivaramust ei väljastata. T aotlusesse on muudatus sisse viidud ning eristavalt välja toodud. Lugupidamisega Reedik Mägi Uuringu vastutav uurija UURIMISTÖÖ AVALDUS KOOSKÕLASTUSE SAAMISEKS EESTI BIOEETIKA JA INIMUURINGUTE NÕUKOGULT 1. UURIMISTÖÖ ANDMED Uurimistöö täielik nimetus: Varasem nimetus: Ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2) infektsiooniga kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks. Uus nimetus: Ü legenoomne assotsiatsioonianalüüs SARS-CoV-2 infektsiooni ja viiruse vastu vaktsineerimisega kaasnevate fenotüüpide mõistmiseks. Uurimustöö peamine eesmärk: Uuringu eesmärk on viia läbi ülegenoomne assotsiatsioonianalüüs, et mõista kas ja kuidas on SARS-CoV-2 viiruse põhjustatud COVID-19 (Coronavirus Disease 2019) nakatumi se tõenäosus ning nakatumisega kaasuvad terviseprobleemid mõjutatud inimese geneetikast . Saadud infot kasutatakse rahvusva helises biopankade koostöö raames läbiviidavas meta-analüüsis. See uuring aitab kaasa haiguse geneetilise tausta mõistmisele ning annab sisendit farmaatsiafirmadele uute ravimikandidaatide leidmiseks . Uurida SARS-CoV-2 läbipõdemise ja vaktsineerimise tulemusena tekkiva immuunsuse varieeruvuse geneetilisi põhjusi. Uurimistöö toimumiskoht: Eesti Vabariik (EV), Tartu linn, Tartu Ülikool (edaspidi TÜ), Genoomika instituut (edaspidi GI) 2. UURIMISTÖÖ TEOSTAJAD JA UURINGUKESKUSED 2.1. Vastutavad uurijad ees- ja perekonnanimi: Reedik Mägi amet: bioinformaatika professor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] 2.2. Kaastöötajad ees- ja perekonnanimi: Lili Milani amet: epi - ja farmakogenoomika professor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Krista Fischer amet: matemaatilise statistika professor töökoht: TÜ GI ja matemaatika ja statistika instituut töökoha aadress: Riia 23b ja Narva mnt 18 , Tartu e-post: krista.fischer @ut.ee ees- ja perekonnanimi: Ene Reimann amet: teadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Triin Laisk amet: genoomika ja reproduktiivgeneetika kaasprofessor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Urmo Võsa amet: teadur töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Kelli Lehto amet: neuropsühhiaatrilise geneetika kaasprofessor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Maarja Lepamets amet: spetsialist töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Viktorija Kukuškina amet: spetsialist töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Steven Smit amet: biopanga labori juhataja töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Mari-Liis Tammesoo amet: bioinformaatik töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Tuuli Jürgenson amet: statistik, doktorant töökoht: TÜ GI ja matemaatika ja statistika instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: tuuli.jurgenson @ut.ee ees- ja perekonnanimi: Meelis Käärik amet: kaasprofessor töökoht: TÜ matemaatika ja statistika instituut töökoha aadress: Narva mnt 18 e-post: meelis.kaarik @ut.ee ees- ja perekonnanimi: Toomas Haller amet: genoomika-metaboloomika kaasprofessor töökoht: TÜ genoomika instituut töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: toomas.haller @ut.ee 2.3. Vastutava uurija asutuse esindaja on uurimistöö korraldamisega nõus: ees- ja perekonnanimi: Mait Metspalu amet: TÜ GI direktor töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Meelis Käärik amet: TÜ matemaatika ja statistika instituudi juhataja töökoht: TÜ matemaatika ja statistika instituut töökoha aadress: Narva mnt 18 e-post: meelis.kaarik @ut.ee Käesoleva taotluse on läbi vaadanud ja heaks kiitnud TÜ andmekaitse peaspetsialisti poolt volitatud isikud, kelleks on Eesti Geenivaramu (EGV) andmekogumise osakonna juhataja ja projektijuht Helene Alavere ning analüütik Evelin Tali. ees- ja perekonnanimi: Helene Alavere amet: EGV andmekogumise osakonna juhataja ja projektijuht töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] ees- ja perekonnanimi: Evelin Tali amet: EGV analüütik töökoht: TÜ GI töökoha aadress: Riia 23b, Tartu e-post: [email protected] Taotlus on allkirjastatud digitaalselt. 3. UURIMISTÖÖ FINANTSEERIMINE Uurimustöö finantsallikad: PRG687 „Suuremahuliste genoomika andmete kasutus ja metoodika arendus geneetiliste haigusriskide hinnangute väljatöötamiseks“ ( 0 1.01.2020−31.12.2020) MP1GI20003R „Südame-veresoonkonna haiguste ja vaimsete häirete komorbiidsuse ennustamine“ ( 01.01.2020-31.12.2023) RITA1/02-120 „ COVID-19 haigusjuhtumite analüüs ja riskirühmade väljaselgitamine” (14.09.2020−21.03.2022) RITA2/126 „Prognostiliste meetmete ning võimalike ravimeetodite väljatöötamine raskekujuliste COVID-19 haigusjuhtumite baasil” (1.02.2021−31.07.2022) Uuritavatele kompensatsiooni ei maksta. 4. LÜHIÜLEVAADE SIIANI SAMAL TEEMAL LÄBIVIIDUD UURIMISTÖÖDEST Koroonaviiruse haigus 2019 (Coronavirus disease 2019; COVID-19), mida põhjustab ägeda raskekujulise respiratoorse sündroomi viirus 2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2; SARS-CoV-2) on praeguseks põhjustanud ülemaailmse tervisega seotud kriisiolukorra. [1] 26.03.2020 seisuga on Maailma Tervise Organisatsiooni (World’s Health Organization, WHO) andmetel haigestunud 462684 inimest (Eestis 404 inimest), kellest 20834 (4.5 %) on haigusest tingitud komplikatsioonide tagajärjel surnud. [2] Kuna hetkel on ressursid SARS-CoV-2 nakkuse testimiseks piiratud, siis ei suudeta kõiki haiguse sümptomitega ja haigetega kokku puutunud inimesi testida. Samas on hinnatud, et tõenäoliselt on nakatunute arv kordades suurem ja numbrid kasvavad igapäevaselt. [2, 3] Mitmed riigid on haiguspuhangu kontrolli alla saamiseks erirežiimil ja tervishoiuasutused on haigetest ülerahvastatud. SARS-CoV-2 põhjustab alumiste hingamisteede haigust, mida on hakatud nimetama koroonaviiruse kopsupõletikuks, samas on haigust seostatud ka seedeelundkonna häiretega. [1, 4] On tõestatud SARS-CoV-2 levik inimeselt inimesele lähikontakti (hingamisteedest vabanenud piiskade) ja pindade kaudu (viiruse kandmine kätega näo piirkonda), kuid kahtlustatakse levikut ka fekaalse-oraalse ülekande teel. [4] Lisaks on näidatud, et viirus võib kanduda edasi asümptomaatiliselt indiviidilt. [5] Käesolevalt puuduv spetsiifiline SARS-CoV-2 infektsioonist tingitud COVID-19 ravi [6] ja tegeletakse sümptomite (kõrge palavik, köha, hingamisraskused) leevendamisega ja kontrolli all hoidmisega. Samuti puudub SARS-CoV-2 vastane vaktsiin. Seega on teadlastel koostöös meditsiinitöötajate ja ravimifirmadega vaja kiiremas korras välja arendada vahendid COVID-19 ohjeldamiseks ja raviks. Kuna SARS-CoV-2 on uus viiruse tüvi, millega inimesel teadaolevalt varasem kokkupuude puudub [7], siis ei tunta ka COVID-19 patogeneesi ega teata täpselt, milliseid organeid, rakke, signaaliradu ja geen ide ekspressiooni see inimeses võiks mõjutada. Samuti ei teata, kuidas mõjutavad viirusega nakatumist ja COVID-19 haiguse kulgu inimese geenid ja nende variandid. Praeguseks on näidatud, et SARS-CoV-2 kasutab rakku sisenemiseks angiotensiini-konverteerivat ensüümi 2 (ACE2) ja transmembraanset seriini proteaasi 2 (TMPRSS2). [8] Ülegenoomsed assotsiatsioonianalüüsid (Genome Wide Association Study, GWAS), on laialt kasutuses olev meetod, mis võimaldab geneetilisi variante seostada fenotüübiga. [9] Kuna piisava statistilise jõu saavutamiseks on vajalik suur uuritavate hulk, siis on levinud GWAS analüüside läbiviimine konsortsiumite tasandil. Global Biobank Meta- analysis Initiative konsortsium [10, 11] koondab endas ülemaailmselt mitmeid biopankasid (kaasa arvatud EGV), sealhulgas üle 2 miljoni genotüpeeritud proovi. 2021. a. s eptemb ri seisuga on manustatud üle 5,9 miljardi vaktsiinidoosi SARS-CoV-2 vastu (https://ourworldindata.org/covid-vaccinations). Mitmete riikide andmete põhjal on selgunud, et vaktsiinide kaitse nakatumise vastu langeb märgatavalt 5-6 kuu möödumisel 2. doosist, kuid kaitse haiguse raske kulu suhtes tundub püsivam ( https://www.nature.com/articles/d41586-021-02532-4 ). Eestis on võimalik TEHIKu tervise- ja vaktsineerimise andmebaaside põhjal jooksvalt hinnata vaktsineeritud inimeste nakatumist ning haigla- ja intensiivravi vajadust. Geenidoonorite andmed võimaldavad lisaks hinnata inimeste geneetilise varieeruvuse mõju immuunsuse püsimisele. 5. KAVANDATAVA UURIMISTÖÖ EESMÄRK, KOKKUVÕTE JA PÕHJENDUS Hetkel puudub spetsiifiline COVID-19 ravi ja on võimalik leevendada vaid sümptomeid. Ravimifirmad koostöös teadlastega üritavad välja töötada nii ravimeid kui ka SARS-CoV-2 vastast vaktsiini, kuid kõik on veel algstaadiumis. Samas on selle arendustööga erakorraliselt kiire, sest COVID -19 haigusest tingitud olukord halveneb iga tunniga. Tänapäeval baseerub ravimite väljatöötamine paljuski varasematel teadusuuringutel, kus on välja selgitatud erinevad geenid ja signaalirajad, millel on roll haiguste patogeneesis. [12] Meie hüpotees on, et SARS-CoV-2 infektsiooni ja vaktsineerimise ga kaasnevad erinevad fenotüübid on mõjutatud inimese genoomi järjestusest. Meie eesmärk on kasutada võimalike seoste leidmiseks ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid. Antud meetod on üks kiiremaid, mida hetkeolukorras COVID-19 patogeneesi uurimiseks on võimalik läbi viia. Selleks soovib TÜ GI Eesti geenivaramu (EGV) rahvusvahelise koostöö raames (Global Biobank Meta- analysis Initiative konsortsiumiga) [10, 11] analüüsida Eesti geenidoonor ite andmed (GD). 6. UURIMISTÖÖ TEOSTAMISE AEG Uurimistöö algus: aprill 2020 Uurimistöö lõpp: märts 2025 7. UURITAVATE JA NENDE VÄRBAMISVIISI TÄPNE KIRJELDUS Kõik EGV GD , kelle andmed on juba varem kogutud geenivaramusse ja kes pole keelanud oma andmete täiendamist ning kes on EGV-s olevate viimaste andmete põhjal elus. Hinnanguliselt on kohordi suurus üle 200 000 isiku. 7.1 EGV-ga juba liitunud geenidoonorid Valimi aluseks on üle 2 00 000 EGV - s praegu oleva GD andmed. Selle rühma puhul kasutatakse analüüsides EGV - st saadud geno- ja fenotüübiandmeid. Selleks, et tuvastada SARS-CoV-2 suhtes testitud doonoreid võimalikult kiiresti, saadetakse GD-le e-kirja vahendusel kutse. Jätkutaotluse raames enam geenidoonoritele kutseid ei saadeta. 8. DEPSEUDONÜÜMIMISE TAOTLUS Antud uurimustöö raames teostatakse geenidoonorite andmete depseudonüümimine, milleks palume Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu luba. Soovime depseudonüümida üle 200 000 GD andmed, kes vastavad punktis 7.1. kirjeldatud kriteeriumitele. Depseudonüümimine toimub GD kontaktandmete saamiseks. Uuritavad isikud on allkirjastanud GD-ks saamise nõusoleku vormi, millega nad on andnud nõusoleku oma andmete täiendamiseks. Vastavalt Inimgeeniuuringute Seadusele (IGUS) § 24, lg 2, p 4 on depseudonüümimine lubatud vastutava töötleja ettepanekul ja eetikakomitee nõusolekul GD tuvastamiseks, temaga ühenduse võtmiseks ning tema kirjalikul nõusolekul terviseseisundi kirjelduse uuendamiseks, täiendamiseks või kontrollimiseks. Uuringusse ei kaasata GD, kes on keelanud oma andmete täiendamise, uuendamise ja kontrollimise. 9. UURIMISMETOODIKA TÄPNE KIRJELDUS Uuring koosneb neljast alategevusest. Tervise Infosüsteemist (TIS) ja Nakkushaiguste Registrist (registrid) SARS-CoV-2 testi tulemuste , COVID-19 diagnoosi ning haiguskulu ja vaktsineerimise kohta käiva info sidumine GD-ga. GD-le kutse saatmine uuringu küsimustiku täitmiseks (annavad selleks eraldi nõusoleku). GWAS analüüsi läbiviimine vastavalt rahvusvahelise koostöö juhistele. 9.1. Registritest geenidoonori info taotlemine SARS-CoV-2 testi tulemuste ja COVID-19 diagnoosi kohta Antud uuringu läbiviimisel on oluline ajafaktor, seetõttu on vajalik COVID-19 kohta käiva info kiire ja efektiivne kättesaamine registritest. Arvestades COVID-19 olukorra kiiret muutumist, soovime andmeid uuendada võimalusel kord nädalas. Selleks on vaja antud uuringu käigus välja töötada meetod andmete kiireks kättesaamiseks registritest. Plaanis on küsida geenidoonorite terviseandmeid TIS-ist ja Nakkushaiguste Registrist (sealhulgas informatsioon GD-te SARS-CoV-2 testi tulemuste ja COVID-19 diagnoosi kohta), mis on vajalik uuringu käigus teostatavaks GWAS analüüsiks. Registrite ja GI vahel lepitakse kokku minimaalne vajalik andmekoosseis. Vastavatest registritest andmete täiendamist lubanud uuringus osalejate nimekiri saadetakse GI-st krüpteeritult registrisse, kus liidetakse sinna juurde kokkulepitud andmekoosseis ja tulemus tagastatakse GI-sse krüpteeritult. Andmed pseudonüümitakse enne teadustöös kasutusele võtmist. Kuna pandeemia algusest on möödunud enam kui aasta, siis täna ei ole enam vaja nii tihedat andmevahetust TEHIK-uga. Lisaks varem edastatud andmetele küsime juurde vaktsineerimise info ja Haigekassast haiglaravi info (täpne nimekiri LISA 13.6.) . Andmeid küsitakse TEHIKust ja Haigekassast maksimaalselt üks kord kuus. 9.2. Kutse geenidoonoritele osaleda uuringus ja täita uuringu küsimustik Eesmärk on tuvastada SARS-CoV-2 suhtes testitud GD-d, kutsuda nad koroonaviiruse uuringusse ning koguda neilt uuringu küsimustiku abil uuringu jaoks vajalikku täiendavat informatsiooni. Selleks saadetakse GD-le e-kirja vahendusel kutse (Lisa 13.2) osaleda antud uuringus. Eraldi kutse saatmine GD-le on vajalik, et tuvastada SARS-CoV-2 suhtes testitud doonor eid võimalikult kiiresti, kuna registritesse võib antud info jõuda hilinemisega või osutub sealt info kättesaamine aeglaseks. Kuna antud uuringus on väga oluline ajafaktor, siis usume, et eraldi kutse saatmine nimetatud eesmärgil on vajalik . Kutsete saatmise korduste arv sõltub eriolukorra pikkusest, kuid mitte sagedamini kui üks kord kuus. Kutse sisaldab veebilinki, mis viib doonori uuringu nõusolekuvormini (Lisa 13.3). Uuringus osalemiseks ja küsimustiku täitmiseks peab GD eelnevalt andma vabatahtliku informeeritud nõusoleku, allkirjastades selle digitaalselt, kasutades ID-kaarti, Smart-ID-d või Mobiil-ID-d. Doonor saab allkirjastatud uuringu nõusoleku vormi soovi korral alla laadida. Pärast nõusoleku andmist avaneb GD-le uuringu küsimustik (Lisa 13.4). Uuringu küsimustik baseerub Biobank Meta-analysis Initiative konsortsiumi poolt kokkulepitud küsimustikul. GD-lt küsitakse nende praeguste antropomeetriliste näitude, hiljutise tervisekäitumise, võimaliku SARS-CoV-2 infektsiooni allika, COVID-19 sümptomite ja haiguse kulu, võetud ravimite ja kaasuvate haiguste kohta ning koroonaviirusest tingitud eriolukorraga kaasnevate emotsioonide kohta . Kui GD-t testitakse korduvalt, siis on tal võimalik anda vastused iga testimise kohta eraldi. Küsimustikuga kogutud info säilitatakse tähtajatult nagu teisi geenivaramusse kogutud andmeid (IGUS § 18 lg (1)). Toome eraldi välja, et uuringu kutsel ja uuringu nõusolekuvormil on toodud uuringu kontaktiks TÜ GI juhtivteadur Reedik Mägi. Uuritavate, sealhulgas GD-de, küsimused on suunatud e-maili aadressile [email protected] . Seda seetõttu, et GD-l on õigus GD-ks olemise fakti salajas hoida kolmandate isikute, sh Reedik Mägi eest. Suhtluse suunamine [email protected] aadressile võimaldab GD-l esitada küsimus Geenivaramule, kes edastab selle isikustamata kujul vastutavale uurijale. Reedik Mägi vastus edastatakse geenidoonorile läbi Geenivaramu. 9.4. Ülegenoomsed assotsiatsiooniuuringud Eesmärk on leida geenivariante, mis on seotud haigestumise tõenäosusega ja haiguse kulu ja tüsistuste tekkega. Ülegenoomsed assotsiatsiooniuuringud (GWAS) viiakse läbi vastavalt rahvusvahelist koostööd koordineeriva konsortsiumi Biobank Meta-analysis Initiative Consortium juhistele. Kokkuvõtvalt tehakse järgnevat: iga geneetilist varianti testitakse seoses haiguse staatuse ning muude alafenotüüpidega, kohandades analüüsi uuritava vanuse, soo ning muude kovariaatide osas (näiteks geneetilised peakomponendid). Ülegenoomne seoseanalüüs viiakse läbi kasutades SAIGE tarkvara. [16] GWAS analüüsi esialgne plaan on esitatud eraldi ingliskeelse dokumendina Lisa 13.5. Andmete ja kudede kasutamine Uuringu käigus kogutud andmete (uuringu küsimustik, andmed registritest) ja koematerjali kasutamiseks peab teadlane neid taotlema EGV - st, järgides EGV andmeväljastamise tavaprotseduure. Uurijad kasutavad DNA ja andmete analüüsimisel pseudonüümitud andmeid. Uuringu käigus teostatakse ülegenoomseid assotsiatsiooniuuringuid , mille koondstatistikuid (efekti suuruse ning statistilise olulisuse hinnang iga geneetilise variandi kohta) jagatakse Biobank Meta-analysis Initiative Consortium meta-analüüsi grupiga vastavalt analüüsiplaanile. Koondstatistikute fail ei sisalda indiviidi tasemel infot ning ei võimalda osalejate taasidentifitseerimist. 10. UURIMISTÖÖ EETILISTE ASPEKTIDE KIRJELDUS Uuritavate autonoomia respekteerimine – uuritavad, kes juba on GD annavad oma vabatahtliku nõusoleku koroonaviiruse uuringu küsimustiku täitmiseks. Isikud, kes pole liitunud EGV-ga kaasatakse uuringusse, kui nad on nõus vabatahtlikult allkirjastama geenidoonoriks saamise nõusoleku vormi, uuringu nõusoleku vormi ja täitma koroonaviiruse uuringu küsimustiku. Uurimistöös osalevad uuritavad on oma otsustes sõltumatud ning võivad igal hetkel selgitusi andmata uuringust lahkuda. Vastava tahteavalduse saab esitada TÜ GI vastutavale töötlejale tema asukohas või digitaalselt allkirjastatuna. Mittekahjustamise printsiip – antud uurimistöös esinevad riskid on seotud peamiselt andmekaitseliste aspektidega. Riskide maandamiseks kasutatakse andmete töötlemiseks turvalisi kanaleid. Vahepealseid andmebaase väljaspool EGV-d ei looda, vaid andmed liidetakse EGV andmebaasiga. Pabervorme ei kasutata, et vähendada nakkuse leviku riski. Samuti ei koguta uute GD koeproove epideemia ajal. Pärast kriisiolukorra möödumist teavitatakse isikuid, kes on allkirjastanud geenidoonoriks saamise nõusoleku e-maili teel võimalusest anda koeproov. Heategemine – sellest tööst uuritavad otsest kasu ei saa, kuna alustatakse baasteadmiste loomisega ja otsene – kliinilises praktikas rakendatav kasu haigusega tegelemiseks võib tekkida hiljem. Seega saavad antud tööst kasu pigem tulevased patsiendid. Arvestades viiruspuhangu kordumise võimalust on väga oluline teha kõik võimalik, et edaspidi oleksime paremini valmis haigust tõrjuma ja haigestunuid abistama. Õigluse printsiip – uuringus osalemisega seotud võimalikud ebameeldivused uuritavale (ajakulu küsimustiku täitmisel, kartus isiklike andmete väärkasutusest) on väiksema kaaluga kui uuringu tulemusena saadav uus teave, mis on kasulik tulevastele patsientidele. Uuringus osalemine või sellest keeldumine ei mõjuta mingil määral saadavat arstiabi mahtu ega kvaliteeti. 11. UURIMISTÖÖ ANDMEKAITSE KIRJELDUS 11.1. Uuringu andmekaitseaspektide kirjeldus EGV - s 11.1.1. Andmete kogumine EGV - sse Geenidoonoriks saamise protseduur ja andmete kogumine selle raames on reguleeritud IGUS - ga ja EGV protseduurijuhistega. Kogutud andmeid hoitakse EGV - s. Teadusuuringuteks väljastatakse neid andmeid tavapärast andmete väljastamise protseduuri järgides ainult pseudonüümitud kujul. Andmeid säilitatakse tähtajatult nagu kõiki geenivaramusse kogutud andmeid (IGUS § 18 lg (1)). 11.1.2. Seaduslik alus geenivaramust andmete väljastamiseks Geenivaramust väljastatakse uurimistööks koeproove, DNA kirjeldusi või terviseseisundi kirjeldusi ainult pseudonüümituna, hulgana ja tingimusel, et väljastatavaid proove või andmeid on üheaegselt vähemalt viie geenidoonori kohta (IGUS § 22, lg (4)). Andmekoosseis. Valimi aluseks on kogu GD kohort. Nende seast valitakse uuringukriteeriumite alusel sobivad GD. Andmed väljastatakse vaid uuringusse valitud GD kohta (nende arvu pole hetkel võimalik hinnata), vajatakse fenotüübiandmeid, geneetilisi andmeid ning huvipakkuvate tunnuste, haiguste ning ravimi kasutamise kohta käivaid andmeid. Kõiki andmeid kasutatakse pseudonüümitud kujul. Andmete geenivaramust väljastamise protseduur. Andmete väljastamisel järgib EGV kõiki IGUSest tulenevaid nõudeid. Väljastuse eelduseks on Eesti bioeetika ja inimuuringute nõukogu hinnang. TÜ GI direktori korraldusega määratakse nimeliselt väljastustoimingute teostamise eest vastutavad isikud. TÜ GI direktor annab korralduse andmete väljastamiseks. Koostatakse väljastamisprotokolli, kuhu märgitakse väljastatud andmed ning üleandmise viis ja kuupäev. Väljastatud andmeid hoitakse TÜ Teaduspilves, mis on läbinud infosüsteemide kolmeastmeline etalonturbe (ISKE) auditi 2017. a detsembris ja vastab ISKE M taseme nõuetele (turvaklass T1K1S2). Ligipääs väljastatud andmetele on ainult taotluses nimetatud uurijatel ja uuringu kaastöötajatele, keda on informeeritud kohalduvatest andmekaitsenõuetest. Uurimistöö teostaja kohustused andmete töötlemisel. Uurimistöö läbiviija on kohustatud järgima kõiki seadusest tulenevaid ja väljastamise korralduses toodud andmekaitse põhimõtteid. Uurimistöö teostaja kasutab andmeid ainult uurimistöö eesmärkidel ja ulatuses. Uurimistöö teostaja garanteerib andmete konfidentsiaalsuse. Peale uuringu lõppu andmete käitlemisele kohalduvad nõuded on sätestatud andmete väljastamise korralduses (nt ligipääsude tõkestamine, andmete hävitamine). 11.2. Uuringu andmekaitseaspektide kirjeldus pärast andmete väljastamist EGV-st teadlastele Isikuandmete töötlemine ja kaitse - teadlastele väljastatakse pseudonüümitud geno- ja fenotüübi andmed vastavalt andmete väljastustaotlusele. Neile ei väljastata infot, mis võimaldab tuvastada doonori isikut (nimi, isikukood, elukoha aadress, muud kontaktandmed). Andmete publitseerimine – andmeid kasutatakse teaduslike artiklite avaldamiseks vastavalt rahvusvahelistele artiklite avaldamise nõuetele. Kooskõlas Helsinki deklaratsiooniga (Eesti Arst 2011; 90(7):344–346). Andmed avaldatakse viisil, mis ei võimalda konkreetse isiku tuvastamist. 12. TEAVE SAMA UURINGU VARASEMATEST VÕI SAMAAEGSETEST HINDAMISTEST VÕI HEAKSKIITMISTEST MUJAL. Käesolevale uuringule ei ole varasemalt taotletud eetikakomitee luba. 13. LISAD: 13.1. Vastutava uurija ja kaastöötajate CVd 13.2. Kutse osaleda uuringus ja täita uuringu küsimustik (EST) 13.3. Nõusolekuvorm koroonaviiruse uuringus osalemiseks (EST) 13.4. Uuringu küsimustik (EST) 13.5. Esialgne GWAS plaan (ENG) 13.6 Täiendavad andmed TEHIK ja Haigekassa andmebaasidest Lisad 13.2, 13.3 ja 13.4 on hetkel esitatud vaid eestikeelsena. Uuringu jaoks valmistatakse ette ka venekeelsed dokumendid pärast EBIN-ilt kooskõlastuse saamist. KASUTATUD KIRJANDUS 1. Yuen, K.S., et al., SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions. Cell Biosci, 2020. 10 : p. 40. 2. WHO. WHO COVID-19 Report, 26.03.2020 . 2020 https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200326-sitrep-66-covid-19.pdf?sfvrsn=81b94e61_2 ]. 3. WHO. WHO COVID-19 Report 21.03.2020 . 2020 https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200322-sitrep-62-covid-19.pdf?sfvrsn=f7764c46_2 ]. 4. Chan, J.F., et al., A familial cluster of pneumonia associated with the 2019 novel coronavirus indicating person-to-person transmission: a study of a family cluster. Lancet, 2020. 395 (10223): p. 514-523. 5. Bai, Y., et al., Presumed Asymptomatic Carrier Transmission of COVID-19. JAMA, 2020. 6. CDC_COVID-19. 2020 https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/hcp/therapeutic-options.html ]. 7. Andersen, K.G., et al., The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature Medicine, 2020. 8. Hoffmann, M., et al., SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell, 2020. 9. GWAS . 2020 https://www.genome.gov/about-genomics/fact-sheets/Genome-Wide-Association-Studies-Fact-Sheet ]. 10. Global Biobank Meta- analysis Initiative . 2020 https://www.globalbiobankmeta.org ]. 11. COVID-19 Host Genetics Initiative . 2020 https://www.covid19hg.com/ ]. 12. Mohs, R.C. and N.H. Greig, Drug discovery and development: Role of basic biological research. Alzheimers Dement (N Y), 2017. 3 (4): p. 651-657. 13. Koroonaviirus 2019-nCoV levik Eestis . 2020 https://www.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html#/9213122b42fd47b9bf60320a43c290a6 ]. 14. Inimgeeniuuringute seadus . 2020 https://www.riigiteataja.ee/akt/72581?leiaKehtiv ]. 15. Geenidoonoriks saamise nõusolekuvorm . 2019 https://www.riigiteataja.ee/akt/117042019016 ]. 16. Zhou, W., et al., Efficiently controlling for case-control imbalance and sample relatedness in large-scale genetic association studies. Nat Genet, 2018. 50 (9): p. 1335-1341.